EROP OF ERONDER: SURVIVAL OF THE FITTEST

- Olijf verdient ook jouw steun

2017-06-29T14:12:00.004+02:00

De vaste lezers weten hoezeer ik Stichting Olijf en haar activiteiten waardeer.
Inmiddels is een nieuwe campagne van start gegaan om meer donateurs te werven en staan er nieuwe activiteiten en projecten op stapel.
Om dit te kunnen realiseren is veel geld nodig.

Graag roep ik de lezers van mijn blog op donateur te worden en een gift te doen.
Dank jullie wel!

Doneer hier

- ''Het geeft mij vleugels..."

2017-05-29T16:35:00.000+02:00

- Lancering nieuwe campagne Stichting Olijf

2017-05-28T16:31:00.000+02:00

En daar sta ik dan:
op de nieuwe website van Stichting Olijf!
Op de Grote Markt, voor het Stadhuis in Haarlem, onze nieuwe woonplaats...

- Curriculum Illusione

2017-05-18T23:09:00.001+02:00

Wordt er een filmportretje opgenomen waarin je vanzelfsprekend ook een van je levensthema's hebt besproken omdat je daarop hebt kunnen overleven, sneuvelt het tijdens de montage.

Dan maar er over schrijven.
Onthoudt alvast het begrip:

CURRICULUM ILLUSIONE.

Ik kom erop terug!

- Team Nassauplein steunt KWF kankeronderzoek. Doneer(t) u/jij ook?

2017-05-10T16:24:00.000+02:00

Team Nassauplein rent voor kankeronderzoek KWF. Steun jij ons ook?

- Wereld eierstokkanker dag (...)

2017-05-08T17:54:00.001+02:00

Geef die rotziekte en sluipmoordenaar geen kans en herken tijdig de signalen!

- Oproep aan vrouwen met gynaecologische kanker

2017-04-10T11:59:00.003+02:00

Voor Olijfschrift edities 2,3 en 4/2017 zoek ik vrouwen die deelnemen of deel hebben genomen aan een clinical trial in Nederland en/of buitenland en hun ervaringen willen delen met lotgenotes.

Neem svp contact op voor een afspraak en interview:

Daphne Riupassa
06 5578 3639
info@mentortouch.nl

Graag tot ziens!

- Interview met Suzanne Bosman over mijn ervaringen met wietolie

2016-12-05T15:00:00.000+01:00

http://www.nporadio1.nl/radio-eenvandaag/onderwerpen/385815-wietolie-dempt-ook-de-angst-en-het-verdriet

Interview met Suzanne Bosman op RadioEenVandaag op maandag 5 december 2016 om 15:00 uur

- Generic heart medication shown to prolong ovarian cancer patients’ survival

2015-09-09T21:53:00.001+02:00

Even despite prognostic factors and co-morbidities associated with poorer outcomes

MD Anderson News Release 08/23/2015

In a first-of-its-kind study, researchers demonstrate a benefit in overall survival among epithelial ovarian cancer (EOC) patients receiving generic heart medications known as beta-blockers. Survival was shown to be greatest among those prescribed first-generation nonselective beta-blockers. According to The University of Texas MD Anderson Cancer Center investigators, the drugs block the effects of stress pathways involved in tumor growth and spread. With further research, they may also prove beneficial in conjunction with other treatment regimens and across other cancer types.

Published today in the journal CANCER, the findings are the result of a multi-institutional retrospective analysis of the medical records of 1,425 women with ovarian cancer treated between 2000 and 2010. Researchers compared overall survival among patients with documented beta-blocker use during chemotherapy and those without. Among the 269 patients who received beta-blockers, 193 (71.7 percent) received beta-1-adrenergic receptor selective agents (SBBs) and the remaining patients received nonselective beta antagonists (NSBBs). The research team found:

For patients receiving any beta-blocker, the median overall survival was 47.8 months versus 42 months for nonusers.
Median overall survival based on beta-blocker receptor selectivity was 94.9 months for those receiving NSBBs versus 38 months for those receiving SBBs.
Even among patients with hypertension, a longer median overall survival was observed among users of NSBBs compared with nonusers (90 months versus 38.2 months).

This study builds on a large body of research by principal investigator Anil Sood, M.D., professor in Gynecologic Medical Oncology and Cancer Biology at MD Anderson. It showed that stress hormones fuel progression of ovarian and other cancers, and that beta-blockers – among the most proven drugs in cardiovascular medicine – might be a new way to stifle that effect.

Anil Sood, M.D.

“Beta-blockers treat a variety of conditions, such as heart disease, high-blood pressure, glaucoma and migraines. They target a receptor protein in heart muscle that causes the heart to beat harder and faster when activated by stress hormones,” Sood said. “Our research has shown that the same stress mechanisms impact ovarian cancer progression, so these drugs could play a new role in cancer treatment.”

According to Sood, the usefulness of beta-blockers was unclear until now. “The ability to show improved survival using nonselective agents – which inhibit a specific stress pathway – is the culmination of years of research into ovarian cancer biology and pathogenesis.”

He added that beta-blocker users in the study presented at a higher stage of disease, had an increased average BMI and were more likely to be hypertensive. All these factors were associated with decreased survival, yet those who received beta-blockers had either equivalent or improved overall survival. Further examination revealed that NSBB users had improved overall survival regardless of the presence of such prognostic factors or comorbidities. This was not true for patients who took SBBs.

Although further study is needed, these results highlight the importance of adrenergic receptor-β2 (ADRB2), a signaling pathway important to ovarian carcinogenesis and targeted by NSBBs (versus the ADRB1 pathway targeted by SBBs).

Ovarian cancer is the 5th most deadly cancer among women, accounting for more deaths than any other female reproductive system cancer. An estimated 21,290 new cases are diagnosed, and some 14,180 women die from the disease each year in the U.S., according to the American Cancer Society.

Future trials will seek to identify patients who would benefit most from beta-blocker use and the best beta-blocker for a specific tumor type based on adrenergic receptor expression. Then they potentially could be used as an adjuvant therapy during surgical recovery and chemotherapy to decrease tumor growth, delays in wound healing and metastasis. Beta-blockers may also reduce cancer-related psychological distress in newly diagnosed patients, according to the study authors.

There are currently two clinical trials, one led by MD Anderson, evaluating the combination of chemotherapy and propranolol (a type of NSBB) on cancer biology and on stress modulators in patients with newly diagnosed EOC. According to Sood, the preliminary data from these feasibility trials will be used to design prospective, randomized clinical trials examining NSBBs on patient outcomes.

“The stratification of patients by beta-blocker use and selectivity in this study makes it unique among all other studies examining the impact of these drugs on cancer. It also builds on the mounting evidence that beta-blockers may become a key treatment component for many patients in the future,” said Sood.

Portions of this study were supported by National Institutes of Health grants (CA140933, CA104825, CA109298, P50CA083639, U54CA151688, U54CA96300, U54CA96297, and CA016672), an Ovarian Cancer Research Fund program Project Development Grant, the Department of Defense (grants OC073399, W81XWJ-10-0158, and OC100237), the Betty Ann Asche Murray Distinguished Professorship, the RGK Foundation, the Gilder Foundation, the Blanton-Davis Ovarian Cancer Research Program, and a Gynecologic Cancer Foundation-St. Louis Ovarian Cancer Awareness grant. One of the researchers has acted as a paid consultant for Incyte Pharmaceuticals and received research funding from Egen Pharmaceuticals.

Other researchers contributing to this study include: Robert L. Coleman, M.D., Alpa M. Nick, M.D., Pedro T. Ramirez, M.D., Lois M. Ramondetta, M.D., Diana Urbauer, Jack L. Watkins, all from MD Anderson; Susan K. Lutgendorf, Ph.D. from University of Iowa; Sanjeev Kumar, M.B., B.S. from the Mayo Clinic; Koji Matsuo, M.D., from Mercy Medical Center; Kathryn Squires, M.D. and Premal H. Thaker, M.D., M.S. from Washington University School of Medicine.

Bron: http://www.mdanderson.org/newsroom/news-releases/2015/beta-blocker-ovarian-cancer.html

- Stand van zaken: tweede recidief bevestigd

2015-07-08T18:05:00.000+02:00

8 juli 2015

Mijn tweede recidief is 'officieel' bevestigd door de CT-scan waarop 3 nieuwe uitzaaiingen in de buiklymfeklieren te zien zijn. Inoperabel.
Aanleiding voor de scan was de uitkomst in juni van de verhoogde CA125 waarde (10). Omdat de CA125 voor mij een hele betrouwbare indicator is gebleken, betekent elke stijging ook daadwerkelijk tumorvorming.
Hoewel de oncoloog in eerste instantie zei "niks aan de hand", stond ik erop een CT-scan te laten maken gezien eerdere ervaringen.

Op 7 juli met internist-oncoloog dr. J.M.L. Stouthard haar lange termijn visie op mijn behandelplan doorgesproken en besloten de chemo een paar maanden uit te stellen en te starten met de hormoontherapie Tamoxifen (hoewel slechts 10% kans op aanslaan).
Deze behandeling schijnt minder belastend te zijn en bestaat uit pillen.
Wordt vervolgd.

- Nieuwsbericht: Protein in Ovarian Cancers Deactivates Immune System Response

2015-07-06T16:58:00.000+02:00

July 06, 2015 | Ovarian Cancer, Gynecologic Cancers

By Leah Lawrence

Data from a new study has shown that ovarian cancer progression may be driven by the activation of an endoplasmic reticulum (ER) stress response factor called XBP1, which disrupts the function of dendritic cells and, subsequently, antitumor fighting T cells.

XBP1 is part of the ER stress response pathway—also called the unfolded protein response—that can allow tumors to grow and survive when they are deprived of nutrients and oxygen.

“Our findings suggest a strategy whereby a lethal cancer exploits the most conserved arm of the ER stress response in tumor-resident dendritic cells to disrupt their homeostasis, alter their local antigen-presenting capacity, and ultimately evade T cell-mediated immune control,” wrote study author Juan R. Cubillos-Ruiz, an instructor of immunology in medicine at Weill Cornell Medical College, and colleagues in the journal Cell.

“While the ER stress response, and especially XBP1 activation, was previously shown to promote tumorigenesis, we now propose that this integrated cellular pathway further supports malignant progression by inhibiting the development of protective antitumor immunity via manipulation of normal dendritic cell function,” they wrote.

To make this discovery, Cubillos-Ruiz and colleagues examined the tumor microenvironment and found that ovarian cancer promoted the modification of proteins located in the ER, which, in turn, induced XBP1 activation and produced a buildup of lipid molecules within dendritic cells.

The researchers then tested whether or not XBP1 could be targeted. They injected mice with aggressive primary and metastatic ovarian cancer with nanoparticles, microscopic polymers that carried a genetic molecule that can silence the XPB1 gene. Dendritic cells detect the nanoparticles as invaders, and ingest them. Once inside, the nanoparticles delivered the molecule that turns XBP1 off, allowing dendritic cells to tell the immune system to attack the cancer.

“Activating T cell immunity to eliminate tumor cells is the most promising anticancer strategy since the development of chemotherapy, as demonstrated by the shrinkage of melanoma in response to checkpoint blockers,” the researchers wrote. “However, in most cases, the optimal cytotoxic activity of such tumor-reactive T cells is drastically reduced precisely because cancer-associated dendritic cells are unable to support T cell function.”

The results of this analysis show that deletion of XBP1 can transform tumor dendritic cells into ovarian cancer infiltrating T cells. If further developed, targeting XBP1 using nanotechnology-based system may help to slow or prevent the recurrence of ovarian cancers, the researchers wrote.

- See more at: http://www.cancernetwork.com/ovarian-cancer/protein-ovarian-cancers-deactivates-immune-system-response#sthash.uYzLs7gb.dpuf

- 4 jaar geleden...

2015-03-25T22:45:00.000+01:00

25 maart 2015

In verband met de aangifte inkomstenbelasting moest ik duiken in de medische situatie van 2014, heel confronterend.
En realiseerde mij ook opeens: precies vier jaar geleden had ik mijn eerste operatie... Een eeuwigheid geleden. Nog weet ik niet waar ik aan toe ben en hoe ik er aan toe ben. De afspraak van 6 maart met de gynaecoloog-oncoloog heb ik zelf afgezegd; 11 juni krijg ik de uitslag van mijn bloedonderzoek. Afschuwelijk spannend want voel weer van alles. Maar mijn lijf kan geen chemo aan momenteel en mijn geest nog minder.

- Leven in zalige onwetendheid

2015-02-12T14:44:00.004+01:00

12 februari 2015

Goh, lang niet geschreven zie ik. En dat terwijl er zoveel is gebeurd en gebeurt...
Vandaag zelfs 15 pageviews, bijzonder! Ik vraag me altijd af wie de bezoekers zijn.
Maar om kort te gaan: met mij gaat het. Dat wil zeggen, ik leef in onwetendheid en geniet zoveel mogelijk van het leven. Heb het reizen, mijn grootste passie, weer opgepakt en daar heel ik pas echt van.
De bijeenkomsten bij de Bruno Groning Vriendenkring werken ook ondersteunend aan mijn streven zo veel mogelijk niet-patient te willen zijn.
Al blijf ik stiekem natuurlijk zo goed mogelijk op de hoogte van nieuwe ontwikkelingen etc.
Laatst was ik op een lotgenotenbijeenkomst in een inloophuis en de angst en stress sloegen onmiddellijk toe. Daarom blijf ik nog even op mijn wolkje zitten totdat ik het gevoel heb dat mijn lichaam en geest weer een chemokuur of operatie kunnen verdragen... dus tumorvorming of niet, voorlopig liever op reis in plaats van controles en behandelingen!

2014-12-22T10:37:00.000+01:00

GEZELLIGE FEESTDAGEN
&
EEN PRACHTIG NIEUW JAAR

- Stand van zaken

2014-12-19T14:14:00.001+01:00

19 december 2014

Ha, wat fijn dat mijn blog nog steeds bezoekers trekt!
Inmiddels is er weer heel wat tijd verstreken sinds ik mijn laatste chemo op 12 augustus kreeg.
Van de bijverschijnselen zoals neuropathie in mijn voeten heb ik nog zeker last en mijn energieniveau is laag (schildpadtempo, regelmatig middagtukken en 's avonds rond 21 uur naar bed) maar ik heb op dit moment geen fysieke klachten en mentaal gaat het uitstekend...
Dat laatste misschien wel omdat ik geen controles laat uitvoeren en niet in het ziekenhuis kom. Heel prettig! De illusie van patient-af zijn geeft mij levenskracht en levenslust. Als mis ik bij vlagen mijn werk, veel dagen hebben toch nog een gouden randje, simpelweg omdat ik elke ochtend zo dankbaar en blij ben dat ik nog leef.
Door deze geesteshouding houd ik mij momenteel ook niet zo bezig met nieuwe ontwikkelingen en behandelingen e.d. Bij een recidief is het vroeg genoeg om daarin te duiken.

Discipline is het kernwoord. Discipline om goed te blijven eten, groentensappen te persen, te wandelen, genoeg rust te nemen.
Daarnaast gebruik ik homeopathische middelen en supplementen. Elke drie maanden ga ik naar een natuurgeneeskundig therapeut. Elke drie weken neem ik deel aan een soort van reflectiemiddag.
Voor de rest leef ik een rustig fijn gezellig leven en hoop ik het beste.
Mijn eigen haartjes heb ik ook weer terug, heerlijk!

In het kader van Pluk De Dag besloot ik in oktober dat we onze droomreis naar Myanmar moesten maken aangezien ik min of meer klachtenvrij was. In november waren wij daar drie weken en het was in een woord: G E W E L D I G !!!

- Stand van zaken

2014-09-07T11:45:00.000+02:00

7 september 2014 - Zware bloedarmoede na chemokuren

Bij teruglezing van voorgaande berichten valt het me op hoe geserreerd ik mijn situatie formuleer en hoe weinig ik toon van mijn verdriet. Een bewuste keuze wellicht? Ik heb er wel degelijk heel veel gedachten over... die ik gelukkig wel voluit deel met dierbaren. Want wat heb ik een lieverds om me heen en wat word ik verwend!

Inmiddels heb ik op 12 augustus de 6de en laatste chemokuur van deze cyclus, horend bij dit tweede recidief, gekregen. De bijwerkingen worden elke keer erger, zo ook mijn bloedarmoede. Nog steeds heb ik last van gevoelloze vingertoppen en voorvoeten, van hevige kortademigheid. Omdat ik niet goed kan lopen en nog slechter staan, fiets ik zo veel mogelijk om in ieder geval weer wat aan spierkracht op te bouwen. Tussendoor moet ik vaak afstappen en ben ik duizelig. Maar gelukkig zijn er genoeg leuke terrasjes en bankjes om op bij te komen...

Belangrijkste info: de chemo is aangeslagen en de tumoren in mijn lymfeklieren zijn geslonken. Of ze helemaal weg zijn, zullen we nooit weten omdat de ct- scan geen tumoren detecteert die kleiner zijn dan 1,5 cm. De tumormarker CA125 is gelukkig ook gedaald en geeft nu de waarde kleiner dan 5 aan.

Met de oncoloog dr. Stouthard hebben Rutger en ik op 3 september het vervolgtraject besproken:

1) de bloedarmoede moet worden aangepakt omdat ik anders te zwak blijf en kwetsbaar mbt mijn immuniteit; als de waarden op 29 september niet zijn verbeterd, lijkt bloedtransfusie helaas een noodzakelijkheid. Mijn lichaam maakt geen nieuwe bloedcellen aan.
2) mijn lichaam kan so wie so binnen 6 maanden geen chemo of operatie aan omdat ik dan het loodje leg. Meting van de CA125 in die periode is dan ook niet zinvol, tenzij
3) ik binnen 6 maanden lichamelijke klachten krijg die wijzen op een recidief; dan laat ik wel de CA125 controleren, gevolgd door een ct-scan.
4) bij een recidief binnen 6 maanden zal ik een andere chemo samenstelling moeten krijgen met alle nog naardere bijwerkingen vandien en zal mijn levensverwachting nog korter zijn.
5) gezien het bovenstaande is het dus zaak zo veel mogelijk van het leven te genieten zo lang ik me redelijk goed voel!
6) de vervolgafspraak bij het AVL is gepland op 6 maart 2015 bij mijn behandelend gynaecoloog-oncoloog dr Willemien van Driel.
7) voor vragen kan ik altijd tussentijds bellen met dr Stouthard.
8) de kanker zit in mijn lijf verspreid en zal zich vroeg of laat weer aandienen. Dat zijn we ons helaas al jaren al te goed bewust, maar het blijft confronterend en verdrietig om te horen.

Naast het medische gedeelte is het zaak mijn eigen verantwoordelijkheid weer te nemen en bewust te eten, mijn complementaire behandelingen met ozon en vitamine C infusen te vervolgen etc.
Ook hoort daarbij het dagelijks tijdnemen voor spirituele en mentale oefeningen. Die hebben mij drie jaar geleden ook enorm geholpen. En bij de diagnose van mijn recidief heb ik dat alles weer los gelaten omdat ik mijn einde weer naderbij zag .... Maar zo ver is het gelukkig nog niet!!!!

P.S.
Met enige regelmaat krijg ik mooie priveberichten per mail van lotgenotes of andere betrokkenen.
Is het een idee om deze voortaan in het reactiegedeelte van dit blog te plaatsen zodat andere lezers er dan ook profijt van kunnen hebben?

- Stand van zaken

2014-07-14T14:04:00.000+02:00

14 juli 2014 - Even een korte update

Na mijn operatie hoopte ik natuurlijk voorlopig weer off the hook te zijn voor een lange periode. Het tegendeel helaas was waar; bij de nacontrole van mijn operatie (miltverwijdering) op 6 maart hoorde ik dat er op de ct-scan uitzaaiingen in de lymfeklieren te zien waren. Mijn CA125 waarde was 56.
Geen chemo zou een levensduur van 6-12 maanden betekenen. Een operatie was niet aan de orde, andere behandelingen bestaan niet, dus geen andere keus dan de chemo: 6 behandelingen met de combinatie carboplatin/paclitaxel, precies zoals ik in 2011 had gekregen.

Inmiddels heb ik vier kuren gehad en daalt de tumormarker (laatste meting: 8).
Op een hevige allergische reactie na tijdens de toediening van de derde kuur, de gebruikelijke misselijkheid in de dagen na toediening en een verminderd energieniveau, gaat het redelijk tot goed met mij en probeer ik een zo normaal mogelijk leven te leiden...

- Stand van zaken

2014-02-20T14:29:00.000+01:00

20 februari 2014 - Voortschrijdend inzicht: toch nu chemotherapie nemen?

Na mijn operatie was het advies van de AVL-werkgroep: geen chemo. Dat was ook mijn expliciete wens en hoop geweest; ik zou dan weer een tijd behandeling-vrij kunnen zijn, was mijn visie.
Maar denkend over mijn toekomst, over de samen met mijn arts te bepalen frequentie en wijze van vervolgcontroles (CA125, CT-scan), werd ik zeer onrustig van de gedachte dat er nu elders in mijn buik nog niet detecteerbare celdeling plaats vindt, die zich over een paar maanden plotseling en misschien wel fataal manifesteert... Dus waarom niet die cellen nu aangepakt en stil te leggen met chemotherapie? Natuurlijk weet ik wat de nadelen zijn, zowel van chemo, als van het nu nemen. Maar toch. Ik heb gebeld met de verpleegkundige oncologie die met mijn arts gaat overleggen. Ook heb ik aangegeven een andere internist hierover te willen spreken. Wordt vervolgd.

12 februari 2014 - Studiecentrum PB is weer open

Niet dat ik al volledig bed-af ben of 100% hersteld, maar het gaat de goede kant op.
Dus dient de onvermijdelijke vraag zich aan: hoe te leven in de fase waarin ik nu verkeer? Hoe mijn leven in te vullen?
Voor mij is het vanzelfsprekend een deel van mijn tijd nog steeds als medisch student te besteden. Ik lees over zelfheling, nieuwe medicijnen, bestudeer clinical trials, kruiden, etc. Ik blijf op zoek naar levensverlengende mogelijkheden.
Vandaag ben ik te rade gegaan bij een chinese arts in Amsterdam, heb ik mij geregistreerd als belangstellende voor experimentele medicijnen op de website www.myTomorrows.com, gisteren heb ik een zeer verrassend gesprek gehad bij Wim Huppes in Hilversum, www.stichtingruigerus.com

- Kanker eerder ontdekt met nanovloeistof Radboudumc

2014-02-12T00:01:00.000+01:00

Dankzij een nieuwe techniek kan kanker in een eerder stadium worden ontdekt

Met behulp van nanovloeistof kunnen uitzaaiingen vanaf twee millimeter groot in lymfeklieren zichtbaar worden gemaakt. In het prostaatcentrum van het Radboudumc in Nijmegen is voor het eerst een patiënt met deze techniek behandeld.

Het ziekenhuis bezit alle rechten van de vloeistof en kan twaalf patiënten per maand behandelen. Voor artsen van andere ziekenhuizen wordt een opleidingsprogramma opgesteld.
De nanovloeistof zorgt ervoor dat uitzaaiingen oplichten op een scan. Daardoor kunnen artsen kanker gerichter behandelen. Dit bespaart patiënten operaties en geeft ze betere genezingskansen, zegt onderzoeker en radioloog Jelle Barentsz op de site van het ziekenhuis.

Acht millimeter

Zonder de vloeistof wordt met mri-scans maar zeventig procent van de uitzaaiingen kleiner dan acht millimeter gevonden. Ze worden ook bij veertig procent van de patiënten bij kijkoperaties gemist. Daardoor lopen mensen langer rond met uitzaaiingen, zonder dat ze het zelf weten.
De nanovloeistof bestaat uit kleine ijzerdeeltjes, die door een arts in een ader van de arm worden gespoten. Na 24 uur komt de patiënt terug voor een mri-scan.

Andere kankersoorten

Aan het onderzoek deden patiënten met prostaatkanker mee. De methode werkt ook bij andere kankersoorten, zoals borstkanker. Voorlopig richt het ziekenhuis zich nog op patiënten met terugkerende prostaatkanker of een verhoogd risico op uitzaaiingen in de lymfeklieren.

- BCM Researcher Finds Disagreement between miRNA Tools Used to Predict Ovarian Cancer Survival

2014-02-06T00:01:00.000+01:00

‘It’s all in the technique,” researchers are finding at Baylor College of Medicine in Houston, Texas. Dr. Matthew L. Anderson, assistant professor of obstetrics and gynecology at Baylor, led a study that used either Agilent microarrays or miRNA Next Generation Sequencing (miRNA-Seq) and data from the Cancer Genome Atlas (TCGA) on the same miRNA specimens from ovarian cancer patients and found two very different results. The microarrays identified 61 miRNAs associated with survival in 469 of the specimens, but miRNA-Seq found only 12. The overlap of the two methods was a single miRNA sequence associated with survival.

“The choice of tools in genomic profiling can make a difference in the answers at which you arrive,” said Dr. Anderson. The researchers conducting the study were careful to correct for potential issues inherent to signal detection algorithms, but corrections for false discovery and miRNA abundance made no difference in interpreting the results.
These findings might seem alarming. After all, “if you have a reliable tool for profiling, the picture should look the same or at least similar” when using the same samples, stated Dr. Anderson. “For microRNAs in ovarian cancer, it doesn’t.” But this does not discredit gene sequencing shown to be successful in making predictions about cancer patients. Said Dr. Anderson, “This discrepancy appears to be something specific to microRNAs, as other data dealing with genes and other genetic material are more consistent.”
Dr. Zhandong Liu, another co-author and professor at Baylor and a member of the Jan and Dan Duncan Neurological Research Institute at Texas Children’s Hospital, hypothesized that the discrepancy occurs because miRNAs are short sequences, and tools (microarrays) that are designed to work on long sequences (DNA) are less accurate on short sequences. “The impact of this could be important,” said Liu. “MicroRNAs are believed to be key drivers for cancer. This could have an important impact on similar studies. For now, I would urge caution in interpreting the microRNA data.”
Funding for this work came from the Partnership for Baylor College of Medicine; the Collaborative Advances in Biomedical Computing Seed Funding Program at the Ken Kennedy Institute for Information Technology at Rice University supported by the John and Ann Doerr Fund for Computational Biomedicine and through the Center for Computational and Integrative Biomedical Research Seed Funding Program at Baylor College of Medicine; the National Science Foundation (Grant DMS-1209017 and DMS-1263932) and the Houston Bioinformatics Endowment.

- Stand van zaken

2014-01-30T12:47:00.000+01:00

30 januari: Aan het herstellen van de operatie
Na een gelukte operatie (tumoren bleken beperkt tot milt, geen zichtbare uitzaaiingen) gevolgd door een bijzonder spannend weekend door plotseling opkomende koorts en een longontsteking (...) die adequaat werd getemperd door antibiotica, werden in de loop van maandag 20/1 alle drains, katheter en epiduraal verwijderd. Op donderdag 24/1 naar huis. En daar word ik nu al weer een week koninklijk verzorgd en vertroeteld door zusje, man en gezellige bezoekers. Veel in bed en af en toe een frisse neus. Meer is het niet, want dan krijg ik buikpijn.
Voorlopig geen chemo. Controle afspraak in het AVL op 6 maart. Tot die tijd rustig herstellen en conditie opbouwen. Het beste van dit al: ik leef in ieder geval nog! Want hoeveel keren kun je afscheid nemen en je voorbereiden op de dood?

13 januari: Bijna!
Afgelopen donderdag telefonisch de bevestiging voor 17/1 doorgekregen. Gezien mijn enorme verkoudheid van afgelopen 1,5 week was dat uitstel een geluk bij een ongeluk. Hoewel nog hoesterig en snotterig, loop ik weer elke dag buiten om te genieten van de frisse lucht.

Op 9/1 besloten om via de huisarts mijn tumormarker, de CA125, te laten meten: 28. Waarbij de doktersassistente blij uitriep: goed zo, onder de normaalwaarde! En dat met minimaal twee tumoren in mijn lijf... Goedbedoeld maar oer stom.

's Nachts droom ik van de operatie. Verder ben ik er bijna helemaal klaar voor. Mijn bureau raakt leger, ik zelf raak een beetje uit gecommuniceerd en verlang naar stilte en rust. Vooral verlang ik naar de periode na de operatie. Om mijn eigen leven weer op te pakken.

Rutger neemt de honneurs en communicatie waar, zusje is beschikbaar voor ondersteuning, liefde en zorg en dan moet ik nu doen waarin ik zo slecht ben: loslaten!

3 januari: Herziene planning operatie
Gisteren een mail ontvangen van het AVL dat ik sta ingepland voor 17 januari. We'll see.
De gedachte om geheel van de operatie af te zien schiet mij dikwijls te binnen.
Dit afwachten in onzekerheid sinds 5 december vind ik geen kwaliteit van leven. Ik leef in grote onvrijheid daardoor. Gelukkig houden de vele fijne momenten thuis en met familie en vrienden mij op de been.

- UT Health Science Center San Antonio Researcher Receives Grant to Fight Ovarian Cancer

2014-01-27T12:37:00.000+01:00

http://bionews-tx.com/news/2014/01/27/ut-health-science-center-san-antonio-researcher-receives-grant-to-fight-ovarian-cancer/

A researcher at the University of Texas Health Science Center at San Antonio is working on a new treatment for ovarian cancer by seeking a way to turn the body’s own defenses on the disease, one of the deadliest of all cancers.

Currently an immunologist at the UT Health Science Center, Dr. Tyler Curiel has received a $900,00 grant from the Ovarian Cancer Research Foundation in support for her research. Curiel’s group will develop a multi-modal immune therapy for ovarian cancer using approaches in three key areas: first, they will reduce immune impediments to effective ovarian cancer immunotherapy; the team will then block molecular mechanisms that drive tumor growth and inhibit anti-tumor immunity; finally, they use new-generation adoptive T cell (a type of lymphocyte that plays a central role in cell-mediated immunity) transfers.
Curiel is also a professor at the Health Science Center’s School of Medicine. He has won a separate grant has been selected to participate in an ambitious multimillion-dollar international effort to develop a new drug that could be used to fight an array of cancers.

His current program has three highly integrated and interactive projects, led by four ovarian cancer thought leaders, who will work to identify optimal approaches in these three key areas and means to combine them for maximal clinical effects.
“Our program will allow development of a major grant to test approaches clinically, first in resistant cancers, and later in relapse prevention and as treatment after failure of front-line therapy,” Curiel said.

- Integrated analysis of germline and somatic variants in ovarian cancer

2014-01-22T12:43:00.000+01:00

http://www.nature.com/ncomms/2014/140122/ncomms4156/full/ncomms4156.html
:

Krishna L. Kanchi,

Kimberly J. Johnson,

Charles Lu,

Michael D. McLellan,

Mark D. M. Leiserson,

Michael C. Wendl,

Qunyuan Zhang,

Daniel C. Koboldt,

Mingchao Xie,

Cyriac Kandoth,

Joshua F. McMichael,

Matthew A. Wyczalkowski,

David E. Larson,

Heather K. Schmidt,

Christopher A. Miller,

Robert S. Fulton,

Paul T. Spellman,

Elaine R. Mardis,

Todd E. Druley,

Timothy A. Graubert

et al.

Nature Communications; 5,
Article number:: 3156; doi:10.1038/ncomms4156

Received: 20 September 2013
Accepted: 19 December 2013
Published: 22 January 2014

Abstract

We report the first large-scale exome-wide analysis of the combined germline–somatic landscape in ovarian cancer. Here we analyse germline and somatic alterations in 429 ovarian carcinoma cases and 557 controls. We identify 3,635 high confidence, rare truncation and 22,953 missense variants with predicted functional impact. We find germline truncation variants and large deletions across Fanconi pathway genes in 20% of cases. Enrichment of rare truncations is shown in BRCA1, BRCA2 and PALB2. In addition, we observe germline truncation variants in genes not previously associated with ovarian cancer susceptibility (NF1, MAP3K4, CDKN2B and MLL3). Evidence for loss of heterozygosity was found in 100 and 76% of cases with germline BRCA1 and BRCA2truncations, respectively. Germline–somatic interaction analysis combined with extensive bioinformatics annotation identifies 222 candidate functional germline truncation and missense variants, including two pathogenic BRCA1 and 1 TP53 deleterious variants. Finally, integrated analyses of germline and somatic variants identify significantly altered pathways, including the Fanconi, MAPK and MLL pathways.

Subject terms:

At a glance

Figures

First | 1-4 of 5 | Last

left

Figure 1
Figure 2
Figure 3
Figure 4
Figure 5

right

Genes and Proteins

References

Howlader N.et al. (eds).SEER Cancer Statistics Review 1975–2010 (National Cancer Institute, Bethesda, MD, 2013) http://seer.cancer.gov/csr/1975_2010/ , based on November 2012 SEER data submission, posted to the SEER web site, April 2013.
Weissman, S. M., Weiss, S. M. & Newlin, A. C. Genetic testing by cancer site: ovary. Cancer J. 18, 320–327 (2012).
- PubMed
- Article
Walsh, T. et al. Mutations in 12 genes for inherited ovarian, fallopian tube, and peritoneal carcinoma identified by massively parallel sequencing. Proc. Natl Acad. Sci. USA 108,18032–18037 (2011).
- PubMed
- Article
Cancer Genome Atlas Research Network. Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma.Nature 474, 609–615 (2011).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Dees, N. D. et al. MuSiC: Identifying mutational significance in cancer genomes. Genome Res. 22, 1589–1598 (2012).
- CAS
- PubMed
- Article
Li, H. et al. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics 25,2078–2079 (2009).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Koboldt, D. C. et al. VarScan 2: somatic mutation and copy number alteration discovery in cancer by exome sequencing. Genome Res 22, 568–576 (2012).
- CAS
- PubMed
- Article
McKenna, A. et al. The Genome Analysis Toolkit: a MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing data. Genome Res. 20, 1297–1303 (2010).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Futreal, P. A. et al. A census of human cancer genes. Nat. Rev. Cancer 4, 177–183 (2004).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Gonzalez-Perez, A. & Lopez-Bigas, N. Improving the assessment of the outcome of nonsynonymous SNVs with a consensus deleteriousness score, Condel. Am. J. Hum. Genet.88, 440–449 (2011).
- CAS
- PubMed
- Article
Morgenthaler, S. & Thilly, W. G. A strategy to discover genes that carry multi-allelic or mono-allelic risk for common diseases: a cohort allelic sums test (CAST). Mutat. Res. 615, 28–56(2007).
- CAS
- PubMed
- Article
Kandoth, C. et al. Integrated genomic characterization of endometrial carcinoma. Nature 497,67–73 (2013).
- CAS
- PubMed
- Article
Ding, L. et al. Somatic mutations affect key pathways in lung adenocarcinoma. Nature 455,1069–1075 (2008).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathways. Nature 455, 1061–1068 (2008).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Thompson, E. R. et al. Exome sequencing identifies rare deleterious mutations in DNA repair genes FANCC and BLM as potential breast cancer susceptibility alleles. PLoS Genet. 8,e1002894 (2012).
- CAS
- PubMed
- Article
Thomas, G. et al. A multistage genome-wide association study in breast cancer identifies two new risk alleles at 1p11.2 and 14q24.1 (RAD51L1). Nat. Genet. 41, 579–584 (2009).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Wickramanyake, A. et al. Loss of function germline mutations in RAD51D in women with ovarian carcinoma. Gynecol. Oncol. 127, 552–555 (2012).
- CAS
- PubMed
- Article
Catucci, I. et al. Germline mutations in BRIP1 and PALB2 in Jewish high cancer risk families.Fam. Cancer 11, 483–491 (2012).
- CAS
- PubMed
- Article
Seminog, O. O. & Goldacre, M. J. Risk of benign tumours of nervous system, and of malignant neoplasms, in people with neurofibromatosis: population-based record-linkage study. Br. J. Cancer 108, 193–198 (2013).
- CAS
- PubMed
- Article
Thol, F. et al. Prognostic significance of ASXL1 mutations in patients with myelodysplastic syndromes. J. Clin. Oncol. 29, 2499–2506 (2011).
- CAS
- PubMed
- Article
Carbuccia, N. et al. Mutations of ASXL1 gene in myeloproliferative neoplasms. Leukemia 23,2183–2186 (2009).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Schnittger, S. et al. ASXL1 exon 12 mutations are frequent in AML with intermediate risk karyotype and are independently associated with an adverse outcome. Leukemia 27, 82–91(2013).
- CAS
- PubMed
- Article
Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive molecular characterization of clear cell renal cell carcinoma. Nature 499, 43–49 (2013).
- CAS
- PubMed
- Article
Cancer Genome Atlas Network. Comprehensive molecular portraits of human breast tumours.Nature 490, 61–70 (2012).
- CAS
- PubMed
- Article
Ellis, M. J. et al. Whole-genome analysis informs breast cancer response to aromatase inhibition. Nature 486, 353–360 (2012).
- CAS
- PubMed
Patnaik, M. M. et al. Mayo prognostic model for WHO-defined chronic myelomonocytic leukemia: ASXL1 and spliceosome component mutations and outcomes. Leukemia 27,1504–1510 (2013).
- CAS
- PubMed
- Article
Mian, S. A. et al. Spliceosome mutations exhibit specific associations with epigenetic modifiers and proto-oncogenes mutated in myelodysplastic syndrome. Haematologica 98, 1058–1066(2013).
- CAS
- PubMed
- Article
Metzeler, K. H. et al. TET2 mutations improve the new European LeukemiaNet risk classification of acute myeloid leukemia: a Cancer and Leukemia Group B study. J. Clin. Oncol. 29, 1373–1381 (2011).
- ISI
- PubMed
- Article
Penzel, R. et al. EGFR mutation detection in NSCLC--assessment of diagnostic application and recommendations of the German Panel for Mutation Testing in NSCLC. Virchows Arch.458, 95–98 (2011).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Fearnhead, N. S., Wilding, J. L. & Bodmer, W. F. Genetics of colorectal cancer: hereditary aspects and overview of colorectal tumorigenesis. Br. Med. Bull. 64, 27–43 (2002).
- CAS
- PubMed
- Article
Szabo, C., Masiello, A., Ryan, J. F. & Brody, L. C. The breast cancer information core: database design, structure, and scope. Hum. Mutat. 16, 123–131 (2000).
- CAS
- PubMed
- Article
Easton, D. F. et al. A systematic genetic assessment of 1,433 sequence variants of unknown clinical significance in the BRCA1 and BRCA2 breast cancer-predisposition genes. Am. J. Hum. Genet. 81, 873–883 (2007).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
National Human Genome Research Institute. Breast Cancer Information Core, An Open Access On-Line Breast Cancer Mutation Data Base, Vol 2013.http://research.nhgri.nih.gov/bic/ (accessed 16 May 2013).
Offit, K. et al. Rare variants of ATM and risk for Hodgkin's disease and radiation-associated breast cancers. Clin. Cancer Res. 8, 3813–3819 (2002).
- CAS
- ISI
- PubMed
Hellebrand, H. et al. Germline mutations in the PALB2 gene are population specific and occur with low frequencies in familial breast cancer. Hum. Mutat. 32, E2176–E2188 (2011).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Wang, X. D. et al. Mutations in the hedgehog pathway genes SMO and PTCH1 in human gastric tumors. PLoS One 8, e54415 (2013).
- CAS
- PubMed
- Article
Jozwiak, J., Jozwiak, S., Grzela, T. & Lazarczyk, M. Positive and negative regulation of TSC2 activity and its effects on downstream effectors of the mTOR pathway. Neuromol. Med. 7,287–296 (2005).
- CAS
- Article
Nellist, M. et al. Distinct effects of single amino-acid changes to tuberin on the function of the tuberin–hamartin complex. Eur. J. Hum. Genet. 13, 59–68 (2004).
- CAS
- Article
Rath, M. G. et al. Prevalence of germline TP53 mutations in HER2+ breast cancer patients.Breast Cancer Res. Treat. 139, 193–198 (2013).
- CAS
- PubMed
- Article
Wendl, M. C. et al. PathScan: a tool for discerning mutational significance in groups of putative cancer genes. Bioinformatics 27, 1595–1602 (2011).
- CAS
- PubMed
- Article
Vandin, F., Upfal, E. & Raphael, B. J. De novo discovery of mutated driver pathways in cancer. Genome Res. 22, 375–385 (2012).
- CAS
- PubMed
- Article
Thirman, M. J. et al. Rearrangement of the MLL gene in acute lymphoblastic and acute myeloid leukemias with 11q23 chromosomal translocations. N. Engl. J. Med. 329, 909–914(1993).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Duns, G. et al. Histone methyltransferase gene SETD2 is a novel tumor suppressor gene in clear cell renal cell carcinoma. Cancer Res. 70, 4287–4291 (2010).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Kandoth, C. et al. Mutational landscape and significance across 12 major cancer types.Nature 502, 333–339 (2013).
- CAS
- PubMed
- Article
Barroso, E. et al. FANCD2 associated with sporadic breast cancer risk. Carcinogenesis 27,1930–1937 (2006).
- CAS
- PubMed
- Article
Seminog, O. O. & Goldacre, M. J. Risk of benign tumours of nervous system, and of malignant neoplasms, in people with neurofibromatosis: population-based record-linkage study. Br. J. Cancer 108, 193–198 (2013).
- CAS
- PubMed
- Article
Golmard, L. et al. Germline mutation in the RAD51B gene confers predisposition to breast cancer. BMC Cancer 13, 484 (2013).
- PubMed
- Article
Wickramanyake, A. et al. Loss of function germline mutations in RAD51D in women with ovarian carcinoma. Gynecol. Oncol. 127, 552–555 (2012).
- CAS
- PubMed
- Article
Solyom, S. et al. Screening for large genomic rearrangements in the FANCA gene reveals extensive deletion in a Finnish breast cancer family. Cancer Lett. 302, 113–118 (2011).
- CAS
- PubMed
- Article
Durocher, F. et al. Mutation analysis and characterization of ATR sequence variants in breast cancer cases from high-risk French Canadian breast/ovarian cancer families. BMC Cancer 6,230 (2006).
- CAS
- PubMed
- Article
Pennington, K. P. & Swisher, E. M. Hereditary ovarian cancer: beyond the usual suspects.Gynecol. Oncol. 124, 347–353 (2012).
- CAS
- PubMed
- Article
Rzepecka, I. K. et al. High frequency of allelic loss at the BRCA1 locus in ovarian cancers: clinicopathologic and molecular associations. Cancer Genet. 205, 94–100 (2012).
- CAS
- PubMed
- Article
Easton, D. F. et al. Genome-wide association study identifies novel breast cancer susceptibility loci. Nature 447, 1087–1093 (2007).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Abecasis, G. R. et al. An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes.Nature 491, 56–65 (2012).
- CAS
- PubMed
- Article
Hays, J. et al. The Women's Health Initiative recruitment methods and results. Ann. Epidemiol.13, S18–S77 (2003).
- ISI
- PubMed
- Article
Li, H. & Durbin, R. Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform.Bioinformatics 25, 1754–1760 (2009).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Koboldt, D. C. et al. VarScan 2: Somatic mutation and copy number alteration discovery in cancer by exome sequencing. Genome Res. 22, 568–576 (2012).
- CAS
- PubMed
- Article
McKenna, A. et al. The Genome Analysis Toolkit: a MapReduce framework for analyzing next-generation DNA sequencing data. Genome Res. 20, 1297–1303 (2010).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
McLaren, W. et al. Deriving the consequences of genomic variants with the Ensembl API and SNP Effect Predictor. Bioinformatics 26, 2069–2070 (2010).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Thorvaldsdottir, H., Robinson, J. T. & Mesirov, J. P. Integrative Genomics Viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration. Brief Bioinform. 14, 178–192(2012).
- CAS
- PubMed
- Article
Chen, K. et al. PolyScan: an automatic indel and SNP detection approach to the analysis of human resequencing data. Genome Res. 17, 659–666 (2007).
- CAS
- PubMed
- Article
Nickerson, D. A., Tobe, V. O. & Taylor, S. L. PolyPhred: automating the detection and genotyping of single nucleotide substitutions using fluorescence-based resequencing.Nucleic Acids Res. 25, 2745–2751 (1997).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Ng, P. C. & Henikoff, S. SIFT: Predicting amino acid changes that affect protein function.Nucleic Acids Res. 31, 3812–3814 (2003).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Nakken, S., Alseth, I. & Rognes, T. Computational prediction of the effects of non-synonymous single nucleotide polymorphisms in human DNA repair genes. Neuroscience145, 1273–1279 (2007).
- CAS
- PubMed
- Article
Vandin, F., Upfal, E. & Raphael, B. J. Algorithms for detecting significantly mutated pathways in cancer. J. Comput. Biol. 18, 507–522 (2011).
- CAS
- PubMed
- Article
Adzhubei, I. A. et al. A method and server for predicting damaging missense mutations. Nat. Methods 7, 248–249 (2010).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Fokkema, I. F. et al. LOVD v.2.0: the next generation in gene variant databases. Hum. Mutat.32, 557–563 (2011).
- CAS
- ISI
- PubMed
- Article
Stenson, P. D. et al. The Human Gene Mutation Database: building a comprehensive mutation repository for clinical and molecular genetics, diagnostic testing and personalized genomic medicine. Hum. Genet http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24077912 (2013).

Download references

Author information

These authors contributed equally to this work
- Krishna L. Kanchi,
- Kimberly J. Johnson &
- Charles Lu

Affiliations

The Genome Institute, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA
- Krishna L. Kanchi,
- Kimberly J. Johnson,
- Charles Lu,
- Michael D. McLellan,
- Michael C. Wendl,
- Qunyuan Zhang,
- Daniel C. Koboldt,
- Mingchao Xie,
- Cyriac Kandoth,
- Joshua F. McMichael,
- Matthew A. Wyczalkowski,
- David E. Larson,
- Heather K. Schmidt,
- Christopher A. Miller,
- Robert S. Fulton,
- Elaine R. Mardis,
- Richard K. Wilson &
- Li Ding
Brown School, Washington University, St. Louis, Missouri 63130, USA
- Kimberly J. Johnson
Oregon Health and Science University, Portland, Oregon 97239, USA
- Kimberly J. Johnson &
- Paul T. Spellman
Department of Computer Science, Brown University, Providence, Rhode Island 02912, USA
- Mark D. M. Leiserson &
- Benjamin J. Raphael
Department of Genetics, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA
- Michael C. Wendl,
- Qunyuan Zhang,
- David E. Larson,
- Robert S. Fulton,
- Elaine R. Mardis,
- Todd E. Druley,
- Richard K. Wilson &
- Li Ding
Department of Mathematics, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA
- Michael C. Wendl
Siteman Cancer Center, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA
- Elaine R. Mardis,
- Timothy A. Graubert,
- Richard K. Wilson &
- Li Ding
Department of Pediatrics, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA
- Todd E. Druley
Department of Medicine, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA
- Timothy A. Graubert &
- Li Ding
The Ohio State University Comprehensive Cancer Center, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210, USA
- Paul J. Goodfellow

Contributions

L.D. and R.K.W. jointly supervised research. L.D., K.L.K., K.J.J., C.L., M.D.M., M.D.M.L., C.K., M.A.W., J.F.M., D.C.K., C.A.M., P.T.S. and B.J.R. analysed the data. M.C.W. and Q.Z. performed statistical analysis. K.L.K., C.L., J.F.M., M.D.M., M.A.W. and L.D. prepared figures and tables. R.S.F. performed experiments. E.R.M. and D.E.L. contributed analysis tools. L.D., K.J.J., T.A.G., P.J.G., T.E.D. and B.J.R conceived and designed the experiments. L.D. and K.J.J. wrote the manuscript. K.L.K., K.J.J., C.L. and M.D.M. contributed equally but due to restrictions on the number of first authors only K.L.K., K.J.J. and C.L. are denoted as such.

Competing financial interests

The authors declare no competing financial interests.

Corresponding author

Correspondence to:

Li Ding

Supplementary information

PDF files

Supplementary Figures and Tables (660 KB)

Supplementary Figures S1-S5 and Supplementary Tables S1-S5

Excel files

Supplementary Data 1 (39 KB)

Clinical Information For 557 WHI Cases
Supplementary Data 2 (21 KB)

429 TCGA Ovarian Cases Data Types and Clinical Information
Supplementary Data 3 (3,642 KB)

Somatic Mutations in 429 TCGA Ovarian cases
Supplementary Data 4 (466 KB)

All 3,635 high confidence, rare (<1% population variant allele frequency) germline truncations including 115 validated germline truncations in cancer
Supplementary Data 5 (9 KB)

Validated Truncation Variants in Cancer Genes
Supplementary Data 6 (2,691 KB)

All 22,953 missense variants (<1% population variant allele frequency), predicted to be functional by Condel in 387 Caucasians
Supplementary Data 7 (575 KB)

All truncation variants (<1% population variant allele frequency), in 557 Caucasians
Supplementary Data 8 (2,434 KB)

All 30335 missense variants (<1% population variant allele frequency), predicted to be functional by Condel in 557 Caucasians
Supplementary Data 9 (331 KB)

Burden Analysis results for the Missense variants
Supplementary Data 10 (16 KB)

Burden Analysis Results for the Missense and Truncation Variants in Cancer Genes
Supplementary Data 11 (13 KB)

Germline truncation and missense within close proximity (5 amino acid) to COSMIC/OMIM variants
Supplementary Data 12 (67 KB)

Germline truncations display LOH in corresponding tumor
Supplementary Data 13 (14 KB)

Germline missense variants in cancer genes display LOH in corresponding tumor
Supplementary Data 14 (21 KB)

High confidence, functional truncation and missense variants identified by integrated approaches
Supplementary Data 15 (21 KB)

Significant pathways identified by PathScan using germline truncations and somatic mutations
Supplementary Data 16 (8 KB)

Four significant subnetworks identified by HotNet using germline truncations and somatic mutations (P = 0.17)
Supplementary Data 17 (17 KB)

672 cancer genes
Supplementary Data 18 (36 KB)

Validated Missense Variants using 11 Whole Genome Sequencing BAMs
Supplementary Data 19 (12 KB)

Primers for TCGA Germline Validation using 3730 sequencing platform
Supplementary Data 20 (49 KB)

Primers for TCGA Germline Validation using miseq

- Proefschrift Marie Braem: Hoe eierstokkanker ontstaat

2014-01-07T10:30:00.000+01:00

In haar proefschrift zocht Marie Braem onder meer naar leefstijl-gerelateerde en genetische risicofactoren voor eierstokkanker. Zij toont een beschermend effect aan van zwangerschappen, pilgebruik, het verwijderen van de baarmoeder en een jongere leeftijd bij de overgang.
Het risico op eierstokkanker blijkt hoger bij vrouwen met een langere menstruele levensduur en bij vrouwen die meer dan drie miskramen hebben gehad. De resultaten van het proefschrift laten zien dat eierstokkanker wordt beïnvloed door een zeer complex samenspel van leefstijl en genetische variatie.

Datum en tijd:	7/1/2014 10:30
Locatie:	Academiegebouw, Domplein 29, Utrecht

Promovendus:	Marie Braem
Faculteit:	Faculteit Geneeskunde
Proefschrift:	Ovarian Cancer: The Interplay of Lifestyle and Genes
Promotor 1:	Prof. dr. Petra Peeters
Copromotor 1:	Dr. Charlotte Onland-Moret
Copromotor 2:	Dr. Leo Schouten

- Recurrent ovarian cancers respond to cancer vaccine after 'reprogramming' with decitabine

2014-01-03T21:34:00.000+01:00

http://medicalxpress.com/news/2014-01-recurrent-ovarian-cancers-cancer-vaccine.html :

Treatment with the drug decitabine prior to administration of chemotherapy and a cancer vaccine yielded clinical benefit for women with recurrent ovarian cancer, suggesting that this combinatorial chemoimmunotherapy may provide a new treatment option for patients with this disease, according to a study published in Cancer Immunology Research, a journal of the American Association for Cancer Research.

A prerequisite for a patient's immune system to recognize and attack his or her tumor is the presence of high levels of a protein not normally found in the patient's healthy cells. Proteins with this profile are called tumor antigens and can be good targets for anticancer vaccines.
"NY-ESO-1 is one of the few tumor antigens that have restricted expression in normal tissues but become aberrantly expressed in epithelial ovarian cancers and other solid tumors, so we focused on this antigen as the lead candidate for development of cancerimmunotherapy," said Kunle Odunsi, M.D., Ph.D., principal investigator of the study, the M. Steven Piver professor and chair of the Department of Gynecologic Oncology, and director of the Center for Immunotherapy at Roswell Park Cancer Institute in Buffalo, N.Y. "However, we observed that this antigen is not uniformly expressed by epithelial ovarian cancers, so our goal was to force the expression of NY-ESO-1 on ovarian cancer cells in order to allow the immune system to recognize and attack them.
"Expression of NY-ESO-1 is regulated by an epigenetic process called DNA methylation. Therefore, we tested the hypothesis that epigenetic reprogramming of NY-ESO-1 using the demethylating agent decitabine will augment vaccine-induced immunity," he added. "Although clinical results were not a focus of this phase I trial, we saw evidence of clinical benefit in up to 60 percent of the patients with chemotherapy-resistant tumors. The combination of a demethylating agent, chemotherapy, and cancer vaccine may have enabled this remarkable effect."
Odunsi and colleagues conducted a phase I dose-escalation trial of decitabine, to which they recruited 12 women with epithelial ovarian cancer that had not responded to multiple lines of chemotherapy, with an estimated progression-free survival time of three months. All patients received decitabine on day one, the chemotherapy drug doxorubicin on day eight, and the cancer vaccine (NY-ESO-1 protein with Montanide and GM-CSF) on day 15.
In preclinical analysis reported as part of this study, the investigators established the best sequence of drug administration: decitabine was effective only when administered before chemotherapy, and it was ineffective if given after chemotherapy; vaccine administration was the last step.The clinical trial participants were randomly assigned to receive a low, middle, or high dose of decitabine.

Of the 10 patients evaluable for clinical response, five had stable disease for up to 7.8 months, and one had a partial response with disease remission that lasted 5.8 months. All patients from the low- and middle-dose cohorts of decitabine showed clinical benefit, whereas one-third of the patients who received the high dose showed benefit. These data suggest that lower doses of decitabine are associated with improved clinical response using this regimen. The treatment was well tolerated, and adverse events included hematologic side effects that were clinically manageable, according to Odunsi.

"One of the most remarkable results in terms of immune responses was that we were able to evoke what we call 'antigen spreading,'" he said. "Although we immunized against a single target [NY-ES0-1], we analyzed and found that we were able to induce immune responses against three other antigens, against which we did not immunize.

"We propose that patients should actively seek these kinds of combination therapies. Even though the majority of these types of therapies are experimental at this point, there is enough scientific and clinical evidence to indicate that they are likely to be beneficial," Odunsi added.

To this end, Odunsi and Adam R. Karpf, Ph.D., a co-principal investigator of the study and associate professor at the Eppley Institute and member of the Fred and Pamela Buffett Cancer Center in the University of Nebraska Medical Center in Omaha, are currently planning a phase II trial at Roswell Park Cancer Institute and the Fred and Pamela Buffett Cancer Center to test whether this treatment approach lengthens progression-free survival in patients with ovarian cancer.

This study was funded by the Ovarian Cancer Research Fund, the Roswell Park Alliance Foundation, a Cancer Vaccine Collaborative Grant, the Anna Maria Kellen Clinical Investigator Award, the National Cancer Institute, and Eisai Pharmaceuticals. Odunsi has declared no conflicts of interest.

EROP OF ERONDER: SURVIVAL OF THE FITTEST

- Olijf verdient ook jouw steun

- ''Het geeft mij vleugels..."

- Lancering nieuwe campagne Stichting Olijf

- Curriculum Illusione

- Team Nassauplein steunt KWF kankeronderzoek. Doneer(t) u/jij ook?

- Wereld eierstokkanker dag (...)

- Oproep aan vrouwen met gynaecologische kanker

- Interview met Suzanne Bosman over mijn ervaringen met wietolie

- Generic heart medication shown to prolong ovarian cancer patients’ survival

- Stand van zaken: tweede recidief bevestigd

- Nieuwsbericht: Protein in Ovarian Cancers Deactivates Immune System Response

- 4 jaar geleden...

- Leven in zalige onwetendheid

- Stand van zaken

- Stand van zaken

- Stand van zaken

- Stand van zaken

- Kanker eerder ontdekt met nanovloeistof Radboudumc

Acht millimeter

Andere kankersoorten

- BCM Researcher Finds Disagreement between miRNA Tools Used to Predict Ovarian Cancer Survival

- Stand van zaken

- UT Health Science Center San Antonio Researcher Receives Grant to Fight Ovarian Cancer

http://bionews-tx.com/news/2014/01/27/ut-health-science-center-san-antonio-researcher-receives-grant-to-fight-ovarian-cancer/

- Integrated analysis of germline and somatic variants in ovarian cancer

Abstract

Subject terms:

At a glance

Figures

Genes and Proteins

READ THE FULL ARTICLE

Additional access options:

References

Author information

Primary authors

These authors contributed equally to this work

Affiliations

The Genome Institute, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA

Brown School, Washington University, St. Louis, Missouri 63130, USA

Oregon Health and Science University, Portland, Oregon 97239, USA

Department of Computer Science, Brown University, Providence, Rhode Island 02912, USA

Department of Genetics, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA

Department of Mathematics, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA

Siteman Cancer Center, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA

Department of Pediatrics, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA

Department of Medicine, Washington University, St. Louis, Missouri 63108, USA

The Ohio State University Comprehensive Cancer Center, The Ohio State University, Columbus, Ohio 43210, USA

Contributions

Competing financial interests

Corresponding author

Supplementary information

PDF files

Excel files

- Proefschrift Marie Braem: Hoe eierstokkanker ontstaat

- Recurrent ovarian cancers respond to cancer vaccine after 'reprogramming' with decitabine