El arte de depurar y perfilar con PHP

En desarrollo web y por lo general, en cualquier aplicación que requiera tener una demanda escalable, son muy importantes los algoritmos empleados, las llamadas a funciones nativas y las estructuras de datos utilizadas.

En aplicaciones PHP con miles de líneas de código se necesita un diseño eficiente para poder manejar una buena ejecución del código PHP.

Principalmente se busca reducir el consumo de memoria y CPU al máximo posible, sin que la aplicación pierda funcionalidad, ni características. Para lograr este objetivo y que la aplicación sea escalable, se busca utilizar buenas herramientas de depuración y profiling (perfilado de rendimiento). Con ello se consigue que el programador o ingeniero disponga de una buena perspectiva de lo que esta haciendo a bajo nivel su aplicación y decidir en consecuencia que técnica aplicar.

El perfilado o medición del rendimiento (performance profiling) permite ejecutar código en un entorno controlado y devolver un listado con estadísticas de tiempo gastado en cada funcion, longitud de consultas a la base de datos o la cantidad de memoria que ha sido usada. De esta forma, se puede desechar codígo lento o superfluo de una manera muy rápida o incluso realizar pequeños trucos en partes críticas para ganar más rendimiento.

Herramientas

En PHP existen varias herramientas de depuración(debugging) y localización de cuellos de botella(bottleneck) para perfilado de rendimiento.

Las herramientas más utilizadas son:

• BenchMark es un proyecto PEAR de PHP, pero actualmente no esta mantenido.
• DBG PHP Debugger es otra herramienta de depuración que dispone de una versión comercial y otra gratuita. La versión gratuita sólo permite depurar la rama de versión 5.2 y la comercial la versión 5.3. La aplicación es bastante cara y parece que no tiene mucha actividad y estar sólo integrada con el IDE NuSphere PhpED.
• El Depurador Avanzado de PHP (APD, del inglés “Advanced PHP Debugger“) es un proyecto PEAR de PHP escrito en C por George Schlossnagle and Daniel Cowgill. Es cargado como una extensión en el motor Zend y funciona enlazando e interceptando las llamadas a funciones en el núcleo de Zend. Esto permite la medición del tiempo de ejecución de una función, la vuelta atrás de pilas, etc. La documentación es mínima y los informes de depurado junto con funcionalidades son algo reducidas, por lo que en la práctica no es la opción más utilizada.
• Xdebug es el depurador y perfilador por excelencia de PHP escrito por Derick Rethans. Tiene una gran variedad de parámetros de configuración, depuración remota, integración con muchos IDEs (Eclipse, Netbeans, etc), reportes coloreados, niveles máximos de anidación para el depurado, accionadores (triggers) para el perfilador, un conjunto de funciones (para puntos de ruptura, analisis de tiempos, etiquetado de código, etc), reemplazo de var_dump por funciones de visualización, trazas de la pila de ejecución,  trazas de funciones, análisis de cobertura de código,   etc.

Instalación y configuración de Xdebug

Puesto que Xdebug ofrece las mejores características y facilidades, es la opción preferida, ademas la instalación y configuración en Ubuntu 11.10 es bastante sencilla.

Se pueden bajar los f uentes y compilarlos, pero resulta más cómodo bajar del repositorio PEAR la aplicación e instalarla.

Para instalar el paquete PEAR, debemos tener previamente PEAR instalado:

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$ sudo apt-get install php-pear php5-dev

Despues, instalamos Xdebug a través de PECL

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$ sudo pecl install xdebug

Una vez finalizada la instalación, podemos encontrar la biblioteca compartida compilada en /usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so

Pasamos a configurar el php.ini para que cargue Xdebug. Por defecto Ubuntu 11.10 tiene varios php.ini, como son /etc/php5/cli/php.ini y /etc/php5/apache2/php.ini. Este último es que se utiliza para la configuración global.

Pasamos a modo root:

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$ sudo su -

Añadimos Xdebug al php.ini cargándolo como extensión zend y con el path completo, en nuestro caso el path es /usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so

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# echo 'zend_extension = "/usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so"' >> /etc/php5/apache2/php.ini

Después lo cargamos como extensión PHP:

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# echo "extension=xdebug.so" >> /etc/php5/apache2/php.ini

Para comprobar que ha sido cargado, podemos mirar los módulos cargados de PHP:

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# php -m | grep Xdebug
Xdebug

O bien en la información general:

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# php -i | grep Xdebug
with Xdebug v2.1.2, Copyright (c) 2002-2011, by Derick Rethans

Si filtramos en minúsculas para la información general, podemos ver todas las opción de configuración:

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# php -i | grep xdebug
xdebug
xdebug support => enabled
xdebug.auto_trace => Off => Off
xdebug.collect_assignments => Off => Off
xdebug.collect_includes => On => On
xdebug.collect_params => 0 => 0
xdebug.collect_return => Off => Off
xdebug.collect_vars => Off => Off
xdebug.default_enable => On => On
xdebug.dump.COOKIE => no value => no value
xdebug.dump.ENV => no value => no value
xdebug.dump.FILES => no value => no value
xdebug.dump.GET => no value => no value
xdebug.dump.POST => no value => no value
xdebug.dump.REQUEST => no value => no value
xdebug.dump.SERVER => no value => no value
xdebug.dump.SESSION => no value => no value
xdebug.dump_globals => On => On
xdebug.dump_once => On => On
xdebug.dump_undefined => Off => Off
xdebug.extended_info => On => On
xdebug.file_link_format => no value => no value
xdebug.idekey => root => no value
xdebug.manual_url => http://www.php.net => http://www.php.net
xdebug.max_nesting_level => 100 => 100
xdebug.overload_var_dump => On => On
xdebug.profiler_aggregate => Off => Off
xdebug.profiler_append => Off => Off
xdebug.profiler_enable => On => On
xdebug.profiler_enable_trigger => On => On
xdebug.profiler_output_dir => /var/www/webgrind/tmp => /var/www/webgrind/tmp
xdebug.profiler_output_name => cachegrind.out.%t.%p => cachegrind.out.%t.%p
xdebug.remote_autostart => Off => Off
xdebug.remote_connect_back => Off => Off
xdebug.remote_cookie_expire_time => 3600 => 3600
xdebug.remote_enable => On => On
xdebug.remote_handler => dbgp => dbgp
xdebug.remote_host => 127.0.0.1 => 127.0.0.1
xdebug.remote_log => no value => no value
xdebug.remote_mode => req => req
xdebug.remote_port => 9000 => 9000
xdebug.scream => Off => Off
xdebug.show_exception_trace => Off => Off
xdebug.show_local_vars => Off => Off
xdebug.show_mem_delta => Off => Off
xdebug.trace_format => 0 => 0
xdebug.trace_options => 0 => 0
xdebug.trace_output_dir => /tmp => /tmp
xdebug.trace_output_name => trace.%c => trace.%c
xdebug.var_display_max_children => 128 => 128
xdebug.var_display_max_data => 512 => 512
xdebug.var_display_max_depth => 3 => 3

Activando configuraciones en Xdebug

Para generar información de depuración, debemos activar como mínimo las siguientes configuraciones de la familia xdebug.profiler_*:

• Primero escribimos la cabecera de configuraciónpara xdebug:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "[xdebug]" >> /etc/php5/cli/php.ini

• xdebug.profiler_enable activa el perfilador de xdebug para que genere archivos de perfilado en un directorio de salida. Estos archivos puedes leerse por programas visualizadores gráficos de llamadas como KCacheGrind o Webgrindque será explicado más adelante. Esta configuración también puede habilitarse mediante la función ini_set() por lo que resulta interesante para activar selectivamente el perfilador en nuestras aplicaciones. Se activa con:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "xdebug.profiler_enable = 1" >> /etc/php5/cli/php.ini

• xdebug.profiler_enable_triggerpermite generar archivos de perfilador usando el parámetro XDEBUG_PROFILE por peticiones GET/POST o establecer una cookie. Lo activamos con:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "xdebug.profiler_enable_trigger = 1" >> /etc/php5/cli/php.ini

• xdebug.profiler_output_dir el valor por defecto donde el perfilador escribira su salida. Debe tener permisos de escritura para PHP y no puede ser establecida con ini_set(). Para propósitos posteriores, la estableceremos como:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo 'xdebug.profiler_output_dir = "/var/www/webgrind/tmp"' >> /etc/php5/cli/php.ini

• xdebug.profiler_output_name determina el nombre del archivo usado para las trazas de depuración. La configuración especifica el formato del nombre con los especificares de formato que son muy similares a sprintf() y strtime(). Por defecto es cachegrind.out.%p. Existe un un listado completo de los especificadoresdocumentados. Lo configuramos con:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "xdebug.profiler_output_name = cachegrind.out.%t.%p" >> /etc/php5/cli/php.ini

La configuración mínima recomendada que resultaría al final del php.ini quedaría como:

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zend_extension = "/usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so
extension=xdebug.so
 
[xdebug]
xdebug.profiler_enable = 1
xdebug.profiler_enable_trigger = 1
xdebug.profiler_output_dir = "/var/www/webgrind/tmp"
xdebug.profiler_output_name = cachegrind.out.%t.%p

Si queremos activar ademas la depuración remota en un puerto y máquina (o bien en la misma), usaremos la familia de configuraciones xdebug.remote_*. Las mínimas recomendadas son:

• xdebug.remote_enable si esta activado, Xdebug tratará de contactar con el cliente que este escuchando en el puerto y host configurad. Si la conexión no puede ser establecidad, el script continuará ejecutado como si estuviera desactivado. Lo activamos con:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "xdebug.<a title="xdebug.remote_enable config option" href="http://xdebug.org/docs/all_settings#remote_enable" target="_blank">remote_enable</a> = 1" >> /etc/php5/cli/php.ini

• xdebug.remote_host selecciona el host donde el cliente de depuración se ejecutará. Puede utilizar un nombre de host o una dirección IP. Lo configuramos con:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "xdebug.remote_host=127.0.0.1" >> /etc/php5/cli/php.ini

• xdebug.remote_port el puerto al que Xdebug tratara de conectar en el host remoto. Por defecto es el puerto 9000, para el cliente y cliente de debug integrado. Lo configuramos con:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "xdebug.remote_port=9000" >> /etc/php5/cli/php.ini

• xdebug.remote_handler puede ser ‘php3′ que selecciona el depurador antiguo para PHP3, tambiíen puede ser ’gdb’ que habilita el depurador GDB o bien el protocolo de depuración con ‘dbgp’. El protocolo de depuraciónesta por lo general más soportado por los clientes. Lo configuramos con:
  ^?Ver código BASH

  1	# echo "xdebug.remote_handler=dbgp" >> /etc/php5/cli/php.ini

Puedes ver más información en la introducción al depurado remoto de Xdebug.

Por lo que el resultado final sería:

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zend_extension = "/usr/lib/php5/20090626+lfs/xdebug.so
extension=xdebug.so
 
[xdebug]
xdebug.profiler_enable = 1
xdebug.profiler_enable_trigger = 1
xdebug.profiler_output_dir = "/var/www/webgrind/tmp"
xdebug.profiler_output_name = cachegrind.out.%t.%p
xdebug.remote_enable=true
xdebug.remote_host=127.0.0.1
xdebug.remote_port=9000
xdebug.remote_handler=dbgp

Instalando KCacheGrind

KCacheGrind es un programa de escritorio (en especial para diseñado para KDE, pero compatible para GNOME) escrito para visualizar los archivos de depuración generados por xdebug. Es un frontend de Callgrind, que a su vez usa en tiempo de ejecución al framework de Valgrind para simulación de caches y generación de las llamadas gráficas. Un aspecto a recalcar es que incluso las bibliotecas compartidas que son abiertas dinamicamente son perfiladas. Podemos abrir con el archivos de depuración con formato Callgrind generados con xdebug de forma bastante rápida.

Para instalarlo simplemente:

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$ sudo apt-get install kcachegrind

Por ejemplo podemos crear un archivo con la información de PHP para ver un ejemplo sencillo de depuración y ejecutarlo para que se genere un archivo cachegrind.out, que podamos abrir con KCacheGrind:

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# echo "<?php phpinfo(); ?>" >> /var/www/phpinfo.php

Como resultado, obtendríamos un grafo y los tiempos de ejecución globales y relativos implicados:

Es una aplicación bastante notable, pero en su lugar es más recomendable usar Webgrind como frontend web, que veremos a continuación.

Instalar webgrind

Webgrind es un perfilador gráfico de PHP via web escrito en PHP por Joakim Nygård y Jacob Oettinger. Tiene como dependencia Xdebug ya que es en realidad un wrapper web no completo de las funciones de KCacheGrind como reemplazo de frontend web de xdebug (existe incluso una proposición de Google Summer of Code aceptada por Chung-Yang Lee).

Su apareciencia es simple y agradable para depurar aplicaciones PHP. Es multiplataforma (al ser vía web) y permite seguimiento de los tiempos empleados por cada llamada de función, por coste de ellas misma o coste inclusivo (el coste inclusivo es el tiempo dentro de la función mas llamadas internas de esa función a otras).

También permite ver tiempo de llamadas internas y llamadas de usuario diciendo la llamada por la que fue invocada previamente.

Descargamos la aplicación de github, ya que en el momento de escribir este artículo están haciendo una migración de google code a github (también puedes hacer un checkout del repo, aunque puede ser inestable):

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$ wget https://github.com/downloads/jokkedk/webgrind/webgrind-release-1.0.zip

Descomprimos:

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$ unzip webgrind-release-1.0.zip

En ubuntu el DocumentRoot de Apache esta establecido por defecto en /var/www según /etc/apache2/sites-available/default

Luego, copiaremos los fuentes de webgrind y crearemos los archivos temporales que configuramos como directorio de salida en el perfilador de Xdebug:

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$ sudo mv webgrind /var/www
$ sudo mkdir /var/www/webgrind/tmp
$ sudo chmod 777 /var/www/webgrind/tmp

Editamos el archivo de configuración e introducimos la ruta de directorio de salida de xdebug:

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$ sudo vi /var/www/webgrind/config.php

Busca las variables $storageDir y $profilerDir y escribe:

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static $storageDir = '/var/www/webgrind/tmp';
static $profilerDir = '/var/www/webgrind/tmp';

Nos aseguramos de todos los archivos tienen los permisos de grupo correctos de Apache:

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$ sudo chown -R www-data.www-data /var/www/webgrind/

Si además queremos que no se creen archivos de depuración para el propio webgrind, creamos un archivo .htaccess en el directorio de webgrind desactivandolo:

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php_flag xdebug.profiler_enable 0

Para entrar a la interfaz web de Webgrind, simplemente escribe en tu navegador http://localhost/webgrind/ y aparecerá disponible un listado de archivos cachegrind* donde podemos ver la traza y tiempos de depuración del perfilador:

CentOS es una distribución de las consideradas como más estables. Aunque sea bastante estable, no implica que no necesite de actualizaciones con regularidad debido a incidencias críticas en algún paquete de software o bien debido avulnerabilidades.

Para evitar consumir tiempo a los administradores de sistemas comprobando regularmente si se necesita alguna actualización, existen herramientas que se encargan de realizar esta tarea de forma períodica.

Existen dos alternativas en CentOS:

• yum-updatesd es un demonio notificador de actualizaciones que puedan ser aplicadas al sistema
• yum-cron es un paquete con los archivos necesarios para hacer que el comando yum update se establezca como un trabajo de cron.

Generalmente yum-updatesd es más recomendable para escritorios y yum-cron para servidores, por este motivo coexisten ambos.

yum-cron es algo más sencillo pero no dispone de muchas opciones de configuración, aunque yum-updatesd es más configurable, pero parece tener algunas fugas y acumulaciones de memoria/CPU cuando se ejecuta durante bastante tiempo en servidores.

Configurando yum-updatesd

Podemos instalarlo con:

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# yum install yum-updatesd

yum-updatesd dispone de varios métodos de notificación:

• syslog

• email

• dbus

Estas notificaciones se configuran mediante el archivo de configuración /etc/yum/yum-updatesd.conf. Este archivo dispone de una única sección “main” que define todas las opciones de configuración globales. Las opciones disponibles son las siguientes:

• run_interval Número de segundos a esperar entre comprobaciones de actualizaciones disponibles.

• updaterefresh Número mínimo de segundos entre para actualizar la información de actualizaciones para evitar acceder al servidor con demasiada frecuencia.

• emit_via Lista de maneras para emitir una notificación de actualización. Los valores válidos son: ‘email’, ‘dbus’ y ‘syslog’.

• do_update Opción booleana para decidir si las actualizaciones deberían ser o no aplicadas. Por defecto falso.

• do_download Opción booleana para decidir si las actualizaciones deberían o no ser descargadas automáticamente. Por defecto falso.

• do_download_deps Opción booleana para automáticamente descargar las dependencias de paquetes que necesitan actualizarse también. Por defecto falso.

Opciones de notificacion por email

• email_to Lista de direcciones email para enviar las actualizaciones de notificación. Por defecto ‘root@locahost’.

• email_from Direcciones de email desde donde enviar las notificaciones de actualización. Por defecto ‘yum-updatesd@localhost’.

• smtp_server Servidor SMTP para usar en el envío de email, cadena de host o host:puerto. Por defecto ‘localhost:25′.

Opciones de notificacion por Syslog

• syslog_facility La instalación de syslog que debería ser usada. Por defecto ‘DAEMON’.be used. Defaults to ‘DAEMON’.

• syslog_level Nivel de los mensajes en syslog. Por defecto ‘WARN’.

Ejemplo de configuración

Un ejemplo de configuración posible para /etc/yum/yum-updatesd.conf donde cada 8 horas comprobamos actualizaciones sin instalarlas, pero descargandolas y notificamos si existe alguna por email puede ser:

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[main]
# how often to check for new updates (in seconds)
run_interval = 28800
 
# how often to allow checking on request (in seconds)
updaterefresh = 3600
# how to send notifications (valid: dbus, email, syslog)
emit_via = email
# should we listen via dbus to give out update information/check for
# new updates
dbus_listener = yes
# who to send the email notifications to
email_to = tuemail@tudominio.com
# who send the notifications
email_from = yumupdates@tudominio.com
# automatically install updates
do_update = no
# automatically download updates
do_download = yes
# automatically download deps of updates
do_download_deps = yes

Después de configurar el servicio, lo iniciaremos con:

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# service yum-updatesd start

Y para que se inicie en cada inicio del servidor:

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# chkconfig yum-updatesd on

Para desactivar es realizar la operación inversa a yum-updatesd:

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#service yum-updatesd stop
#chkconfig --del yum-updatesd

Nota: Recuerda que una vez desactivado no se notificará ningún tipo de actualización, y debe por tanto realizarse de forma manual.

Configurando yum-cron

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# yum install yum-cron
# yum chkconfig yum-cron on
# service yum-cron start

Aunque se trata como daemon, en realidad no lo es, sino que es un script que se ejecuta diariamente y limpia las actualizaciones semanalmente. Es fácil comprobar con chkconfig –list que yum-cron esta en la lista, pero desahabilitado para todos los niveles de ejecución. Puede activarse si se desea con:

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# chkconfig yum-cron on

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# /etc/init.d/yum.cron start

Nota: Es importante recalcar que algunos paquetes como los del kernel requieren de reinicio para aplicar las nuevas actualizaciones y yum-updatesd y yum-cron no implican reiniciar el sistema, por lo que recae esta ultima atencion al administrador del sistema.

TTY

Normalmente se puede encontrar este aviso/error usando scp o sobre otras aplicaciones que utilicen sesiones ssh no interactivas en algún servidor o estación de trabajo.

No suele perjudicar el rendimiento de la aplicación o implicar algún mal funcionamiento, pero puede resultar molesto o generar dudas de si todo esta funcionando correctamente.

El problema se origina cuando por ejemplo scp se ejecuta leyendo el archivo de bash ~/.bashrc y este invoca al bashrc global en /etc/bashrc. El archivo global de bashrc tiene comandos que sólo son aplicables si la sesión es interactiva y puesto que scp se ejecuta sobre una sesión no interactiva esos comandos no se ejecutaran apropiadamente, provocando el error mencionado.

Para solucionarlo, se puede optar por detectar si la sesión es interactiva y no cargar dichos ficheros. Para ello se debe editar justo al principio del archivo ~/.bashrc y añadir las siguientes líneas:

if [ $(expr index "$-" i) -eq 0 ]; then
    return
fi

Estas línea detectan si se trata de una sesión interactiva que contenga “i” $-, y parara de procesar el .bashrc (antes de que el bashrc global se invoque) y no se generen errores.