Il software ha una interfaccia abbastanza semplice e permette di disegnare molecole anche complesse, tenendo conto dei tipi e delle lunghezze di legame. Una nutrita serie di “templates”, come, ad esempio, moltissimi gruppi funzionali e tutti gli aminoacidi, permette di costruire molecole molto complesse. Possibile anche la modellazione tridimensionale e la scrittura di reazioni.
I file creati sono compatibili con il programma MOLGEN, ed altri formati proprietari. Le molecole disegnate possono anche essere utilizzate con un wordprocessor, attraverso un “taglia e cuci“.
Il software è disponibile sia in formato Windows 9x, 2000, XP sia in formato Macintosh e in alcune lingue (no in italiano).
E’ anche dispobile un tool gratuito Automatic Nomenclature che genera nomi IUPAC di composti direttamente dalla struttura creata con ISIS/Draw o registrata nel database ISIS/Base.
Clicca qui per la pagina di download del software (è richiesta una semplice registrazione)
Nella stessa pagina è possibile scaricare un completo help.
Gli scienziati hanno sintetizzato delle molecole che si comportano come una pelliccia, in cui ogni singolo “pelo” è un peptide ossia una piccola proteina. Questi peptidi controllano la biocompatibilità, vale a dire quali proteine adsorbire. Utilizzando un peptide specifico, gli scienziati sono stati anche in grado di creare una superficie che è totalmente resistente all’ancoraggio di proteine, una caratteristica che è altamente auspicabile per particolari scopi (ad esempio, per le lenti a contatto).
Al fine di dimostrare l’estrema flessibilità di questo metodo gli scienziati a Bochum hanno fatto uso di una sequenza di peptidi ottimizzata per respingere le proteine. Il risultato delle analisi del biofilm creato da questi peptidi anti-ancoraggio su una superficie di oro è stata sorprendente. Il tasso di proteine rifiutato dalla prima sequenza di test è stato considerato come il più alto rispetto alla migliore sostanza utilizzata per questo scopo fino ad oggi. La superficie che ne risulta ha completamente resistito all’adsorbimento di proteine. Questa proprietà, ad esempio, è auspicabile per carene di navi per impedire l’adesione di mitili, che a sua volta aumentano la resistenza e quindi il consumo di carburante. Questa funzione è auspicabile anche per le lenti a contatto, perché è concepibile che la pulizia giornaliera sarebbe quindi non più necessaria.
Piccoli peptidi controllano la biocompatibilità, ossia quali proteine adsorbire. (Image courtesy of Ruhr-Universitaet-Bochum)
Per approfondimenti:
Peptide-based SAMs that resist the adsorption of proteins. Journal of the American Chemical Society, S. 14952 Nr. 130, 2008
Una caratteristica fondamentale che distingue i polimeri dalle altre molecole è la ripetizione di molti identici, simili o complementari subunità molecolari in questi catene. Queste subunità, i monomeri, sono piccole molecole di basso a moderato peso molecolare, e sono collegati gli uni agli altri nel corso di una reazione chimica detta di “polimerizzazione“.
Anche se la maggior parte sono polimeri organici, con monomeri a base di carbonio, ci sono anche polimeri inorganici, per esempio i siliconi, con una spina dorsale di silicio a cui si alternano atomi di ossigeno.
Per approfondimenti:
HIV ed herpes (HSV) sono due delle più comuni malattie sessualmente trasmissibili in tutto il mondo, e frequentemente le persone che contraggono tali virus diventano co-infettati con entrambi. In tali casi, i due virus interagiscono gli uni con gli altri; la presenza del virus HIV si traduce spesso in un più lesioni da focolai erpetici, mentre l’HSV (herper virus) può accelerare la progressione dell’infezione da HIV ad AIDS.
Considerando la loro interazione, i recenti studi che dimostrano che il trattamento con aciclovir potrebbe ridurre la carica virale HIV in pazienti co-infetti non sono stati sorprendenti, e questo viene attribuito ad un effetto indiretto di soppressione HSV. Tuttavia, Moira McMahon e colleghi della Johns Hopkins hanno deciso di esaminare se gli effetti di lotta contro l’HIV potrebbero essere diretti.
Hanno utilizzato un test sensibile all’infezione dei globuli bianchi e hanno rilevato che l’aciclovir può direttamente inibire la replicazione virale. Tuttavia, l’aciclovir, dopo un periodo di trattamento ha avuto alcuni risultati inaspettati già cinque giorni dopo l’infezione iniziale. Un mutante del virus HIV (V75I) è apparso nelle cellule, ed entro 94 giorni si diffuso a tal punto da comprendere oltre il 90% della popolazione virale. Il ceppo V75I è parte del percorso di resistenza a molti farmaci, compresi quelli comunemente utilizzati come inibitori della retrotrascrittasi.
Nonostante i risultati, i ricercatori pensano che questo dell’aciclovir potrebbe diventare un buon modello per la prossima progettazione di trattamenti contro il virus HIV.
Per approfondimenti:
L’unità base di un carboidrato è il monosaccaride, la cui formula generale è (C·H2O)n dove n è un numero intero, tuttavia questa formula generale non deve essere presa alla lettera in quanto molte molecole che differiscono da questa regola sono ancora dette carboidrati, mentre altre che rispondono a questa definizione non sono considerate carboidrati.
A livello nutrizionale ed energetico, i carboidrati non sono nutrienti essenziali per l’uomo: il corpo può ottenere tutta la sua energia da proteine e grassi. Tuttavia, i neuroni del cervello in genere non possono bruciare il grasso e necessitano di glucosio per l’energia.
Per approfondimenti:
“Carboidrati” su wikipedia.org