il y a une lutte entre deux monde avec un échange de "flux" âmes pour l'un et mana pour l'autre

un arbre de mana est en commun avec tales of

Le Numéro 6 suppose toujours que quelqu’un nommé Numéro 1 est en charge du Village, mais seulement à deux reprises dans la série, quelqu’un des autorités du Village reconnaît directement l’existence du Numéro 1.

• Dans la scène finale du 16e épisode Il était une fois, le Superviseur s'adresse au Numéro 6, ignorant le Numéro 2, et lui demande :

- Que désirez-vous ?
- Le Numéro 1.
- Suivez–moi.

• À la fin du 13e épisode L'Impossible Pardon, le Colonel implore le Numéro 2 : « Vous devez contacter le Numéro 1 et lui dire que j’ai fait mon devoir »
  Il n’est pas clairement établi si le Colonel suppose juste que le supérieur du Numéro 2 est le Numéro 1 ou s’il a déjà rencontré le Numéro 1. Le Colonel n’est certainement pas un membre de la hiérarchie du Village et n’a pas de numéro. L'incapacité du Numéro 6 à interpréter cette phrase a certainement un sens précis.

• Dans l’épisode final, le Numéro 1 apparaît comme une personne masquée et encapuchonnée. Lorsque son masque lui est retiré, il porte un masque de singe, mais quand ce masque lui est ôté, le visage du Numéro 6 est révélé. Il grimpe alors à une échelle et ferme une trappe derrière lui, en riant comme un fou.

• Aucune affirmation claire et directe concernant le Numéro 1 n’est jamais clairement interprétable. Même quand c’est le sujet de discussion dans la série :
  • avec le Numéro 2 dans le 2e épisode: Le Carillon de Big Ben qui déclare : « cela n’a pas d’importance de savoir qui est le Numéro 1 ».
  • encore avec le Numéro 2 dans le 4e épisode : Liberté pour tous, quand le prisonnier et le Numéro 2 discutent des conséquences d’être élu Numéro 2, le vieil homme déclare : « le Numéro 1 ne sera plus un mystère pour vous, si vous comprenez ce que je veux dire ».

Les deux formulations pourraient s’accorder sur l’existence d’un véritable Numéro 1, ou simplement faire référence au désir du Numéro 6 de rencontrer le Numéro 1. Il est aussi possible que le Numéro 1 ne soit pas humain, comme Le Général. Dans leurs fonctions officielles, le Numéro 2 et les autorités du Village évitent même d’appeler le Numéro 1 par son titre. Certains ont interprété cela comme une indication qu’il n’y avait en fait aucun Numéro 1, dans le sens d’une personne, tout comme le non-existant Big Brother dans 1984 d’Orwell. Il est évident, cependant, que quelqu’un donne certainement des ordres directs aux Numéro 2, parce que dans plusieurs épisodes, les Numéro 2 apparaissent intimidés au téléphone par une personne à qui ils s’adressent seulement par « Monsieur ».
Selon le co-créateur George Markstein, « Numéro 1 est le vilain aux commandes ».
Le Numéro 1 pourrait aussi être à la fois le téléspectateur et le double du Numéro 6 (l'un est le côté pile et l'autre le côté face). Dans une interview pour la télévision conduite par Mike Smith dans les années 1970, Patrick McGoohan déclara :

« La raison pour laquelle c'était déroutant, et décevant pour les spectateurs, je pense, était qu'ils attendaient une fin similaire à celle d'un James Bond, avec un homme mystérieux, un grand chef ou ce genre de chose qu'on trouve dans ces films ; et bien sûr ce n'était pas du tout l'intention. L'objet était le plus grand mal dans l'être humain, l'essence humaine ; et c'est nous-mêmes, car en chacun de nous la plus dangereuse chose terrestre, c'est ce qui est en nous. Et c'est pour ça que j'ai fait le n°1 : soi-même, une image de soi-même qu'il essaye de battre13. »

À cet égard on peut interpréter des indices : l'ancien logement du héros à Londres porte le numéro 1, et dans le générique, à la question "qui est le numéro 1 ?", la réponse du numéro 2 peut certes s'interpréter comme une non-réponse "vous êtes le numéro 6", mais aussi, en anglais, comme "vous, numéro 6" (- "You are, No. 6.")

La série a donné lieu à des interprétations abondantes, à des fan-clubs, a suscité des sites Web, la firme d'automobiles Renault a même repris le thème du Prisonnier pour faire une publicité pour la Renault 21, et cela n'est pas étonnant tant elle utilise habilement ce que Stanley Kubrick nommait « la zone fertile de l'ambiguïté » : en fait, chacun peut voir dans Le Prisonnier ce qu'il a envie d'y voir. Le Village ne serait-il pas le symbole de la condition humaine, et le Numéro 6 le pauvre humain qui cherche, sans toujours y parvenir, à lui donner du sens ? Ce Numéro 1 qu'on ne voit jamais (sauf au dernier épisode) n'est-il pas une allégorie de Dieu, et les Numéro 2 qui se suivent et ne se ressemblent pas une personnification, par exemple, de tous ceux qui de façon contradictoire au cours des âges ont affirmé agir en son nom ? C'est en tout cas l'une des hypothèses possibles parmi bien d'autres.
Pour certains, la série véhicule un message explicitement individualiste et libéral voire libertarien. La Libertarian Futurist Society, qui décerne chaque année des récompenses aux œuvres qui promeuvent selon elle le libertarianisme, lui a décerné une récompense en 2002, le prix Prometheus.
Les ressorts de l'angoisse reposent sur l'absurdité du système de fonctionnement de ce Village surréaliste sur lequel il n'arrive pas à agir. Proie permanente des interrogatoires du Numéro 2 : « Nous voulons des renseignements », il tente de lutter et de fuir pour échapper à cet univers angoissant. Cette série constitue sans nul doute une allégorie des régimes totalitaires, Numéro 6 essayant de lutter en respectant les règles.
Le soir une voix s'échappe des haut-parleurs disposés un peu partout dans le Village pour annoncer le couvre-feu : « Plus que cinq minutes avant l'extinction des lumières. » Le Numéro 6 est surveillé constamment par une quantité innombrable de caméras. Le Village a un indéniable côté 1984 d'Orwell, un côté kafkaïen et carcéral.
Le Village est également une caricature de notre monde quotidien, un univers esthétique et ludique (téléphone sans fil, porte automatique, carte de crédit, le journal Tally Ho), envahi par la publicité, une cage dorée dans laquelle seul Numéro 6 semble lucide et déterminé à en sortir, les habitants se saluent d'un Be seeing you ! traduit en français par Bonjour chez vous !. Le Numéro 2 incarne le pouvoir politique temporaire, la boule blanche représente les forces de l'ordre, cette boule nommée « le rôdeur » est sans forme, impersonnelle, inquiétante à l'image d'un mirador dans un camp de concentration. Le costume noir du Numéro 6 rappelle un habit de prêtre (Patrick McGoohan devait entrer dans les ordres, mais y a renoncé). Les autres habitants revêtent des costumes très colorés et ont souvent des comportements très excentriques. La plupart des villageois évoluent dans un système sans aucun sentiment et sans aucun amour.
« Le Prisonnier évoque une forme de psychose schizophrénique, car l'individu lutte contre le système tout en essayant d'y échapper : « Qu'est-ce que c'est ? » et « Qui est-ce ? » sont les deux grandes questions de la peur. La simple formulation de telles questions implique un tremblement du réel annonçant tous les fantasmes du double, tous les symptômes de la dissociation caractéristique de la schizophrénie : soit de cette décomposition de l'âme par laquelle Maupassant définit justement la peur... Mais c'est aussi un véritable éloge de la fuite. À la fin de la série, le Numéro 6 s'évade pour rentrer chez lui comme toute personne qui, ayant fini sa journée de travail, retrouve son logement douillet pour se ressourcer. »11 Cependant, l'œil avisé aura un léger frisson lors de la dernière image de cet épisode qui suggère bien des choses.
Selon Gilles Visy, dans le dernier épisode « le Numéro 6 jouera métaphoriquement une partie d'échecs contre l'énigmatique Numéro 1 via le Numéro 2. Ce n'est pas sans rappeler le chevalier du Septième Sceau qui combat la mort sur l'échiquier de la vie. »
Patrick McGoohan avait joué dans une série d'espionnage « normale » qui avait eu un succès international : Destination Danger (Danger Man en version originale). De cette série au Prisonnier, il ne change rien : ni son appartenance initiale aux services secrets, ni sa coiffure, ni son style. Tout se passe comme si on cherchait à nous faire comprendre que le Prisonnier est John Drake, ce qui accroît l'impression de basculement du réel que la série cherche - et réussit - à donner.
« La voiture de numéro 6 était une Lotus 7 S2 Cosworth, elle ouvrait tous les épisodes de la série. Pour le dernier épisode, la Lotus n'existant plus, il a été demandé à Caterham Cars de récréer cette voiture pour permettre à N°6 de s'enfuir à son bord... enfin libre ! »12
Pour l'anecdote, dans les épisodes "Le paysage qui accuse" et "Enterrons les morts" de Destination Danger (Danger Man en version originale), le village-hôtel de Portmeirion est utilisé. Et aussi, le thème du double (Schizoïd Man) avait été utilisé dans Destination Danger.