Blog des M2 GFS promotion 2007/08 de Rennes

EMBL Spring Selection 2009

Romain G — Thu, 21 Aug 2008 13:48:25 GMT

Application et information a l'adresse suivante :
http://www.embl.org/training/phdprogramme/applications.html

Study Abroad VCU by Yves falanga

Romain G — Mon, 11 Aug 2008 13:53:12 GMT

Proposition de thèse financée INRA

Romain G — Mon, 11 Aug 2008 13:14:00 GMT

Thèse financée à l'INRA de Lusignan dans l'Unité de recherche pluridisciplinaire prairies et plantes fourragères.

Rôle de la sélection et de la plasticité phénotypique dans l'évolution d'une population hétérogène : le cas d'un mini peuplement de Ray-Grass.
La thématique de la thèse couvre les questions suivantes : Quels sont les rôles respectifs de la sélection et de la plasticité phénotypique dans les processus d'évolution? Comment la plasticité affecte-t-elle l'intensité et la force de la sélection ? Varie-t -elle entre génotypes ? Est-elle susceptible d'être elle-même sélectionnée ?

A l'aide d'une population F2 de Ray grass Anglais nous identifierons des QTLs de caractères impliqués dans la réponse aux pressions de sélection et déterminerons comment évoluent les fréquences alléliques à ces marqueurs et marqueurs neutres. Les concepts et modèles de la génétique des populations permettront de comprendre et prévoir l'évolution du système.

Le dispositif sur lequel le thésard devra mener des mesures phénotypiques et moléculaires est en place en milieu semi-controlé depuis une année.

Le thésard devra avoir de bonnes connaissances en biologie évolutive, génétique des populations et génétique quantitative. L'expérience et le goût pour les mesures morphologiques et la maîtrise des outils de biologie moléculaire sont nécessaires.

Le début de la thèse est prévu pour nov-dec 2008. Les candidatures (CV, lettre de motivation, 2 personnes reférentes) sont à déposer par mail à isabelle.litrico@lusignan.inra.fr et philippe.barre@lusignan.inra.fr

Proposition de thèse de David Gilot à l'UPRES-EA SeRAIC/INSERM

jalap — Fri, 04 Jul 2008 15:38:00 GMT

Cette thèse est susceptible d'être financée par la Ligue Nationale contre le Cancer.

* Titre de la thèse :

"Identification, Hiérarchisation et Validation biologique des voies de
signalisation induites par un polluant environnemental : la Dioxine."

* Unité/équipe. encadrante: dans l’unité Signalisation et Réponses
aux Agents Infectieux et Chimiques (UPRES-EA SeRAIC/INSERM), équipe
Toxiques chimiques environnementaux et alimentaires : cibles
membranaires et géniques

* Nom du responsable scientifique et cotuteur: Drs Valérie LECUREUR
et David GILOT

* Contact : 02 2323 4788 (LECUREUR V., HDR) et 02 2323 4441 (GILOT D.)
david.gilot@rennes.inserm.fr

* Contexte socioéconomique et scientifique:

Les contaminants de l’environnement, dont la dioxine, posent
actuellement un réel problème de santé publique compte-tenu de leur
implication potentielle dans de nombreuses pathologies, notamment les
cancers et les désordres immunologiques. Nous sommes quotidiennement
exposés à ces contaminants par notre mode de vie (fumée de cigarette,
viande grillée,..) et par la pollution environnementale (gaz
d’échappement, centre d’incinération,..).

La base moléculaire et cellulaire sous-tendant ces effets toxiques reste
largement méconnue. Toutefois, l’invalidation génique du récepteur Ah
(AhR, récepteur à la dioxine) a permis de démontrer que les effets
délétères de la dioxine étaient étroitement associés à la présence et
l’activation d’AhR. La régulation de l’activité de ce récepteur est en
partie connue. La fixation d’un ligand comme la dioxine sur ce récepteur
induit sa translocation dans le noyau, son association avec d’autres
facteurs de transcription pour finalement se fixer sur des séquences
régulatrices présentes dans les promoteurs de ses gènes cibles (comme
les cytochromes P-450 (CYP) 1A1 et 1B1). Ces derniers sont responsables
de la formation de métabolites électrophiles des hydrocarbures
aromatiques (HA), formant des adduits à l’ADN, pouvant être à l’origine
du processus d’initiation du processus cancéreux. Au sein de notre
équipe nouvellement labellisée « Ligue contre le Cancer », nous avons
entrepris de mieux caractériser le rôle et les régulations dépendantes
d’AhR.

* Les hypothèses et questions posées

Depuis peu, d’autres molécules de signalisation ont été directement ou
indirectement impliquées dans cette signalisation stéréotypée (fixation
d’AhR sur XRE). Ainsi, les HAPs sont capables 1) d’activer certaines
protéines kinases, notamment des MAP kinases (ERK et JNK) et des PKC, et
2) d’entraîner une élévation de la concentration cytosolique en calcium
et en AMPc, suggérant que ces protéines et seconds messagers pourraient
jouer un rôle majeur dans la régulation de gènes cibles des
hydrocarbures aromatiques et dans la survenue d’effets délétères de ces
contaminants de l’environnement, notamment cancérogènes.

A la suite d’un crible de siRNA réalisé au sein de l’équipe, nous avons
récemment démontré le rôle primordial du calcium, de la CaMKI et de la
caséine Kinase 2 pour la régulation de l’activité d’AhR. Toutefois la
nature exacte des ‘protéines kinases activées’ par les HAPs reste à
préciser.

Notre projet vise 1) à identifier les protéines kinases clefs de la
transduction du signal induite précocement par la dioxine en les
inhibant sélectivement par ARN interférence (crible de siRNA du kinome)
et 2) d’évaluer leurs rôles et leurs modes d’action dans l’induction de
gènes cibles comme le CYP1A1, et finalement 3) de préciser leurs
fonctions dans certains effets délétères reconnus des HAPs.

* Les grandes étapes de la thèse et démarche

1- Crible moléculaire : identification des protéines kinases
régulatrices de l’induction du CYP1A1

L’identification sera basée sur l’utilisation d’une banque de siRNA (714
small interfering RNA, 3 séquences par cible =2142 siRNA) couvrant le
kinome humain (Sigma/Rosetta). Nous avons déjà effectué un premier
criblage de siRNA à partir d’une banque de 71 cibles (*Monteiro P. et
al, Mol. Pharmacol.*). Cette méthode d’analyse est déjà fonctionnelle au
laboratoire et financée. Elle est réalisée dans le modèle cellulaire
MCF-7 ( cellules épithéliales humaines d’origine mammaire).

2- Hiérarchisation/Modélisation des voies de signalisation nécessaires
à l’induction du CYP1A1

Ensuite, à l’aide d’outils bioinformatiques, les protéines kinases
identifiées par le crible seront organisées en cascade de voies de
signalisation afin d’obtenir une vue globale et hiérarchisée des
séquences de signalisation nécessaires à l’induction du CYP1A1. Ces
modèles seront testés en retour en biologie cellulaire et moléculaire.

3- Relevance physiologique

A terme, le projet doit permettre d’identifier les protéines clefs
impliquées dans la signalisation d’AhR afin d’inhiber certaines de ces
étapes et finalement, peut-être protéger la survenue des effets
délétères (apoptose, proliferation anarchique) induits par ces
contaminants de l’environnement.

* Approches méthodologiques et techniques envisagées

Le sujet est principalement basé sur l’étude de voies de signalisation.
En premier lieu, la phase de criblage moléculaire nécessitera la
technique d’ARN interférence.

De plus, les techniques de culture cellulaire, d’études des protéines
{état de phosphorylation (western-blot et kination in vitro),
localisation (immunolocalisation, fractionnement cellulaire) et
partenaire (immunoprécipitation)} seront nécessaires au cours du projet
de thèse. Ces approches méthodologiques sont déjà en place au laboratoire.

* Compétences scientifiques et techniques requises

Il est souhaitable d’avoir des notions en culture cellulaire, en
biologie moléculaire et sur les voies de signalisation intracellulaires.

Proposition de thèse

Ptra — Tue, 01 Jul 2008 16:17:36 GMT

Bonjour,

Voici une proposition de thèse en chimie que l'on m'a demandé de faire circuler...
C'est un sujet qui a un financement Region et il n'y a pas de candidat...

R_sume_ABG_2008

Bon courage à tout le monde !!!

Gala Bio 2008

jalap — Mon, 30 Jun 2008 20:16:00 GMT

Merci à tous pour ce Gala Bio 2008, 3ème édition!

Nous étions 120 personnes cette année!!!

Je vous transmets quelques photos du Gala :

- photos d'Aurélie

- photos de Prisca

- photos de Céline

Bonnes vacances pour ceux qui en ont la chance!

"..." à ceux qui passent VAS!

Régis Giet vient d'être distingué par la médaille de bronze du CNRS

jalap — Fri, 13 Jun 2008 22:30:00 GMT

Régis Giet,

Chargé de Recherche CNRS à l'UMR 6061 et actuel directeur de stage de Pierre Romé, vient d'être distingué par la médaille de bronze du CNRS.

La médaille de bronze récompense le premier travail d'un chercheur, qui fait de lui un spécialiste de talent dans son domaine. Cette récompense représente un encouragement du CNRS à poursuivre des recherches bien engagées et déjà fécondes.

Régis Giet travaille sur des kinases mitotiques chez le modèle Drosophile.

Toutes nos félicitations!

Nous lui souhaitons pour l'avenir des publications à fort facteur d'impact et les subventions suffisantes pour mettre en oeuvre ses idées!

L'équipe du blog M2 GFS

Réunion VAS

Ptra — Wed, 04 Jun 2008 09:00:00 GMT

Bonjour,

La date limite d'inscription au concours VAS pour le recrutement
des doctorants étant le 20 juin, nous vous proposons avec
P-Y Le Bail (président de la commission recherche de VAS)
de vous présenter les principes de fonctionnement
de ce concours : critères de sélection, déroulement de l'oral etc...

Cette réunion se tiendra dans l'amphithéâtre: M
bât: 42 campus de Beaulieu le lundi 16 juin de 12 h à 13h

Bien cordialement

Yvan Lagadeuc
Directeur de l'ED VAS

Université de Rennes 1
UMR CNRS ECOBIO, FR/IFR CarenBât. 14B, 
Campus de Beaulieu
35042 Rennes cedex, 
Francetél. : 33 (0)2 23 23 62 01
fax : 33 (0)2 23 23 68 28

Proposition de thèse

Ptra — Mon, 02 Jun 2008 11:21:33 GMT

Bonjour,

Voici un sujet de thèse proposé par l'équipe "Tubulin and Interacting Proteins" (UMR CNRS 6026): Denis_CHRETIEN
Et celui proposé par l'équipe "Homéostasie Intracellulaire des Protéines" (UMR CNRS 6026): Denis_MICHEL

Les deux équipes vous invitent à venir discuter des sujets...

Bonne journée

Sujets de thèse proposés par l'équipe "Expression génétique et développement" de l'UMR 6061

jalap — Mon, 02 Jun 2008 09:35:00 GMT

Voici 2 sujets de thèse proposés par l'équipe de Serge Hardy et Luc Paillard :

Analyse fonctionnelle in vitro et in vivo d'un complexe ribonucléoprotéique s'assemblant sur une séquence activatrice de l'épissage alternatif :

Profil_Hardy_Mereau

Organisation du génome et régulations nucléo-cytoplasmiques de l'expression génique :

Profil_Osborne_Legagneux