Vi var inviteret til at holde en snak om syntetisk biologi qua vores erfaringer gennem iGEM.

Powerpointen her indeholde en introduktion til syntetisk biologi, lidt om iGEM og vores projekt:

Permalink | Vær den første til at skrive en kommentar | Gem hos del.icio.us

1. Slap af og fokuser på de 4 sorte pletter i 30-40 sekunder.
2. Kig på en hvid væg i nærheden af dig
3. En hvid cirkel opstår
4. Blink med dine øjne et par gange

Og så skulle figuren gerne opstå. Er der nogle der kan se hvad det ligner?

Kilder
Be Amazed, 9GAG.com

Permalink | Vær den første til at skrive en kommentar | Gem hos del.icio.us

Darbepoetin alfa

Medicinsk brug: Fremstillet med rekombinant genteknologi i kinesiske hamsters ovarie celler (seriøst!) og virker som erythropoietin (dvs. stimulerer dannelsen af røde blodlegemer). Gives til patienter med anæmi og nedsat nyrefunktion.

Usportslig brug: Giver forbedret udholdenhed.

Atleter: Larisa Lazutina (Rusland) og Johann Mühlegg (Født i Tyskland men opstillet for Spanien), begge tidligere guldmedaljevindere i langrendsski, blev til vinter OL i 2002 diskvalificeret for brug. Johann nåede at vinde 3 guldmedaljer inden han blev afsløret dagen efter hans sidste løb, og sendt hjem.

Johann: Ingen kommentarer!

Carphedon

Medicinsk brug: Bruges til at bekæmpe blødninger i hjernen og visse hjernesvulster (gliomerne).

Usportslig brug: Giver forbedret kuldetolerance og øget udholdenhed.

Atleter: Olga Medvedtseva (Rusland) blev diskvalificerede fra vinter OL tilbage i 2006 og fik frataget sin sølvmedalje i 15 km skiskydning.

Olga Medvedtseva løb sig til sølv i 2006 - og en diskvalifikation endnu hurtigere.

Methamfetamin

Medicinsk brug: Øger aktiviteten i pandelapperne og bruges til patienter med ADHD og narkolepsi.

Usportslig brug: Giver øget opmærksomhed og udholdenhed.

Atleter: Alain Baxter (England) blev testet positiv til vinter OL i 2002 få dage efter, som den første englænder nogensinde, at have vundet en medalje (bronze) i alpin skiløb.

Vick's sponsorer to atleter i år. Men ikke Alain Baxter der (fejlagtigt?) fik frataget sin medalje pga. amfetamin i en Vicks indhalator.

På Wikipedia står dog: ”Baxter was able to confirm later that the trace had originated from a Vicks inhaler” – og på Vicks hjemmeside kan man se, at firmaet i år sponsorer Amerikanske Apolo Ohno og Lindsey Jacobellis. Spændende og se om de også tester positiv så. Jacobellis stiller i øvrigt op i snowboard cross, der er den fedeste sport til OL, så her kommer lige en video:

Nandrolon

Medicinsk brug: Nandrolon er et anabolsk steroid, der øger muskelvækst, øger produktionen af røde blod celler og knogletykkelse. Det bruges til folk med anæmi og osteoporose.

Usportslig brug: Bruges af alle de samme årsager.

Atleter: Vasily Pankov (Hviderusland) er ishockey-spiller og blev testet positiv tilbage i 2002.

Nandrolon

Kilder

Doping at the winter games by Christian Torres. Nature Medicine, 16, 142 i år 2010.
Aranesp, Medicin Håndbogen.
Dopinglisten 2010, Antidoping Danmark.
Larisa Lazutina, Johann Mühlegg, Alain Baxter og Olga Medvedtseva på Wikipedia.

Permalink | Vær den første til at skrive en kommentar | Gem hos del.icio.us

Sammenhæng er ikke det samme som en årsagen; en hyppig årsag til fejl (tror jeg). Fra XKCD.

Jeg er ved at bevæge mig ind i en branche hvor fejl helst skulle minimeres. Fejl kan have fatale konsekvenser og derfor er det måske naturligt, at man er ekstra forsigtig med at indrømme dem. Det gør sig gældende både på studiet og ude på afdelingerne.

Men fejl er vigtig at indrømme. Man og andre bliver klogere når fejl bliver afdækket. Jeg havde æren af at tale med en klog og respekteret professor (der også har arbejdet som læge i mange år) i den forrige uge, og midt i det hele sagde han pludselig: ”Man må aldrig blive stolt.” Stoltheden vidner om en manglende respekt for hvor lidt vi egentlig ved og står dermed i vejen for at vi bliver klogere. Der var næsten noget Joda’sk over hans udsagn.

Se bare Andrew Wakefield, lægen der tilbage i 1998 skrev en artikel, der på baggrund af bare 12 børn, hævdede at der var en sammenhæng mellem autisme og vaccinationer. I den forrige uge, blev han dømt for uetisk opførsel i forbindelse med de forsøg han udsatte børnene for, ligesom hans artikel er blevet tilbagevist igen og igen. Men Wakefield nægter at skulle have gjort noget som helst forkert, både etisk og videnskabeligt. Det er lidt underligt, for mængder af beviser mod hans udsagn er enorm (hør dette glimmerende indslag på P1 Orientering for mere om Wakefield sagen). Hvad er det der gør, at vi er så dårlige til at acceptere vores mentale fejlslutninger?

Egoisme eller forfængelighed måske? For mig selv drejer det sig i hvert fald i høj grad om hvordan andre opfatter mig. Kan man stole på mig? Ja, synes jeg jo nok selv, men jeg kender efterhånden mig selv nok, til at jeg ofte bliver nød til at ændre standpunkt, som jeg bliver klogere.

I sidste uge skrev jeg således meget kritisk om de kritikere der har været af WHO og deres håndtering af svineinfluenzaen. Det har jeg også gjort på Ugeskrift for Lægers hjemmeside, men indlægget er jo nu gemt bag en betalings-væg, så jeg kan trøste mig med at ingen kommer til at læse det. WHO blev beskyldt for at være i lommen på medicinal industrien, hvilket jeg synes var noget sludder.

Men ak, jeg har nok været lidt for ukritisk. En af mine ynglings blogger, Ben Goldacre, har mottoet: ”Jeg tror du vil finde ud af, at det er mere kompliceret end så”. Han har ret, og det gælder også for denne sag.

Journalen Nature kan nemlig afsløre, at WHO har afstemt sine pressemeddelelser og udmeldinger med lige netop medicinal industrien, hvilket kan undre temmelig meget. “Utroligt forstyrrende” udtaler Tido von Schoen-Angerer fra Læger uden Grænser. Om det er en fejl, kan man jo gisne om, men jeg kan i hvert fald konstatere, at de i så fald ikke har tænkt sig at indrømme det.

Og det er en fejl.

Permalink | 2 kommentarer har kommenteret på artiklen | Gem hos del.icio.us

Det er måske en god historie, men hvis man tænker en lille smule over det, er det også sludder og vrøvl.

Jeg har tidligere skrevet lidt om pandemi-alarmen, fordi WHO tidligere blev kritiseret for at udløse for langsomt. Årsagen var at store lande som USA og England ikke var interesseret i at bruge store summer på vaccinationer og derfor fik WHO til at udskyde alarmen, selvom det stod klart, at alle kriterier for at kalde influenza-spredningen for pandemisk var til stede. Ak ja, og nu er de så i lommen på industrien og udløste alarmen for hurtigt.

Lidt tal til at sætte tingene i perspektiv: pr. 17. oktober 2009 var der blevet optalt > 414.000 smittede og over 5000 døde. Dette er meget lavere end det reelle tal, idet landene holdt op med at tælle (alle havde simpelthen virus) og at store dele af ulande overhovedet ikke talte hvor mange smittede de havde. Der er blevet erklæret pandemier for meget mindre. Det Amerikanske Center for Disease control har gættet på man godt kan gange det nummer med 10. Og lad os ikke glemme, at virus spredte sig sindssygt hurtigt.

Pandemi-alarmen betød at mange lande begyndte, at gøre det bedste de kunne for at standse spredningen. Det drejer sig som typisk om information og vaccinationer. På trods af folk kontinuerligt skriver og siger, at influenza jo var “ufarlig” så er dette forkert og har reddet liv. Det er især små børn og gravide der har været udsat ved svineinfluenzaen, og jeg har absolut intet problem med at så mange i Danmark er blevet vaccineret, for at redde andres liv. Det er værd at huske på, at der er relativt små problemer associeret med store vaccinationsprogrammer, men kæmpe risikoer forbundet med ikke at gøre det. Virus muterer og hvis vi havde været uheldige var den blevet mere virulent. Heldigvis skete det ikke.

Medicinal industrien kan tjene penge på mange måder og gør det også. Men influenza-vaccinationer er som regel ikke noget guld-æg. Det er faktisk derfor vi stadig bliver nød til at lave vaccinen i æg, en teknik der er næsten 100 år gammel og temmelig langsom - det kan ikke betale sig for industrien at udvikle nye metoder.

I sidste uge var WHO så nød til at melde ud, at de altså ikke var i lommen på nogen som helst, bare fordi en tysk politiker gerne vil have lidt taletid og anklager dem for at være medicin-pusher. Underligt nok beskrives disse, meget rigtig og korrekte forhold ikke i Politikens artikel, så de kommer her i stedet:

Additional allegations that WHO created a ‘fake’ pandemic to bring economic benefit to industry are scientifically wrong and historically incorrect.

• Lab analyses showed that this influenza virus was genetically and antigenically very different from other influenza viruses circulating among people
• Epidemiological information provided by Mexico, the US and Canada demonstrated person-to-person transmission.
• Clinical information, especially from Mexico, indicated this virus also could cause severe disease and death. At the time, those reports did not indicate a pandemic situation, but taken together sent a very strong warning to WHO and other public health authorities to be ready for one.
• As the pandemic evolved, clinicians identified a very severe form of primary viral pneumonia, which was rapidly progressive and frequently fatal, that is not part of the disease pattern seen during seasonal influenza. While these cases were relatively rare, they imposed a heavy burden on intensive care units.
• Geographical spread was exceptionally rapid.
  • On 29 April 2009, WHO reported lab confirmed cases in 9 countries.
  • About 6 weeks later, on 11 June, WHO reported cases in 74 countries and territories in more than two WHO regions. It is this global spread which led WHO to call for increasing phases and finally, to announce that a pandemic was underway.
  • By 1 July, infections had been confirmed in 120 countries and territories.

The world is going through a real pandemic. The description of it as a fake is wrong and irresponsible. We welcome any legitimate review process that can improve our work.

Permalink | Vær den første til at skrive en kommentar | Gem hos del.icio.us

Baby der kravler efter slikkepind

Billedet viser et barn der har skubbet kasserne sammen, for at kunne nå en slikkepind. Hvad tænker det dog på?

Omvendt kunne man jo også argumentere for at psykologer heller ikke er helt normale. Billedet er nemlig taget af psykolog Myrtle McGraw, der tilbage i 1940’erne undersøgte børns motoriske udvikling.

Jeg er ikke sikker på hendes metoder ville være så populære i dag.

Men McGraw var åbenbart dygtig nok og fremsatte en lang række teorier om børns udvikling. Den gang troede man alt var enten genetisk forudbestemt eller udtryk for bestemte reflekser.

McGraw var en af de første der mente, at det ”nok var lidt mere kompliceret end så” og viste gennem forsøg med babyer, at børns udvikling kunne accelereres og at man kunne forbedre børns evner, ved at udfordre deres motoriske kunnen. Spændende.

Hendes forskning viste også, at det ikke er enten-eller om det er generne eller miljøet, der bestemmer vores skæbne, men i høj grad både-og. Men det viste Kierkegaard jo allerede.

Kilder

Myrtle Byram McGraw (1899-1988).
The History of Psycology through the Lens of Life Magazine, Too Many Interests.

Permalink | 1 har kommenteret på artiklen | Gem hos del.icio.us

Bladet, der drives af Lægeforeningen, har besluttet at fjerne den åbne adgang der igennem flere år, har været til de mange dansksproget artikler bladet udgiver. Alle med en internet-forbindelse har kunne læse bladets artikler og nyheder online, men det er slut nu.

Stort tab for almindelige sundheds-interesserede borgere

Selvom det nok er de færrest der interesserer sig for perkutan indsættelse af pulmonal stentklap, så indeholder bladet alligevel mange artikler og diskussioner, som almindelige mennesker har en interesse i. Fx om masse-vaccinationsprogrammet under H1N1 pandemien, der også blev debatteret i Ugeskriftet og efterfølgende blev den mest kommenterede artikel på bladets hjemmeside. Helt almindelige mennesker brugte tidsskriftet til at danne en mening om de skulle sige ja eller nej til vaccinen. Jeg skrev selv indlæg der og kan godt lide at tro, at det sammen med andres kommentarer, gav artiklen en yderligere dybde og værdi. Artiklen og kommentarerne er nu gemt væk bag et login.

I en tid hvor den biologiske og lægefaglige tilgang til sundhed, i stigende grad bliver udfordret af alternative forklaringer, er dette særligt uheldigt. Almindelige mennesker vil næppe betale de 1895,- kr. et 12 måneders online abonnement koster (jeg gider ikke engang betale de 500,- kr. det koster for studerende), hvilket betyder færre brugere og færre kommentarer. Færre mennesker vil blive eksponeret for den lægefaglige viden om kroppen og sundhed bladet indeholder, som modspil til den hokus pokus der ellers flyder rundt i dagbladene og medierne.

Det vidner også om et komplet forfejlet indblik i hvad internettet kan og er. I stedet for at omfavne muligheden for at involverer almindelige mennesker og den værdi, de kan bibringe bladet, så hopper redaktionen tilbage til 90’erne. Idiotisk.

Åben adgang til forskning er det eneste moralske rigtige

Men der er også større ting på spil her.

Langt størstedelen af den forskning der bliver skrevet om i Ugeskriftet er betalt af de danske skatteydere. Men mere vigtigt, så er den udført på danske patienter, der har lagt krop til nye behandlingsmetoder og indgreb, der er blevet udført i videnskabens navn. Nogle af de indgreb disse patienter er blevet udsat for, har været unødvendige i forhold til deres behandling, men nødvendige for at kunne skrive noget fornuftigt videnskabeligt om selve behandlingen.

Kan det virkelig passe, at disse patienter nu ikke får adgang til selvsamme viden, de har været med til at skabe?

Nej, selvfølgelig kan det ikke det. I USA kræves det således også, at alle artikler publiceret med støtte fra National Institute of Health, skal være frit tilgængelige på nettet. Det samme gør sig gældende i England, Sverige og et lignende initiativ er til høring i den Tyske Forbundsdag. I Danmark blev en arbejdsgruppe nedsat i maj, for at undersøge hvordan offentligt finansieret forskning kan gøres frit tilgængeligt.

Det ender højst sandsynligt – forhåbentligt! - med, at der oprettes en portal hvor al forskning der er støttet af den danske stat skal ligges ind, frit tilgængeligt for alle. Hermed er der endnu mindre incitament for at interesserer sig for Ugeskrifts for Læger forældede publikationsform.

Beslutningen skader danske forskere

Ugeskriftet træder også et skridt tilbage i forhold til de mange journaler og tidsskrifter, der i disse år er ved at skifte til en mere åben adgang til deres artikler. Det viser sig nemlig, at artikler der er udgivet i åbne journaler, bliver læst og kommenteret væsentligt mere, end artikler der er udgivet i lukkede journaler.

I en randomiseret undersøgelse fra 2008 fandt man således at de åbne artikler, blev læst af 23% mere og download 89 % flere gange. Der er også mange der mener, at åbne artikler bliver citeret mere, hvilket er vigtigt internt i forskerverdenen.

Jeg kan kun gisne om hvorfor Ugeskriftet har valgt denne beslutningen, men går ud fra, at det har noget med deres økonomi at gøre. Mon ikke de vil finde, at der ikke kommer et pludseligt indfluks af nye online-kunder, blot fordi de lukker for adgangen?

Update d. 14. jan.: Jeg har idag snakket med en flink dame fra redaktionen på Ugeskriftet. Hun forklarede at det er der lå økonomiske argumenter bag (ønsket om flere annoncer).

Kilder

1. Ugeskrift for Læger - Artikelvisning [Internet]. [cited 2010 Jan 12];Available from: http://www.ugeskriftet.dk/portal/page/portal/LAEGERDK/UGESKRIFT_FOR_LAEGER/Artikelvisning?pURL=/UGESKRIFT_FOR_LAEGER/TIDLIGERE_NUMRE/2009/UFL_2009_43/UFL_2009_171_43_3122
2. NIH Public Access Policy [Internet]. [cited 2010 Jan 12];Available from: http://publicaccess.nih.gov/policy.htm
3. Deutscher Bundestag: Petition: Wissenschaft und Forschung - Kostenloser Erwerb wissenschaftlicher Publikationen vom 20.10.2009 [Internet]. [cited 2010 Jan 12];Available from: https://epetitionen.bundestag.de/index.php?action=petition;sa=details;petition=7922
4. Danmarks Elektroniske Fag- og Forskningsbibliotek. PRESSEMEDDELELSE: Forskningsresultater skal frit ud på nettet [Internet]. [cited 2010 Jan 12];Available from: http://www.deff.dk/content.aspx?itemguid={5EB64788-0EC7-42AF-B10F-B2F33324BD2D}
5. Davis PM, Lewenstein BV, Simon DH, Booth JG, Connolly MJL. Open access publishing, article downloads, and citations: randomised controlled trial. BMJ. 2008 Jul 31;337(jul31_1):a568.
6. Godlee F. Open access to research. BMJ. 2008 Jul 31;337(jul31_1):a1051.

Permalink | 3 kommentarer har kommenteret på artiklen | Gem hos del.icio.us

Good stuff! Især seancen til sidst, hvor man kan følge kameraets rejse op gennem næsen og ned oven over læberne (næse- og mundhulen ender samme sted, hvorfor dette er muligt, bare hvis du skulle være i tvivl). Videoen hedder ‘Glottal Opera’ og er lavet af John Fink i samarbejde med et band der hedder Kura.

Permalink | Vær den første til at skrive en kommentar | Gem hos del.icio.us

Testikler. Dejlige at eje. Sjove at lege med. Billede af zell0ss.

Reflekser giver som regel nogenlunde mening. Kroppen bliver stimuleret på en måde, hvor en bestemt handling er givtig, og igangsætter inden for et par millisekunder forud-programmerede bevægelser. Det sætter vores kognitive indflydelse ud af spillet, men betyder også at vi – eller rettere vores krop - kan reagere hurtigt.

Fx hvis du brænder dig og trækker fingeren væk. Hvis dine øjnes bevægelser skal koordineres. Eller hvis du bliver strøget på benet og din ene testikel trækker sig op. Hov, hvad? Testikel-hvad-for-noget?

Mediterende testikler

Men jo den er god nok. Et blidt strøg på indersiden af en mands lår, får testiklerne til at kravler op mod kroppen. Det sørger cremasterrefleksen for.

Umiddelbart virker cremasterrefleksen, mere billedligt kaldt testisrefleksen, jo ikke lige så vigtig som de mange andre reflekser vi er udstyret med. Men den er en af de sjovere at lege med.
Hvis du har adgang til et par testikler, skal du helt klart prøve dette:

1. Fjern bentøj og underbukser og kig på en af testiklerne.
2. Stryg med din negle op af samme sides inderlår.
3. Nyd hvordan testiklen langsomt og stoisk trækker sig op mod kroppen.

Det er næstende mediterende at kigge på.

Refleksen minder os også om, at vi alle er bygget lidt forskelligt. I en undersøgelse af 500 drenge mellem 3 dage til 16 år, havde kun 56 % en refleks på begge sider. 5 % havde slet ikke nogen refleks. Og som tiden går og man bliver ældre, fandt forfatterne at op mod 70 % af forsøgspersonerne udviklede et respons på begge testikler, selvom de kun blev stimuleret på det ene lår.

Det kan man så også tænke lidt på.

Cremaster refleksen. Et blidt strøg på indersiden af et mande-lår, gør at der bliver sendt signaler til cremaster musklen (rød). Den sørger for at trækker testis op mod kroppen. Billede af John Chemnitz.

10 – 9 – 8 …

Jeg kan ikke svare på hvorfor denne refleks har udviklet sig, men kan forklare hvorfor det sker.

Når man bliver stimuleret på indersiden af låret, fx med en negle, føres dette stimuli til rygmarven (ved L1) af en nerve kaldt n. ilioinguinalis. Via et interneuron føres signalet til n. genitofemoralis, der forlader rygmarven ved L1 og L2, og bl.a. kontakter musklen m. cremaster med motorisk neuroner gennem en sidegren kaldt ramus genitalis. Cremaster kontrahere sig og da den sidder fast på en testikel, hives denne med.

Okay, det var lidt tørt – men resultatet er klart: testikulært lift-off!

Musklen styre altså hvor højt eller lavt vores testikler skal hænge, hvilket spiller en vigtig rolle for temperaturen i scrotum. Hvis det er koldt sidder testiklerne som bekendt tæt på kroppen, helt krummet sammen, og hvis det er varmt, hænger de nede om knæhaserne. Takket være m. cremaster.

Kilder

Billede af Wall Street Bull, af zell0ss.
Mandlige kønsorganer, noter og billede af lektor John Chemnitz, SDU.
Sentralnervesystemet af Per Brodal. 4. Udgave. Universitetsforlaget.
Cremasteric Reflex and Retraction of a Testis. Bingöl-Koloğlu M et al. J Pediatr Surg. 2001 Jun;36(6):863-7.

Permalink | Vær den første til at skrive en kommentar | Gem hos del.icio.us

Det håber jeg at få gjort noget ved i det nye år!

Jeg kunne godt tænke mig, at prøve nogle nye former af, både mediemæssigt og i forhold til hvilket indhold jeg dækker.

I det forgangne, har jeg holdt mig meget stringent til at skrive ting, der kan understøttes i bøger og artikler. Det vil jeg fortsætte med, men jeg føler efterhånden godt jeg kan tillade mig, at skrive mere om ideer og koncepter, der ikke nødvendigvis er andet belæg for, end at jeg synes de er interessante. Det bliver spændende, at se hvordan det kommer til at udspille sig.

Jeg tror også det er på tide med en navneforandring. Encephalitis er selvfølgelig et spændende ord, men ikke en særlig spændende sygdom. Og heller ikke et særlig godt navn egentlig. Gode forslag modtages med kyshånd.

Godt nytår herfra.

Mike

Permalink | 1 har kommenteret på artiklen | Gem hos del.icio.us