FAIJAL CHEMISTRY

ChemDoodle

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Tue, 14 Sep 2010 08:24:00 -0700

ChemDoodle adalah software yang digunakan untuk menggambar struktur kimia baik dalam bentuk 2D atau 3D, sehingga teman-teman dapat memahami struktur senyawa kimia menurut teori. Software ini juga menyediakan tool-tool yang yang mudah digunakan seperti ikatan, berbagai macam bentuk cincin, orbital, spektra, grafik, tabel periodik dan masih banyak tool-tool yang lain yang memudahkan kita untuk menggunakannya. Software ini hampir mirip dengan software ChemSketch dan ChemOffice. Software ini bisa dijalankan di sistem Windows, Linux, OSX dan didukung oleh program Java.

Bagi teman-teman yang berminat untuk memiliki software ini untuk menyelesaikan tugas dari guru maupun dari dosen silakan di download disini. Untuk melakukan penginstalan software ini membutuhkan program Java sebagai software pendukung. Program Java dapat di download disini. Tutorial software ChemDoodle dapat di downlaod di youtube.

Pesan: Prof. Effendy, Ph.D

Bagian terindah dalam mempelajari ilmu kimia adalah saat kita bisa mengamalkannya secara ikhlas, salah satu ilmu yang dapat mendekatkan kita dengan pencipta adalah ilmu kimia, asalkan kita dapat memahami dan mengamalkannya secara ikhlas. Jadikan ilmu kimia sebagai pelita dalam menggapai keridhaan ALLAH SWT. Kesabaran keuletan dan ketelitian merupakan modal utama dalam mempelajari ilmu kimia, disamping kecintaan, semoga kecintaan pada ilmu kimia dapat mengkatalis kecintaan pada ALLAH SWT. Saat paling indah dalam belajar kimia adalah ketika dapat memahami dan mengamalkannya secara ikhlas, semoga kesulitan dalam mempelajari ilmu kimia mempermudah dalam mencapai ridho ALLAH SWT.

CHEMSKETCH

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Mon, 12 Jul 2010 09:50:00 -0700

ChemSketch adalah software yang digunakan untuk mengambar dan memodelkan struktur kimia seperti software ChemOffice. Software ChemSketch dapat mengambar struktur kimia dalam bentuk 2D dan 3D. Software ini sangat mudah digunakan, hanya dengan mengklik dan mendrag tool-tool yang tersedia untuk mengambar struktur yang diinginkan. Program ini juga menyediakan struktur asam amino, alkaloid, karbohidrat, asam nukleat, DNA/RNA, lab kit (semua peralatan kimia berupa gelas), orbital, senyawa phospor, steroid, terpen, dll. Software ini juga menyediakan pengambaran kurva dan grafik. ChemSketch dikeluarkan oleh ACD/labs.com yang didownload secara gratis (freeware), bagi teman-teman yang suka, yang gratis-gratis silakan download software ini disini.., dijamin ngga bakal nyesal ???

Bagian terindah dalam mempelajari ilmu kimia adalah saat kita bisa mengamalkannya secara ikhlas, salah satu ilmu yang dapat mendekatkan kita dengan pencipta adalah ilmu kimia, asalkan kita dapat memahami dan mengamalkannya secara ikhlas.

Menggambar Struktur Kristal dengan Perangkat Lunak Ball & Stick (BS)

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Thu, 1 Jul 2010 07:46:00 -0700

Balls & Sticks (BS) adalah perangkat lunak gratis untuk menggambarkan struktur kimia, terutama kristal, dalam 3D dan dapat menghasilkan gambar bitmap yang dapat disalin ke clipboard dan ditempelkan (paste) pada dokumen pengolah kata seperti Microsoft Word. Versi terbaru perangkat lunak BS (bsxxxx.zip)* dapat di-download di sini dan diinstal dengan sederhana, yakni dengan melakukan hal-hal berikut:

Membuat directory khusus 'BS'
Melakukan Uncompress bsxxxx.zip dan menempatkan file-file hasilnya (bs.exe; bs.sis; spgr.dat;dll) ke directory 'BS'

Untuk menjalankan program BS, seperti halnya program lain, cukup dengan cara mengklik dua kali ikon bs.exe. Kalau teman-teman pingin lebih banyak tau tentang software ini saya anjurkan baca buku Padatan Oksida Logam (Struktur, Sintesis, dan sifat-sifatnya) karangan Ismunandar penerbit ITB.

Chemical, Toxicity and Risk

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Wed, 30 Jun 2010 09:06:00 -0700

Life is not risk-free. We all take many risks everyday, often without even thinking about it. We may decide to ride a motorbike rather than a "microlet", even though possibility to get accident on a motorbike is greater than that on a microlet. Some people decide to smoke cigarettes, even though they know that smoking has killed many people. Many people like eating "cilok" even though they might know that cilok contains sauce colored with red coloring agent usually used to color textile, and potentially dangereous monosodium glutamate (MSG) as flavor enhancer. Many reports indicate that our food often contains pesticides and dangerous additive. Newspapers often report that our lands is polluted by toxic waste dumps and some medicines are unsafe. How bad are the risks from chemicals, and how are the risks evaluated ?

it is important to realize that everything, including our body, is made of chemicals. There is no chemical free food, cosmetic, cleanser, or anything else. In addition, there is no meaningful difference between "natural" substance and "synthetic" one. A chemical is a chemical, whether it is natural or synthetic. Many naturally occurding substances such as strychnine and morphine are very toxic, and many synthetic substances such as polyethylene and glass are harmless.

Risk evaluation of chemicals is carried out by exposing test animals, usually mice, to a chemical and then monitored for signs of harm. To reduce the time and the expense required for testing. the amount of chemicals administered is hundred or thousand of times larger than those people might normally encounter. The acute chemical toxicity observed in animal tests is reported as an LD50 value, the amount of a chemical per kilogram of body weight that is a lethal dose for 50% of the animal tests.

The risk of human exposure to a given chemical is still not easy to assess even though the LD50 value of it has been obtained in test animals. All chemicals are toxic to some organisms to some extent, and the difference between medicine and toxin is often a matter of quantity. Vitamin A, for example, is necessary for vision, yet it might cause cancer at high doses. Arsenic trioxide is very poisonous. However, recent research has shown that it to be effective at inducing remissions is some types of leukemia.

Award Pertama Dari Sahabat

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Fri, 25 Jun 2010 09:57:00 -0700

Kerja keras akhirnya menunai hasilnya juga, dengan mendapatkan award dari seorang sahabat lepembusu13, kata-kata para blogger sih, kalau blog ngga ada award, bagaikan sayur tanpa garam. Atas penghargaan award yang telah diberikan saya ucapkan terimah kasih, rasa senang nie ta bagikan dengan kawan-kawan para blog, maka saya akan membagikan lagi penghargaan blog award kepada 10 orang berikut ini:

1. muzzymusthofa
2. tugala
3. gudangrusak
4. ichsandi
5. downloadgratis34
6. sweetcrazystudent
7. denchiel78
8. sasaciq
9. ilmupengetahuanterbaru
10. alkatro

Aturan Main:
Bagi siapa saja yang mendapatkan penghargaan blog award ini (antara lain yg tersebut di atas) diharuskan untuk kembali membagikan penghargaan blog award yg telah diterima kepada 10 blogger anggota atau teman masing-masing. Selanjutnya si penerima penghargaan blog award harus meletakkan link-link berikut ini di dalam blog atau artikel masing-masing.

1. Dholpin's Blog
2. Kumpulan PTC
3. Loudy Blog
4. All Information For Us
5. Sumber Informasi
6. Coret-coretan di Blog
7. Teka-teki Informatika
8. Ahmil's Blog
9. lepembusu13
10. faijal chemistry

Sebelum meletakkan link-link di atas, hapus terlebih dahulu peserta nomor 1 dari daftar. Sehingga semua peserta naik 1 level. Peserta nomor 2 menjadi nomor 1, nomor 3 jadi 2, dst. Kemudian masukkan link Anda sendiri di bagian paling bawah (nomor 10). Tapi ingat...!!!, kalian semua harus adil dalam menjalankannya. Jika tiap penerima award mampu memberikan award ini kepada 5 orang saja dan mereka semua mengerjakannya , maka jumlah backlink yang akan didapat adalah:

Ketika posisi kamu 10, jumlah backlink = 1
Posisi 9, jumlah backlink = 5
Posisi 8, jumlah backlink = 25
Posisi 7, jumlah backlink = 125
Posisi 6, jumlah backlink = 625
Posisi 5, jumlah backlink = 3,125
Posisi 4, jumlah backlink = 15,625
Posisi 3, jumlah backlink = 78,125
Posisi 2, jumlah backlink = 390,625
Posisi 1, jumlah backlink = 1,953,125

Dan semuanya menggunakan kata kunci yang sObat inginkan. Dari sisi SEO (Search Engine Optimation) sobat sudah mendapatkan 1,953,125 backlink dan keuntungannya, blog sobat akan mendapatkan traffic tambahan, apalagi jika ada yang meng-klik link ke blog sobat. Jadi, jangan sia-siakan award ini ya sobat!

TABACCO SMOKE

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Tue, 22 Jun 2010 02:18:00 -0700

Lung cancer kills many people in the world. The leading cause of lung cancer is tobacco smoke. The second leading cause is radon, a naturally occuring radioactive gas. Radon is relatively harmless gas. The danger arises when radon decays to produce polonium. if this happen in your lung, you risk of lung cancer increases. The combination of radon and tobacco smoking is more deadly than radon gas alone. it is up to 15 times more deadly. Radon is transformed ito polonium by a nuclear reaction. The polonium particles formed attach themselves to surfaces such as well cloth and furniture. When there is tobacco smoke in the air, much of polonium is attracted to the particles of smoke. Cigarette smoke may remain in the air inside a building for a long time. A single cigarette burned in a room increases the concentration of polonium in the air by 25%, after about five hours. This concentration remains constant for about nine hours before trailling off. Burning 20 cigarettes for a 24-hour period increases the concentration of polonium in the air up to 300%. Breathing this air result in risk of radon induced lung cancer 15 times greater than breathing smoke free air with the same concentration of radon. The combination of radon with tobacco smoke affects everyone who spends time in such a building. This is one of the reasons for the prohibitions of smoking in public buildings and in public transports in developed countries.

ChemOffice

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Fri, 18 Jun 2010 03:27:00 -0700

ChemDraw pro versi 8.0 merupakan salah satu program aplikasi dari Chem Office, untuk menggambar struktur 2D dalam bidang ilmu kimia, terutama kimia organik, biokimia, dan polimer. Software ini dapat membantu anda dalam menggambar struktur kimia dengan berbagai fasilitasnya, hanya dengan mengkliknya, tool tersebut akan bekerja untuk anda.

Tool-tool dalam ChemDraw mewakili berbagai macam bentuk ikatan yang dapat anda susun menjadi struktur kimia sehingga tidaklah sulit bagi anda untuk menggambarkan struktur yang kompleks sekalipun, bahkan juga dalam berbagai bentuk konformasi dan dalam bentuk proyeksi.

Struktur-struktur tertentu yang telah umum dapat digambar secara langsung dengan mengklik tool, seperti struktur cincin benzena, siklopentana, sikloheksana dan senyawa siklis yang lain. Tool dalam ChemDraw juga menyajikan gambar struktur untuk asam amino, DNA, dan RNA yang terdapat dalam template, anda tinggal klik, membawanya ke layar, drag, maka jadilah gambar struktur anda.

ChemDraw merupakan program aplikasi untuk menggambar yang di lengkapi dengan tool-tool sehingga pengguna dapat dengan mudah membuat gambar yang diinginkannya hanya dengan mengklik tool-tool tersebut, dengan ChemDraw anda tidak akan mengalami kesulitan di dalam membuat struktur kimia. Hal ini tentu sangat membantu anda dalam menulis skripsi, thesis, karya ilmiah, ataupun jurnal, bahkan anda juga dapat mengkomunikasikan struktur yang anda miliki ke dunia web jika komputer anda di lengkapi dengan program aplikasi ChemOffice yang lain. Gambar yang telah anda buat juga dapat dengan mudah dicetak atau dibawah ke dalam program aplikasi lain seperti Ms. Word.

ChemDraw juga dapat menganalisis struktur kimia yang telah kita gambar dengan menggunakan Analys Struktur pada menu Structure, di sini anda dapat mengetahui sifat-sifat fisik struktur tersebut, misalnya, titik didih, titik leleh, berat molekul, temperatur, tekanan, dll.

Molecular Models

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Thu, 17 Jun 2010 16:58:00 -0700

Molecular models are often used to help explain the shape of molecules. In using the model we should remember that a model cannot represent fully the thing modeled, and it may ever mislead us if we imagine that the thing modeled must behave as predicted with model. Therefore we should know advantages and disadvantages of each model. There are many molecular models available. There of them are ball and stick, space filling and Dreiding models.

Ball and Stick or Tinkertoy Model

In this model atoms are represented as balls with certain colours. For examples: carbon is black, hydrogen is grey, nitrogen is blue, oxygen is red, and sulfur is yellow. The bond between two atoms is representend as a stick. Single bond is represented as a single stick. There are three advantages of this model. First, this model provides good three dimensional representational of molecules. Second, the number of bonds to each atom is correctly shown. Third, the bond lengths and bond angles are also correctly shown if the model is carefully made. The main disadvantage of this model is indicated with no overlap of electron clouds of the atoms forming the covalent bond. This may give an unfortunate idea of the "openness" of a molecule.

Space Filling Model

The basic units of this model are wooden spheres with certain colours from which parts have been cut of. When they are fitted together, they roughly represent covalent redii of the atom. The scale of the actual model is 1.00 cm = 1.00 Amstrong. The assembled model provides good three-dimensional representational of molecules and shows rather well bond angles and the relative sizes of the atoms forming covalent bonding compare to the ball and stick model. However, the number and the types of bonds to each atom is not shown.

Dreiding Model

This model is constructed of metal rod and tube joined together at a point that represent an atomic nuclei. The scale of this model is 1.00 cm = 0.40 Amstrong. This model provides good three-dimensional representation of molecules and shows quite precise relative size of bond lengths and bond angles in the molecules. There are two disadvantages of Dreiding Model. First, this model does not shown the three dimensional nature of atoms. Second, multiple bond is not represented. However, Dreiding model is often the favorite of research chemists because they represent so precisely the geometric relationship in molecules. So which type of model best represents the "true" structure of molecules? No model can exhibit all the characteristic of molecules. The remarkable fact is that molecular models have been so successfully used by chemists as they think about unseen and unseeable tiny molecules that make up all matter.

Mendaur Ulang Plastik

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Thu, 17 Jun 2010 16:22:00 -0700

Plastik pada dasarnya mempunyai waktu terurai yang tidak terbatas, tidak ada di alam ini yang dapat memusnakannya. Jika kamu mengubur piring plastik, mangkuk styrofoam dan kemudian menggalinya sepuluh tahun kemudian, tetap tidak akan ada perubahannya, bahkan menggalinya seratus tahun kemudian dan hasilnya akan tetap sama. Sampah yang mengandung plastik akan tetap ada bersama kita dalam waktu yang lama.

Beberapa plastik dapat dibakar sebagai bahan bakar karena mempunyai kandungan panas tinggi, namun plastik sering menghasilkan gas beracun atau korosif. Masarakat dapat mengurangi ketergantungannya terhadap plastik sampai pada tingkat tertentu. Penggunaan kotak hamburger dari kardus dan bahan pengepakan barang kiriman dari selulosa bukan dari styrofoam membantu, tetapi jawaban terbaik sampai saat ini adalah proses daur ulang.

Polimer termoplastik dapat dilelehkan dan dibentuk ulang, tetapi untuk melakukan ini, plastik harus dipisahkan menjadi berbagai komponennya. Sebagian besar wadah plastik mempunyai simbol di bagian bawahnya yang menunjukan jenis plastik apakah yang digunakan untuk membuat wadah tersebut. Para pendaur ulang dapat menggunakan simbol ini untuk memisahkan plastik menjadi berbagai kategori untuk memudahkan daur ulang.

Botol PET dan botol susu HDPE mungkin merupakan plastik yang paling sering di daur ulang, tetapi masalah utamanya bukan pada kimia yang terlibat pada proses daur ulang. Masalah utamanya adalah mendorong setiap orang, keluarga, dan dunia usaha untuk mendaur ulang dan mengembangkan suatu cara yang mudah untuk mengumpulkan dan mengelompokkan plastik untuk didaur ulang. Polimer ini terlalu berharga sebagai sumber yang hanya dipendam di tempat pembuangan sampah.

Mobile Molecular DataSheet Demo, Part 1

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Tue, 18 May 2010 21:12:00 -0700

SITUS KIMIA POPULER

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Tue, 11 May 2010 12:43:00 -0700

DOWNLOAD SOFTWARE KIMIA KOMPUTASI GRATIS

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Sun, 9 May 2010 14:36:00 -0700

Chimera homepage

Chimera manual

Manual page for "swapna"

Changing face of Medline

Dr.joaguin barroso's blog kimia komputasi

Dr.Barry Honig’s web site (Columbia University great images of biomolecules)

NIH Center for Molecular Modeling

PDB DATEBASE

Searching our WebCite Literature Database

MacMolPlt

Gabedit

Ccp1gui

For using wxmacmolplt with pcgamess/firefly there is a short tutorial

blog David Watson computational chemistry

Try Gabedit

GAMESS website

Chemcraft

Molecular Materials Informatics software kimia komputasi untuk hp (BlackBerry)

UCSF Chimera

Schrödinger Products

LigandScout advanced structure-based pharmacophore modeling

Google Directory Science Chemistry>Software Physicaland Theoretical

Molsoft L.L.C.: Download Molsoft Free Products

Computational Science Software

Open Directory Science Chemistry Software Physical and Theoretical

FSF France Free Software for Chemistry

Linux4Chemistry

Software-Files-l.Cnet.Com

Accelrys 1

Download.Accelrys

Molegro Molecular Viewer Product

worldofteaching Free Chemistry Powerpoint

Guru Kimia: SOFTWARE KIMIA GRATIS

Download & Installation Modeller

Using QM, Spartan Model Calculates Energies

Sains Komputasi Computational Science

Q-Chem

NIC-Serie: Publikationsreihe des John von Neumann-Instituts für Computing

NetSci: MM/MD Modeling Software Lists

List of Software for Quantum Mechanics

Download Chemistry sorted by last update descending Softpedia

QCLDB2

NAMD - Scalable Molecular Dynamics

Hyperchem For Linux

Blog Kimia Komputasi Dosen

Hyperchem

Software2 Kimia Komputasi

DOWNLOAD MATERI DAN BUKU KIMIA KOMPUTASI

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Sat, 1 May 2010 05:13:00 -0700

Hubungan struktur dan sifat

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Mon, 26 Apr 2010 17:03:00 -0700

Hubungan struktur dan sifat adalah pendifinisian empiris kualitatif atau kuantitatif antara struktur molekul dengan sifat yang teramati, dalam beberapa kasus, ini merupakan duplikat dari hasil mekanika statistika.

Hubungan struktur dan sifat yang dikaji belakangan ini selalu merupakan hubungan matematika secara kuantitatif. Hubungan sering sekali diturunkan dengan menggunakan perangkat lunak fitting kurva untuk mendapatkan kombinasi linear sifat-sifat molekular, yang dapat memprediksi sifat-sifat yang dimaksud. Sifat molekular biasanya didapatkan dari perhitungan model molekular. Penggambaran molekular yang lain seperti massa molekul atau gambaran topologi juga digunakan.

Jika sifat digambarkan sebagai sifat fisika, seperti titik didih, hal ini dikenal dengan hubungan struktur dan sifat secara kuantitatif Quantitative Structure-Property Relationship QSPR, jika sifat digambarkan sebagai aktivitas biologi misalnya aktivitas obat- maka dikenal sebagai hubungan kuantitatif antara struktur dan aktivitas Quantitative Structure-Activity Relationship, QSAR.

Salah satu penerapan kimia komputasi dalam bidang farmasi adalah pada desain obat. Desain obat adalah proses interasi yang dimulai dengan penentuan senyawa yang menunjukan sifat biologi yang penting dan diakhiri dengan langkah optimasi, baik dari profil aktivitas maupun sintesis senyawa kimia. Tanpa pengetahuan yang lengkap tentang proses biokimia yang bertanggung jawab terhadap aktivitas biologis, hipotesis desain obat pada umumnya didasarkan pada pengujian kemiripan struktural dan pembedaan antara molekul aktif dan tak aktif. Kombinasi antara strategi untuk mensintesis dan uji aktivitasnya dapat menjadi sangat rumit dan memerlukan waktu yang lama untuk sampel pada pemanfaatan obat, untuk itu dikembangkan pendekatan teoritis yang dapat menghitung secara kuantitatif tentang hubungan antara aktivitas biologis terhadap perubahan struktur senyawa yang dikenal dengan istilah QSAR. Perkembangan lanjut dari QSAR adalah QSAR tiga dimensi, CoMFA Comparative Molecular Field Analysis, dalam metode CoMFA, efek sterik, elektrostatik, luas permukaan dari molekul dihubungkan pada deskripsi molekular spesifik (substituen).

Refrensi : Harno D Pranowo

Ruang Lingkup Kimia Komputasi

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Mon, 26 Apr 2010 15:59:00 -0700

Ruang lingkup kimia komputasi mencakup berbagai bidang antara lain:

a. Dinamika Molekuler

Dinamika molekuler mengandung pengujian terhadap perilaku molekul atau sistem kimia sebagai fungsi waktu, seperti geraka vibrasional atau gerakan Brownian, hal ini sering dikerjakan dengan penjelasan mekanika klasik yang hampir sama dengan perhitungan mekanika molekular.

Penerapan dinamika molekular pada sistem pelarut/zat terlarut memungkinkan dilakukannya perhitungan sifat sistem seperti koefisien difusi atau fungsi distribusi radial untuk digunakan dalam perhitungan mekanika statistik. Pada umumnya skema perhitungan pelarut/zat terlarut dimulai dengan sistem yang terdiri dari sejumlah molekul dengan posisi dan kecepatan awal. Energi dari posisi yang baru dihitung relati terhadap posisi sebelumnya untuk perubahan waktu yang kecil dan proses ini berinterasi salam ribuan langkah sedemikian hingga sistem dapat dianalisis dengan cara pengambilan sampel dari sistem yang telah mencapai keseimbangan.

Dalam rangka menganalisis vibrasi molekul tunggal data energi ditransformasikan secara Fourir ke dalam domain frekuensi. Puncak vibrasi yang diberikan dapat dipilih dan ditransformasikan ke dalam domain waktu, sehingga dapat dilihat gerakan apa yang menyebabkan frekuensi vibarasi tersebut.

Metode dinamika molekular merupakan metode simulasi yang sangat berguna dalam mempelajari sistem molekular seperti molekul organik dalam larutan dan senyawa makromolekul dalam proses metabolisme. Metode ini memungkinkan penggambaran struktur, sifat termodinamika dan sifat dinamis dari sistem pada fasa terkondensasi. Bagian pokok dari metodologi simulasi adalah tersedianya fungsi energi potensial yang akurat untuk memodelkan sifat dari sistem yang dikaji. Fungsi energi potensial dapat disusun melalui metode mekanika kuantum Quantum mechanic, QM atau mekanika molekular Molecular Mechanic, MM. Permasalahan yang muncul adalah QM hanya dapat digunakan untuk sistem sederhana dengan beberapa puluh satuan massa mengingat bahwa perhitungan QM memerlukan waktu yang lama sedangkan metode MM tidak cukup teliti, untuk mengatasi permasalahan ini, dikembangkan suatu metode hibridisasi yang dikenal dengan nama QM/MM, yaitu bagian yang penting dari sistem yang dikaji dihitung dengan metode QM, sedangkan bagian sistem yang tidak harus dijelaskan secara detail dihitung dengan metode MM. Metode QM/MM banyak digunakan dalam simulasi reaksi katalitik enzimatik. Proses kimia dalam larutan dan docking suatu protein dalam reseptor.

b. Mekanika Statistik

Mekanika statistik adalah cara matematika untuk mengekstrapolasi sifat termodinamika dari materi secara keseluruhan (bukti) berpijak pada gambaran molekular dalam tataran metode kertas dan pensil, karena ahli mekanika kuantum belum dapat menyelesaikan persamaan Schroedinger secara eksak hingga sekarang sehingga ahli mekanika statistik tidak mempunyai titik awal untuk mengembangkan metode penyelesaiannya. Perhitungan mekanika statistika sering dilakukan pada akhir perhitungan ab initio terhadap sifat fasa gas. Untuk sifat terkondensasi, sering perhitungan dinamika molekular diperlukan dalam rangka melakukan eksperimen komputasi.

Salah satu metode mekanika statistika yang banyak digunakan dalam kimia komputasi adalah Monte Carlo, dengan metode Monte Carlo, kita dapat mendapatkan gambaran tentang struktur dan energi dalam keseimbangan, tetapi tidak dapat memberikan gambaran dinamika atau sifat yang bergantung pada waktu.

c. Pemodelan keadaan padat

Struktur elektronik dari kristal didefinisikan oleh plot struktur pita bond structure plot, yang memberikan energi dari orbital molekul pada setiap titik dalam ruang, yang dikenal dengan nama daerah Bruillion Bruillion zone. Perhitungan ab initio dan semiempiris menghasilkan energi orbital, sehingga mereka dapat diterapkan pada perhitungan struktur pita, jika perhitungan energi molekul memerlukan waktu yang lama, maka diperlukan waktu yang jauh lebih besar untuk menghitung energi setiap titik dalam daerah Bruillion.

Perhitungan struktur pita telah dilakukan untuk sistem yang sangat komplek, namun demikian perangkat lunak belum cukup secara otomatis dan belum terlampau cepat untuk menyelesaikan kasus-kasus struktur pita.

d. Termodinamika

Termodinamika adalah salah satu dari sekian banyak penjelasan kimia matematis yang telah dibangun, sering kali perlakuan termodinamika didapatkan dengan kerja kertas dan pensil karena banyak aspek kimia dapat dijelaskan secara akurat dengan pernyataan matematika yang sederhana. Perhitungan kimia komputasi akan dapat membantu penyelesaian perhitungan besaran termodinamika, terutama akan sangat berguna jika kita berhadapan dengan molekul-molekul besar.

Refrensi: Harno D Pranowo

Qsar Properties

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Sun, 25 Apr 2010 11:45:00 -0700

hyperchem.avi

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Sun, 25 Apr 2010 11:40:00 -0700

Lab Report: Rosie Coates, oxidation states

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Sun, 25 Apr 2010 11:19:00 -0700

Optimasi Struktur Molekul

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Sat, 24 Apr 2010 04:39:00 -0700

HyperChem mengkombinasikan kemampuan optimasi untuk teknik mekanika kuantum dan mekanika molekuler dengan fasilitas manipulasi dan visualisasi struktur. simulasi dinamika molekul dan pengaturan yang sesuai kehendak pengguna, dengan program HyperChem, kita dapat menentukan struktur stabil dengan cara yang mudah.

Penentuan struktur yang stabil dari molekul merupakan langkah perhitungan yang paling umum terjadi pada pemodelan molekul. Energi relatif dari struktur teroptimasi yang berbeda akan menentukan kestabilan konformasi, keseimbangan isomerisasi, panas reaksi, produk reaksi, dan banyak aspek lain dari kimia.

HyperChem mempunyai 4 jenis metode optimasi, yaitu:
1. A steepest descent, dikhususkan untuk perhitungan yang cepat agar menghilangkan sterik yang berlebihan dan masalah tolakan pada struktur awal
2. Conjugate gradient (Fletcher-Reeves and Polak-Ribiere) untuk mencapai konvergensi yang efisien.
3. Block-diagonal Newton-Raphson (hanya untuk MM+), yang memindahkan satu atom pada suatu waktu dengan menggunakan informasi turunan keduanya.

Pendekatan Terintegrasi

HyperChem memberikan fasilitas terintegrasi untuk optimasi struktur, menghasilkan efisiensi dan kemudahan dalam menggunakan beberapa keuntungan yang diberikan antara lain:
1. Metode optimasi dapat bekerja baik pada metode mekanika molekular maupun mekanika kuantum.
2.Pilihan optimasi, seperti kondisi penghentian, frekuensi dari update layar, pemilihan algoritma dapat diatur dengan cara yang sama untuk semua metode dan algoritma optimasi
3. Penggunaan dapat merotasi dan translasi molekul ketika proses optimasi sedang berjalan.

Pemilihan bagian molekul yang dioptimasi
1. Jika beberapa atom dipilih ketika optimasi dimulai, hanya atom yang dipilih tersebut yang diperbolehkan bergerak, bagian molekul yang lain dipertahankan posisinya.
2.HyperChem dapat memperlakukan bagian molekul/sistem yang tidak dipilih dihitung sifatnya dengan menggunakan metode mekanika kuantum, sementara bagian yang lain dapat dihitung dengan mekanika molekular.

RANGKUMAN KONSEP

Program HyperChem merupakan perangkat lunak kimia komputasi yang sangat sesuai bagi peneliti pemula atau mahasiswa dalam mempelajari pemodelan molekul. Perangkat lunak ini sangat interaktif dan dipermudah dengan visualisasi yang sangat memadai. Visualisasi molekul sangat diperlukan dalam memodelkan molekul. Fasilitas menu yang lengkap akan mempermudah mahasiswa dalam menjalankan program sekaligus memvisualisasi hasil perhitungan.

Refrensi: Harno D Pranowo

Perkembangan Kimia Komputasi

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Fri, 23 Apr 2010 15:08:00 -0700

Perkembangan kimia komputasi yang sangat pesat dimulai pada tahun 1950- telah mengubah diskripsi suatu sistem kimia dengan masuknya unsur baru di antara eksperimen dan teori yaitu eksperimen komputer (Computer Experiment), dalam eksperimen komputer, model masih tetap menggunakan hasil dari pakar kimia teoritis, tetapi perhitungan dilakukan dengan komputer berdasarkan atas suatu "resep", algoritma yang dituliskan dalam bahasa pemograman. Keuntungan dari metode ini adalah dimungkinkan menghitung sifat molekul yang kompleks dan hasil perhitungannya berkorelasi secara signifikan dengan data eksperimen.

Perkembangan eksperimen komputer mengubah secara substansial hubungan tradisional antara teori dan eksperimen. Simulasi membutuhkan suatu metode yang akurat dalam memodelkan sistem yang dikaji. Simulasi sering dapat dilakukan dengan kondisi yang sangat mirip dengan eksperimen sehingga hasil perhitungan kimia komputasi dapat dibandingkan secara langsung dengan eksperimen, jika hal ini terjadi, maka simulasi bersifat sebagai alat yang sangat berguna, bukan hanya untuk memahami dan menginterpretasi data eksperiment dalam tingkat mikroskopik, tetapi dapat juga mengkaji bagian yang tidak dapat dijangkau secara eksperiment, seperti reaksi pada kondisi tekanan yang sangat tinggi atau reaksi yang melibatkan gas berbahaya.

Penelitian kimia dengan alat komputer pada era 1950-an dimulai dengan kajian hubungan struktur kimia dengan aktivitas fisiologi dari senyawa. Salah satu ahli kimia yang berjasa besar dalam bidang ini adalah John Pople yang berhasil mengkonversi teori-teori fisika dan matematika ke dalam kimia melalui program komputer. Metode kimia komputasi memungkinkan para kimiawan melakukan penentuan struktur dan sifat suatu sistem kimia dengan cepat. Bidang yang sangat terbantu dengan berkembang kimia komputasi adalah bidang kristalografi.

Dua peneliti dalam bidang kimia komputasi telah memenangkan Nobel bidang sains pada tahun 1998 yaitu Walter Kohn dengan teori fungsional kerapatan (Density Functional Theory, DFT) dan John A. Pople yang telah berjasa dalam mengembangkan metode komputasi dalam kimia kuantum, mereka telah memberi peluang para kimiawan mempelajari sifat molekul dan interaksi antara molekul. John Pople telah mengembangkan kimia kuantum sebagai suatu metode yang dapat digunakan oleh hampir semua bidang kimia dan membawa kimia ke dalam era baru yaitu eksperimen dan teori dapat bekerja bersama dalam mengeksplorasi sifat sistem molekular. Salah satu produk program komputasi kimia yang dihasilkan oleh Pople adalah GAUSSIAN.

Tahun belakangan ini dapat dilihat kenaikan jumlah orang yang berkerja pada kimia teori, kebanyakan peneliti ini adalah teoretikus kerja paruh waktu yaitu mereka yang sudah bekerja pada bidang kimia selain kimia teori. Kenaikan jumlah peneliti di bidang kimia teori ini ditunjang oleh perkembangan kemampuan komputer dan perangkat lunak yang semakin mudah digunakan, hal ini menyebabkan banyak orang yang melakukan perkerjaan di bidang kimia komputasi, walaupun tanpa mempunyai pengetahuan cukup tentang bagaimana perhitungan kimia itu dijalankan oleh komputer, sebagai hasilnya, banyak orang yang tidak mengetahui bahkan penjelasan yang sangat mendasar sekalipun tentang bagaimana perhitungan dijalankan sehingga pekerjaan yang dihasilkan dapat merupakan hasil yang sesunguhnya atau hanya berupa "sampah".

Harno D Pranowo

Metode Kimia Komputasi

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Fri, 23 Apr 2010 12:59:00 -0700

HyperChem merupakan program yang dapat secara teliti untuk mengetahui struktur, stabilitas dan sifat molekul dengan menggunakan perhitungan mekanika molekular apapun mekanika kuantum. Tersedia metode sederhana untuk menghasilkan struktur molekul 3D, kita dapat memilih 10 jenis metode semiempiris dan menggunakanya untuk mengoptimasi geometri suatu senyawa agar didapatkan suatu struktur yang paling stabil, kita dapat menjalankan perhitungan semiempiris mulai dari atom hidrogen sampai xenon. termasuk logam transisi. Metode ab initio dilengkapi dengan variasi himpunan basis akan dapat digunakan untuk menentukan sifat struktur molekul secara akurat.

Aplikasi Mekanika Kuantum
Beberapa sifat dan struktur molekul yang dapat diprediksi dengan menggunakan metode kimia kuantum antara lain:

Penentuan interaksi orbital batas (frontier) antara molekul donor dan aseptor seperti yang digambarkan pada reaksi siklisasi Diels-Alder.
Mendapatkan muatan atomik parsial menggunakan analisis populasi mulliken untuk memprediksi sisi molekul yang mudah diserang oleh preaksi.
Menghasilkan peta potensial elektrostatik yang dapat memberikan gambaran trajektori dalam penerapan proses docking atara obat dan reseptor.
Menghitung kerapatan spin tak berpasangan untuk mengidentifikasi sisi reaktif pada molekul atau untuk membandingkan dengan data ESR.
Dalam bidang spektroskopi UV-Vis, perhitungan kimia kuantum dapat memperkirakan intensitas dan bilangan gelombang dari garis serapan vibrasi dan sekaligus dapat menggambarkan gerakan dari mode normal dengan menggunakan vektor dan animasi.

Kekuatan dan Fleksibilitas:
Beberapa pilihan untuk perhitungan struktur elektronik adalah:

Sistem dengan muatan apapun dan dengan multiplisitas spin sampai harga 4 dapat dipelajari.
Perhitungan Restricted and Unrestricted Hartree-Fock (RHF/UHF) pada sistem dan sel terbuka dapat dilakukan.
Keadaan dasar dan keadaan tereksitasi pertama dapat dihitung.
Dapat diterapkan perhitungan dengan metode interaksi konfigurasi (Configuration Interaction, CI) menggunakan kriteria orbital atau energi dengan single atau metode microstate.

Kita akan dapat menghasilkan hasil perhitungan yang berguna antara lain:

Grafik kontur untuk orbital molekul, muatan dan kerapatan spin, dan potensial elektrostatik.
Gamabaran dari diagram tingkat energi orbital.
File Log (rekaman) yang berisikan data numerik energi, panas pembentukan, momen dipol, koefisien orbital molekul dan matrik kerapatan.

Jenis Metode Komputasi

1. Metode mekanika kuantum ab initio.

Tersedia pilihan beberapa himpunan basis di dalam program ini. Himpunan basis standar yang biasa digunakan antara lain STO-3G, 3-21G, 6-31G* dan 6-31G**.
Fungsi-fungsi basis ekstra (s, p, d, sp, spd) dapat ditambahkan ke atom-atom individual atau ke sekelompok atom.
Pengguna juga dapat mendefinisikan himpunan basisnya sendiri atau memodifikasi himpunan basis yang telah ada dengan menggunakan HyperChem's documented basis set file format.

2. Mekanika kuantum semiempirik.

Hyperchem menawarkan sepuluh metode molekular orbital semiempirik, dengan pilihan untuk senyawa organik dan senyawa-senyawa gugus utama, untuk senyawa-senyawa transisi dan untuk simulasi spektra.
Metode yang tersedia adalah Extended Huckel (oleh Hoffmann), CNDO dan INDO (oleh Pople dkk), MINDO3, MNDO, MNDO/d dan AM1 (oleh Dewar dkk) PM3 (oleh Stewart), ZINDO/1 dan ZINDO/S (oleh Zerner dkk).

3. Mekanika molekuler
HyperChem dapat digunakan secara mudah dalam menghasilkan struktur molekul 3D, dengan pilihan 4 metode mekanika molekuler, teknik optimasi geometri untuk mendapatkan struktur molekul stabil, dan teknik dinamika molekuler untuk mendapatkan pencarian konformasi dan menginvestigasi perubahan struktur.

Penerapan metode mekanika molekuler:

Perhitungan energi konformasi relatif dari satu seri struktur anolog (deret homolog).
Reoptimasi peptida setelah ditentukan mutasi selktifnya.
Mendapatkan struktur yang mendekati realitas untuk perhitungan dengan metode kimia kuantum.
Kebolehjadian terjadinya efek sterik pada zat antara reaktif.

Empat metode medan gaya (force field) memudahkan kita untuk mengeksplorasi stabilitas dan dinamika sistem molekular untuk senyawa yang mempunyai massa ataom besar.
Untuk keperluan umum digunakan MM+, sedangkan untuk biomolekul dapat digunakan salah satu dari tiga metode medan gaya: AMBER, BIO+ dan OPLS

MM+

Sesuai untuk sebagian besar spesies non-biologi.
Berdasarkan MM2 (1977) yang disusun oleh N.L. Allinger.
Menggunakan himpunan parameter 1991.
Akan menjadi parameter default dalam kasus parameter MM2 tidak tersedia

AMBER

Sesuai untuk digunakan pada polipeptida dan asam nukleat dengan semua atom hidrogen diikutkan dalam perhitungan.
Medan gaya AMBER force field disusun oleh Kollman
OPLS
Didesain untuk perhitungan asam nukleat dan peptida
OPLS disusun oleh jorgensen
Parameter interaksi tak berikatan dioptimasi dari perhitungan dengan pelarut termasuk di dalamnya.

BIO+

Dikhususkan untuk perhitungan makromolekul
Medan gaya CHARMM disusun oleh Karplus
Disusun Primarily designed to explore macromolecules
Termasuk parameter CHARMM untuk perhitungan asam amino.

Perhitungan dengan metode gabungan
Hyperchem memungkinkan kita untuk menjalankan perhitungan kuantum terhadap sebagian dari sistem molekular, misalnya terhadap solut, sedangkan sisanya dihitung menggunakan metode klasik. Teknik gabungan ini (QM/MM misalnya) dapat dijalankan untuk semua metode kuantum, hanya saja agak terbatas untuk pemakaian metode ab initio.

Refrensi: Harno D Pranowo, Kimia Komputasi, UGM Yogyakarta

KEMAMPUAN HYPERCHEM

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Fri, 23 Apr 2010 02:15:00 -0700

Program Hyperchem, merupakan program kimia aplikasi 32 bit, yang dikembangkan oleh HyperCube Inc, untuk sistem operasi Windows 95/98, Windows NT, Windows XP, Windows Vista, Windows 7 dan Linux. HyperChem merupakan program handal dari pemodelan molekul yang telah diakui mudah digunakan, fleksibel dan berkualitas, dengan menggunakan visualisasi dan animasi tiga dimensi hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika dan dinamika molekuler, menjadikan HyperChem terasa sangat mudah digunakan dibandingkan dengan program kimia kuantum yang lain.
program kimia menyediakan fasilitas pembuatan model tiga dimensi (3D), perhitungan mekanika molekuler dan mekanika kuantum (semiempiris dan ab initio), disamping itu tersedia pula database dan program simulate Monte Carlo dan molecular dynamic (MD)
Fasilitas yang disediakan oleh program standar ini adalah:

Input Struktur dan Manipulasi (Structure Input and Manipulation)
Display Molekul (Molecular Display)
Kimia Komputasi (Computational Chemistry)
Metode Komputasi (Computational Methods)

Input Struktur dan Manipulasi

Mengambar molekul dengan program ini relatif sederhana. Pilih unsur dari tabel periodik, kemudian di click dan ditarik dengan mouse, dengan mouse kita dapat mengontrol rotasi di sekitar ikatan, mengatur stereokimia molekul dan mengubah struktur.
Dengan mouse-controlled tools kita dapat melakukan seleksi, rotasi dan translasi serta mengubah ukuran struktur. Setting pada menu harus dimodifikasi terlebih dahulu untuk mengontrol operasi dari tools.
Untuk mengkonversi struktur 2D menjadi struktur 3D dapat dikerjakan dengan Hyperchem's model builder.
Penggunaan constraint terhadap struktur relatif mudah, kita dapat melakukan constraint terhadap panjang ikatan, sudut ikatan, sudut torsi dan juga terhadap atom yang diinginkan.

Display Molekuler (Molecular Display)

Pilihan rendering: ball and stick, fused CPK spheres dengan pilihan shading and highighting, juga vdw dots, cylinders dan overlapping spheres.
Ribbon rendering untuk protein backbones, dengan pilihan sidechain display.
3D isosurfaces atau 2D contour plots untuk: muatan total, kerapatan muatan, orbital molekul, kerapatan spin, potensial elektrostatik (ESP), ESP dipetakan pada 3D charge density surface.
Pilihan isosurface rendering: wire mesh. Jorgensen-Salem, transparent dan solid surfaces, gouraud shaded surface.
Selama simulasi dapat ditampilkan rerata energi kinetik, energi potensial, energi total dan parameter molekul seperti panjang ikatan, sudut ikatan, dan sudut torsi.
Animasi mode vibrasi dari spektra IR

Kimia Komputasi
Dengan HyperChem kita dapat mengeksplorasi model energi permukaan potensial secara klasik atau kuantum dengan single point, optimasi geometri atau perhitungan dalam mencari keadaan transisi, selain itu kita dapat juga mempelajari pengaruh gerakan termal dengan molecular dynamics, Langevin dynamic atau simulasi Metropolis Monte Carlo.

Jenis Perhitungan
Terdapat beberapa tipe perhitungan, antara lain kalkulasi single point, optimasi geometri, frekuensi vibrasi, pencarian keadaan transisi, simulasi dinamika molekuler, simulasi dinamika Langevin dan simulasi Monte Carlo.

Perhitungan single point dapat digunakan untuk menentukan energi molekul dari struktur yang ditentukan (tanpa proses optimasi)
Perhitungan optimasi geometri menggunakan algoritma minimasi energi untuk mendapatkan struktur paling stabil. tersedia 5 algoritma minimasi.
Perhitungan frekuensi vibrational dimaksudkan untuk mencari mode vibrasi normal dari suatu struktur teroptimisasi. Spektrum teroptimasi dapat ditampilkan dan gerakan vibrasi yang berkaitan dengan transisi spesifik dapat dianimasikan.
Pencarian keadaan transisi dilakukan dengan menentukan struktur metastabil yang bersesuaian dengan keadaan transition menggunakan metode Eigenvector Following atau Synchronous Transit. Sifat-sifat molekulernya kemudian dapat dihitung, dua metode untuk melokasikan keadaan transisi diimplementasikan di dalam HyperChem 5.

Metode Eigenvector Following sangat cocok digunakan untuk prosses unimolekular atau setiap sistem molekular yang mode vibrasi naturalnya cengerung menuju ke suatu keadaan transition.
Metode synchronous transit khususnya berguna jika reaktan dan produk sangat berbeda, terdapat dua metodologi Synchronous transit yang diimplementasikan di dalam HyperChem yaitu Linear Synchronous Transit (LST) dan Quadratic Synchronous Transit (QST).

Simulasi Molecular dynamics menghitung trajektori klasik untuk sistem molekular. Waktu pemanasan, keseimbangan dan pendinginan dapat diterapkan dalam simulasi ini juga dapat digunakan untuk proses-proses yang bergantung pada perubahan waktu. Simulasi dapat dilakukan pada energi konstan atau temperatur konstan.
Langevin dynamic simulations untuk memodelkan secara implisit molekul-molekul pelarut.
Simulasi Monte Carlo Metropolis berguna untuk mengeksplarasi konfigurasi yang mungkin dari suatu sistem dalam keadaan keseimbangan dan menentukan sifat sistem yang dinyatakan sebagai harga rata-rata untuk seluruh sistem yang sudah berada dalam keadaan keseimbangan.

Hasil Perhitungan dengan HyperChem
Prediksi:
HyperChem dapat digunakan untuk menentukan berapa sifat struktur antara lain:

Stabilitas relatif dari beberapa isomer
Panas pembentukan
Energi aktivasi
Muatan atom
Beda energi HOMO-LUMO
Potensial ionisasi
Afinitas elektron
Momen dipol
Tingkat energi elektronik
Energi korelasi elektron MP2
Energi keadaan tereksitasi CI
Sifat dan struktur keadaan transisi
Energi interaksi non-bonded
Spektra serapan UV-VIS
Spektra absorpsi IR
Pengaruh isotop pada vibrasi
Spektra serapan IR
Efek collision pada sifat struktur
Stabilitas dari kluster

Simulasi

Interaksi docking
Pengaruh temperatur pada gerakan molekul
Pengaruh pelarut pada struktur dan dinamika
Interaksi intermolekuar pada kluster

Refrensi: Harno D Pranowo, Kimia Komputasi, Jurusan Kimia FMIPA UGM, Yogyakarta.

MERKURI

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Wed, 21 Apr 2010 05:08:00 -0700

Merkuri adalah unsur logam yang mempunyai nomor atom (NA = 80) serta mempunyai massa molekul relatif (Mr = 200,59) dengan konfigurasi elektron [Xe] 4f14 5d10 6s2 (Ebadian, 2001). Merkuri diberi simbol Hg yang merupakan singkatan yang berasal dari bahasa yunani hydrargyricum, yang berarti cairan perak. Merkuri sangat sedikit ditemukan dalam bentuk logam, mineral-mineral merkuri paling banyak ditemukan sebagai sulfide merkuri (cinnabar), dan sebagian kecil pada mineral korderoid (Hg3S2Cl), livingstonit (HgSb4S7), montroyidit (HgO), tertringualit (Hg2OCl), kalomel (HgCl) (Kirk and Otmer, 1981).

Merkuri (Hg) sebagai unsur berbentuk cair keperakan pada suhu kamar. Merkuri oleh Clarkson dalam Alfian (2006) dapat digolongkan sebagai merkuri anorganik dan merkuri organik. Merkuri anorganik misalnya garam merkurous (Hg2Cl2) dan garam merkuri (HgCl2). Merkuri anorganik pada tahap pengoksidaan, Hg2+ adalah lebih reaktif karena dapat membentuk kompleks dengan ligan organik, terutama golongan sulfurhidril. HgCl2 sangat larut dalam air dan sangat toksik, sebaliknya HgCl tidak larut dan kurang toksik. Contoh dari merkuri organik antara lain senyawa alkil merkuri (CH3HgCl), senyawa aril merkuri (C6H5HgCl) dan senyawa alkoksiaril merkuri (CH3OCH2HgCl). Senyawa merkuri organik dianggap lebih berbahaya dan dapat larut dalam lapisan lemak pada kulit yang menyelimut korda saraf (Alfian, 2006)
Sifat senyawa HgCl2 yang lain adalah sangat larut dalam alkohol, eter dan larut dalam asam asetat (Kaye, 1973).Merkuri dan turunannya mempunyai sifat yang sangat beracun, sehingga kehadirannya di lingkungan perairan dapat mengakibatkan kerugian pada manusia karena sifatnya yang mudah larut dan terikat dalam jaringan tubuh organisme air. Pencemaran merkuri di perairan mempunyai pengaruh terhadap ekosistem setempat yang disebabkan oleh sifatnya yang stabil dalam sedimen, kelarutannya yang rendah dalam air dan kemudahannya diserap dan terkumpul dalam jaringan tubuh organisme air, baik melalui proses bioaccumulation maupun biomagnification yaitu melalui food chain (Budiono, 2003).
Merkuri mempunyai sifat yang sangat beracun, maka U.S. Food and Administrasion (FDA) menentukan pembakuan atau Nilai Ambang Batas (NAB) kadar merkuri yang ada dalam jaringan tubuh badan air, yaitu sebesar 0,005 ppm. Nilai ambang batas yaitu suatu keadaan dimana suatu larutan kimia, dalam hal ini merkuri dianggap belum membahayakan bagi kesehatan manusia. Kadar merkuri jika sudah melampaui NAB dalam air atau makanan, maka air maupun makanan yang diperoleh dari tempat tertentu harus dinyatakan berbahaya. NAB air yang mengandung merkuri total 0,002 ppm baik digunakan untuk perikanan (Budiono, 2003). Pedoman buku mutu lingkungan menjelaskan bahwa, kadar merkuri pada makanan yang dikonsumsi langsung maksimum sebesar 0,001 ppm. Kadar merkuri yang aman dalam darah maksimal 0,04 ppm. Kadar merkuri sebesar 0,1-1 ppm dalam jaringan sudah dapat menyebabkan munculnya gangguan fungsi tubuh (Anonymous, 2008).

Enceng Gondok

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Wed, 21 Apr 2010 04:21:00 -0700

Enceng gondok di indonesia pada mulanya diperkenalkan oleh kebun raya bogor pada tahun 1894 yang akhirnya berkembang di sungai ciliwung sebagai tanaman penganggu. Menurut Lawrence (1964) dan Moenandir (1990) dalam Hernowo (1999), enceng godok secara botanis mempunyai sistematika sebagai berikut:

Divisio : Embryophytasi Phonogama
Sub Divisio : Spermathopyta
Klas : Monocotyledoneae
Ordo : Ferinosae
Famili : Pontederiaceae
Genus : Eichhornia
Spesies : Eichhornia Crassipes (Mart) Solm

Enceng gondok merupakan herba yang mengapung, menghasilkan tunas yang merayap yang keluar dari ketiak daun yang dapat tumbuh lagi menjadi tumbuhan baru dengan tinggi 0,4-0,8 cm, tumbuhan ini memiliki bentuk fisik berupa daun-daun yang tersusun dalam bentuk radikal (roset). Setiap tangkai pada helaian daun yang dewasa memiliki ukuran pendek dan berkerut. Helaian daun (lamina) berbentuk bulat telur lebar dengan tulang daun yang melengkung rapat, panjangnya 7-25 cm, warna daun hijau licin mengkilat (Hernowo, 1999).

Muramoto dan Oki (1997) dalam Hernowo (1999) menjelaskan, bahwa Enceng gondok dapat digunakan untuk menghilangkan polutan, karena fungsinya sebagai sistem filtrasi biologis, menghilangkan nutrien mineral, serta untuk menghilangkan logam berat seperti cuprum, aurum, cobalt, strontium, merkuri, timah, kadmium dan nikel.

Daun enceng gondok diduga memiliki asam amino sebagai situs aktif dalam proses adsorpsi, hal ini didukung dengan hasil analisa kimia dari Enceng gondok dalam keadaan segar diperoleh bahwa kadar N total 0,28%, bahan organik 36,59% C organik 21,23% P total 0,0011% dan K total 0,016% (Hernowo, 1999). Enceng gondok selama ini lebih dikenal sebagai tanaman gulma. Padahal, enceng gondok sebenarnya mempunyai kemampuan menyerap logam berat. Kemampuan ini telah diteliti di laboratorium Biokimia, Institut Pertanian Bogor, dengan hasil yang sangat luar biasa. Penelitian daya serap enceng gondok dilakukan terhadap besi (Fe) tahun 1999 dan timbal (Pb) pada tahun 2000 (Hasim, 2007).

Penelitian seputar kemampuan enceng gondok dalam menyerap logam berat juga telah dilakukan oleh para pakar. Widyanto dan Susilo (1977) dalam Hasim (2007), melaporkan, dalam waktu 24 jam enceng gondok hidup mampu menyerap logam kadmium (Cd), merkuri (Hg), dan nikel (Ni), masing-masing sebesar 1,35 g/g, 1,77 g/g, dan 1,16 g/g bila logam itu tak tercampur. Enceng gondok juga menyerap Cd 1,23 g/g, Hg 1,88 g/g dan Ni 0,35 g/g berat kering apabila logam-logam itu berada dalam keadaan tercampur dengan logam lain 2000 (Hasim, 2007).

Metode Mekanika Kuantum (Quantum Mechanic, QM) dan Mekanika Molekuler (Moleculer Mechanics, MM)

noreply@blogger.com (FAIJAL_CHEMISTRY) — Wed, 21 Apr 2010 04:13:00 -0700

Metode dinamika molekuler merupakan metode simulasi yang sangat berguna dalam mempelajari sistem molekuler seperti molekul organik dalam larutan dan senyawa makromolekul dalam proses metabolisme. Metode ini memungkinkan penggambaran struktur, sifat termodinamika dan sifat dinamis dari sistem pada fasa terkondensasi. Bagian pokok dari metodologi simulasi adalah tersedianya fungsi energi potensial yang akurat untuk memodelkan sifat dari sistem yang dikaji.

Fungsi energi potensial dapat disusun melalui metode mekanika kuantum (Quantum Mechanics, QM) atau mekanika molekuler (Moleculer Mechanics, MM). Permasalahan yang muncul adalah QM hanya dapat digunakan untuk sistem sederhana dengan beberapa puluh satuan massa mengingat bahwa perhitungan QM memerlukan waktu yang lama sedangkan metode MM tidak cukup teliti, untuk mengatasi permasalahan ini, dikembangkan suatu metode hibridisasi yang dikenal dengan nama QM/MM yaitu bagian yang penting dari sistem yang dikaji dihitung dengan metode QM, sedangkan bagian sistem yang tidak harus dijelaskan secara detail dihitung dengan metode MM. Metode QM/MM banyak digunakan dalam simulasi reaksi katalitik enzimatik, proses kimia dalam larutan dan docking suatu protein dalam reseptor (Harno D Pronowo, 2001).