More Brewsky Dude!

Edinburgh panorama

2011-09-14T13:30:00.001+02:00

edinburgh_panorama, a photo by ldalcaraz on Flickr.

View from Holyrood, lovely weather by the way... jolly good for a while!

And some pics from the Rosslyn chapel, a complete description is in the wikipedia article linked... the place is wee near Edinburgh... and it got insanely famous for the da Vinci's code movie, the last scenes from the movie took place here...

Barcelona pics....

2011-09-05T23:57:00.000+02:00

felicidad en la playa!!

2011-08-15T19:28:00.001+02:00

The God Delusion's highlights

2011-08-11T03:20:00.003+02:00

‘Isn’t it enough to see that a garden is beautiful without having to believe that there are fairies at the bottom of it ‘
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The God Delusion (Richard Dawkins)

The great thing about amazon's kindle is the possibility of highlight, comment, and share when reading a book (loving the gadget).

This is a book that makes you wonder about so many things, question about God, and the way we are allowed to think about it, don't be shy to ask: why? I seriously recommend to read it.

Do not be offended this are words, just plain words and as is remarked later: ‘Sticks and stones may break my bones, but words can never hurt me.’

Cover of The God Delusion

Share and enjoy!:

when two opposite points of view are expressed with equal force, the truth does not necessarily lie midway between them. It is possible for one side to be simply wrong. And that justifies passion on the other side.

What patronizing condescension! ‘You and I, of course, are much too intelligent and well educated to need religion. But ordinary people, hoi polloi, the Orwellian proles, the Huxleian Deltas and Epsilon semi-morons, need religion.’

‘Inspect every piece of pseudoscience and you will find a security blanket, a thumb to suck, a skirt to hold.’ It is astonishing, moreover, how many people are unable to understand that ‘X is comforting’ does not imply ‘X is true’.

But if the comfort that religion seems to offer is founded on the neurologically highly implausible premise that we survive the death of our brains, do you really want to defend it?

That is not a Muslim child, but a child of Muslim parents. That child is too young to know whether it is a Muslim or not. There is no such thing as a Muslim child. There is no such thing as a Christian child.

‘The world would be astonished if it knew how great a proportion of its brightest ornaments, of those most distinguished even in popular estimation for wisdom and virtue, are complete skeptics in religion.’

‘When one person suffers from a delusion, it is called insanity. When many people suffer from a delusion it is called Religion.’

I love fools’ experiments. I’m always making them. —Charles Darwin

How is it that hardly any major religion has looked at science and concluded, ‘This is better than we thought! The Universe is much bigger than our prophets said, grander, more subtle, more elegant’? Instead they say, ‘No, no, no! My god is a little god, and I want him to stay that way.’

One of Einstein’s most eagerly quoted remarks is ‘Science without religion is lame, religion without science is blind.’ But Einstein also said, It was, of course, a lie what you read about my religious convictions, a lie which is being systematically repeated. I do not believe in a personal God and I have never denied this but have expressed it clearly. If something is in me which can be called religious then it is the unbounded admiration for the structure of the world so far as our science can reveal it.

more quotations from Einstein, to give a flavour of Einsteinian religion. I am a deeply religious nonbeliever. This is a somewhat new kind of religion. I have never imputed to Nature a purpose or a goal, or anything that could be understood as anthropomorphic. What I see in Nature is a magnificent structure that we can comprehend only very imperfectly, and that must fill a thinking person with a feeling of humility. This is a genuinely religious feeling that has nothing to do with mysticism. The idea of a personal God is quite alien to me and seems even naive.

‘God does not play dice’ should be translated as ‘Randomness does not lie at the heart of all things.’ ‘Did God have a choice in creating the Universe?’ means ‘Could the universe have begun in any other way?’ Einstein was using ‘God’ in a purely metaphorical, poetic sense.

Carl Sagan put it well: ‘…if by “God” one means the set of physical laws that govern the universe, then clearly there is such a God. This God is emotionally unsatisfying…it does not make much sense to pray to the law of gravity.’

The metaphorical or pantheistic God of the physicists is light years away from the interventionist, miracle-wreaking, thought-reading, sin-punishing, prayer-answering God of the Bible, of priests, mullahs and rabbis, and of ordinary language. Deliberately to confuse the two is, in my opinion, an act of intellectual high treason.

If people wish to love a 7th century preacher more than their own families, that’s up to them, but nobody else is obliged to take it

There is therefore nothing created, nothing subject to another in the Trinity: nor is there anything that has been added as though it once had not existed, but had

‘We must respect the other fellow’s religion, but only in the sense and to the extent that we respect his theory that his wife is beautiful and his children smart.’

THE GOD HYPOTHESIS The religion of one age is the literary entertainment of the next. –RALPH WALDO EMERSON

“God, isn’t God a shit!”’

the God Hypothesis more defensibly: there exists a superhuman, supernatural intelligence who deliberately designed and created the universe and everything in it, including us. This book will advocate an alternative view: any creative intelligence, of sufficient complexity to design anything, comes into existence only as the end product of an extended process of gradual evolution.
This is an important detail in spreading His Word. If it works for infomercials, it will definitely work for religion. The God-back guarantee should always be offered up front.

‘Ridicule is the only weapon which can be used against unintelligible propositions. Ideas must be distinct before reason can act upon them; and no man ever had a distinct idea of the trinity. It is the mere Abracadabra of the mountebanks calling themselves the priests of Jesus.’

Catholic Community Forum helpfully lists 5,120 saints,

the four Choirs of Angelic Hosts, arrayed in nine orders: Seraphim, Cherubim, Thrones, Dominions, Virtues, Powers, Principalities, Archangels (heads of all hosts), and just plain old Angels, including our closest friends, the ever-watchful Guardian Angels.

To talk of immaterial existences is to talk of nothings. To say that the human soul, angels, god, are immaterial, is to say they are nothings, or that there is no god, no angels, no soul. I cannot reason otherwise…without plunging into the fathomless abyss of dreams and phantasms. I am satisfied, and sufficiently occupied with the things which are, without tormenting or troubling myself about those which may indeed be, but of which I have no evidence.

‘If it ends in a belief that there is no God, you will find incitements to virtue in the comfort and pleasantness you feel in this exercise, and the love of others which it will procure you.’

Shake off all the fears of servile prejudices, under which weak minds are servilely crouched. Fix reason firmly in her seat, and call on her tribunal for every fact, every opinion. Question with boldness even the existence of a God; because, if there be one, he must more approve of the homage of reason than that of blindfolded fear.

Benjamin Franklin’s ‘Lighthouses are more useful than churches.’

What expertise can theologians bring to deep cosmological questions that scientists cannot?

Why are scientists so cravenly respectful towards the ambitions of theologians, over questions that theologians are certainly no more qualified to answer than scientists themselves?

The God Hypothesis suggests that the reality we inhabit also contains a supernatural agent who designed the universe and – at least in many versions of the hypothesis – maintains it and even intervenes in it with miracles, which are temporary violations of his own otherwise grandly immutable laws.

Science is but one form of rationalism, while religion is the most common form of superstition.

Can omniscient God, who Knows the future, find The omnipotence to Change His future mind?

you could almost define a philosopher as someone who won’t take common sense for an answer.

the existence or non-existence of God is too big a question to be decided by ‘dialectical prestidigitation’.

whether he knew many religious scientists today. He replied: ‘Virtually none. Occasionally I meet them, and I’m a bit embarrassed [laughs] because, you know, I can’t believe anyone accepts truth by revelation.’

‘Well I don’t think we’re for anything. We’re just products of evolution. You can say, “Gee, your life must be pretty bleak if you don’t think there’s a purpose.” But I’m anticipating having a good lunch.’ We did have a good lunch, too.

opsonophagocytosis

Admittedly, people of a theological bent are often chronically incapable of distinguishing what is true from what they’d like to be true.

It is an essential part of the scientific enterprise to admit ignorance, even to exult in ignorance as a challenge to future conquests.

‘Most scientists are bored by what they have already discovered. It is ignorance that drives them on.’

Scientists exult in mystery for a different reason: it gives them something to do.

‘If you don’t understand how something works, never mind: just give up and say God did

We need those glorious gaps as a last refuge for God.’ St Augustine said it quite openly: ‘There is another form of temptation, even more fraught with danger. This is the disease of curiosity. It is this which drives us to try and discover the secrets of nature, those secrets which are beyond our understanding, which can avail us nothing and which man should not wish to learn’

‘If the history of science shows us anything, it is that we get nowhere by labelling our ignorance “God”.’

The origin of life is a flourishing, if speculative, subject for research. The expertise required for it is chemistry and it is not mine. I watch from the sidelines with engaged curiosity,

Nature is a miserly accountant, grudging the pennies, watching the clock, punishing the smallest extravagance.

Nature cannot afford frivolous jeux d’esprit.

Religion devours resources, sometimes on a massive scale. A medieval cathedral could consume a hundred man-centuries in its construction, yet was never used as a dwelling, or for any recognizably useful purpose.

the common cold is universal to all human peoples in much the same way as religion is, yet we would not want to suggest that colds benefit us.

Though the details differ across the world, no known culture lacks some version of the time-consuming, wealth-consuming, hostility-provoking rituals, the anti-factual, counter-productive fantasies of religion.

The old Northern Ireland joke, ‘Yes, but are you a Protestant atheist or a Catholic atheist?’,

‘The fact that a believer is happier than a skeptic is no more to the point than the fact that a drunken man is happier than a sober one.’

‘All religions are the same: religion is basically guilt, with different holidays.’

When the question is rephrased, the mystery evaporates.

Deborah Keleman tells us in her article ‘Are children “intuitive theists”?’81 Clouds are ‘for raining’. Pointy rocks are ‘so that animals could scratch on them when they get itchy’. The assignment of purpose to everything is called teleology. Children are native teleologists, and many never grow out of it.

Self-deception is hiding the truth from the conscious mind the better to hide it from others.

There is a tendency for humans consciously to see what they wish to see. They literally have difficulty seeing things with negative connotations while seeing with increasing ease items that are positive. For example, words that evoke anxiety, either because of an individual’s personal history or because of experimental manipulation, require greater illumination before first being perceived.

it doesn’t matter what particular style of nonsense infects the child brain. Once infected, the child will grow up and infect the next generation with the same nonsense, whatever it happens to be.

Martin Luther was well aware that reason was religion’s arch-enemy, and he frequently warned of its dangers: ‘Reason is the greatest enemy that faith has; it never comes to the aid of spiritual things, but more frequently than not struggles against the divine Word, treating with contempt all that emanates from God.’85 Again: ‘Whoever wants to be a Christian should tear the eyes out of his reason.’ And again: ‘Reason should be destroyed in all Christians.’ Luther would have had no difficulty in intelligently designing unintelligent aspects of a religion to help it survive.

We doctors call that kind of linkage linkage,

Immanuel Kant famously articulated the principle that a rational being should never be used as merely an unconsenting means to an end, even the end of benefiting others.

there is no statistically significant difference between atheists and religious believers in making these judgements.

we do not need God in order to be good – or evil. IF

As Einstein said, ‘If people are good only because they fear punishment, and hope for reward, then we are a sorry lot indeed.’

‘People say we need religion when what they really mean is we need police.’

I am not necessarily claiming that atheism increases morality, although humanism – the ethical system that often goes with atheism – probably does.

Most thoughtful people would agree that morality in the absence of policing is somehow more truly moral than the kind of false morality that vanishes as soon as the police go on strike or the spy camera is switched off, whether the spy camera is a real one monitored in the police station or an imaginary one in heaven.

‘moral precepts, while not necessarily constructed by reason, should be defensible by reason’.

Spanish film director Luis Buñuel said, ‘God and Country are an unbeatable team; they break all records for oppression and bloodshed.’

A soldier who allows his own thoughts of consequentialist morality to persuade him not to go over the top would likely find himself court-martialled and even executed. The

To be fair, much of the Bible is not systematically evil but just plain weird, as you would expect of a chaotically cobbled-together anthology of disjointed documents, composed, revised, translated, distorted and ‘improved’ by hundreds of anonymous authors, editors and copyists, unknown to us and mostly unknown to each other, spanning nine centuries.

Why should a divine being, with creation and eternity on his mind, care a fig for petty human malefactions? We humans give ourselves such airs, even aggrandizing our poky little ‘sins’ to the level of cosmic significance!

Nobel Prize-winning American physicist Steven Weinberg said, ‘Religion is an insult to human dignity. With or without it, you’d have good people doing good things and evil people doing evil things. But for good people to do evil things, it takes religion.’ Blaise Pascal (he of the wager) said something similar: ‘Men never do evil so completely and cheerfully as when they do it from religious conviction.’

New Testament theology adds a new injustice, topped off by a new sadomasochism whose viciousness even the Old Testament barely exceeds. It is, when you think about it, remarkable that a religion should adopt an instrument of torture and execution as its sacred symbol, often worn around the neck. Lenny Bruce rightly quipped that ‘If Jesus had been killed twenty years ago, Catholic school children would be wearing little electric chairs around their necks instead of crosses.’

What kind of ethical philosophy is it that condemns every child, even before it is born, to inherit the sin of a remote ancestor?

But now, the sado-masochism. God incarnated himself as a man, Jesus, in order that he should be tortured and executed in atonement for the hereditary sin of Adam.

The Bible is a blueprint of in-group morality, complete with instructions for genocide, enslavement of out-groups, and world domination. But the Bible is not evil by virtue of its objectives or even its glorification of murder, cruelty, and rape. Many ancient works do that – The Iliad, the Icelandic Sagas, the tales of the ancient Syrians and the inscriptions of the ancient Mayans, for example. But no one is selling the Iliad as a foundation for morality. Therein lies the problem. The Bible is sold, and bought, as a guide to how people should live their lives. And it is, by far, the world’s all-time best seller.

Napoleon, who said, ‘Religion is excellent stuff for keeping common people quiet,’ and with Seneca the Younger: ‘Religion is regarded by the common people as true, by the wise as false, and by the rulers as useful.’

Religion has actually convinced people that there’s an invisible man – living in the sky – who watches everything you do, every minute of every day. And the invisible man has a special list of ten things he does not want you to do. And if you do any of these ten things, he has a special place, full of fire and smoke and burning and torture and anguish, where he will send you to live and suffer and burn and choke and scream and cry forever and ever ’til the end of time…But He loves you! –GEORGE CARLIN

As a scientist, I am hostile to fundamentalist religion because it actively debauches the scientific enterprise. It teaches us not to change our minds, and not to want to know exciting things that are available to be known. It subverts science and saps the intellect.

The take-home message is that we should blame religion itself, not religious extremism – as though that were some kind of terrible perversion of real, decent religion. Voltaire got it right long ago: ‘Those who can make you believe absurdities can make you commit atrocities.’ So did Bertrand Russell: ‘Many people would sooner die than think. In fact they do.’

Christianity, just as much as Islam, teaches children that unquestioned faith is a virtue. You don’t have to make the case for what you believe. If somebody announces that it is part of his faith, the rest of society, whether of the same faith, or another, or of none, is obliged, by ingrained custom, to ‘respect’ it without question; respect it until the day it manifests itself in a horrible massacre like the destruction of the World Trade Center, or the London or Madrid bombings. Then there is a great chorus of disownings, as clerics and ‘community leaders’ (who elected them, by the way?) line up to explain that this extremism is a perversion of the ‘true’ faith. But how can there be a perversion of faith, if faith, lacking objective justification, doesn’t have any demonstrable standard to pervert?

what is really pernicious is the practice of teaching children that faith itself is a virtue. Faith is an evil precisely because it requires no justification and brooks no argument. Teaching children that unquestioned faith is a virtue primes them – given certain other ingredients that are not hard to come by – to grow up into potentially lethal weapons for future jihads or crusades.

If children were taught to question and think through their beliefs, instead of being taught the superior virtue of faith without question, it is a good bet that there would be no suicide bombers. Suicide bombers do what they do because they really believe what they were taught in their religious schools: that duty to God exceeds all other priorities, and that martyrdom in his service will be rewarded in the gardens of Paradise.

Faith can be very very dangerous, and deliberately to implant it into the vulnerable mind of an innocent child is a grievous wrong.

There is in every village a torch – the teacher: and an extinguisher – the clergyman. –VICTOR HUGO

the presumptuousness whereby religious people know, without evidence, that the faith of their birth is the one true faith, all others being aberrations or downright false.

‘Sticks and stones may break my bones, but words can never hurt me.’

I thank my own parents for taking the view that children should be taught not so much what to think as how to think.

even participate in religious rituals such as marriages and funerals, without buying into the supernatural beliefs that historically went along with those traditions. We can give up belief in God while not losing touch with a treasured heritage.

Does religion fill a much needed gap? It is often said that there is a God-shaped gap in the brain which needs to be filled: we have a psychological need for God – imaginary friend, father, big brother, confessor, confidant – and the need has to be satisfied whether God really exists or not. But could it be that God clutters up a gap that we’d be better off filling with something else? Science, perhaps? Art? Human friendship? Humanism? Love of this life in the real world, giving no credence to other lives beyond the grave? A love of nature, or what the great entomologist E. O. Wilson has called Biophilia?

Historically, religion aspired to explain our own existence and the nature of the universe in which we find ourselves. In this role it is now completely superseded by science,

Religion’s power to console doesn’t make it true. Even if we make a huge concession; even if it were conclusively demonstrated that belief in God’s existence is completely essential to human psychological and emotional well-being;

distinction between belief in God and belief in belief: the belief that it is desirable to believe, even if the belief itself is false: ‘Lord, I believe; help thou mine unbelief’ (Mark 9: 24).

‘I do not fear death. I had been dead for billions and billions of years before I was born, and had not suffered the slightest inconvenience from it.’

There is something infantile in the presumption that somebody else (parents in the case of children, God in the case of adults) has a responsibility to give your life meaning and point.

Somebody else must be responsible for my well-being, and somebody else must be to blame if I am hurt.

As many atheists have said better than me, the knowledge that we have only one life should make it all the more precious. The atheist view is correspondingly life-affirming and life-enhancing, while at the same time never being tainted with self-delusion, wishful thinking, or the whingeing self-pity of those who feel that life owes them something. Emily Dickinson said, That it will never come again Is what makes life so sweet.

There are more things in heaven and earth, Horatio, Than are dreamt of in your philosophy.

Laughter is arguably the best response to some of the stranger paradoxes of modern physics. The alternative, I sometimes think, is to cry.

Science in general, as opposed to technology, does violence to common sense.

‘Not explaining science seems to me perverse. When you’re in love, you want to tell the world.'

The oral metagenome in health and disease

2011-07-06T02:13:00.001+02:00

Image via WikipediaAfter a hard, and meticulous team-work we were able to publish this paper:

http://www.nature.com/ismej/journal/vaop/ncurrent/full/ismej201185a.html

The ISME Journal , (30 June 2011) | doi:10.1038/ismej.2011.85

The oral metagenome in health and disease

Pedro Belda-Ferre, Luis David Alcaraz, Raúl Cabrera-Rubio, Héctor Romero, Aurea Simón-Soro, Miguel Pignatelli and Alex Mira

The oral cavity of humans is inhabited by hundreds of bacterial species and some of them have a key role in the development of oral diseases, mainly dental caries and periodontitis. We describe for the first time the metagenome of the human oral cavity under health and diseased conditions, with a focus on supragingival dental plaque and cavities. Direct pyrosequencing of eight samples with different oral-health status produced 1 Gbp of sequence without the biases imposed by PCR or cloning. These data show that cavities are not dominated by Streptococcus mutans (the species originally identified as the ethiological agent of dental caries) but are in fact a complex community formed by tens of bacterial species, in agreement with the view that caries is a polymicrobial disease. The analysis of the reads indicated that the oral cavity is functionally a different environment from the gut, with many functional categories enriched in one of the two environments and depleted in the other. Individuals who had never suffered from dental caries showed an over-representation of several functional categories, like genes for antimicrobial peptides and quorum sensing. In addition, they did not have mutans streptococci but displayed high recruitment of other species. Several isolates belonging to these dominant bacteria in healthy individuals were cultured and shown to inhibit the growth of cariogenic bacteria, suggesting the use of these commensal bacterial strains as probiotics to promote oral health and prevent dental caries.

If you want to know the details about this work, you can find the whole information here.

For the general public this work uses metagenomics, or complete DNA sequencing from the human mouth, to figure out what are the bacteria species living in mouths in contrasting health conditions. Additionally it is possible to describe the genes present in health & diseased conditions in our mouths and then describe the overrepresented functions of our oral inhabitants.

Most of the bacteria knowledge is due to culturable bacteria. But now we know that they account for around 1% of the whole diversity out there. So the roles of the unculturable diversity are not negligible. With the use of metagenomics is possible to overcome this challenge and try to understand the vast majority of what's going on, and hypothesize about the major roles and functional relationships within any given environment.

For the healthy conditions, some adults individuals are very lucky and never develop caries in their life. We have samples for some of them, as well as for other individuals with different stages of caries. So an interesting question about what is the possible role of their local microbes in preventing disease?

For the oral environment, the arrival of molecular microbiology techniques are quite recent, and they are highlighting that some parts of the microbiology text books of dentistry should be revisited, and try to move into the understanding of the oral cavity more like the result of the assembly of a complex community where resident and transient microbes are sharing the niche. The classical, textbook described species thought to be the sole responsible for dental caries, Streptococcus mutans, is maybe just a part-responsible within the whole process, and maybe would be better to understand the disease caused by the synergistic action of tens of bacterial species, a polymicrobial disease.

Here we give clues about future directions on targeting some gene functions over-represented in diseased individuals, as well as understand the molecular mechanisms of bacteria, identified by the metagenomic analyses, promoting the inhibition of known oral pathogens.

This is half of the story, as human response to its native bacteria communities is on its way to make the whole picture of the interaction. But, research is a step by step discipline and the good part of it is that several research groups around the globe are working to understand the fine detail about things....

El metagenoma oral en salud y enfermedad

2011-07-06T02:12:00.003+02:00

Image via WikipediaDespués de un fuerte trabajo de equipo y meticuloso fue posible publicar el siguiente artículo:

http://www.nature.com/ismej/journal/vaop/ncurrent/full/ismej201185a.html

The ISME Journal , (30 June 2011) | doi:10.1038/ismej.2011.85
The oral metagenome in health and disease
Pedro Belda-Ferre, Luis David Alcaraz, Raúl Cabrera-Rubio, Héctor Romero, Aurea Simón-Soro, Miguel Pignatelli and Alex Mira

Abstract
The oral cavity of humans is inhabited by hundreds of bacterial species and some of them have a key role in the development of oral diseases, mainly dental caries and periodontitis. We describe for the first time the metagenome of the human oral cavity under health and diseased conditions, with a focus on supragingival dental plaque and cavities. Direct pyrosequencing of eight samples with different oral-health status produced 1 Gbp of sequence without the biases imposed by PCR or cloning. These data show that cavities are not dominated by Streptococcus mutans (the species originally identified as the ethiological agent of dental caries) but are in fact a complex community formed by tens of bacterial species, in agreement with the view that caries is a polymicrobial disease. The analysis of the reads indicated that the oral cavity is functionally a different environment from the gut, with many functional categories enriched in one of the two environments and depleted in the other. Individuals who had never suffered from dental caries showed an over-representation of several functional categories, like genes for antimicrobial peptides and quorum sensing. In addition, they did not have mutans streptococci but displayed high recruitment of other species. Several isolates belonging to these dominant bacteria in healthy individuals were cultured and shown to inhibit the growth of cariogenic bacteria, suggesting the use of these commensal bacterial strains as probiotics to promote oral health and prevent dental caries.

Si te interesa conocer los detalles finos, se encuentran disponibles aquí.

Para el público en general, en está investigación usamos la metagenómica, o la secuenciación completa del DNA de la boca humana, para entender cuáles son las especies de bacterias que habitan en dicho ambiente, contrastando distintas condiciones de salud. También por la metagenómica es posible describir y hacer un inventario de los genes bacterianos presentes en distintos estados de salud bucal, con lo cual podemos entender las funciones sobrerepresentadas de nuestros huéspedes microscópicos.

La mayoría de nuestro conocimiento de las bacterias se lo debemos a aquellas que se han dejado "domesticar", es decir, aquellas que hemos podido aislar y cultivar en el laboratorio. Lamentablemente, los estimados actuales son de que menos del 1% de las bacterias que existen han sido exitosamente aisladas y cultivadas. Por lo cuál, las funciones de la diversidad microbiana no cultivable no son despreciables. Con el uso de la metagenómica se ha hecho posible saltar esté obstáculo y tratar de entender a la gran mayoría de microorganismos presentes en el ambiente, tratar de entender qué funciones realizan, así como poder hacer hipótesis sobre las principales funciones y sus relaciones dentro de cualquier ambiente.

Existen individuos muy afortunados, que nunca desarrollan caries en lo que va de su vida adulta, nosotros también fuimos afortunados de tener muestras de ellos, así como de otros individuos con distintos estados de desarrollo de caries. Para los individuos adultos sanos, nos preguntamos: ¿Cuál es el posible papel de las bacterias de dichos individuos en la prevención de la caries?

Para el ambiente oral, las técnicas moleculares de microbiología llevan, relativamente, poco tiempo en uso, pero al mismo tiempo se están descubriendo y subrayando la importancia de editar los libros de texto de microbiología que se usan en las facultades de odontología, con la visión de entender enfermedades como la caries como el resultado del ensamblado de complejas comunidades microbianas, donde las bacterias residentes y transitivas comparten el nicho bucal. El enfoque clásico de la microbiología oral describe algunas pocas especies como los responsables de la caries como Streptococcus mutans, que quizá solo es parcialmente responsable de todo el proceso, nuestra propuesta es entender la enfermedad como el resultado de la acción conjunta de decenas de especies de bacterias, una enfermedad polimicrobial.

En esté trabajo damos perspectivas también sobre como abordar algunas funciones de genes sobrerepresentadas en individuos enfermos. Así como el entender los mecanismos moleculares de las bacterias presentes en los individuos sanos, identificadas mediante análisis metagenómicos, que inhiben a patógenos orales conocidos.

La investigación avanza, paso a paso, con disciplina y la buena noticia es que hay grupos, en todo el planeta trabajando para entender los detalles finos de como funcionan las cosas.....

La #spanishrevolution (15M) vista desde el balcón de un mexicano lesionado (temporalmente)

2011-05-19T22:41:00.068+02:00

Mi pie lastimado está contribuyendo a que respete ese principio mexicano (o al menos era) de la autodeterminación de los pueblos, de manera pasiva desde mi ventana. Ya llevo poco más del año viviendo en España y ha sido un constante aprendizaje, además del académico, de todo lo similares y los desencuentros entre las culturas. Aquí la desigualdad social no se ve tan marcada como puede llegar a ser en México, donde las diferencias de clase social son algo grosero. Quizá donde más diferencias se notan es con los migrantes ilegales... pero no he visto gente con hambre, hasta el momento.

Una cosa que he disfrutado mucho por el estilo de vida que llevo aquí en Valencia es que el consumismo se ha alejado de mi vida. Llevo no se cuantos meses que no me doy una vuelta por un centro comercial, me doy cuenta de lo poco que necesito en realidad porqué he llenado el tiempo con el trabajo y después, con vida social en la calle, con los compañeros del laboratorio, con nuevas amistades, pero es fácil ser sociable cuando puedes volver andando a casa a altas horas de la madrugada sin temor alguno de no llegar a casa... sin muchas probabilidades de ser asaltado, secuestrado... La seguridad y la tranquilidad son algo bueno por aquí.

La cosa no está bien por aquí en el aspecto laboral y de oportunidades para los jóvenes, en eso nos parecemos mucho, pero en México la juventud además de la falta de oportunidad la violencia se combina para dar una situación más delicada. Sin opinar mucho puedo decirles que hay cosas en las que por allá no estamos nada mal como el supuestamente estado laico, la no re-elección (por ejemplo aquí la alcaldesa de Valencia lleva gobernando desde 1991!!). Hay muchas, muchas cosas que no entiendo de la política española (y ni me interesa mucho en realidad entender).

Pero en realidad veo más razones para despertar y reclamar en México... la última marcha de hartazgo, por los altos niveles de violencia, lo hace patente, por lo que leo creo que el gobierno sigue sin hacer caso. Lo que si advierto es que para frenar la violencia en México, quede quien quede. al mando del gobierno no se van a ver cambios hasta dentro del mediano y largo plazo. Pienso en ese problema como un buque de gran calado llegando a puerto, el buque tiene que apagar sus motores kilómetros antes de llegar porque la inercia que lleva es tal que aunque pongan toda la marcha en contra para frenar no seria posible de manera instantánea. Pero de que es necesario llevar a otro rumbo la dirección del país de forma inmediata es evidente.

Lo que podríamos aprender de la juventud española es que están demostrando lo hartos qué están de sus políticos (aquí es un sistema bipartidista; y partidos minoritarios con tendencias nacionalistas, socialistas, fascistas, etc.) y a días antes de la elecciones locales se les demuestre que no tienen ningún apoyo popular puede ser el inicio de que movimientos ciudadanos asuman el control de las cosas. Además han mantenido fuera a todos los partidos políticos de dichas manifestaciones.... (o eso se dice). Ya hay página en wikipedia de las protestas ~~y pueden enterarse más de qué van las manifestaciones.~~ Actualización: En el siguiente enlace se pueden enterar de qué va la cosa de estas protestas: ¿Qué pasa en España?

Les comparto lo que pasa en la plaza del ayuntamiento en Valencia, a 2 km de mi ventana... ya no solo es Madrid, una foto de twitter (http://yfrog.com/z/h09icxzej), les debo una tomada con mi cámara...

p.d. Mi mejor amigo de los últimos días ha sido mi bastón....

El peor "negocio" posible (para la ciencia), buen negocio editorial

2011-05-13T19:24:00.001+02:00

¿Porqué lo menciono como el peor "negocio"?

A mi parecer es ganancia irracional de las editoriales a costa de la investigación científica y además la hace inaccesible a los investigadores independientes, estudiantes y público en general.

Una buena parte de la investigación se financia a partir de recursos públicos, osea de los impuestos que pagamos en el lugar en el que nos encontremos, por lo cual sería justo que pudieramos tener cuenta de los resultados de dichas investigaciones y que sean parte del acervo cultural, al alcance de cualquier ciudadano. En USA y UK, que yo sepa si un proyecto de investigación se pago con fondos públicos por ley tiene que estar a disposición del público (así funciona, por ejemplo PUBMED central).

La dinámica de una investigación es que después de tener los resultados, es necesario formalizarlos y darlos a conocer: se tienen que publicar en una revista científica arbitrada. En estas revistas, un editor elige revisores para el trabajo de investigación, que son (o deberian de ser) especialistas en el tema de dicho tema. Los revisores evaluan el trabajo para verificar que sea un aporte científico, fundamentado, novedoso, además de hacer ver a los autores sobre fallos evidentes y sugerir modificaciones, análisis o experimentos adicionales para mejorar el trabajo, finalmente dar su evaluación al editor sobre si vale la pena publicar el trabajo o rechazarlo. Todo este proceso es conocido como peer review (revisión por pares).

Hasta aquí todo bien, si el resultado es que se decide aprobar el trabajo para su publicación se hacen las correcciones pertinentes y se publica el trabajo. Si no, los editores suelen sugerir que se mande a otra revista (de menos prestigio, o más especializada como se suele escribir para ser políticamente correcto).

Hay revistas de distintos prestigios y el prestigio se mide con el factor de impacto (una medida del número de publicaciones y la cantidad de citas que tiene cada revista, en un lapso de tiempo establecido). Mayor factor de impacto, más prestigio para la revista. Todo investigador quisiera tener publicaciones en revistas prestigiadas como Science o Nature. Pero siendo realistas la proporción de trabajos rechazados en dichas revistas es muy elevado, son muy elitistas con lo que sale ahí... con todo y dicho elitismo no están exentos de publicar fraudes (ver peer review anomalies) y artículos con más impacto mediatico que científico (como el del arsénico y la vida "extraterrestre").

Dichas revistas tienen más de 100 años de existir y en el siglo XX lo normal era vivir sin internet y sus bases de datos y buscadores, los archivos digitales de muchas revistas tienen costo extra si se buscan publicaciones anteriores a 1997. Los laboratorios y universidades no podian darse el lujo de tener suscripciones a revistas de forma ilimitada y cualquier laboratorio respetable tenía al menos su ejemplar impreso de Nature, Science, PNAS y alguna revista especializada de su área de estudio particular. Obviamente lo que se publicara en dichas revistas, iba a tener muchas referencias (citas), porqué era lo que más se conocia, lo que llegaba a las masas. El resto de los mortales publicaba en otras revistas y obtenerlas (o fotocopiarlas) eran motivo de visitar las grandes universidades, con hemerotecas grandes o consultar los libros de abstracts... para luego pedir por correo (no electrónico) una reimpresión, que tardaba meses en llegar...

Menos mal que comencé a estudiar la universidad en 1999 y me toco la salida de esa época... Solo use el contexto histórico para hacer ver a los más nuevos como era el proceso. En ese entonces se tenía la revista físicamente, impresa. En estas fechas, no se hace cuanto tiempo que no he podido hojear una revista de estas (en el instituto donde estoy no hay suscripciones en impreso) y todo lo veo en formato electrónico. Actualmente con las bases de datos hasta permiten configurar alertas personalizadas de que cuando hay un artículo nuevo en algún área de interés nos llega un email, no importando en que revista salga y nos ponemos al tanto en tiempo real. A mi parecer el impacto de la revista seguirá pesando, pero el impacto individual por publicación cada vez será lo que importe, osea si el trabajo es relevante, novedoso, de impacto se citará no importando donde se publique.

Aquí es donde veo el cambio en el sistema. Donde al menos los resúmenes (abstracts) de los artículos están disponibles a todo mundo para poder darnos cuenta si nos hace falta algo. Ya se eliminó la dependencia de que solo era muy visible el trabajo publicado en una revista de alto impacto. Lo malo, es que la mayoría de las revistas nos hacen un cargo por accesar a dicha información y no podemos entrar a ver el detalle fino de como se realizó una investigación hasta que no se haga dicho pago, a veces ridículos de un promedio de unos US$ 40 para poder accesar al artículo por 24 horas.... La revista no vale eso impresa, y vamos es solo acceso a la versión electrónica.

Donde viene la parte del mal negocio es que buena parte de la investigación es pagada con recursos públicos, luego para publicarse los autores, en la gran mayoría de los casos terminan pagando cuotas que van en promedio por encima de los US$1,000 por publicar un artículo de investigación, para pagar los servicios editoriales, pero resulta que la parte dura del trabajo editorial la hacen los revisores (peer review) que no obtienen ni un solo centavo por dedicar su tiempo a revisar y contribuir observaciones al trabajo. Después uno se somete a un embargo, tiempo en el cual no se puede hablar de la publicación o presentar los datos, en ningún lado hasta que no sea aceptada la publicación, para finalmente si se acepta, ceder los derechos de copia (Copyright) a la revista. Las revistas, en su gran mayoría cobran a su vez el derecho de ver dichas investigaciones a los lectores. Los autores de la investigación no ganan ninguna regalía de las ventas de la editorial con su trabajo intelectual. Los lectores a su vez tienen que pagar por ver algo que muy probablemente fue pagado con dinero público.

En los últimos años han surgido revisas que publican bajo el modelo Open Access, en el cual el lector final es público y no tiene restricciones para ver el trabajo final. Pero los autores del trabajo original son requeridos a pagar una cuota (casi siempre arriba de los US$1,000) que cubre los gastos de publicación. La mayoría de las publicaciones Open Access solo se publican en linea. Los gastos elevados de publicación se "justifican" diciendo que es para dar un mantenimiento a los servidores y garantizar que el trabajo siempre este disponible para todo mundo en la red. En este modelo en algunas revistas los autores retienen el copyright de sus trabajos. No hay paga para los revisores, pero tampoco hay ganancias lucrativas postpublicación para la revista.

Particularmente yo apoyo el Open Access, lo que se me hace injusto es el alto costo de publicación que conlleva ya que limita la capacidad de publicar a gente que tenga los recursos necesarios para hacerlo, como postdoc sería difícil conseguir publicar en solitario... Además de que US$1,000 por alojar un html, algunos pdfs (nunca más de 5 Mb) se me hace excesivo... Por ejemplo US$4.50 al mes un servicio genérico de hospedaje de páginas web sin límite de espacio y sin limite de ancho de banda al mes se puede conseguir desde US$4.50 al mes con US$1,000 se puede pagar el alojamiento de un artículo en un servidor por 222.22 meses o 18.5 años. 10 Articulos (US$10,000) podrían alojarse en ese servidor ¡unos 2,222.22 meses o 185.5 años!

Si bien estoy de acuerdo en que el desarrollo de la plataforma tiene su costo y que el pago del administrador de red y el comite editorial debe de ser justo. Creo que los costos de publicación podrían bajar de forma significativa.

Otro dolencia de publicar actualmente tiene que ver con el tiempo que involucra el peer-review, todo mundo quiere tener la primicia (scoop) cuando descubre algo. Porqué no seguir el modelo que tienen en otras áreas (física, matemáticas, etc.) como por ejemplo el Arxiv http://arxiv.org/ donde se publica todo antes del peer-review, se puede citar dicho trabajo si uno lo encuentra relevante, con esto se eliminan los conflictos de interés entre grupos competidores ya que el scoop lo tiene quien realmente hizo primero el trabajo y no quien tuvo la suerte de tener un peer-review rápido. Es un archivo preprint y se actualiza con la referencia correcta una vez que pasa el peer-review y es aceptado para su publicación. NO TIENE COSTO enviar un artículo al arxiv. Es otra filosofía de publicación que dice publica todo y que el tiempo decida que es lo relevante.

El tiempo decide basado en el número de citas de un trabajo relevante o en el olvido de los que no son citados. En este caso hay un ejemplo curioso el artículo de Watson y Crick donde describen la estructura del DNA en Nature no paso por peer review...

Before publishing one of its most famous discoveries, Watson and Crick's 1953 paper on the structure of DNA, Nature did not send the paper out for peer review at all. John Maddox, Nature's editor, stated that "the Watson and Crick paper was not peer-reviewed by Nature... the paper could not have been refereed: its correctness is self-evident. No referee working in the field ... could have kept his mouth shut once he saw the structure".^[19]

Sin embargo nadie duda de la relevancia de dicho trabajo... y el tiempo con ayuda de la comunidad científica lo confirmó. Quizá sea hora de ir usando el Arxiv o hacer que Pubmed central acepte preprints..... Al mismo tiempo de buscar bajar los precios de publicar ya que la mayor parte de dicha publicación solo se hará en formato electrónico en el futuro, buscar que nuestros trabajos sean Open Access.

El beneficio será para todos ya que la ciencia será menos elitista, al alcance de quien quiera.

Actualización:

Creo que ya hay una alternativa para nosotros, vean http://precedings.nature.com/about ahora lo que falta es ver las políticas de preprints en las revistas en las que queramos enviar, todas las revistas del grupo Nature aceptan que se publiquen aquí primero las cosas.

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Publicado desde mi Nokia N900 con MaStory

Viajando de Vancouver, BC <-> Seattle, WA

2011-04-25T23:44:00.011+02:00

El mes pasado además de la conferencia sobre el microbioma humano también fui invitado para dar una charla en el Institute for Systems Biology (ISB) en Seattlle. Pude platicar de trabajo con gente del grupo del profesor Baliga. El instituto impresiona, por su capacidad experimental, bioinformática y de genómica de secuenciación, expresión. Mi anfitrión fue mi amigo Juan Caballero, que trabaja en el ISB.

La charla bien (creo), aunque es la última vez que después de un viaje transatlántico doy una charla con jet-lag (15 horas de viaje, 3 aeroupertos, 3 países, 2 conexiones) + 5 horas de sueño + ~6 horas de tren entre Vancouver y Seattle. Posterior a la charla hubo una buena discusión, sobre trabajos ambientales con Halobacterium que es lo que ellos utilizan como modelo experimental, mucha secuenciación con Illumina y que hacer con dichos datos. Como nota me doy cuenta que tengo que aprender a hacer análisis de redes... se ven útiles.

De Seattle lo vi todo como un sueño, entre el jetlag y la velocidad con la que fuimos pasando todo puedo decir que es una ciudad bastante bonita, pero me gustaría volver con calma a conocerla que se ve que la ciudad promete. Se ve que la vida cultural y nocturna es interesante, aunque algo hipster. Pero en realidad puedo decir que vi de pasada el estadio de los seahawks atravesé el centro de la ciudad, vi la aguja, los puentes, el gnomo, pero insisto todo fue un sueño...

Lo del tren es algo que no recomiendo entre Seattle - Vancouver, si se tiene prisa o una hora fija para llegar. Acostumbrado ya a la puntualidad de los trenes en Europa, no hay parámetro para comparar a este tren. Muchas veces se dura un buen tiempo con el tren detenido ya que solo hay una vía en un tramo con mucho tráfico de carga y constantemente se tienen que hacer paradas para ceder el paso a un tren en sentido opuesto. Por lo que el viaje rara vez pasa de los 60 km/h y para una distancia de 200 km uno piensa que unas 3 horas bastan para llegar, pero de ahí a 6 es mucho. De vuelta el trayecto fue más rápido y solo hicimos 5 horas (en lugar de las 4.30 pronósticadas por Amtrack).

Ahora bien, si se tiene tiempo de sobra, el amtrack cascades es un viaje que vale mucho la pena por los paisajes durante todo el viaje, es un tren que va bordeando la costa desde Vancouver hasta Seattle, pudiendo ver una buena parte de bosques, montañas, lagos, presas, ríos e incluso mucha vida silvestre como un par de halcones marinos que puder ver en plena acción, cazando. El tren es bastante cómodo y dentro de USA tienen servicio WiFi con buena calidad y conexiones eléctricas en todos los asientos.

Personalmente lo que me fascinó fue el concepto del mar, junto con montañas, nieve, bosque, vamos que igual de impresionante debe de ser a alguien de estas latitudes ir a la selva junto al mar.

Cosas divertidas: ver la diferencia en la civilidad entre la frontera canadiense - americana, en donde todo es cordial y rápido... seguir por el mismo camino hacia el sur y ver lo pesado que puede ser cruzar la frontera desde Tijuana a San Diego. Pero bueno son cosas que van más allá de mi comprensión. También uno queda fuera de la comprensión de muchos agentes de migración (odio los controles de pasaporte, pero cada vez soy más experto).

Bueno se acabaron las vacaciones, mañana a tratar de cerrar un genoma y analizar otros tantos metagenomas...

Notas sobre el IHMC 2011 (Conferencia internacional del microbioma humano 2011)

2011-04-22T01:08:00.005+02:00

Hace unos días (marzo 2011) tuve la oportunidad de estar en el IHMC 2011 en Vancouver, Canadá, para presentar el trabajo de nuestro grupo de trabajo, nosotros trabajamos con el microbioma oral humano.

Haciendo una nube de palabras con todos los resúmenes de las charlas pueden darse una idea de que trata la conferencia.

El microbioma humano, en terminos sencillos, es el total de microorganismos que viven en las distintas partes de nuestro cuerpo. Ninguna novedad, la microbiología no es nueva, lo novedoso es utilizar las nuevas tecnologías de secuenciación de DNA para poder comprender toda la diversidad no cultivable, se supone que por las técnicas microbiológicas que dependen de tener cultivos y solo se ha podido caracterizar un 1% del total de las bacterias que existen. Con las tecnologías de secuenciación independientes de cultivo se trata de entender quienes son y qué hacen el otro 99% de las bacterias que no se han podido caracterizar.

Es un área científica joven y no se habla de esto desde hace más de unos años cuando las tecnologías de secuenciación masiva se popularizaron, yo pensaría sobre el 2005. Curiosamente el área comienza con los estudios de diversidad ambientales y a últimas fechas las mismas técnicas analíticas se utilizan con humanos tratando de ligar la presencia de consorcios de ciertas especies de bacterias a distintos estados de salud. Con todo y lo nuevo del área, ya hay una cantidad de clichés abundantes como esto del 99% de bacterias desconocidas, de una proporción 10:1 en bacterias a células humanas, todo abstract respetable o toda charla comenzaba así... la numerología siempre es interesante en estos casos:

You are outnumbered by a factor of 10 to one, by forces you cannot see. Your body has around ten trillion cells, but it’s also home to a hundred trillion bacteria. For every gene in your genome, there are 100 bacterial ones.From Discover Blogs

Por cada gen en nuestro genoma humano hay 100 genes de bacterias pululando por nuestro cuerpo... Me hacen recordar la época de la publicación del genoma humano donde antes se especulaba muchísimo con el número de genes que originalmente era un estimado de 100,000 y resultaron ser a duras penas unos 30,000 peor noticia cuando descubrieron que cualquier planta puede tener el doble de genes que nosotros. Como si un número mayor de genes fuera a hablar y justificar nuestra complejidad antropocéntrica. Pero bueno ahora ya se habla de que el conjunto de bacterias en nuestro cuerpo son como un "segundo genoma" para nosotros.

Para mi opinión y la de la nube de palabras creo que todavía seguimos en una fase muy descriptiva, tanto de los metagenomas y de los microbiomas. Una diapositiva que me gustó para ubicar nuestro lugar en el conocimiento la mostró George Weinstock en su charla:

Quizá todavía no lo veo muy claro pero a mi gusto, y lo que sí vi en la conferencia todavía estamos en una etapa meramente descriptiva, naturalista, pero no falta mucho para generar experimentos grandes para probar manipulaciones de distintas comunidades y evaluar interacciones entre microbios y el sistema inmune por ejemplo.

Otra cosa curiosa es que en el estudio del microbioma hay como 3 protagonistas con muchísimo dinero de financiamiento para poder abordar este reto por un lado el NIH americano, los europeos del METAHIT y el BGI chino, y algunas otras iniciativas masivas como los canadienses, etc. Llama la atención que al mismo tiempo grupos independientes también estuvimos presentes en la conferencia y habla bien de la democratización de la secuenciación.

Lo que es claro es que a nivel de recursos no hay manera de competir, o tratar de abordar los problemas como los grandes grupos antes mencionados, pero dentro de los grupos medianos y pequeños hay mucha gente probando hipótesis y tratando de aterrizar funciones de los microbiomas, con diseños que no son algo impresionante como secuenciar 300 individuos, pero más bien pensados como en tener grupos controles y tratar de exprimir los datos al máximo.

Bueno de cualquier manera es sano darse una vuelta de vez en cuando para conocer a los colegas y discutir la mejor manera de resolver problemas además de ver como abordarlos de otras formas que antes no se hubieran ocurrido.

Las charlas y resúmenes de la conferencia se encuentran disponibles en:

IHMC Program Book

IHMC Speaker Presentations

RNA Helicasas y una colega graduada

2011-04-17T23:51:00.000+02:00

Estoy contento de compartir esto y recordar que detrás de cada artículo hay siempre una cantidad de trabajo importante. Más gusto cuando con dicho artículo se gradua una buena amiga ¡Felicidades Varinia! Aquí su trabajo:

Open Access

10.1007/s00239-011-9441-8

Phylogenetic Distribution and Evolutionary History of Bacterial DEAD-Box Proteins

Varinia López-Ramírez¹, Luis D. Alcaraz^{1, 2}, Gabriel Moreno-Hagelsieb³ and Gabriela Olmedo-Álvarez¹

(1)	Departamento de Ingeniería Genética de Plantas, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional Unidad Irapuato, Km. 9.6 Libramiento Norte Carr. Irapuato-León CP, 36821 Irapuato, Guanajuato, Mexico

(2)	Present address: Department of Genomics and Health, Centro Superior de Investigación en Salud Pública, Avda. Cataluña 21, Valencia, Spain

(3)	Department of Biology, Wilfrid Laurier University, 75 University Ave. W., Waterloo, ON, N2L 3C5, Canada

Gabriela Olmedo-Álvarez
Email: golmedo@ira.cinvestav.mx

Received: 9 July 2010 Accepted: 4 March 2011 Published online: 25 March 2011

Abstract

DEAD-box proteins are found in all domains of life and participate in almost all cellular processes that involve RNA. The presence of DEAD and Helicase_C conserved domains distinguish these proteins. DEAD-box proteins exhibit RNA-dependent ATPase activity in vitro, and several also show RNA helicase activity. In this study, we analyzed the distribution and architecture of DEAD-box proteins among bacterial genomes to gain insight into the evolutionary pathways that have shaped their history. We identified 1,848 unique DEAD-box proteins from 563 bacterial genomes. Bacterial genomes can possess a single copy DEAD-box gene, or up to 12 copies of the gene, such as in Shewanella. The alignment of 1,208 sequences allowed us to perform a robust analysis of the hallmark motifs of DEAD-box proteins and determine the residues that occur at high frequency, some of which were previously overlooked. Bacterial DEAD-box proteins do not generally contain a conserved C-terminal domain, with the exception of some members that possess a DbpA RNA-binding domain (RBD). Phylogenetic analysis showed a separation of DbpA-RBD-containing and DbpA-RBD-lacking sequences and revealed a group of DEAD-box protein genes that expanded mainly in the Proteobacteria. Analysis of DEAD-box proteins from Firmicutes and γ-Proteobacteria, was used to deduce orthologous relationships of the well-studied DEAD-box proteins from Escherichia coli and Bacillus subtilis. These analyses suggest that DbpA-RBD is an ancestral domain that most likely emerged as a specialized domain of the RNA-dependent ATPases. Moreover, these data revealed numerous events of gene family expansion and reduction following speciation.

Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1007/s00239-011-9441-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.

Keywords DEAD-box proteins – RNA helicases – Evolutionary history – Comparative genomics – Gene family

Fig. 2 Phylogenetic tree of the DEAD-Helicase_C domains in 1211 bacterial DEAD-box proteins. Sequences containing only DEAD and Helicase_C domains were first aligned and then manually curated. We used Gblocks to extract informative positions from the protein alignment and a total of 323 non-ambiguous positions were used to conduct the phylogenetic analysis by Neighbor joining (see “Materials and methods”). The grouping of classes was determined according to clades layout. Three major groups are identified and colored yellow, blue, and green. Some Actinobacteria DEAD-box protein sequences branch in a separate divergent group (brown). The presence and absence of a DbpA RNA-binding domain (RBD) is the main feature distinguishing yellow and blue DEAD-box protein sequences, respectively, while green section sequences form a separate branch that is dominated by proteobacterial members.

Notas de instalación de Ubuntu (10.10) para la Toshiba Satellite L635-SP3006M

2011-04-10T01:34:00.000+02:00

Hace unos meses jubile-herede a mi querida laptop dell inspiron 6400 para actualizarme y comprarme una portatil más compacta y que no me doliera tanto transportar cuando estoy de viaje.

Me decidí por una toshiba satellite (L635-SP3006M), una buena oferta. La computadora tiene lo siguiente:

Intel Core i5-450M 2,40/2,66 Ghz, FSB 1066 Mhz;4 GB DDR3; 640 GB (5400 rpm); video integrado hdmi intel HM55; Boadcom 802,11 b/g/n; DVD SuperMulti de Doble Capa; 13,3" HD Tecnologia LED

Mi problema inicial es Windows (novedad...), pero he de confesar que windows 7 no está nada mal si lo comparan con el vista... pero a final de cuentas windows.

Para instalar linux van a tener que actualizar el BIOS con la versión más nueva que la versión que traía la máquina por defecto ocasionaba un error (bloqueo) en el inicio del instalador o sesion live de linux. Pueden bajar e instalar el nuevo BIOS desde la siguiente dirección:

http://www.csd.toshiba.com/cgi-bin/tais/support/jsp/modelContent.jsp?ct=DL&os=&category=&moid=2707769&rpn=PSK00U&modelFilter=L635-SP3006M&selCategory=2756709&selFamily=1073768663

Actualizar a BIOS v1.90 o más reciente.

Después en Ubuntu 10.10 todo el hardware va a ser reconocido de manera automática a excepción de la tarjeta de sonido que va a funcionar pero presenta un error en el jack de la salida de audio analógica (suenan las bocinas de la laptop, aunque este conectada a otra salida) y el micrófono (no reconoce la salida). Para solucionar este error basta con instalar la versión de desarrollo de el controlador alsa.

Como se menciona aquí, lo que hay que hacer desde la terminal es:

Agregar el repositorio ppa

$sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-audio-dev/ppa
$sudo apt-get update

Instalar el paquete linux-alsa-driver-modules

$sudo apt-get install linux-alsa-driver-modules-$(uname -r)

Y reiniciar el sistema para ver los cambios efectuados.

Todo parece funcionar bien, la salida de audio ya funciona y el micrófono también, aunque no he probado la salida HDMI para comprobar si funciona todo bien.

No recuerdo si se instala por defecto pero recomiendo instalar las toshiba utilities para evitar problemas de sobrecalentamiento (que no he tenido):

$sudo apt-get install toshutils

Todo en Linux :-)

2011-04-09T21:41:00.001+02:00

Este es el primer post que hago desde mi celular y ahora despues de mucho tiempo puedo decir que todas mis computadoras & gadgets se encuentran funcionando de maravilla en distintos sabores de debian (ubuntu, y maemo en mi N900).... Estoy probando la app para postear en blogs y está comodo con el teclado habia tenido unos problemas en la tarjeta de sonido de la laptop pero ya está solucionado con la versión dev de los controladores alsa....

Por cierto el editor se llama MaStory y se puede descargar para el N900

Understanding the evolutionary relationships and major traits of Bacillus through comparative genomics

2010-05-27T00:44:00.007+02:00

Research article

Luis David Alcaraz¹ , Gabriel Moreno-Hagelsieb² , Luis E Eguiarte³ , Valeria Souza³ , Luis Herrera-Estrella¹^,4 and Gabriela Olmedo¹

¹Departamento de Ingeniería Genética, Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del I.P.N. Campus Guanajuato, AP 629 Irapuato, Guanajuato 36500, México
²Department of Biology, Wilfrid Laurier University, 75 University Ave. W. Waterloo, ON, N2L 3C5, Canada
³Departamento de Ecología Evolutiva, Instituto de Ecología, Universidad Nacional Autónoma de México, CU, AP 70-275 Coyoacán 04510 México DF
⁴Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad (Langebio), Centro de Investigación y de Estudios Avanzados del I.P.N. Campus Guanajuato, AP 629 Irapuato, Guanajuato 36500, México

author email corresponding author email
BMC Genomics 2010, 11:332doi:10.1186/1471-2164-11-332
The electronic version of this article is the complete one and can be found online at: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/11/332

Received:	29 December 2009
Accepted:	26 May 2010
Published:	26 May 2010

© 2010 Alcaraz et al; licensee BioMed Central Ltd.
This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License (http://creativecommons.org/licenses/by/2.0), which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.

Abstract

Background

The presence of Bacillus in very diverse environments reflects the versatile metabolic capabilities of a widely distributed genus. Traditional phylogenetic analysis based on limited gene sampling is not adequate for resolving the genus evolutionary relationships. By distinguishing between core and pan-genome, we determined the evolutionary and functional relationships of known Bacillus.

Results

Our analysis is based upon twenty complete and draft Bacillus genomes, including a newly sequenced Bacillus isolate from an aquatic environment that we report for the first time here. Using a core genome, we were able to determine the phylogeny of known Bacilli, including aquatic strains whose position in the phylogenetic tree could not be unambiguously determined in the past. Using the pan-genome from the sequenced Bacillus, we identified functional differences, such as carbohydrate utilization and genes involved in signal transduction, which distinguished the taxonomic groups. We also assessed the genetic architecture of the defining traits of Bacillus, such as sporulation and competence, and showed that less than one third of the B. subtilis genes are conserved across other Bacilli. Most variation was shown to occur in genes that are needed to respond to environmental cues, suggesting that Bacilli have genetically specialized to allow for the occupation of diverse habitats and niches.

Conclusions

The aquatic Bacilli are defined here for the first time as a group through the phylogenetic analysis of 814 genes that comprise the core genome. Our data distinguished between genomic components, especially core vs. pan-genome to provide insight into phylogeny and function that would otherwise be difficult to achieve. A phylogeny may mask the diversity of functions, which we tried to uncover in our approach. The diversity of sporulation and competence genes across the Bacilli was unexpected based on previous studies of the B. subtilis model alone. The challenge of uncovering the novelties and variations among genes of the non-subtilis groups still remains. This task will be best accomplished by directing efforts toward understanding phylogenetic groups with similar ecological niches.

BMC Genomics

Volume 11

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la ciencia y los medios

2009-05-23T04:20:00.006+02:00

Ya he discutido en otras ocasiones como manejan los medios la información. Cuando se trata de información científica se vuelve muy divertido, más aún si lo mezclamos con política.

En phdcomics una caricatura muestra esto:

La semana pasada se llevo a cabo una visita oficial del Presidente Calderón al Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad (Langebio). La genómica se define por la EPA como:

Un genoma es la suma total de los genes individuales de un organismo. La genómica es el estudio de todos los genes de una célula, o tejido, a nivel de DNA (genotipo), mRNA (transcriptoma) o proteínas (proteoma).

La definición de la Conabio de biodiversidad es:

La biodiversidad o diversidad biológica es la variedad de la vida. Este reciente concepto incluye varios niveles de la organización biológica. Abarca a la diversidad de especies de plantas y animales que viven en un sitio, a su variabilidad genética, a los ecosistemas de los cuales forman parte estas especies y a los paisajes o regiones en donde se ubican los ecosistemas. También incluye los procesos ecológicos y evolutivos que se dan a nivel de genes, especies, ecosistemas y paisajes.

Con los dos conceptos anteriores son suficientes como para darse una idea de que puede ser la labor de un instituto/laboratorio que combina la biodiversidad y la genómica.

Ahora bien, cuando los políticos hablan de ciencia (en este caso el presidente), los medios lo presentan así:

http://www.eluniversal.com.mx/notas/599484.html

El presidente Felipe Calderón visitó las nuevas instalaciones del Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad, con el cual México se coloca a la altura de países como Francia y Gran Bretaña en el sector científico.

http://www.exonline.com.mx/diario/noticia/primera/pulsonacional/resaltan_bondad_de_ciencia_genomica/608414

Destacó los beneficios que el impulso del conocimiento genómico tiene para el desarrollo agrícola. Puso algunos ejemplos: generación de semillas más resistentes a plagas y heladas, mayor impacto nutricional o capacidad de comercialización, vegetales con propiedades medicinales, entre otros “bienes y servicios que contribuirán al aprovechamiento sustentable de los recursos”.

http://www.informador.com.mx/mexico/2009/105210/1/calderon-asegura-que-fortalecera-gasto-en-ciencia-y-tecnologia.htm

instalaciones con las que México se coloca a la altura de Francia, Gran Bretaña o China en el estudio del genoma.

http://www.milenio.com/node/219261 en este sitio hay un video!

poner a México en la vanguardia biogenética

http://www.jornada.unam.mx/2009/05/22/index.php?section=sociedad&article=044n1soc

faltó coordinación entre el sector salud e instituciones de investigación para atender el tema de la influenza A/H1N1.

El investigador explicó que este laboratorio perteneciente al Cinvestav, cuenta con la tecnología más moderna del mundo y por eso, más allá de invertir en secuenciadores genómicos lo conveniente es coordinar esfuerzos entre las distintas instancias para aprovechar el potencial de estos equipos.

el secretario de Agricultura, Alberto Cárdenas, entregó .... una mazorca de maíz guinda que, a diferencia del tradicional, es toda morada, para que lo estudien.

Esta nota la dejo abierta y espero divertidos comentarios a la misma (pueden ser anónimos no hay necesidad de registrarse)

Transmisión en Vivo del Congreso Anual de la Sociedad de Microbiología Americana (ASM-GM)

2009-05-19T07:30:00.007+02:00

Me encantan las posibilidades que ofrece la red. En este caso se pueden ver las pláticas en vivo de la conferencia de la ASM en Filadelfia 2009. Yo tenía antojo de asistir pero en estos momentos estoy más ocupado tratando de mandar un artículo y terminar mi tesis doctoral. Lo bueno... es que además de estar transmitida en vivo (algunas pláticas, lástima que no toda la conferencia) se puede preguntar por distancia a través de twitter:

http://twitter.com/#search?q=asmgm

El sitio original de la transimisión: http://www.ustream.tv/channel/2009-ASM-General-Meeting

Revisar la mesa redonda sobre Ciencia Abierta, es muy bueno el debate! (se pueden revisar las sesiones pasadas en el visualizador de arriba)

El programa completo lo pueden consultar en MicrobeWorld:

http://beta.microbeworld.org/index.php?option=com_content&view=article&id=418

Opiniones cuasi-objetivas sobre la influenza en México

2009-05-08T10:36:00.005+02:00

Después de toda la situación de la influenza en México quiero compartir mis opiniones cuasi-objetivas al respecto. Lo presento de la siguiente forma:

Analfabetismo científico
Las redes sociales: la idiotez colectiva (¿?)
Transparencia
Racismo
El futuro del país…

Analfabetismo científico.

En México, contamos con un índice de alfabetismo de 98.1 % pero es notable la falta de educación sobre ciencia en la población (en general). La ignorancia sobre conceptos básicos sobre enfermedades y agentes infecciosos en la población da como consecuencia que una emergencia sanitaria sea tomada con miedo y desconfianza, además de prestarse a interpretaciones políticas e ideológicas. Contrastando con la reacción de un país educado, atendiendo las recomendaciones sanitarias de manera eficiente.

La nula cultura preventiva de nuestro país se evidenció. En este caso parece ser que la población en general prefiere ver grandes cantidades de decesos que tomar consciencia de la gravedad en potencia de la situación y actuar en consecuencia. Al principio de la emergencia el miedo pudo controlar la situación ya que era algo inédito, pero al pasar de unos cuantos días la gente comienza a desconfiar sobre la efectividad de la “auto-cuarentena”, la gravedad/realidad de la situación, etc., desconfianza alimentada por lo poco fiable de la información distribuida en los medios, que actuaron con una irresponsabilidad ejemplar… donde más ansiosos por distribuir datos morbosos y generar rating se dedicaron a distribuir datos de defunciones/infecciones sin comprobación previa, mismo caso de la secretaria de salud. No voy a justificar este hecho, pero hay que comprender que nuestro sistema de salud no tiene el mismo estándar de calidad a lo largo y ancho del país, no es lo mismo ser atendido en un instituto nacional como el INER, en las clínicas más grandes del ISSSTE o del IMSS, que en un hospital de los sistemas de salud estatales/municipales. La cultura del no ir al médico tiene hasta frase popular en México: Te puedes sentir mal, pero no te puedes enfermar. Sobre las carencias del sistema de salud evidenciadas en esta crisis, los refiero a una nota periodística en El País:

http://www.elpais.com/articulo/sociedad/servicio/salud/complice/virus/elpepusoc/20090503elpepisoc_4/Tes

La necesidad de la auto-cuarentena era evidente ya que como se mencionó al inicio de la crisis, solo se contaban con 1 millón de dosis de antivirales al inicio de la declaración de epidemia. Si sacamos cuentas estamos en un país con aproximadamente 103, 263,388 (INEGI, 2005) si consideramos que solamente el 1% de la población (~ 1,032,633) infectada estamos hablando de que ya con ese porcentaje de la población no sería posible tener medicamentos para todo mundo, por eso lo más efectivo es evitar la cantidad de contagios persona-persona. Además de que estos antivirales estaban en nuestro país en reserva desde el brote del SARS (síndrome respiratorio severo y agudo) en China y Canadá (http://www.milenio.com/node/204476; http://www.eluniversal.com.mx/notas/593564.html; http://www.dgcs.unam.mx/boletin/bdboletin/2009_277.html ). Comparando con Estados Unidos donde cuentan con 50 millones de dosis de antivirales, para una población de 306,050,595 personas ellos garantizan dosis para el ~ 16% de su gente. Tratando de fomentar más la cultura de la prevención les aseguró que aunque la vacuna está en preparación, no todos seremos seleccionados para poder ser vacunados, no hay manera de producir las vacunas para todo el planeta (6 mil millones) a lo más se tendrán unos 2 mil millones ¿porqué pensar global? La gente viaja y los contagios son mundiales, ya comienzan a generarse los datos para hacer modelos predictivos de estos escenarios.

Posibles soluciones: Revisar los planes de estudio de educación obligatoria, incluir elementos básicos sobre cuidado de la salud e higiene personal, así como la salud comunitaria. Hacer trabajo masivo de divulgación científica, exigir que los medios de comunicación dediquen parte de sus programaciones a difundir el trabajo científico de manera seria (Dr. House, Bones, CSI, Myth Busters, etc., no son ciencia...! ) Exigir que todo funcionario público y personal de los medios de comunicación tenga dichos conocimientos mínimos…(… sí, es mucho pedir, pero hay que poner límites a la idiotez colectiva). Revisar el sistema de salud pública en México, estandarizar criterios de calidad en el servicio y lo lamentable actualmente es que los pacientes son vistos más como una carga económica al presupuesto del hospital que como pacientes. Quizá no es tanto cuestión del presupuesto si no que el sistema de salud pública en nuestro país se encuentra sumamente estratificado, tenemos el sistema de salud federal, el ISSSTE, IMSS, Seguro Popular, Sistemas hospitalarios estatales, municipales, Cruz Roja y el sistema privado… Muchos de los mal entendidos con las cifras iniciales en la epidemia se debieron a diagnósticos equivocados en los hospitales periféricos del sistema de salud, además de la gran cadena de mandos que se sigue (como jugar a lo que aquí llamamos teléfono descompuesto…), que daban como resultado final incongruencias en la cantidad de infectados/decesos que causaron gran confusión, debido también a las diferencias abismales en personal y equipamiento médico en cada caso.

Si bien existe el Centro Nacional de Vigilancia Epidemiológica y Control de Enfermedades, http://www.cenavece.salud.gob.mx/ todavía dista mucho de su homologo gringo, el CDC http://www.cdc.gov, más allá de los aspectos técnicos y logísticos la simple información que se difunde en sus sitios web hacen claras las diferencias. Aclarando que no es que en México no existan especialistas capaces, pero ahora hace falta el compromiso serio de financiar estos proyectos a largo plazo y que no sea en emergencias cuando con “inyecciones” espectaculares de dinero se quiera solucionar una falta de planificación por muchos años, al instante. (http://www.el-universal.com.mx/nacion/167544.html, http://www.cronica.com.mx/nota.php?id_nota=429547 )

Las redes sociales: la idiotez colectiva (¿?)

Soy partidario total de una red libre e interactiva además del acceso libre e irrestricto a la información, una razón de la existencia de este blog y de participar en redes sociales. Las ventajas que da la red para acceder a información es invaluable, pero nunca había visto en acción los peligros que conlleva la distribución masiva de información infundada, donde la única defensa es el criterio e investigar la veracidad de la información recibida, lo triste es que poca gente se detiene a pensar siquiera un par de segundos antes de reenviar masivamente información sin fundamento alguno, fomentando así la desinformación colectiva.
Transcurridos unos días de la cuarentena se comenzaron a circular correos electrónicos que primero especulaban con el origen terrorista, económico, político, comercial del virus. En este mismo espacio me dedique a contestar (en medidas de mis posibilidades y con fundamentos) uno de estos mails especulativos .

Otro correo, que causa pena ajena, es un mail reenviado de una entrevista a un tal Dr. Siegel (http://tinyurl.com/dbzot8) un dizque especialista en influenza, dizque porque cuando busco sus artículos arbitrados sobre el tema no encuentro más que 3 publicaciones en revistas nada científicas como Fortune, y lo que parecen ser memorias de dos congresos (sin resumen disponible, por supuesto) si quieren corroborarlo (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/portal/utils/pageresolver.fcgi?log$=activity&recordid=1241761881706601) y cuando buscas en google que más hace el señor, oh sorpresa (!) tiene un par de best-sellers en amazon: False Alarm: The Truth about the Epidemic of Fear, Bird Flu: Everything You Need to Know About the Next Pandemic, ha de estar encantado de sus ventas de libros disparándose y nada mejor que afirmar sin un dato (duro), un libro de ese tipo no es un aporte científico… voy a citar una sola cosa de ese correo:

“El virus puede evolucionar a peor: eso es posible, pero no entra dentro de mis pronósticos y he estudiado muchas gripes. Este virus no aguanta más de dos contagios y ya está debilitado. Es una pandemia suave. “ -> sin palabras….

Cuando la gente seria se encuentra trabajando en las secuencias de los genomas de los virus para saber en términos reales el origen evolutivo del mismo, este idiota contesta lo siguiente sobre el origen del virus:

“Está claro que proviene de los cerdos. Esta mañana yo estaba en la tele cuando un ciudadano nos ha enviado un correo: “Dice usted doctor que esta gripe viene del cerdo, tiene similitudes con la gripe aviar y se contagia entre humanos: ¿Eso significa que los cerdos por fin van a volar?” “ -> sin palabras de nuevo….

Después de un tiempo comencé a recibir más correos pero ahora aludiendo a una cosa llamada doctrina del shock (http://www.youtube.com/watch?v=zB3YYj6R9ds) pueden ver el video en el vínculo… y el virus de influenza A H1N1 de repente se convirtió en un mecanismo del mercado internacional y una mentira colectiva, un mito urbano pues… (junto con el sismo que coincidió con el virus en el DF, así como el tsunami, etc. ¿esos simos serán provocados por bombas atómicas detonadas en el fondo marino para controlar el mundo? <- ironía pesada). Seguramente las ganancias de las farmacéuticas que producen los antivirales y las vacunas (Roche y Aventis) se están disparando, pero el análisis del impacto social y económico se hace una vez que se ha contenido la emergencia en este caso un virus, del cual se desconocía todo… y todavía se está en proceso de conocerse y el análisis de las consecuencias sociales/económicas apenas comienza. Finalmente la información es la que nos libera de ataduras y la información se está dando en tiempo real, se me hace temprano para concluir cualquier cosa aún sobre el impacto social/económico del virus de la influenza. Con este video y otras cosas como la película Zeitgeist en manos del escéptico que cree cualquier video de conspiración, me da miedo, el escepticismo sin investigación de por medio, el escepticismo nihilista. La duda y la curiosidad son el inicio de cualquier investigación pero quedarse en lo superficial es lo preocupante.
Solución: Ser realmente críticos y analizar la información que recibimos/enviamos…

Transparencia

Parece que por fin se tienen datos sobre que tanto nos ha afectado, me gusto la presentación que hizo el secretario de salud el día 6 de mayo. Pueden ver la presentación en la siguiente dirección:
http://www.salud.gob.mx/unidades/dgcs/sala_noticias/discursos/GRAFICAS06DEMAYO.pdf
¿Porqué me gusto? Se presentan datos como el número de defunciones por fecha, por grupo de edad (con un pico entre los 20-29 años), por sexo, por estado. Así como los primeros datos de epidemiología que veo en todo esto (una Ro=1.4). Gráficas donde ven la progresión en los contagios y donde señalan las fechas de donde se toman las medidas de precaución. Estos datos son preliminares, pero por primera vez veo una síntesis seria de la situación del país. Por favor vean la presentación.

Si los datos hubieran sido presentados con esta claridad desde el inicio no habría tanto problema sobre la credibilidad de la situación.

Racismo

En un pasado reciente se han tenido crisis similares en Canadá y China con el brote de la gripe aviar que provoca el SARS. China implementó en su momento cuarentenas para evitar el contagio, (aún cuando el SARS no era contagiado persona – persona). En esta nueva epidemia China aisló ciudadanos mexicanos, al parecer, de manera arbitraria y dichas acciones fueron calificadas como racistas, el gobierno mexicano mando un avión para rescatar a los nacionales afectados. Hoy se dio de alta en Shanghai uno de los mexicanos diagnósticado para H1N1 se queda porque es estudiante de posgrado, pero en la nota no se ve que se queje del trato recibido (http://www.eluniversal.com.mx/notas/596336.html), pero parece que esta nota carece de importancia cuando se compara con el regreso de los mexicanos “rescatados”. Así como un ignorado comunicado de la embajada China (http://www.eluniversal.com.mx/notas/596008.html) donde explican las medidas tomadas. Lo bueno es que no hay saldo rojo que lamentar en la situación y se deberían de frenar en seco las acciones recriminatorias que solo promueven el racismo mutuo. Los modos del gobierno chino son quizá muy rudos para alguien educado en occidente, sin tratar de justificarlos, pero creo que son sus modos (sí, muy cuestionables) de proteger a su población (enorme, más de 1300 millones).

La memoria histórica es bien cortita, y creo que es mal universal, no solo de nosotros los mexicanos. Aunado al mito de que en México no existe el racismo y somos la gente más abierta del planeta… He aquí un ejemplo de eventos de discriminación en México: En plena revolución mexicana (mayo de 1911) hubo una matanza de más de 200 chinos en Torreón, discriminados por ser mano de obra barata, idiosincrasia, quizá por no ser católicos, incluso se dio la formación de un movimiento cuasi nacional por mantener libre México de culturas “exóticas”, encontré este libro electrónico que ilustra el caso de la discriminación en México:

La discriminación en México: El caso de los nacionales chinos de Manuel González Oropeza (http://www.bibliojuridica.org/libros/1/148/5.pdf) -> es interesantísimo una lección de historia para no olvidar…
Pueden consultarlo online a través de la biblioteca del Instituto de Investigaciones Jurídicas de la UNAM.
El racismo es ignorancia, no hay que caer en el, incluso cuando se es víctima… se reclama, no se vuelve racista uno en respuesta a la agresión.

El futuro del país…

En el escenario actual se muestra claramente que las estrategias de desarrollo nacional son equivocadas. Tenemos un país que ha invertido muchos recursos en turismo, servicios, recreación, así como en la creación de empresas donde el móvil es la ganancia de recursos inmediata sin inversión en desarrollo e investigación. Tras una crisis como la actual los estragos de una economía basada en remesas, turismo y venta de productos no procesados (petróleo, por ejemplo) se sienten. Esta carencia de generación de conocimiento propio nos hace dependientes de los países que sí invierten en el desarrollo de conocimiento, es fácil quejarse de que las farmacéuticas se hacen millonarias con las ventas actuales de antivirales, vacunas, etc., pero detrás de eso existe una infraestructura que invirtió para generar ese conocimiento. Ahora que nos damos cuenta de dichas carencias, a trabajar para solucionarlas: en salud, educación, investigación, economía, etc.
Para más opiniones -cuasi objetivas- sobre la influenza/conspiración/ignorancia/farmacéuticas/vacunas vean el siguiente post:
http://rudimenthos.blogspot.com/2009/05/sobre-la-conspiracion-de-la-influenza.html

es más rápido reenviar información boba que analizar su contenido...

2009-05-03T03:46:00.004+02:00

Mis estimados, la cantidad de basura circulando por la red sobre la conspiración de la influenza ya da nauseas... verifiquen la información que reenvían antes de generar una reacción en cadena de idioteces.

Lean esto, una crítica personal fundamentada, contra la información hueca de la influenza que circula por la red:

Sobre la conspiración de la Influenza: Calderón, Sarkozy, Obama, la OMS y las Granjas en Veracruz - En las primeras entradas que escribí sobre la influenza intenté ser objetivo (releer con énfasis: intenté), dándole preferencia a la información que era ne...

Explicación sobre el origen de la influenza A H1N1 (2009) con dibujitos....

2009-05-02T00:49:00.006+02:00

Este es un archivo traducido del NIAID por si quieren ver la versión original en inglés.

Ahora bien así es como se origina el virus en la teoría, para todos mis estimados conspiradores y escépticos desinformados, para ir más allá de la caricatura pueden ver los datos reales de donde se analizan los genomas virales aislados de este brote en la siguiente dirección:

http://tree.bio.ed.ac.uk/groups/influenza/

El investigador responsable de esto es Andrew Rambaut de Inglaterra y pueden ver sus publicaciones (en las mejores revistas científicas en la sigiente dirección):

http://tinyurl.com/d4zvj2

Si quieren ver porqué se dice que proviene de 3 recombinaciones poco usuales vean la imagen que se presenta en la siguiente dirección:

http://tree.bio.ed.ac.uk/groups/influenza/wiki/aea97/Phylogenetic_analysis_and_reassortment.html

Y pueden revisar las secuencias por ustedes mismos:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/FLU.html

Germán pone algunas secuencias y filogenias resultante que el realizó y las puso disponibles en su blog:

http://tinyurl.com/c7uqhr

Y volviendo a las imágenes que dicen más que mil palabras, vean el vídeo siguiente que muestra el ciclo lisogénico de un virus, en este caso es una bacteria y un virus que ataca bacterias, es para que se den una idea de como es el ciclo de vida de un virus, en eucariontes (organismos con núcleo, como nosotros) el proceso es más complicado pero la idea básica es la misma.

En el siguiente vínculo pueden consultar un esquema del ciclo de vida de un retrovirus:

http://tinyurl.com/dn9xuc

Saltando de tema. La UNAM ha lanzado un portal donde tiene información general sobre la influenza:

http://influenza.unam.mx

Donde hay podcast, webcast, etc. Lo más interesante (más allá de los comunicados oficiales) es que tienen un vínculo para reportar casos para auxiliar a los estudios epidemiológicos, para registrar contagios y de esta manera saber la tasa de infección. NO es para registrar al "primo del amigo del vecino" lo cual es super necesario para el análisis de la enfermedad y para dispersar los rumores de que esto no es real. La dirección para reportar casos es la siguiente:

http://www.influenza.unam.mx/cuestionario/

Respuesta a especulaciones sobre la influenza A (H1N1)

2009-04-30T22:21:00.011+02:00

En estos días se ha estado circulando por distintos medios (email, facebook, hi5, etc.) comunicados que aluden a la conspiración sin brindar fundamento alguno de lo que está pasando realmente con la influenza. Presento aquí uno de los presentes emails tal cual me llegó (en color rojo e italizado, sin editar) y algunas respuestas que considero pertinentes:

Sera ????

Ya no sabe uno ni que pensar...

El pasado 2 de abril durante la reunión del grupo de G7 integrado por EU, R. Unido, Canadá, Alemania, Italia y Japón se dieron 2 conclusiones fundamentales.

1- La economía mundial necesitaba un cambio.

2- El FMI. Destinaria 500,000 millones de dólares para ayudar a las economías emergentes, (países pobres dispuestos a colaborar) pues bien los dados estaban en el aire.

Solo recomiendo realizar una consulta a la siguiente dirección: http://www.imf.org/external/spanish/np/sec/pr/2009/pr09139s.htm Donde están las resoluciones del Fondo Monetario Internacional (FMI) tomadas el 25 de abril de 2009.

3- Luego vino la reunión privada del presidente Obama y Felipe Calderón el 16 y 17 de abril.

Sorpresivamente el jueves 23 de abril el presidente de México convoco a una reunión de emergencia con su gabinete, y por la noche el secretario de salud José ángel córdoba Villalobos anunciaba en cadena nacional la aparición del virus de la influenza, y las medidas inmediatas como la suspensión de las clases a todos los niveles en el DF y el estado de México.

El 24 de abril el G7 declara la economía mundial debería ponerse en marcha este año y que se lanzarían todas las acciones necesarias.

Finalmente lunes 27 de abril la empresa farmacéutica Sanofi Aventis anuncia que inyectara 100 millones de euros en una nueva planta de vacunas y donaría 236,000 dosis a México como apoyo al control de la enfermedad.

De todo lo anterior veamos lo siguiente:

1. Desde hace más de 2 años la industria farmacéutica a nivel mundial tenía problemas financieros por la baja en la venta de medicamentos.

FALSO. Consultando los datos del Fortune 500 (http://money.cnn.com/magazines/fortune/fortune500/) Hice el siguiente gráfico con las ganancias de farmaceúticas en 2007 y 2008:

De todas las empresas Farmaceúticas en el top 500 todas presentan ganancias a excepción de Pfizer con un ligero retroceso. No es defender a las farmaceúticas que es una industria voraz, pero el argumento empleado en el correo es falso, no hay pérdidas en los últimos dos años.

2. Si no creas guerras crea enfermedades (la economía mundial debería ponerse en marcha)

Si lo mismo pensó Hernán Cortés cuando llego a México…. (Nótese el sarcasmo en esta línea).

Las pandemias (epidemia global) en la historia no son cosa nueva:

Plaga de Justiniano, del 541 al 750 causado por la bacteria Yersinia pestis, mató entre el 50 y 60% de la población de Europa.

La peste bubónica, de 1347 a 1352, mató a 25 millones en Europa (entre el 25 – 50% de la población de Europa, Asia y África; población mundial en ese tiempo = 500 millones) [13]

La viruela y la tifoidea introducidas por los exploradores europeos a América en los siglos XV y XVI, provocando una pandemia en Centro y Sudamérica. En México se estima que murieron hasta 20 millones entre 1518 y 1568, producto de estas enfermedades. [14]

La primera epidemia de influenza reportada fue entre 1556 y 1560 con un estimado de mortalidad del 20% [14]

La viruela en su primer epidemia documentada en Europa mato a un estimado de 60 millones de personas en el siglo XVIII [15]

En el siglo XIX la tuberculosis mató a un cuarto de la población en Europa [18]

En la pandemia de influenza de 1918 (conocida también como influenza española) mató entre 50 y 100 millones de personas (2% de la población mundial en ese entonces [19].

En tiempos presentes la influenza mata a cerca de 250,000 – 500,000 personas por año (las cepas ya conocidas, no las nuevas variantes epidémicas como la actua de la cual todavía no tenemos datos definitivos de mortandad, ver más adelante...l).

3. México perfecto trampolín para lanzar la enfermedad, de aquí saldrían turistas a diferentes partes del mundo, curiosamente los países que reportan enfermos que estuvieron en México, y que están reforzando su cerco sanitario son los países que integran el G7, que raro!!

Todo país perteneciente a la Organización Mundial de la Salud (OMS) sigue las medidas sanitarias, estamos en fase 5 de alerta pandémica:

“La fase 5 se caracteriza por la propagación del virus de persona a persona al menos en dos países de una región de la OMS. Aunque la mayoría de los países no estarán afectados en esta fase, la declaración de la fase 5 es un indicio claro de la inminencia de una pandemia y de que queda poco tiempo para organizar, comunicar y poner en práctica las medidas de mitigación planificadas.”

Seguramente los del G7-G20 tienen más capacidad logística y económica, pero son 193 países los afiliados a la OMS los que están tomando sus precauciones. Sí, países como Burkina Faso, Burundi, Fiji, Kasajstán, Yemen, etc., también están incluidos y deben de estar alertas de estas indicaciones. La lista completa de países miembros de la OMS pueden consultarla aquí:

http://www.who.int/countries/es/

Lo que pasara esta semana que viene. Muy probable la suspensión de actividades en todas las empresas del DF y Estado de México, ya las clases se suspendieron hasta el día 6 de mayo, donde el gobierno hará un análisis de la farsa y vera conveniente el que siga, o la declaración tan estudiada "gracias a las medidas que se tomaron a tiempo y el apoyo de la ciudadanía pudimos controlar la enfermedad"

4. Ponte a pensar de que se está hablando a nivel internacional ahora ¿del virus o de la crisis financiera?. Esto de antemano es un alivio para el banco mundial y las bolsas del mundo.

Distribuye este correo a todos tus contactos no se vale nos quieran ver la cara como lo han hecho en el pasado, (chupacabras, ovnis, leche contaminada etc.)

El virus de influenza A h1n1, se puede detectar si tienes el laboratorio, En México tenemos los laboratorios necesarios para el diagnóstico en la UNAM, Cinvestav, Institutos de Salud, etc. aquí esta uno de los protocolos:

http://www.who.int/entity/csr/resources/publications/swinefluPyrosequencing_20090428.pdf

Lamentablemente para el chupacabras y los ovnis no hay protocolos publicados ni forma de medirlos (que yo sepa).

Y si puedes saca copias para la gente que no tiene internet, esta gente como siempre es la más afectada, mira los noticieros y las ventas de las farmacias se ha incrementado y el costo de los cubrebocas ya llego a 7 pesos imagínate las risas de quien esto orquesto al ver a la gente con cubrebocas.

¡NO DIFUNDAS INFORMACIÓN SIN FUNDAMENTO POR FAVOR!

Si alguien debate que con el paro México perdería mucho pues no, para eso es el fondo que destino el FMI, e imagínate las ganancias de la farmacéutica a nivel mundial, y como lo acaba de anunciar el Secretario de Economía de México por dinero no paramos para combatir la enfermedad, y por último los empresarios considerarían este paro un alivio y muchos vivales como siempre pagaran la mitad a sus empleados.

El presidente anuncio que la enfermedad es curable, y siempre nos manejan cifras a medias ¿donde están los muertos y donde están concentrados los enfermos?,

Yo anexo los siguientes puntos:

1. Si realmente es tan contagioso, ¿cómo y donde están las familias de los muertos?

Las cifras oficiales de infectados/decesos pueden ser consultadas en

http://www.who.int/csr/disease/swineflu/en/index.html

Donde hasta la fecha (30 abril, 2009, 1:42 p.m. GMT -6) hay 257 casos en 11 países. México tiene 97 infectados confirmados con 7 muertes confirmadas. Aquí conviene mencionar las definiciones para la enfermedad:

Casos confirmados: personas con fiebre severa y enferemedad respiratoria con una prueba de laboratorio que confirme esto:

1. RT-PCR tiempo real
2. Cultivo viral

Casos probables: personas con fiebre severa y enfermedad respiratoria que es positiva para influenza A pero negativo para los tipos H1 y H3 por RT-PCR.

Casos sospechosos: personas con fiebre severa y enfermedad respiratoria que han estado en contacto con alguien infectado hace no más de 7 días y/o no más de 7 días de haber viajado a alguna localidad donde hay casos confirmados de la infección además de residentes de lugares con infección confirmada.

http://www.cdc.gov/swineflu/casedef_swineflu.htm

Como se darán cuenta diagnosticar casos confirmados lleva tiempo experimental (24-72 horas), por lo que seguramente se trata de un sub-estimado del real dentro de la población. Ahora bien en períodos epidémicos con el simple hecho de ser caso sospechoso hay que dar el tratamiento inmediatamente, posteriormente se confirmará el padecimiento.

Las estadísticas oficiales de las publicadas en periódicos van a diferir ya que las oficiales son exclusivamente los casos confirmados. Los datos confirmados tendrán un retraso implícito siempre, por lo que hay que considerar seriamente a cualquier caso sospechoso en lo que dura el brote.

Para saber que tan contagioso es se calcula lo que se llama una tasa secundaria de ataque. Para esto el primer caso de un grupo definido (como una escuela/familia/grupo social) se identifica y la gente infectada por este individuo (casos secundarios) se documentan. Si el número de susceptibles en el grupo es n y el número de casos secundarios es x un estimado de la tasa de transmisión se da por:

p = x / n

Y todavía no ha pasado el tiempo necesario de incubación en muchos casos, los datos son escasos siendo muy temprano para hablar de que tan infectivo es el virus, así como para saber que tan letal es también ya que la tasa de mortandad tampoco se puede conocer con exactitud ni siquiera aproximada al día de hoy. Pero estos datos saldrán eventualmente. Y se podran hacer predicciones de como se comportara la infección del virus.

Ahora bien para el diagnóstico el tiempo de toma de la muestra es crucial para detectar correctamente el virus. Si no se hace en el pico de infección es posible desarrollar los síntomas y que el virus no sea detectable en tiempos posteriores.

Más detalles de cómo se hace la detección:

http://www.cdc.gov/swineflu/specimencollection.htm

2. Si la influenza porcina es una mutación del virus original de los cerdos, entonces el brote de la infección debería haber comenzado en el campo y no en la ciudades.

Los virus evolucionan, una imagen que lo ilustra. Aquí hay más detalles de esto si quieren profundizar.

En estos momentos hay gente analizando las secuencias de los genomas de los virus para determinar origen y contrastes con otras cepas de virus (varios de nosotros involucrados, por iniciativa propia). Los genomas, por si quieren ayudar, están disponibles en:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/FLU.html <- en breve estarán secuencias aisladas en México por el momento están disponibles secuencias de este brote aisladas en Estados Unidos. En realidad no se ha aislado el virus hasta el momento de cerdos, la OMS ha emitido una declaración: 30 de abril de 2009 – A partir de hoy, la OMS se referirá al nuevo virus de la gripe utilizando la denominación virus de la gripe A(H1N1). (www.who.intl)

3. ¿PPor qué no han mostrado una entrevista con algún enfermo? (he visto que entrevistan a familiares, diciendo que su familiar esta enfermo y que ya está estable gracias a los medicamentos, pero si el familiar ha estado en contacto directo con el virus que lo lógico no es que esté enfermo o en cuarentena?)

De porque no aparecen los familiares de los infectados/difuntos parece ser que obedece más a una cuestión de prevenir discriminación, pero los primeros casos comienzan a circular en la red, y ya hay videos testimoniales (busquen en youtube por morbo... y claro que pueden ser objetados ya que no faltará quien diga que son actuaciones!, etc.).

Si no se han dado cuenta una buena proporción de la población se encuentra en sus casas para evitar la frecuencia de contacto/infección.

4. ¿PPor qué no han dicho el nombre del retroviral que esta “curando” a la gente enferma.

FALSO. Se llaman Oseltamivir y Zanamivir. No lo dan para que la gente no vaya a comprarlo para automedicarse, de cualquier forma no es efectiva como forma de prevenir el contagio, una vez que se confirma como probable o sospechoso se medica. NO SE AUTOMEDIQUE.

Para más información de los fármacos:

http://www.cdc.gov/swineflu/antiviral_swine.htm
http://www.cdc.gov/swineflu/recommendations.htm

Para especulaciones como la conspiración que se maneja en este y otros correos que se distribuyen en la red habrá tiempo de sobra para analizar y actuar en consecuencia, si es que se demuestra. En este momento es prioritario ayudar a las medidas epidemiológicas, entender la biología del virus y desarrollar estrategias preventivas. Así como no difundir información sin fundamento de manera indiscriminada.

Predicción de la expansión de la Influenza

2009-04-28T18:30:00.007+02:00

Ahora estamos viviendo la realidad de una epidemia por influenza, cuyos temores en este siglo comenzaron con la llamada influenza aviar. Para una revisión en español sobre la influenza, por favor chequen el siguiente link, una revisión de la influenza por mi amigo Germán Bonilla, doctorante del posgrado en biomédicas de la UNAM:

http://tinyurl.com/cokptd

En el brote actual de influenza en México y en el mundo es necesario que la transparencia de la información circule rápido tanto para información general a la población así como para información de utilidad para prevenir e investigar soluciones.

Un ejemplo claro de esta transparencia: no es claro cuantas infecciones reales tenemos de la infuenza porcina ya que el diagnóstico es lento y los primeros casos han sido confirmados por laboratorios en Canadá y USA. Con lo cual no tenemos idea de la tasa de infección (Ro) humano-humano. Si no tenemos idea de los infectados totales reales, hablar de tener una tasa de mortandad sería muy aventurado en este momento.

¿Para qué sirve esto? Se puede hacer una modelación de que tan rápido se propaga la infección. En el artículo publicado por Colizza y colaboradores en PLoS Medicine se plantean un modelo de infección pandémico de influenza. En su modelo se consideran los datos epidemiológicos, además de otros parámetros como la movilidad aérea entre zonas urbanas, usando la información de densidad de viajeros entre distintas ciudades. En su modelación también contemplan el uso de diferentes terapias usando antivirales, cantidad de los mismos y la velocidad de propagación. El resultado un escenario donde se puede evaluar que tan rápido y hacia donde es posible que se propagué. Como se muestra en el siguiente vídeo:

Citation: Colizza V, Barrat A, Barthelemy M, Valleron A-J, Vespignani A (2007) Modeling the Worldwide Spread of Pandemic Influenza: Baseline Case and Containment Interventions. PLoS Med 4(1): e13. doi:10.1371/journal.pmed.0040013

La necesidad de informar de que tanta gente se contagia y muere por esta enfermedad es prioritaria. Además de como poner públicos los recursos de manera clara en bases de datos. Con esto se podría evaluar hacia donde va la epidemia, como se muestra en el video anterior.

Otra cosa es que hasta ahora se evalúa la necesidad de contar con herramientas de diagnóstico/tratamientos efectivos en México. Por favor hay que presionar para que esto sea una realidad que va más allá de la emergencia y que se equipen laboratorios de seguridad biológica adecuada en nuestro país y no tengamos que depender del extranjero para un diagnóstico. Las técnicas que se plantean para detectar el virus por el centro de control de enfermedades (CDC) de EEUU son practicadas rutinariamente en varios centros de investigación/universidades del país (UNAM, Cinvestav, UAM, IPN, etc.), RT-PCR tiempo real, cultivo viral, inmunología, pero no se cuentan con laboratorios de seguridad biológica adecuados/autorizados todavía para un nivel de riesgo 3 y 4 (al menos no que yo este enterado).

Por el momento conviene dejar a un lado la teoría de conspiración y atender las recomendaciones generales para evitar la propagación masiva en medida de lo posible. La información ha demostrado ser una buena fuente de evitar la enfermedad, si se recuerdan otras epidemias como el ébola, la información ha inducido cambios de comportamiento que evitaron tragedias mayores. En los siguientes días hay que atender las recomendaciones sanitarias. Estamos en nivel 4 de alerta de pandemia de la OMS. Esto es real y mejor cuidarse.

Para mantenerse al tanto, pueden checar las siguientes dos páginas:
www.cdc.gov
www.who.intl

Además del diario de su preferencia, pero por favor sean críticos y juzguen únicamente los hechos y atiendan las recomendaciones (todas); no se auto-mediquen, traten de evitar aglomeraciones, cubrebocas, eviten compras de pánico, etc. Después de la emergencia hay que hacer las correcciones al sistema de salud en nuestro país para afrontar futuros casos, por el momento evitar el contagio es la prioridad.

H1N1 2009 Influenza map / mapa de la Influenza porcina 2009

2009-04-28T08:08:00.007+02:00

View H1N1 Swine Flu in a larger map

H1N1 Swine flu in 2009 / Mapa de la influenza porcina 2009
Pink markers are suspect / Marcadores rosas son sospechosos
Purple markers are confirmed or probable /Marcadores Púrpura son casos confirmados o probables
Deaths lack a dot in marker / Los muertos no tienen punto en el marcador
Yellow markers are negative / Los marcadores amarillos son negativos

UPDATE 2nd may/ACTUALIZACION 2 de mayo:

update: this track is no longer mantained by google, the option is to download and install google earth and track the influenza with the FluTracker kmz link:

http://flutracker.rhizalabs.com/flu/h1n1_inc.zip

or follow the next link http://flutracker.rhizalabs.com/

actualización: El mapa ya no se actualiza automáticamente, la opción es bajar e instalar google earth y bajar las nuevas marcas de posición global en la siguiente dirección:

http://flutracker.rhizalabs.com/flu/h1n1_inc.zip

o pueden ir directamente a la dirección:

http://flutracker.rhizalabs.com/

Influenza and grad school

2009-04-27T14:42:00.004+02:00

Thought it only happened in comics... but we received this email from our institute's director concerning to the swine flu break in Mexico (Translated with google):

Whole community of Cinvestav:

On instructions from the Ministry of Health, issued through the media
e last night, relating to outbreaks of influenza detected
in Mexico City, which led to order
suspension from all school activities in the Federal District, were
reported that in the Cinvestav The following measures shall apply, starting
Friday April 24 until further notice of this:

1. Do not allow entry of minors as the Secretariat of
Health, instructed them to remain at home.
2. The auditorium will remain closed.
3. Graduate students may enter the labs and cubicles
but is not recommended entering classrooms or attending group
crowded spaces.
4. Not allowed to perform activities that by nature people congregate.
5. We recommend addressing the information posted on the website
National Institute of Respiratory Diseases Ismael Cosio Villegas,
belonging to the Ministry of Health:
http://www.iner.salud.gob.mx/contenidos/informacion_influenza.html

6. Thank you for your understanding and support for these measures, which
intent is to preserve the health of our community.

Sincerely,

New Ubuntu soon....

2009-04-12T21:34:00.000+02:00

Beware the voices...

2008-12-03T18:15:00.003+01:00

Scientists are mad, and it is well known by my close friends that it is not dangerous to hear voices but to obey them. Making fun of schizophrenic people. Here I post one evidence of the real danger of this:

Crazy people is everywhere: Man says God ordered him to ram vehicle at 100 mph

Here the same note in Spanish: Dice hombre que Dios le ordenó chocar contra otro auto

ps. I am against any religious fanaticism manifestation .