Research Blogging - Biology - Spanish

La individualidad está en las experiencias

2013-05-18T17:00:00Z

Si ponemos a un grupo de ratones genéticamente idénticos en un espacio cerrado durante tres meses, y al final de este periodo medimos el número de nuevas neuronas que han generado los ratones, obtenemos que aquellos que han sido más activos a la hora de explorar su ambiente tienen más neuronas de nueva generación que sus compañeros de celda menos aventureros....

Freund, J., Brandmaier, A., Lewejohann, L., Kirste, I., Kritzler, M., Kruger, A., Sachser, N., Lindenberger, U., & Kempermann, G. (2013) Emergence of Individuality in Genetically Identical Mice. Science, 340(6133), 756-759. DOI: 10.1126/science.1235294

Nanoingeniería - abejas sintéticas

2013-05-18T01:04:00Z

Un equipo de investigadores de la Universidad de Harvard intenta crear un enjambre de abejas robóticas...

Ma, K., Chirarattananon, P., Fuller, S., & Wood, R. (2013) Controlled Flight of a Biologically Inspired, Insect-Scale Robot. Science, 340(6132), 603-607. DOI: 10.1126/science.1231806

Whitney, J., & Wood, R. (2010) Aeromechanics of passive rotation in flapping flight. Journal of Fluid Mechanics, 197-220. DOI: 10.1017/S002211201000265X

Wood, R., Finio, B., Karpelson, M., Ma, K., Perez-Arancibia, N., Sreetharan, P., Tanaka, H., & Whitney, J. (2012) Progress on 'pico' air vehicles. The International Journal of Robotics Research, 31(11), 1292-1302. DOI: 10.1177/0278364912455073

Shang JK, Combes SA, Finio BM, & Wood RJ. (2009) Artificial insect wings of diverse morphology for flapping-wing micro air vehicles. Bioinspiration , 4(3), 36002. PMID: 19713572

Las ventajas de la prepublicación para los investigadores

2013-05-17T00:23:02Z

Una prepublicación —o comúnmente llamado preprint— es un artículo científico que es publicado antes de pasar la revisión por pares (peer-review) y ser aceptado por una revista científica. Actualmente, el portal más popular de prepublicaciones es ArXiv, aunque también existen otros no tan glamorosos como PeerJ y figshare. Las prepublicaciones nacieron con el principal objetivo de poner los resultados de una investigación a disposición de la comunidad científica lo más rápido posible; ya que, muchas veces, todo el proceso de publicación en una revista científica, desde el momento en que envías el artículo hasta que finalmente es aceptado después de pasar la revisión por pares, puede tardar muchos meses, incluso años. Y puede darse el caso de que tu idea o investigación sea tan revolucionaria o bizarra que finalmente sea rechazada. Compartir una investigación antes de su publicación formal en una revista científica tiene sus ventajas, por ejemplo: la rápida difusión del trabajo a un público mucho más amplio (los preprint son de libre acceso), la revisión casi inmediata por otros científicos expertos en el tema (en vez de los dos que son elegidos arbitrariamente por los editores de las revistas científicas) y, además, es una forma justa de saber a quién se le ocurrió la idea o quién hizo el descubrimiento primero sin depender del tiempo que tome la revista en publicar el artículo. Esto último es importante. Por ejemplo, si yo descubro que se pueden hacer análisis genéticos para determinar la predisposición al cáncer de próstata a partir de células epiteliales obtenidas de una muestra de orina y envío los resultados a Nature y otro hace el mismo descubrimiento, pero seis meses después, y envía sus resultados a PLOS ONE; puede darse el caso que éste último publique primero su artículo y sea reconocido por ello, mientras que yo, a pesar de haber hecho el descubrimiento antes, no tendré ningún reconocimiento porque mi artículo se demoró más en ser publicado. Pero, si yo mandé un preprint antes de enviar mi artículo a Nature, este será inmediatamente publicado y todos sabrán que yo hice primero el descubrimiento. Otro punto importante de los preprints es que los artículos son sometidos a un tipo de revisión no formal, realizada por diferentes científicos en todo el mundo, quienes, en base a su experiencia y conocimiento, pueden dar buenas críticas y aportes que mejoran la calidad del trabajo, aumentando así las probabilidades de ser aceptado con mínimas revisiones. Sin embargo, a pesar del éxito que tiene este tipo de prácticas dentro de las matemáticas, física y astronomía, en biología no son muy frecuentes los preprints, tal como podemos apreciar en la siguiente gráfica: Los biólogos creen erróneamente que los preprints facilitan el robo de ideas. Aunque como vimos en párrafos anteriores, más bien, esta práctica asegura que uno sea reconocido si es el primero en hacer un descubrimiento. Existe otra preocupación que no hace popular los preprints entre los biólogos y es la famosa “regla de Ingelfinger” la cual establece que un artículo científico no debe ser publicado dos veces para que no pierda su originalidad. No obstante, la mayoría de las revistas aceptan manuscritos que hayan sido preprints, aunque hay otras que se muestran hostiles a este tipo de prácticas o no tienen una posición clara frente a ellas. Si bien es cierto, los preprints no pasan por un filtro de calidad y pertinencia de la investigación, sería importante notar que la relevancia de un estudio no debe depender de la opinión de un editor y dos o tres revisores, sino de lo que juzguen cientos de científicos expertos en el tema. Tal vez esta práctica cambie el paradigma de las publicaciones científicas en las principales revistas del mundo y esperemos que más biólogos se animen a realizar esta práctica tan buena para el avance de la ciencia. Referencia: Desjardins-Proulx, P., White, E., Adamson, J., Ram, K., Poisot, T., & Gravel, D. (2013). The Case for Open Preprints in Biology PLoS Biology, 11 (5) DOI: 10.1371/journal.pbio.1001563 BioUnalm...

Desjardins-Proulx, P., White, E., Adamson, J., Ram, K., Poisot, T., & Gravel, D. (2013) The Case for Open Preprints in Biology. PLoS Biology, 11(5). DOI: 10.1371/journal.pbio.1001563

Fuera de África o multirregionalismo. Genética (1ª parte)

2013-05-09T20:40:44Z

Una vez expuestas las dos principales teorías acerca de nuestro origen, el siguiente paso es analizar cuál de ellas se ajusta a la realidad....

Cann, R., Stoneking, M., & Wilson, A. (1987) Mitochondrial DNA and human evolution. Nature, 325(6099), 31-36. DOI: 10.1038/325031a0

Hedges, S., Kumar, S., Tamura, K., & Stoneking, M. (1992) Human origins and analysis of mitochondrial DNA sequences. Science, 255(5045), 737-739. DOI: 10.1126/science.1738849

Sarich, V., & Wilson, A. (1967) Immunological Time Scale for Hominid Evolution. Science, 158(3805), 1200-1203. DOI: 10.1126/science.158.3805.1200

Stoneking M, Bhatia K, & Wilson AC. (1986) Rate of sequence divergence estimated from restriction maps of mitochondrial DNAs from Papua New Guinea. Cold Spring Harbor symposia on quantitative biology, 433-9. PMID: 3472733

Templeton, A. (1993) The "Eve" Hypotheses: A Genetic Critique and Reanalysis. American Anthropologist, 95(1), 51-72. DOI: 10.1525/aa.1993.95.1.02a00030

Vigilant L, Pennington R, Harpending H, Kocher TD, & Wilson AC. (1989) Mitochondrial DNA sequences in single hairs from a southern African population. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 86(23), 9350-4. PMID: 2594772

Vigilant, L., Stoneking, M., Harpending, H., Hawkes, K., & Wilson, A. (1991) African populations and the evolution of human mitochondrial DNA. Science, 253(5027), 1503-1507. DOI: 10.1126/science.1840702

WILSON, A., CANN, R., CARR, S., GEORGE, M., GYLLENSTEN, U., HELM-BYCHOWSKI, K., HIGUCHI, R., PALUMBI, S., PRAGER, E., SAGE, R.... (1985) Mitochondrial DNA and two perspectives on evolutionary genetics. Biological Journal of the Linnean Society, 26(4), 375-400. DOI: 10.1111/j.1095-8312.1985.tb02048.x

Podrían las neuronas inducidas por reprogramación generar nuevos ¿"individuos"?

2013-05-06T11:00:00Z

Si se generan nuevas neuronas sin marcas epigenéticas, es decir, por reprogramación, y luego son implantadas en individuos (humanos o no humanos), ¿las neuronas podrán incorporarse sin dificultad a este nuevo lugar y contribuir al mismo individuo? o por el contrario, al no tener las marcas propias del individuo interferirán con sus procesos y generarán una identidad diferente. Creo que la respuesta puede tener apoyo en ambos sentidos....

Lewitzky, M., & Yamanaka, S. (2007) Reprogramming somatic cells towards pluripotency by defined factors. Current Opinion in Biotechnology, 18(5), 467-473. DOI: 10.1016/j.copbio.2007.09.007

Torper, O., Pfisterer, U., Wolf, D., Pereira, M., Lau, S., Jakobsson, J., Bjorklund, A., Grealish, S., & Parmar, M. (2013) Generation of induced neurons via direct conversion in vivo. Proceedings of the National Academy of Sciences, 110(17), 7038-7043. DOI: 10.1073/pnas.1303829110

Dalley, J., Fryer, T., Aigbirhio, F., Brichard, L., Richards, H., Hong, Y., Baron, J., Everitt, B., & Robbins, T. (2009) Modelling human drug abuse and addiction with dedicated small animal positron emission tomography. Neuropharmacology, 9-17. DOI: 10.1016/j.neuropharm.2008.05.029

van Wouwe, N., Ridderinkhof, K., van den Wildenberg, W., Band, G., Abisogun, A., Elias, W., Frysinger, R., & Wylie, S. (2011) Deep Brain Stimulation of the Subthalamic Nucleus Improves Reward-Based Decision-Learning in Parkinson's Disease. Frontiers Human Neuroscience. DOI: 10.3389/fnhum.2011.00030

Wernig, M., Zhao, J., Pruszak, J., Hedlund, E., Fu, D., Soldner, F., Broccoli, V., Constantine-Paton, M., Isacson, O., & Jaenisch, R. (2008) Neurons derived from reprogrammed fibroblasts functionally integrate into the fetal brain and improve symptoms of rats with Parkinson's disease. Proceedings of the National Academy of Sciences, 105(15), 5856-5861. DOI: 10.1073/pnas.0801677105

Una aguja en el pajar: cómo buscar una función en una librería metagenómica

2013-04-30T13:27:58Z

No se si sabes que además de librerías con libros, los biólogos moleculares también son capaces de hacer librerías con genes. Podemos tener todos los genes de un ser vivo (en nuestro caso de un microorganismo) perfectamente guardaditos y clasificados en “estanterías” o clones individuales. ...

Terrón-González, L., et al. (2013) Heterologous viral expression systems in fosmid vectors increase the functional analysis potential of metagenomic libraries. Scientific Reports. DOI: 10.1038/srep01107

Propuesta fiestera

2013-04-19T10:36:27Z

...

Cedeño, M. (1995) Tequila Production. Critical Reviews in Biotechnology, 15(1), 1-11. DOI: 10.3109/07388559509150529

Origen y evolución del virus H7N9

2013-04-12T09:35:11Z

Hace unos días comentamos acerca de un nuevo brote de gripe aviar en China. A la fecha, ya se han reportado 38 casos de los cuales 10 ya han muerto. El gobierno chino sigue investigando el origen y los reservorios de este virus y la Organización Mundial de la Salud está siguiendo los casos desde muy cerca y a la fecha no se han reportado casos de contagio de humano a humano. Sin embargo, aún se desconoce dónde y cómo se originó este brote de gripe aviar. Ver H7N9 map China en un mapa ampliado Un reciente estudio pre-publicado el 9 de abril en ArXiv da las primeras pistas sobre el origen y la evolución genómica de este virus H7N9. Según el Jiankui He, científico de la Universidad de Ciencia y Tecnología del Sur de China y líder del equipo de investigación, el H7N9 deriva de una recombinación de tres cepas de virus de la gripe aviar con una serie de mutaciones sustanciales que favorecen su infectividad en humanos. Reconstrucción de los eventos de recombinación que condujeron a la aparición del tipo H7N9. He y su equipo obtuvieron y compararon las secuencias genéticas de seis aislamientos del virus —cuatro de origen humano y dos de aves— depositados en la base de datos del GISAID. El análisis genético mostró que el gen de la Hemaglutinina (HA) viene de la familia de los virus H7 muy relacionada con el virus H7N3 aislado en noviembre del 2011 de un pato silvestre en Zhejiang (China), que es la misma región donde aparecieron los primeros casos. La Neuraminidasa (NA), por su parte, viene de los virus del tipo N9 muy relacionado con el virus H11N9 aislado en el 2010 de otro pato silvestre, esta vez en la República Checa. Las secuencias de los seis genes restantes son muy similares (>98%) a los genes de la cepa H9N2 aislada de un pollo también de la región de Zhejiang. Esta cepa ha estado circulando por el este asiático por muchos años. Si bien los virus típicos del tipo H7N9 han sido reportados desde 1999 en patos silvestres, estos nunca antes habían infectado a humanos. He y sus colegas creen que es muy poco probable que el brote ocurrido en China sea debido a mutaciones adquiridas por esta cepa. Más bien los resultados apuntan a que esta nueva cepa H7N9 ha sufrido una recombinación de tres tipos diferentes de gripe aviar al este de China. Lo que ha llamado la atención de los investigadores es que uno de los aislamientos secuenciados —el procedente de Shanghái— presenta ocho mutaciones mientras que los otros cinco aislamientos sólo tienen cinco mutaciones. Esto puede convertirse en una preocupación porque el indicaría que el virus está mutando muy rápido y podría volverse más transmisible y virulento. Además recordemos que el virus apareció en tres regiones diferentes de China al mismo tiempo y, según las investigaciones, las aves de corral no muestran síntomas de la enfermedad por lo que el virus podría no ser detectado y estos animales convertirse en un buen reservorio, provocando brotes esporádicos de la enfermedad en humanos. Los investigadores recomiendan realizar programas de vigilancia sistemáticos porque estos virus pueden recombinarse unos con otros con relativa facilidad y provocar la aparición de variantes con potencial pandémico en humanos. Referencia: Jiankui He, Luwen Ning, & Yin Tong (2013). Origins and evolutionary genomics of the novel 2013 avian-origin H7N9 influenza A virus in China: Early findings ArXiv 1304.1985v2 BioUnalm...

Jiankui He, Luwen Ning, & Yin Tong. (2013) Origins and evolutionary genomics of the novel 2013 avian-origin H7N9 influenza A virus in China: Early findings. ArXiv. arXiv: 1304.1985v2

Sex and Tetrahymena. Vive la différence

2013-04-05T14:16:16Z

Aviso, en esta entrada se muestran imágenes de sexo explícito como la de arriba (origen: Invitrogen). Tetrahymena thermophila es un viejo conocido de los estudiantes de Biología ya que es un "protozoo-modelo" pues desde hace 50 años se usa como ejemplo para estudiar diversos procesos biológicos y entre ellos el ciclo sexual de estos seres unicelulares. ...

Cervantes, M., Hamilton, E., Xiong, J., Lawson, M., Yuan, D., Hadjithomas, M., Miao, W., & Orias, E. (2013) Selecting One of Several Mating Types through Gene Segment Joining and Deletion in Tetrahymena thermophila. PLoS Biology, 11(3). DOI: 10.1371/journal.pbio.1001518

Pa-ta-ta: foto al provirus VIH dentro de una célula individual

2013-04-02T05:05:03Z

Primeras fotos del VIH posando como un provirus dentro de la célula!...

Di Primio, C., et al. (2013) Single-Cell Imaging of HIV-1 Provirus (SCIP). Proceedings of the National Academy of Sciences. DOI: 10.1073/pnas.1216254110