Dr. Asadi sedang mempresentasikan materi jurnal club di BB Biogen.

Topik sangat menarik ini telah didiskusikan pada acara Journal Club BB Biogen pada hari Kamis, 12 Maret 2015. Materi diskusi disarikan dari artikel Jurnal Review, PLANT SCIENCE yang ditulis oleh Shivali Sharma et al tahun 2013 dan disajikan secara apik oleh Dr. Asadi, peneliti dari Kelti Pengelolaan Sumberdaya Genetik (PSDG) BB Biogen. Diskusi ilmiah yang digelar secara rutin tiap bulan ini dipandu oleh Dr. Sutoro selaku Ketua Kelti PSDG.

Pre-breeding merupakan kegiatan atau segala aktivitas sebelum dilakukan tahapan pemuliaan (breeding) tanaman, di antaranya identifikasi, evaluasi, pembentukan populasi, pemetaan gen, pencarian marka molekular, hibridisasi dan sekuensing. Keberhasilan pre-breeding tergantung pada beberapa faktor, diantaranya proses identifikasi sumber gen donor yang mengekspresikan sifat tertentu yang diinginkan, jenis plasma nutfah (budidaya/kerabat liar) yang dapat disilangkan, dan penampilan agronomis dari sumber gen (donor).

Pada diskusi ini, Dr. Asadi juga menyampaikan koleksi plasma nutfah aneka kacang di Bank Gen Balitbangtan yang dikelola oleh BB Biogen, termasuk koleksi SDG kedelai yang tahan/toleran terhadap cekaman biotik maupun abiotik, varietas lokal dan unggul kacang hijau yang toleran kekeringan, Sempitnya keragaman genetik dan rendahnya pemanfaatan plasma nutfah aneka tanaman kacang menjadi factor utama rendahnya hasil produksi dan produktivitas tanaman kacang.

Begitu banyaknya koleksi plasma nutfah di Bank Gen, baru sebagian kecil yang dipelajari dan dimanfaatkan. Untuk dapat lebih mengoptimalkan pemanfaatan plasma nutfah, perlu dibuat adanya “Koleksi inti” (Core Collection) dengan cara mengidentifikasi dan mengelompokkan SDG berdasarkan karakter morfologis, agronomis, kandungan gizi, ketahanan/toleransi tekanan biotik dan abiotik. Dengan membuat core collection akan memudahkan untuk mencari sumber gen sesuai dengan sifat yang diinginan.

Suasana saat penjelasan materi tentang teknik kultur jaringan oleh peneliti BB Biogen, Suci Rahayu, MSc. (kiri), dan kunjungan para siswa ke laboratorium kultur jaringan (kanan).

Teknik kultur jaringan merupakan salah satu cara perbanyakan tanaman secara vegetatif, dengan cara menumbuhkan bagian tanaman seperti daun, mata tunas, atau biji pada media buatan steril yang kaya akan nutrisi dan zat pemacu pertumbuhan. Biasanya kultur jaringan dilakukan untuk tanaman yang sulit diperbanyak secara generatif atau untuk tanaman yang hampir punah.

Keunggulan perbanyakan bibit melalui kultur jaringan dibandingkan dengan perbanyakan konvensional antara lain adalah: dapat menghasilkan bibit dalam jumlah banyak dalam waktu yang singkat, seragam, bebas penyakit, dan tidak memerlukan areal yang luas meskipun jumlah bibit banyak. Tahapan perbanyakan bibit dengan metode kultur jaringan juga dijelaskan oleh peneliti BB Biogen, Suci Rahayu, M.Sc pada saat menerima kunjungan para siswa di Laboratorium Kultur Jaringan BB Biogen.

Hasil seleksi proposal yang diusulkan ke Sekretariat FAO-ITPGRFA untuk dibiayai oleh dana Benefit Sharing Fund (BSF) ITPGRFA telah diumumkan pada 6 Maret 2015. Dari 56 proposal yang lolos pada saringan pertama, 22 proposal akan dibiayai oleh FAO-ITPGRFA dan diataranya ada 3 proposal berasal dari Indonesia yaitu:

1. Development of Biomarkers Tool for Proof Production and Climate Change Resistance in Indonesia Rice (Binus University)

2. Co-development and Rice transfer technologies (IAARD with Malaysia, Lao PDR and Philippines)

3. Multi country construction of a test platform for the development and allocation of globally unique identifiers for rice germplasm,  linking the MLS information infrastructure and the DivSeek repository (IAARD with Rwanda, India and Brazil)

Melalui proposal nomor 1 di atas, BB Biogen bersama tim internasional akan mengembangkan perangkat analisa dan database marka molekuler dan data fenotipe untuk menghasilkan informasi yang akan berguna bagi pemuliaan padi. Perangkat analisa bioinformatika tersebut akan didesain dan dikembangkan di Binus University untuk selanjutnya divalidasi dan tempatkan di Balitbangtan agar bisa diakses dan dimanfaatkan oleh pengguna.

Sementara itu melalui proposal nomor 2 dan 3, BB Biogen dan Bank Gen yang dikelolanya akan berperan penting dalam pengembangan database padi internasional yang bisa dimanfaatkan dan dirujuk secara global. BB Biogen juga akan ikut serta dalam karakterisasi molekuler atas aneka koleksi aksesi padi lokal yang ada dalam Bank Gen.

Suasana training bioinformatika di Seoul National University, Korea Selatan.

Bioinformatika adalah sebuah bidang ilmu yang menggabungkan ilmu informatika dan ilmu hayati. Bioinformatika berusaha mendekati permasalahan biologis dan input data hayati dengan aneka teknik komputasi sehingga memperoleh gambaran yang lebih jelas tentang suatu proses atau sistem hayati. Bioinformatika berkembang sejalan dengan perkembangan ilmu dan teknologi berbasis DNA atau asam inti yang menjadi ‘cetak biru’ makhluk hidup. Dengan tersedianya teknologi pembacaan DNA, dan yang terkini teknologi pembacaan genom keseluruhan, bioinformatika telah menyediakan berbagai database DNA dan aneka informasi terkait struktur, fungsi, dan identifikasinya. Selain database, aneka perangkat dan software bioinformatika telah tersedia untuk menganalisa DNA dan genom suatu organisme. Bentuk, kemampuan dan kompleksitas perangkat ini terus berkembang sejalan dengan perkembangan teknologi dan jenis data yang diperoleh di bidang biologi ini.

Badan Litbang Pertanian, Kementerian Pertanian telah memiliki unit-unit kerja yang bergerak dalam penelitian berbasis DNA dan genom. Dalam beberapa tahun terakhir, beberapa laboratorium telah memperoleh tambahan peralatan yang mendukung penelitian di bidang genomika secara umum dan biologi molekuler secara khusus. Berbagai peralatan ini telah dan terus berpotensi menghasilkan data biologis yang memerlukan pengolahan dan penanganan khusus melalui teknik bioinformatika. Sebagai contoh, peralatan pembaca genom yang berada di BB Biogen mampu menghasilkan data dalam jumlah sangat besar – ratusan bahkan ribuan giga basa DNA – terkait informasi genom suatu organisme. Data yang sedemikian besar memerlukan kajian bioinformatika sehingga bisa menghasilkan informasi yang bermanfaat, penuh arti dan bisa digunakan oleh peneliti lain.

Pada bulan Desember 2014 hingga Januari 2015, Badan Litbang Pertanian mengirimkan 3 penelitinya – Dr. Reflinur, Habib Rijzaani, MSi dan Dr. Untung Sutanto – dalam sebuah program visiting scientists untuk memperdalam pengetahuan di bidang bioinformatika. Training bioinformatika ini dilakukan di Laboratorium Crop Genomics, College of Agriculture dan Life Science (CALS), Seoul National University, Korea Selatan. Program training ini diharapkan memberi bekal bagi peneliti yang mengikutinya untuk lebih memahami jenis data, kompleksitas dan bagaimana data genomis bisa diolah sehingga menghasilkan informasi yang bermanfaat dan dapat divisualisasikan. Kegiatan training ini juga diikuti oleh tiga orang peneliti Balitbangtan lain yang kebetulan sedang menyelesaikan studinya di laboratorium yang sama. Dua orang peneliti dari Vietnam juga menjadi peserta training ini.

Pihak penyelenggara menamakan training ini sebagai “First International Bioinformatics Training Programs – Resequencing analysis and Python” di CALS dan telah mendedikasikan sebuah halaman situs web khusus untuk ini yang bisa diakses melalui: http://plantgenomics.snu.ac.kr/mediawiki-1.21.3/index.php/International_Bioinformatics_Training_Programs. Pengajar dan tutor dalam training ini adalah staf dan mahasiswa senior yang memiliki keahlian di bidang bioinformatika di laboratorium tersebut yang dipimpin oleh Prof. Suk-Ha Lee. Materi training disampaikan dalam bentuk kuliah dan disertai dengan praktek langsung. Selain itu, diberikan juga aneka bentuk penugasan untuk menyelesaikan latihan-latihan yang perlu diselesaikan di luar jadwal perkuliahan.

Pokok bahasan silabus training ini adalah sebagai berikut:

• Mengenal Linux
• Python untuk Pemula

• Pemrosesan Teks dan Data Genomis dengan Python

• Identifikasi Variasi Genom
• Visualisasi Data Genom dengan SVG, R, Circos dan JBrowse

Contoh visualisasi aneka jenis data genom melalui perangkat bioinformatika Circos.

Training ini sangat membantu peserta mengenal secara global bagaimana bentuk data genomis dan kompleksitasnya. Peserta mengetahui bagaimana data genomis tersebut bisa diolah sehingga menghasilkan informasi yang lebih dalam dan bisa divisualisasikan secara lebih sederhana dan jelas. Peserta juga mengenal aneka perangkat bioinformatika yang diperlukan untuk melakukan kajian-kajian bioinformatis di atas.

Buah plum yang berbuah cepat dan digunakan dalam teknik pemuliaan Fasttrack. © AFRS-USDA.

Teknologi FastTrack merupakan percepatan pertumbuhan tanaman dengan bantuan teknik biologi dan marka molekuler. Percepatan ini dilakukan terutama pada tanaman yang memiliki umur lebih dari 2 tahun karena dapat membantu mempercepat proses seleksi dalam pemuliaan tanaman. Teknologi ini belum banyak dikembangkan di Indonesia. Untuk menfasilitasi agar teknologi ini dapat ditransfer pada sektor pertanian di Indonesia, peneliti BB Biogen, Dr. Toto Hadiarto menjalankan training selama satu tahun (Desember 2013-November 2014) di Appalachian Fruit Research Station (AFRS), USDA di West Virginia, Amerika Serikat. Training ini merupakan lanjutan dari kerjasama antara Kementerian Pertanian RI dengan US Department of Agriculture.

AFRS melupakan lembaga penelitian bergerak di bidang tanaman buah seperti peach, plum dan apel, dan berada di bawah Agricultural Research Service (ARS) yang merupakan litbang dari Kementerian pertanian di Amerika Serikat. AFRS sudah mulai memanfaatkan teknologi FastTrack lebih dari lima tahun. Dengan bantuan teknologi FastTrack, tanaman-tanaman tersebut hanya memerlukan 1 tahun untuk tumbuh dari biji dibandingkan dengan 5 tahun yang biasa terjadi secara alami.

Training FastTrack di AFRS berada di bawah bimbingan Dr. Chris Dardick. Training akan lebih menitikberatkan kepada teknik-teknik biologi dan marka molekuler (seperti genotyping) serta pengolahan data melalui studi genomika. Beberapa teknik lapangan seperti persilangan dan persiapan bibit dan polen juga akan diajarkan.

Kegiatan genotyping sudah dimulai dari bulan pertama. Kegiatan ini meliputi penggunaan marka (penanda) untuk mengidentifikasikan gen yang mengubah arsitektur tanaman yang terjadi pada tanaman yang telah ditransformasi dengan gen FT. Pada kegiatan ini terdapat pembelajaran mengenai beberapa teknik genotyping mulai dari basic PCR-based genotyping, dCAPs genotyping serta High Resolution Melting (HRM). Selain itu, terdapat juga pembelajaran mengenai pembuatan/desain marker dengan bantuan software CLC yang digunakan dalam pengolahan data (studi genomika).

Selain genotyping, kegiatan kloning juga dilakukan dengan menggunakan sistim Gateway dengan bantuan enzim clonase. Kloning dengan system ini sangat efektif karena enzim yang digunakan sangat spesifik bereaksi pada situs DNA yang dikenali dan waktu yang digunakan lebih singkat dibandingkan dengan cloning yang umum. Kloning dilakukan untuk mendapatkan vector rekombinan yang dipakai dalam transformasi tanaman.
Seminar internasional dalam pemanfaatan teknologi FasTrack diadakan pada bulan Januari. Seminar ini sangat membantu dalam pemahaman FasTrack baik secara teori maupun aplikasi yang sudah diterapkan pada tanaman. Pemanfaatan teknologi ini sudah dilakukan oleh peneliti-peneliti dari berbagai negara dan berbagai jenis tanaman termasuk tanaman buah jeruk dan apel. Kegiatan lapang juga dilakukan meliputi pengamatan morfologi tanaman-tanaman yang berada di perkebunan serta persilangan pada bunga tanaman plum.

Basis dari RNAseq yang merupakan teknik yang sangat kuat dalam mengekplorasi ekspresi gen dipelajari secara ringkas. Untuk ini dipelajari workflow penelitian RNAseq mulai dari pemilihan sampel dan desain eksperimen sampai dengan analisa hasil dengan menggunakan software CLC workbench.
Semoga hasil-hasil tersebut dapat membantu program penelitian Badan Litbang Pertanian, Kementan, Indonesia.

1. Pengkulturan. Pada tahap pengkulturan dikenal 5 macam tipe kultur yaitu kultur mesistem apeks, mata tunas, dan kultur tunas terminal (untuk multiplikasi tunas), kultur batang satu buku (untuk multiplikasi tunas dan tunas adventif tidak langsung melalui kalus) dan kultur jaringan vegetatif baik dari daun maupun batang (untuk tunas adventif langsung maupun tidak langsung).
2. Perakaran.
3. Pembentukan plantlet.

Tahapan pertumbuhan melalui organogenesis pada pisang: (a) induksi tunas, (b) multiplikasi, (c) perakaran dan (d) aklimatisasi

Tahapan pertumbuhan melalui somatik embriogenesis pada kedelai.

Tipe regenerasi somatik embriogenesis (SE) merupakan proses sel somatik (haploid & diploid berkembang membentuk tumbuhan baru melalui rangkaian tahapan perkembangan embrio yang spesifik (menyerupai embrio zigotik) tanpa fusi gamet. Keuntungan regenerasi melalui SE adalah jumlah bibit banyak, mendukung program perbaikan, tanaman lebih cepat, kepastian hasil tinggi. Faktor-faktor yang berpengaruh pada regenerasi melalui SE adalah tipe eksplan, formulasi media, faktor lingkungan, genotip dan kondisi fisiologis pohon induk.

Keberhasilan pengunaan teknik SE sangat ditentukan dengan jenis tanaman yang digunakan apakah merupakan tanaman semusim berdinding lunak atau tanaman tahunan berkayu; tanaman dikotil atau monokotil; tanaman Leguminosae atau Gymnospermae; dan rekalsitran atau tidak. Diantara berbagai jenis tanaman tersebut tanaman tahunan berkayu, monokotil dan rekalsitran merupakan jenis tanaman yang paling sulit regenerasinya.

Saat ini penggunaan SE untuk produksi bibit komesial masih sangat terbatas dibandingkan dengan organogenesis, hal ini karena dengan SE; metoda lebih sulit; subkultur frekuensi tinggi dapat menurunkan kemampuan regenerasi: untuk tanaman rekalsitran, tanaman tahunan berkayu dan monokotil sulit dan masalah dormansi yang masih sulit dipecahkan, penanganan lebih intensif, pendewasaan tidak serempak dan adanya variasi somaklonal.

Balitbangtan & IPB berusaha membaca genom keseluruhan pohon Aren (Arenga pinnata)

Sebagai negara tropis yang sangat luas, Indonesia adalah surga bagi pohon palma. Bukan saja kelapa dan aren (yang memang berasal dari Indonesia) yang mampu tumbuh subur, namun juga kelapa sawit yang merupakan hasil introduksi dari Afrika. Pohon palma ditemukan hampir di seluruh wilayah Indonesia, mulai dari pulau Sumatera hingga Papua. Berdasarkan data BPS tahun 2014, luas perkebunan kelapa di Indonesia saat ini mencapai 3,8 juta hektar, aren seluas 60,5 ribu hektar, dan kelapa sawit sudah mencapai 10,6 juta hektar.

Berbeda dengan perkebunan kelapa sawit yang 61% dimiliki oleh perusahaan dengan sistem budidaya yang modern, 98% perkebunan kelapa selama ini berkembang sebagai perkebunan rakyat. Perkebunan kelapa rakyat umumnya berada di areal lahan yang sempit, pemeliharaan seadanya atau tidak sama sekali, tidak berada pada skala komersial, dan dikelola secara tradisional. Produktivitas kelapa rakyat juga sangat rendah, hanya mencapai sekitar 0,7 ton/Ha dari kemampuan potensial tanaman yang dapat mencapai 2,5 ton/Ha. Kondisi yang lebih miris lagi dialami oleh pohon aren karena hampir semua luasan tanaman aren yang ada di Indonesia adalah tanaman alami yang tidak dibudidayakan atau tumbuh liar. Padahal tanaman aren selama ini menjadi andalan untuk memenuhi permintaan produk dari bahan baku aren. Jika untuk memenuhi kebutuhan tepung dilakukan dengan menebang pohon aren, tentu saja populasi pohon aren mengalami penurunan yang cepat karena tidak diimbangi dengan kegiatan penanaman. Ini yang menjadi tantangan kita ke depan dalam upaya budidaya aren karena potensi aren sangat besar sebagai sumber substitusi kebutuhan gula tebu dan bahan baku bioetanol untuk bahan bakar.

Kunci dari perbaikan budidaya palma terletak dari ketersediaan varietas unggul, seperti halnya ketika dimulainya revolusi hijau dengan tersedianya varietas unggul ajaib IR5 dan IR8 sebagai hasil persilangan antara varietas Peta asal Indonesia dengan padi cebol (dwarf) De Go Wo Gen. Masalahnya, palma merupakan tanaman tahunan yang program pemuliaannya memerlukan waktu bertahun-tahun untuk mendapatkan varietas unggul kalau tidak didukung dengan teknik seleksi yang cepat. Pemilihan tetua yang tepat juga menjadi kunci keberhasilan proses persilangan dan perakitan varietas unggul.

Terkait permasalahan tersebut, Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian (Balitbangtan) akan melakukan pendekatan hightroughput skrining untuk program pre-breeding dan breeding sawit, kelapa dan aren melalui kegiatan konsorsium yang melibatkan BB Biogen, Balai Penelitian Palma dan Institut Pertanian Bogor (IPB). Saat ini, dengan perkembangan ilmu dan teknologi biologi molekular terkini sangat memungkinkan untuk melakukan program pemuliaan tanaman terpadu berbasis pada metode pemuliaan dengan presisi yang tinggi. Berbagai penelitian di bidang molekular saat ini juga telah membantu peningkatan efisiensi dan efektivitas kegiatan pemuliaan tanaman melalui pemanfaatannya sebagai teknik seleksi tidak langsung yang lebih akurat. Berbagai marka molekular telah dikembangkan untuk mendukung kegiatan pemuliaan tanaman.

Hal ini tidak terlepas dari revolusi di bidang bioteknologi yang berkembang sangat pesat.  Teknologi sekuensing telah memacu percepatan project sekuensing genom berbagai organisme dengan percepatan hampir 300.000 kali. Kombinasi dari inovasi teknologi sekuensing, elektroforesis kapiler, robotisasi, dan otomatisasi inilah yang mempercepat proses sekuensing. Revolusi ini ditandai dengan munculnya generasi sekuensing berikutnya (next generation sequencing – NGS). Metode NGS memungkinkan untuk mensekuens jutaan fragmen DNA dalam satu analisis dengan biaya yang relatif rendah dibandingkan dengan teknologi sekuensing Sanger. Teknologi NGS saat ini dapat dikelompokkan pada tiga pendekatan yaitu sekuensing melalui sintesis DNA, sekuensing dengan ligasi, dan sekuensing molekul tunggal. Perkembangan dan munculnya teknologi NGS pengetahuan genomika telah tumbuh secara eksponensial. Metode NGS telah meningkatkan kemampuan dalam analisis DNA jauh melampaui metode Sanger. Teknik NGS mengadopsi pendekatan sekuensing exom yang memungkinkan sekuensing jutaan fragmen DNA dalam satu kali run dan dengan biaya yang relatif murah.

Melalui pendekatan NGS, Balitbangtan sudah melakukan sekuensing genom total tiga genotipe kelapa sawit (Dura, Pisifera, Elaeis oleifera hasil introduksi dari Brasil) sejak tahun 2010. Data sekuen telah diasembly untuk membentuk contigs dan schaffold genom ketiga genotipe kelapa sawit. Analisis lebih detil penjajaran data sekuen kelapa sawit genotipe Dura Indonesia dengan sekuen genom rujukan kelapa sawit menghasilkan data variasi genom sebanyak 3,33 juta yang terdiri dari 3,03 juta SNP, 204 ribu insersi (insertion), dan lebih dari 98 ribu delesi (deletion). Dari penelitian ini telah juga dipetakan genom kloroplas ketiga genotipe kelapa sawit. Pada proyek terpisah Tim peneliti genomika IPB telah menganalisis transkriptome yang diisolasi dari berbagai jaringan tanaman kelapa sawit dan perlakuan cekaman. Mengingat peta genom acuan kelapa sawit yang dapat diakses publik belum menyediakan data sekuen transkriptome, penggabungan data transkriptome hasil penelitian ini ke dalam data sekuen genom yang dihasilkan Balitbangtan akan sangat membantu dalam identifikasi gen dari data resekuen genotipe-genotipe kelapa sawit Indonesia.

Tim peneliti genom, dari kiri ke kanan: Prof. Dr. Ir. Sudarsono, M.Sc. (IPB), Dr. Puji Lestari, Dr. I Made Tasma dan Habib Rijzaani, MSi.(BB Biogen) yang terlibat dalam penelitian genomika kelapa sawit, kelapa dan aren.

Suatu konsorsium penelitian genomika yang melibatkan Badan Litbang Pertanian (Balitbangtan) dan IPB sebagai lembaga riset dan universitas terkemuka ini tentu akan memberikan impak yang sangat besar pada pembangunan pertanian ke depan, baik dari segi scientific recognition maupun impact recognation. Dan konsorsium penelitian genomika ini tidak terbatas pada komoditas kelapa sawit tetapi juga kelapa dan aren. Indonesia sebagai salah satu negara dengan kekayaan hayati terbesar sudah selayaknya mempunyai peranan dan berkontribusi aktif dalam pemanfaatan teknologi genomika, terutama untuk tanaman penting asli Indonesia. Tanaman penting asli Indonesia tersebut seharusnya menjadi tanggung jawab peneliti Indonesia untuk mengembangkan pemahaman dan informasi genomikanya. Melalui pengembangan informasi genomika untuk tanaman penting asli Indonesia tersebut maka peneliti Indonesia akan berpeluang memperoleh pengakuan (recognition) dari dunia internasional dan mampu menyediakan informasi dasar (informasi genomika) yang diperlukan untuk pengembangan tanaman asli Indonesia tersebut. Selain itu, informasi genomika yang terkumpul juga dapat dimanfaatkan oleh stake holder dunia internasional yang bekerja dengan tanaman yang sama. Untuk itu, penelitian genomika tanaman penting asli Indonesia atau tanaman penting yang dikembangkan di Indonesia sangat perlu untuk dilakukan.

Konsorsium penelitian yang akan dibiayai dari program Kerjasama Kemitraan Penelitian dan Pengembangan Pertanian Strategis mulai tahun 2015 ini bertujuan untuk:

1. Mengembangkan informasi genomika untuk palma asli Indonesia yang berpotensi mempunyai peranan penting di masa yang akan datang (kelapa dan aren) dan palma penting yang saat ini menjadi komoditas utama bagi Indonesia (kelapa sawit),
2. Mengembangkan pangkalan data genomika bagi kelapa, aren dan kelapa sawit yang dapat digunakan oleh stakeholder untuk membantu percepatan kegiatan pemuliaan tanaman di masa yang akan datang,
3. Mengembangkan koleksi marka molekuler yang informatif yang dapat digunakan oleh stake-holder untuk membantu percepatan kegiatan pemuliaan tanaman di masa yang akan datang,
4. Mengeksplorasi dan mengidentifikasi berbagai gen-gen yang ada dalam genom kelapa, aren dan kelapa sawit yang berpotensi untuk menjawab tantangan masalah pertanian di masa yang akan datang, dan
5. Mengembangkan reputasi Indonesia di tingkat internasional melalui kontribusi peneliti Indonesia di bidang pemanfaatan teknologi genomika dan bioteknologi pada tanaman palma penting (kelapa, aren dan kelapa sawit).

Di Indonesia dikenal 3 jenis kacang koro yang populer dikonsumsi dan dimanfaatkan, yaitu: Canavalia gladiata atau kacang koro pedang, Mucuna prurien atau kacang koro benguk, dan kacang koro kecipir atau Psophocarpus tetragonolobus. Ketiga bahan baku ini lazim digunakan dalam berbagai bidang termasuk sebagai salah satu alternatif pengganti kedelai dalam pembuatan tempe dan juga tahu. Kacang koro memiliki beberapa nama lokal: Koro Bedog, Koro Bedug, Koro loke, Koro Bendo, Koro Krandang, Koro Pedang (Jawa). Koro Ortel, Koro Wedung, Rakara Bedung, Maliki (Madura), Kacang Koro Kayu (Sumatera), dan Koro Batik (Lombok).

SDG kacang koro

Di antara spesies atau jenis kacang koro, jenis Canavalia gladiata atau kacang koro pedang yang paling banyak digunakan dan dimanfaatkan. Hal ini dikarenakan kandungan gizi-nya yang jauh lebih lengkap dan khusus di Indonesia, jenis kacang koro inilah yang paling mudah ditemukan. Kacang koro memiliki kandungan protein 30,36% setara dengan kedelai.Kacang koro kering memiliki kandungan karbohidtrat 66%, lemak 2,6% . Kacang koro banyak mengandung asam folfat sebanyak 358mcg sehingga kacang koro memiliki potensi untuk dapat menggantikan kedelai sebagai tempe atau tahu.

Kacang koro cukup potensial dikembangkan mengingat sumber gizi yang ada dapat bermanfaat bagi kesehatan tubuh, misalnya: dapat menurunkan kadar gula darah penderita diabetes, menjaga ketahanan tubuh, serta menghindari penyakit jantung. Selain itu diketahui pula dapat membantu tubuh yang kekurangan zat dan penyakit kencing manis. Keputihan, kolosterol dalam darah. Di samping untuk mendukung kesehatan, secara ekologi tanaman koro juga berguna dalam konservasi lahan. Sebagai jenis tanaman leguminosa, perakarannya dapat mengikat unsur nitrogen dari udara sehingga dapat memperbaiki tingkat kesuburan tanah. Badan Litbang Pertanian (Balitbangtan) melalui Bank gen BB Biogen memiliki koleksi SDG kacang koro, yang meliputi: kacang koro benguk (9 aksesi), kacang koro pedang (7 aksesi) dan kacang kecipir (88 aksesi). Koleksi SDG ini merupakan sumber gen potensial untuk dapat dimanfaatkan dalam program pemuliaan dan mendukung ketahanan pangan.

Suatu kenyataan yang selama ini terjadi, kegiatan penduduk yang terus meningkat di berbagai aspek kehidupan telah menimbulkan dampak negatif terhadap kelestarian SDG melalui hilangnya habitat, eksploitasi secara berlebihan tanpa diikuti dengan upaya reklamasi, pengaruh polusi, kebakaran, bencana alam, dan sebagainya. Semakin intensifnya penggunaan varietas-varietas unggul baru tanaman pertanian tanpa diimbangi dengan upaya mempertahankan penggunaan varietas-varietas lokal (land race) juga telah menambah percepatan terjadinya erosi genetik. Keadaan tersebut makin bertambah parah dengan masih tingginya kegiatan pengambilan serta pertukaran materi SDG secara ilegal.

Bank gen Balitbangtan di BB Biogen memiliki koleksi SDG tanaman pangan yang meliputi 28 spesies dalam kelompok komoditas serealia, kacang-kacangan dan ubi-ubian. Sampai dengan tahun 2015, total koleksi SDG tanaman pangan yang tersimpan di bank gen BB Biogen adalah sebanyak 10.922 aksesi yang meliputi: padi (Oryza sativa) 4.116 aksesi, padi liar (Oryza spp.) 94 aksesi, jagung (Zea mays) 1.052 aksesi, sorgum (Sorghum bicolor) 246 aksesi, gandum (Triticum aestivum) 83 aksesi, jali (Coix lacryma-jobi) 12 aksesi, jewawut (Setaria italica) 9 aksesi, wijen (Sesamum indicum) 6 aksesi, kedelai (Glycine max) 888 aksesi, kacang tanah (Arachis hypogea) 821 aksesi, kacang hijau (Vigna radiata) 915 aksesi, kacang tunggak (Vigna sinensis) 130 aksesi, kacang Bogor (Vigna subterranea) 9 aksesi, kacang gude (Cajanus cajan) 13 aksesi, komak (Lablab purpureus) 11 aksesi, kacang koro benguk (Mucunapruriens) 9 aksesi, kacang koro pedang (Canavalia ensiformis) 7 aksesi, kecipir (Psophocarpus tetragonolobus) 82 aksesi, ubikayu (Mannihot esculenta) 555 aksesi, ubijalar (Ipomoea batatas) 1.364 aksesi, talas (Colocasia esculenta) 245 aksesi, belitung (Xanthossoma sp.) 126, patat (Marantha arundinaceae) 34 aksesi, ganyong (Canna edulis) 63 aksesi, gembili (Dioscorea esculenta) 17 aksesi, gadung (Dioscorea hispida) 14 aksesi, ubi kelapa (Dioscorea alata) 20 aksesi, dan suweg (Amorpophalluscampanulatus) 2 aksesi.

Keragaman SDG tanaman pangan koleksi bank gen Balitbangtan di BB Biogen

Bank Gen Balitbangtan juga memberikan layanan permintaan materi plasma nutfah pertanian sesuai dengan peraturan yang berlaku untuk kegiatan penelitian dan pengembangan. Pihak yang membutuhkan layanan ini secara formal dapat mengirimkan surat permohonan kepada kepala unit yang bersangkutan dengan menyebutkan macam komoditas, nama varietas (aksesi), banyaknya serta tujuan penggunaan materi tersebut. Bank Gen yang bersangkutan akan melakukan konfirmasi mengenai keberadaan materi yang dibutuhkan tersebut dan selanjutnya akan melakukan respon balik melalui kepala unit. Bank Gen Balitbangtan memberikan layanan permintaan materi plasma nutfah pertanian sesuai dengan peraturan yang berlaku untuk kegiatan penelitian dan pengembangan. Pihak yang membutuhkan layanan ini secara formal dapat mengirimkan surat permohonan kepada kepala BB-Biogen dengan menyebutkan macam komoditas, nama varietas (aksesi), banyaknya serta tujuan penggunaan materi tersebut. Pihak Bank Gen akan melakukan konfirmasi mengenai keberadaan materi yang dibutuhkan tersebut dan selanjutnya akan melakukan respon balik melalui kepala unit.