3n54y0

Mostrar valores en barplots usando R

2013-02-20T19:03:00.003-08:00

Para poder mostrar los valores que se grafican en un barplot horizontal a la derecha de las barras utilizamos text. Para una tabla de 38 filas y 2 columnas, desplegamos en un barplot la columna dos utilizando 38 colores

Categorías Valores

cate_1 36

cate_2 36

......

cate_n 1

>barplot(misdatos$val, horiz=T, col=rainbow(38), xlim=c(0,40), main="Barplot con valores que graficados", xlab="Frequency",ylab="Categorias" );

Ahora desplegamos a la derecha de las barras los valores

>text(misdatos$val,bp,misdatos$val,pos=4)

Instalar Java SE 7 SDK en Debian Wheezy amd64

2013-02-10T17:56:00.002-08:00

Para poder correr la última versión de Java (Java 7) baje la última versión de Java SE de la siguiente liga:

http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html

Después lleve el archivo que se descargo al /opt/ y ahí desempaquete

#mv ~/Downloads/jdk-7u...tar.gz /opt/

#cd /opt/

#tar -xzvf jdk-7u...tar.gz

Debian puede manejar diferentes versiones de software en el mismo sistema. EL siguiente paso registra la versión descargada de Java como una alternativa, y realiza el cambio para ser usada como la default:

#update-alternatives --install /usr/bin/java java /opt/jdk1.7.0_03/bin/java 1
#update-alternatives --install /usr/bin/javac javac /opt/jdk1.7.0_03/bin/javac 1
#update-alternatives --install /usr/lib/mozilla/plugins/libjavaplugin.so mozilla-javaplugin.so /opt/jdk1.7.0_03/jre/lib/amd64/libnpjp2.so 1
#update-alternatives --set java /opt/jdk1.7.0_03/bin/java
#update-alternatives --set javac /opt/jdk1.7.0_03/bin/javac
#update-alternatives --set mozilla-javaplugin.so /opt/jdk1.7.0_03/jre/lib/amd64/libnpjp2.so

Para probar la instalción:

#java -version
java version "1.7.0_13"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_13-b20)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 23.7-b01, mixed mode)

Para verificar si el plugin del browser (en mi caso Iceweasel) funciona vamos a la pagina http://www.java.com/ y hacemos click en "Do I have Java?".

Vía: /dev/null

Moverse entre ventanas de la misma aplicación: Gnome Shell

2013-02-05T21:10:00.002-08:00

Uno de los atajos de teclado que extrañaba en Gnome Shell era el poder moverte entre ventanas de la misma aplicación. Con la configuración default de Gnome Shell las teclas Alt + Tab te permiten moverte entre ventanas de diferentes aplicaciones como una terminal y un browser. El problema es cuando quieres moverte entre ventanas de la misma aplicación.

Para poder configurar tu teclado y poder moverte entre ventanas de la misma aplicación con las teclas Alt + Tab necesitas ir "System settings" y en la ventana que se abre elegir "Keyboard". Una vez dentro de "Keyboard" vamos a la pestaña "Shortcuts" y en la opción "Navigation" buscar "Switch windows of an application", hacer click con el ratón en la opción mientras tecleas las opción que deseas asociar a la acción.

En mi caso como deseo poder moverme entre ventanas de la misma aplicación con las teclas Alt + Tab, primero borro la asociación de esas teclas a la acción "Switch applications" haciendo click en la opción y después la tecla Backspace, eso hará que se borre la asociación de las teclas Alt + Tab a la acción de cambiar entre ventanas de distintas aplicaciones; como deseo conservar esa función del teclado le asocio las teclas Alt + A a la acción de cambiar entre ventanas de diferentes aplicaciones. Ahora en la opción "Switch windows of an application" hacemos click con el ratón y después presionamos las teclas Alt + Tab para dejarlas asociadas al intercambio entre ventanas de la misma aplicación.

Instalar XpdfViewer usando Wine en Wheezy

2013-02-04T10:58:00.000-08:00

Para poder instalar correctamente en mi sistema Xpdf Viewer usando wine, instale primero la librería libwine-cms usando Synaptic. Después de bajarme el instalador de Xpdf Viewer de la página oficial http://www.tracker-software.com/product/pdf-xchange-viewer, en una terminal me fui al explorador de archivos de wine

$winefile

y desde ahí fui al archivo en donde estaba el .exe de instalación e instale con doble click.

Sin las librerías libwine-cms no funciono el Xpdf Viewer. Acá la liga de la información original: http://forum.eeeuser.com/index.php?/topic/14005-install-pdf-xchange-viewer-with-wine/

Skype 4.1 en Wheezy Dell XPZ 14z

2013-02-02T10:03:00.003-08:00

Para la instalación de Skype 4.1 seguí las instrucciones del wiki para Debian. La instalación de Skype se llevo a cabo sin ningún problema. La configuración del micrófono fue automática durante la instalación de Wheezy con kernel 3.2, así que ya no tuve que editar ningún archivo en /etc/modprobe.d/ como en el post anterior, cuando tenía el kernel 2.6

Dirección de la wiki para instalar Skype 4.1:

http://wiki.debian.org/skype

Bumblebee en Wheezy Dell XPS 14z

2013-02-02T08:40:00.000-08:00

He vuelto a instalar Debian Wheezy en mi Dell XPS 14z con kernel 3.2.0-4 amd64. Para poder instalar Bumblebee desde los repositorios en /etc/apt/source.list agregue las siguientes direcciones:

#vi /etc/apt/source.list

deb http://suwako.nomanga.net/debian sid main contrib
deb-src http://suwako.nomanga.net/debian sid main

Después obtuve las llaves

#wget -O - http://suwako.nomanga.net/suwako.asc | apt-key add -

En esta liga están los datos: http://suwako.nomanga.net/
Después actualice

#apt-get update

Posteriormente seguí las instrucciones del wiki para Debian para instalar bumblebee

http://wiki.debian.org/Bumblebee

Al finalizar los pasos descritos en el wiki, se instala bumblebee desde los repositorios

#apt-get install bumblebee bumblebee-nvidia

o bien

#aptitude install bumblebee bumblebee-nvidia

Para verificar el funcionamiento de bumblebee

$optirun --status

Bumblebee status: Ready (3.0.1). X inactive. Discrete video card is off

o bien

$lspci -d10de: -vvv

01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF108 [GeForce GT 540M] (rev ff) (prog-if ff) !!! Unknown header type 7f

Si obtienen una línea como esta " Unknown header type 7f" bbswitch está trabajando y la tarjeta Nvidia
está desactivada

Instalar la librería ShortRead de Bioconductor

2013-01-27T16:02:00.001-08:00

Para poder instalar la librería ShortRead de Bioconductor, se debe de tener previamente instalado las librerías libcurl4-openssl-dev y libxml2-dev en el sistema, por lo que como administradores las instalamos:

#apt-get install libxml2-dev
#apt-get install libcurl4-openssl-dev

Posteriormente en R instalamos la librería ShortRead

>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite("ShortRead")
>library(ShortRead)

Wget: descargar y salvar archivos

2012-10-31T09:30:00.001-07:00

wget es una herramienta que nos permite la descarga de contenidos desde servidores web. Para ello se utiliza el comando wget desde terminal y la dirección en dónde esta el contenido.

$wget http://www.direccion.servidor/lista/archivo.descargar

y con esto bajaremos el contenido.

La opción para poder salvar la descarga con un nombre específico es

$wget -O miarchivo.txt http://www.direccion.servidor/lista/archivo.descargar

en donde la opción -O nos permite asignar un nombre a la descarga indicando la ruta y nombre deseado.

Gráficas de pastel en R

2012-09-25T10:57:00.000-07:00

Primero creamos el vector con nuestros porcentajes

> porcentajes = c(39,61)

la suma es 100.

Después le asignamos un nombre a los valores de nuestro vector

> names(porcentajes) = c("Different domains, 39%", "Domains, 61%");

Luego se gráfica

> pie(porcentajes, col = c("gray50", "white"), main = " Domains");

Insertar gráfica dentro de otra gráfica en R

2012-08-16T09:33:00.000-07:00

Para poder insertar una gráfica de menor tamaño dentro de otra mayor, en R utilizamos la función par().
En un ejemplo gráficaremos una distribución de datos con una curva de ajuste, y después insertaremos una gráfica de los mismos datos pero representados en log vs log.

>plot(x$datosx,y$datosy, bty='l', col = "azure4", xlab='Size', ylab='Number of Y', pch =19, xlim = c(0,10000), ylim = c(0,2800),xaxs = 'i', yaxs = 'i');

>points(otrox$,datosx, otroy$datosy, col = "darkred");

>axis(1, las=1, at=500*0:20);

>lines(1.8183459166*x^0.74506574);

En esta línea el rotulo estará en la esquina inferior derecha.

>legend("bottomright" , c('DatosX', 'DatosY', 'Power-law model. y = 1.8183*x^0.7450', 'R*R: 0.857'), col = c('azure4','darkred','black','white'), pch=c(19, 1,3,0), lty = c(0,0,1,0), lwd=2, bty='n');

En esta linea generamos el especio para la siguiente gráfica que estará en la esquina superior izquierda

>par(fig=c(0.08,0.45,0.48,1), new=TRUE);

>plot(log(x$datosx),log(y$datosy), col = "azure4", main = 'Log vs Log ', xlab='', ylab='',cex.lab = 0.8, cex.main = 1, log = "xy", pch =19);

Después de la función par() podemos graficar nuestros datos a nuestro gusto, y se verá reflejado en la nueva figura de menor tañano.

La vida de los bioinformáticos

2012-08-09T15:43:00.002-07:00

No-mames: Método probado

2012-07-30T13:01:00.003-07:00

No-mames: Método probado: Patricio.

Resistencia

2012-07-27T10:24:00.000-07:00

Madre Tierra. San Cristóbal de las Casas, Chiapas.

¿No que no?

2012-07-19T20:10:00.001-07:00

No-mames: ¿No que no?: Por su parte, Murillo Karam reveló que el PRI sí tiene un contrato con la empresa Alkino Servicios y Calidad, S.A., para “cubrir la jornada ...

No-mames: Urna sin boletas

2012-07-06T02:31:00.001-07:00

No-mames: Urna sin boletas: youtube:Urna sin boletas ¡No mames!

Oración electoral

2012-07-01T06:21:00.003-07:00

Líbranos Señor de todo mal y del PRI

Foto X Casilla

2012-06-25T10:13:00.000-07:00

Este proximo 1 de Julio, día de las elecciones presidenciales en México, además de emitir nuestro voto podemos participar también en el conteo y vigilancia de las tendencias con un PREP alterno. La iniciativa se llama FotoXCasilla, y como ellos explican la idea es cada uno de nosotros tome fotografías de las mantas o sabanas electorales que se cuelgan en las casillas al cierre del conteo de votos, a las 18:00 hrs.

FotoXCasilla.

Thunderbird en Wheezy

2012-06-06T18:34:00.001-07:00

Durante mucho tiempo Evolution fue mi manejador de correo electrónico, así como mi agenda. Sin embargo con la instalación de Wheezy en mi máquina tuve problemas con él. Las citas (appointment) no se mostraban en el calendario. Como no pude solucionarlo decidí buscar una alternativa la cual fue Thunderbird. Mi conclusión es que me ha convencido, debido a todas las extensiones que se pueden agregar.

Inbox

Calendario

Tareas

Descomprimir archivos .xz

2012-06-04T11:20:00.003-07:00

Los archivos con de comprensión con extension .xz presentan una tasa alta de compresión.

>tar -Jxvf arvhivo.tar.xz

desde terminal en Wheezy.

Figuras que abarcan 2 columnas

2012-05-30T13:32:00.000-07:00

Si estamos creando un documento en Latex a dos columnas y necesitamos que nuestras figuras abarquen las dos columnas, tan sólo necesitamos agregar un * (asterisco) en el inicio y final de la figura:

\begin{figure*}
\end{figure*}

Y con eso será suficiente para que nuestra figura se extienda a través del ancho de la página.

Les dejo un ejemplo:

\begin{figure*}
\includegraphics[width=X.Xin, height=X.Xin]{mi_archivo_figura}

\caption{Acá escriben el pie de figura}

\label{Acá va una etiqueta con la cual se podrá referenciar a la figura en el texto}

\end{figure*}

Acá les dejo la página de donde obtuve la información: Figure spanning 2 columns in Latex.

Ajustar ejes a 0 en un plot de R

2012-05-10T18:47:00.000-07:00

Desde hace tiempo me había encontrando con la necesidad de poder ajustar los ejes X y Y a 0 de un plot en R. Siempre que generaba un plot había un desfase en los ejes con respecto al cero.

La solución al ajuste de los ejes a 0 la obtuve con el parámetro de estilo de los ejes xaxs y yaxs.

Este es el código:

> plot(0.00016298*1.672059*x^0.672059, col = 'darkblue', type = 'l', ylim = c(0,1.6), xaxs = 'i', yaxs = 'i' );

Les dejo la liga a la página de dodne obtuve la información: Climate Charts & Graphs.

Lo que no hace el gobierno en México

2012-05-03T18:39:00.001-07:00

Exponentes en Latex

2012-05-03T18:21:00.000-07:00

Dentro de las opciones en Latex para escribir exponentes, está el agrupar la cifra que será el exponente.

y = 0.00016298x$^{1.67}$

El exponente de x es 1.67 el cual está agrupado entre llaves, para ser elevada toda la cifra, incluyendo el punto.

Vía: El (Otro) Trastero de Mazi.

¿Por dónde se rebasa?

2012-04-19T10:09:00.001-07:00

Liga en youtube: El Giro.

Xchange Viewer usando Wine en Debian Wheezy

2012-03-19T21:37:00.003-07:00

En el directorio /opt/ decargue los archivos de wine inestable para arquitecturas de 64 a través de
un wget

#wget -r -l1 --no-parent -A amd64.deb http://dev.carbon-project.org/debian/wine-unstable/

Posteriormente me cambie al directorio creado

#cd dev.carbon-project.org/debian/wine-unstable

y ejecute la instalación de los paquetes .deb del directorio

#dpkg -i *.deb
#dpkg -f install

Con lo cual ya tenía instalado Wine en mi wheezy. La fuente de consulta es el blog de Lindqvist.

Ahora para la instalación de editor de archivos pdf Xchange Viewer, instale la librería lib32nss-mdns, la cual me permite salir a conexión a la red

# apt-get install lib32nss-mdns

Me baje el instaler de Xchange Viewer de su página oficial y lo ejecute a través de la ventana gráfica de wine. Primero configure Wine a Windows XP a través del winecfg, posteriormente instale Xchange a través del navegador grpafico de Wine,

$winecfg
$wine winefile

Ejecute el archivo .exe de Xcange que está en mi carpeta Downloads y con eso se inicia el instalador de Xchange.