The ‘gene of’ is a teleosemantic expression that conveys a simplistic and linear relationship between a gene and a phenotype. Throughout the 20th century, geneticists studied these genes of traits. The studies were often polemical when they concerned human traits: the ‘crime gene’, ‘poverty gene’, ‘IQ gene’, ‘gay gene’ or ‘gene of alcoholism’. Quite recently, a controversy occurred in 2006 in New Zealand that started with the claim that a ‘warrior gene’ exists in the Mãori community. This claim came from a geneticist working on the MAOA gene.

I am becoming more and more annoyed by this false naive approach, that scientists only do research, they are not responsible, there is only one scientific method, not influenced ever by culture, society, politics or the experiences of a given scientist. Yes, I do think that science works (airplanes and vaccines and everything), and the scientific method is getting better and better in building models, but there is a whole world out there, trying to (mis)interpret those scientific results, and do things with it. Also, this ‘gene of’ bullshit is a rather stupid and unusable idea.

Damage Report

A Damage Report a kétezres évek … stb, stb. Maradjunk annyiban, hogy először látva nekem 4 szó ugrott ki a borítón látható kavalkádból. Cyberpunk, Biopunk, Industrial és Timewave Zero. Igen, ez már öt, meg igen, a pornó is, haladjunk.

Először eszembe jut az, amikor Székesfehérváron megvettem a Virtuálfényt valami utcai könyvárusnál, és aznap este behúzott a mátrix, kész, vége, elvesztem bazmeg örökre, innen számomra egyenes út vezetett a bioinformatikához, meg sokmindenhez. Aztán az industrial, ja, figyi te hogy tudsz ilyen szarokat hallgatni, na ne basszál föl, hogy fúróval, meg ilyenekkel, ez neked zene? És persze amikor fekete-fehér kockás lett a nem euklideszi geometriával rendelkező fal, miközben Terence McKenna idegenekről, sámánokról és a képlékeny valóságról beszél egyébként végtelenül idegesítő hangon, na az is, szóval “meghatározó” volt. A biopunk-ot hadd ne magyarázzam.

Annak idején azt találtam mondani, hogy vagy a vérhabos geciből legyen több a könyvben, vagy a tudományból, nem kell a patikamérlegen kimért ilyen is, olyan is stílus. Meglátjuk melyik verzió jött be, ha legalább tizedét hozza a könyv az előbb felemlegetett élményeknek, akkor számomra már megérte, hogy damage nem a plafonon rohangál a zártosztályon, koffeininfúzióval az öööö karjában, hanem megírta ezt.

[weboldal] [megveszed]

“Natural Computing is an interdisciplinary field of research that investigates human‐designed computing inspired by nature as well as computation taking place in nature, i.e., it investigates models, computational techniques, and computational technologies inspired by nature as well as it investigates phenomena/processes taking place in nature in terms of information processing.

One of the research areas from the second strand of research is the computational nature of biochemical reactions. It is hoped that this line of research may contribute to a computational understanding of the functioning of the living cell, which is based on interactions between (a huge number of) individual reactions. These reactions are regulated, and the main regulation mechanisms are facilitation/acceleration and inhibition/retardation. The interactions between individual reactions take place through their influence on each other, and this influence happens through these two mechanisms.

In this seminar we present a formal framework for the investigation of processes carried by biochemical reactions in living cells. We motivate this framework by explicitly stating a number of assumptions that hold for a great number of biochemical reactions, and we point out that these assumptions are very different from the ones underlying traditional models of computation. We discuss some basic properties of processes carried by biochemical reactions, and demonstrate how to capture and analyse, in our formal framework, some biochemistry related notions.

Besides providing a formal framework for reasoning about processes instigated by biochemical reactions, the models discussed in the course are novel and attractive from the models of computation point of view. This is extensively discussed throughout the course. “

Annak örömére, hogy meglett a phd fokozat, úgy döntöttem kirakom az elérhető információkat, az adatoktól kezdve a borzalmasan megírt forráskódokig és szövegekig. A téma a nagyon érdekfeszítően hangzó “Gerinces és növényi ortológ promóter adatbázisok fejlesztése és elemzése” címet kapta. Ha valaki késztetést érez, kritizálhat, javasolhat dolgokat, elmondhatja miért öljem magam a tengerbe a perl scripteket elnézve és hasonlók. Az adatbázis elkészítése kiváló gyakorlóterep volt, valószínűleg sikerült minden hibát felmutatni, amit egy (három) kezdő bioinformatikus elkövethet egy szolgáltatás meg(nem)tervezésekor. Volt itt feature creep, igenholnapíromadokumentációt, előszörjóötletnektűnt, NEM VOLT BACKUP?, de valahogy csak sikerült összekalapálni. Remélem az elkövetkező fél évben lesz rá idő, hogy kicsit rendbeszedjem és frissítsem az egészet.

Tehát a disszertáció letölthető innen [pdf], ez pedig a tézisfüzet magyarul [pdf], angolul [pdf] és az egy oldalas angol nyelvű összefoglaló [pdf]. A két bírálói vélemény [pdf1] [pdf2] és a válaszok [pdf1] [pdf2]. A védés előadásának anyaga itt lent.

Az adatbázist leírása a következő két cikkben található.

Endre Barta, Endre Sebestyén, Tamás B. Pálfy, Gábor Tóth, Csaba P. Ortutay, and László Patthy DoOP: Databases of Orthologous Promoters, collections of clusters of orthologous upstream sequences from chordates and plants Nucleic Acids Research, vol. 33, no. Database issue, pp. D86-D90, Jan. 2005 [link]

Endre Sebestyén, Tibor Nagy, Sándor Suhai and Endre Barta DoOPSearch: a web-based tool for finding and analysing common conserved motifs in the promoter regions of different chordate and plant genes BMC Bioinformatics, vol. 10, no. Suppl 6, pp. S6, Jan. 2009 [link]

A webes felület elkészítéséhez [doop.abc.hu és doopsearch.abc.hu] felhasználtuk a saját fejlesztésű Bio::DOOP API-t [github] és a MOFEXT keresőprogramot [github].  Az adatok nagyrésze letölthető innen és még az undorító php/perl borzalom is elérhető, ami a weboldalat produkálja [github].

Ha valaki hiányol valamit [MySQL dump, egyéb adatok], ne fogja vissza magát, szóljon.

Hát azok nem is, de mindjárt belerázódom az új munkahelybe és lenyomom a doktorit, aztán reanimálom ezt itt.

Kerék Barbara

Magyar Állami Földtani Intézet

Magyarország mellékhatásai

Sokféle hatása lehet annak, hogy itt élünk. Ebben az előadásban az egészségünk szempontjából legfontosabb geokémiai hatásokat tekintjük át. Azt egy átlagosan művelt ember is tudja, hogy testünk optimális működéséhez különböző elemekre van szükség — elég, ha időnként végignéz egy reklámblokkot fő műsoridőben. Vannak olyan elemek, amelyekből több kell, és vannak, amikből nagyon kevés — ezeket hívjuk mikrotápelemeknek. Baj nemcsak akkor lehet, ha valamiből túl sok van a környezetben, de akkor is, ha túl kevés, mert a tápláléklánc különböző elemeire, illetve a mi egészségünkre mindkettő hathat károsan. Magyarország földtani és így talajtani, illetve vízföldtani adottságaiból következik, hogy bizonyos területeken az arzén és a kadmium túlsúlya, illetve a jód, a szelén, a fluor és a molibdén hiánya jellemző.

Korcsmáros Tamás

ELTE TTK – Genetika Tanszék

Félrebeszélés sejtszinten

A sejtekben a fehérjék egymással dinamikus kapcsolatban állnak és egy bonyolult kommunikációs rendszernek, a jelátviteli hálózatnak az építőkövei. Ebben a hálózatban vannak sokat és vannak keveset beszélő tagok. Kutatásunkban arra vagyunk kíváncsiak, hogy a “sokat beszélő” fehérjék miért nem okoznak bábeli zűrzavart, és a sejt hogyan képes szabályozni ezeket a kritikus elemeket. A kutatásban egy molekuláris Facebookhoz hasonló adatbázis segít nekünk. Érdekes módon azt találtuk, hogy ha ez a szabályozás sérül, akkor a kritikus fehérje hangosabb lesz és “félrebeszél”. Ennek következtében pedig komoly betegségek, például rák alakulhat ki.

Szeifert Gábor

ELTE TTK

Rögtön Jövünk!

A Csapatot az ELTE Természettudományi Karán végzett (vagy jelenleg is tanuló) fizikusok és geológusok alkotják. A Dakar kistestvérének tartott, immár nemzetközi hírnévre szert tett autóverseny Európából indul, és a Ráktérítőt átlépve, Bissauban, Nyugat-Afrikában ér véget. A futam minden évben kiemelkedő karitatív esemény, a csapatok ajándékokkal és adományokkal felszerelkezve indulnak a fekete kontinensre. Célunk 2 db LADA kombival eljutni Bissauig és a Budapest-Bamako Rally médianyilvánosságán keresztül a tudomány népszerűsítése. A túra során látványos kísérletekkel szeretnénk közérthetően bemutatni számos  fizikai  törvényt, továbbá azokról színvonalas és érdekes videobeszámolókat adni. Szemléltetünk minden utunkhoz kapcsolódó geológiai látványosságot, időjárási jelenséget, a növény- és állatvilág sajátosságait. Szándékozunk bemutatni Afrika kulturális sokszínűségét, hagyományokat, gasztronómiai különlegességeket és a futam útvonalába eső egyéb érdekességeket is.

Ha ezt az akadályt sikerül leküzdeni, jönnek a további problémák, amint magunkhoz térünk a folyóirat miatti ájult tiszteletből, és kicsit kritikusabban vizsgálódunk. Itt-ott hiányoznak a pontos eredmények, amit annak idején a laborban sikerült lemérni, vagy kicsit homályos a módszer, amivel ezek ki lettek értékelve. Máskor pedig az sem egészen világos, hogy mi alapján történik a válogatás, ki és hogyan dönti el a téma „fontosságát” és „érdekességét”. A különböző specializáltabb folyóiratok esetében is hasonló problémák merülnek fel rendszeresen.

Lehetséges, hogy a 21. században, amikor az ENSZ szerint az internethozzáférés már alapvető emberi jog, ideje lenne ugyanezt kimondani a tudományos eredményekről, másrészt az egész tudományos folyamatot az eredményektől a publikálásig bezárólag átláthatóbbá és nyíltabbá tenni. Elvégre ha a természetgyógyászoktól és az örökmozgók feltalálóitól elvárjuk a nyíltságot, megismételhetőséget és a szigorú teszteket, akkor mi sem tehetünk másképp.

[Hőbörgés itt, kultúrcikk később máshol. Csak ajánlani tudom.]

Darwin elmélete szerint a természetes szelekció csak azon tulajdonságokra hat, amelyek bizonyos mértékű variációt mutatnak és ezek szülőről utódra továbbadódnak. Az 1930 és 50 között lezajló modern szintézis, amely a darwini elméletet integrálta a genetikával, a DNS-t vette alapul, mint egyetlen örökítőanyagot a generációk között. Az evolúció azonban bármely fenotípusos különbségre hat, amely stabilan öröklődik a generációk között. Ilyen alapon valószínűleg érdemes lenne a fenotípusos különbségeket átadódó és nem átadódó részekre különíteni, a klasszikus genetikai és környezeti felosztás helyett.

A nem genetikai alapú öröklődés 4 nagy kategóriára osztható, amelyek mindegyike hozzájárul a fenotípus kialakításához.

1. Epigenetikai öröklődés: a DNS bizonyos mértékű módosításán alapuló mechanizmus, amely a DNS bázissorrendjét nem változtatja meg, a gének kifejeződésének mértékét azonban igen.
2. Szülői hatás: a szülők olyan hatása az utódok fenotípusára, amelyek függetlenek az utód genotípusától.
3. Környezeti öröklődés: ennek során az egyedek módosítják közvetlen vagy tágabb környezetüket, amely hatással van fitnesszükre, ezáltal megváltoztatják a szelekciós hatást.
4. Kulturális öröklődés: a szociális tanulás során egyedek között átadódó információ, amely hatással van a fenotípusra.

Ennek a 4 nem genetikai alapú örökítő mechanizmusnak a hatásai sokszor igen nehezen különíthetők el egymástól, vagy a genetikai alapú rendszerektől, általában igen komplex hálózatokat képeznek. Az eredetileg a genetikai öröklődést vizsgáló statisztikai és kísérletes módszerek megfelelően módosított verziói azonban felhasználhatók ezeknek a mechanizmusoknak a vizsgálatára is.

Beemelve a nem genetikai alapú mechanizmusokat, a jövőben az öröklődés elmélete is némi kiterjesztést fog igényelni, ahogy annak idején a fitnessz fogalma esetében szükség volt a fogalom kiterjesztésre adott egyed mellett például a rokonokra is, hogy bizonyos megfigyelések magyarázhatóak legyenek (rokonszelekció, altruizmus, kooperáció).

Az evolúció pedig a következőképpen lenne újradefiniálható: “olyan folyamat, aminek köszönhetően egy populációban megtalálható variánsok gyakorisága változik az idő előrehaladtával”. Ebben az esetben a variáns veszi át a gén szerepét, ezáltal a genetikai és nem genetikai hátterű öröklött információt is beleértve, függetlenül annak folyamatos vagy nem folyamatos voltától.

[cikk pdf]

Nem tudom mi történt velem tavaly májusban, amikor asszem először eszembe jutott az, hogy kéne valami laza, informális tudományos összejövetelt szervezni, ugyanis maximum két sör volt bennem mint tudatmódosító, esetleg még fél liter szóda. Mindenesetre kipattant a fejemből és rögtön akadt is egy óvatlan jelentkező, Via, aki azt mondta, hogy beszállna a szervezésbe. Aztán kiderült, hogy volt már egy ilyen, amit a NewTech meetup egyik szervezője Szalai Feri kezdett el, de időhiány és hasonlók miatt az a verzió elhalálozott. Némi noszogatás után Varga Máté vállalta hogy besegít, Varga Balázst pedig nem tudom belinkelni sehova, mert ő ilyen netes hülyeségeket nem ír/olvas/használ, de szintén segített. Valamikor a vége felé  előkeveredett Szöllösi Gábor is, a reklámozásnál pedig jól jött Zsíros Róbert László Többet ésszel című műsora a Klubrádióban, a  különféle magyar tudományos blogok mellett. Akit kihagytam, pedig itt lenne a helye, az a legközelebbi találkozásunkkor megrugdalhat, esetleg meghívom valami alkoholra, az előadóknak pedig külön köszönöm, hogy vállalták az előadásokat, remélem minden látogató talált kedvére valót, elvégre a szextől a drogokig minden lényeges témát érintettünk.

Szeptemberben elindult az első évad, az anyázás, a hajtépés (na jó, az nem annyira), és sikerült ráébrednem, hogy egy teljesen laza, 50-100 ember körüli rendezvénnyel is mennyit lehet szívni. Egészen sokat tanultam egyetemen és hasonló helyeken nem oktatott dolgokról, például arról, hogy mikor nem illik bazmegezni, és milyen kihívásokat rejt az előadások felkonferálása akár már 2 sör után is. A második évad sokkal gördülékenyebb lesz, és minden alkalommal ingyen kaviárral és pezsgővel (maláj kurvákkal és kokainnal) várjuk az érdeklődőket az Akadémián, ahol alkalmanként egy kétszemélyes elboniai utazást is kisorsolunk.

Ha esetleg mégsem az Akadémián tartanánk az összejöveteleket, akkor marad a Szilvuplé, szeptembertől továbbra is minden hónap harmadik szerdáján, este 7-től. A programról és időpontokról a meetup.com oldalon lehet tájékozódni, esetleg a blogon, vagy a facebook oldalon, de a twitteren is követni lehet a lényeges dolgokat, az elődások anyaga pedig megtalálható a blip.tv-n és a slideshare-n.

Tehát a májusi meetup programja, egy egészen minimális késéssel (és extra videóval).

Mangalica termékek eredetvédelme molekuláris biológiai módszerekkel

Molnár János

Biomi Kft

A projekt célja, hogy hozzájáruljon a hazai mangalica alapanyagokból készült termékek versenyképességének növeléséhez a hamisítások kiszűrése és a jogszabályi környezet megteremtéséhez szükséges eszközök fejlesztése által. A munka során ezen őshonos „hungaricum” sertésfajta genomját kívánjuk komplex módon felmérni az elérhető legújabb genomi szekvenálási technológiák felhasználásával, és így egy validált DNS-alapú vizsgálati módszer állhat a hazai élelmiszeripar illetve ellenőrző hatóságok rendelkezésére a minőségi kontroll, a nyomonkövethetőség és a helyes piaci magatartás betartása érdekében.

Nyelesszemesnek áll a világ

Földvári Mihály

Debreceni Egyetem – Evolúciós Állattani és Humánbiológiai Tanszék

A nyelesszemű legyek különleges rovarok, nevükhöz méltó, bizarr fejformával. Párválasztásukat és a hímek rangsorát is nagymértékben befolyásolja, kinek van nagyobb szemnyele. Kíméletlen harcaik során lábukat is használják a győzelem érdekében. Viselkedésük kutatása még kezdeti stádiumban van, de máris sok az érdekes eredmény.

Fehérjék működésének vizsgálata krisztallográfiával

Harmat Veronika

ELTE Kémiai Intézet, MTA-ELTE Fehérjemodellező Kutatócsoport

A fehérjekrisztallográfia fehérjék térszerkezetének meghatározása röntgendiffrakciós mérések alapján. A módszer első sikeres alkalmazása, a mioglobin (1958-1960) szerkezetének felderítése óta teljesen átformálta a biológiai folyamatokról alkotott képünket. A szerkezetek segítségével választ kaphatunk például a szervezetben lejátszódó kémiai folyamatok mikéntjére; arra, hogy hogyan ismerik fel egymást a különböző kis- és nagymolekulák; vagy arra, hogy hogyan alakul át a kémiai kötésekben tárolt energia mozgássá. Előadásomban röviden áttekintem, hogy milyen lehetőségeket nyújt a fehérjekrisztallográfia a fehérjemolekulák különböző állapotainak vizsgálatára, majd saját kutatásból vett példán bemutatom, hogy milyen ,,stratégiákkal” képesek az oligopeptidázok megvalósítani kettős funkciójukat: kb. 20 aminosavnál nem hosszabb fehérjeláncokat kiválogatni, és hatékonyan elhasítani őket.

Miért szakadt át? A kolontári baleset földtani okai

Fügedi Ubul

Magyar Állami Földtani Intézet

A kolontári baleset egy tipikusan földtani okokból eredő katasztrófa, ezért tisztázása csak a földtani intézményrendszerben lehetett sikeres ott viszont igen. Fő oka, hogy az üzemeltetők a gát északnyugati sarkában több évig egy, csak mintegy hat méter magasra megépített szakaszt, “kaput” hagytak, és amikor a feltöltés elérte ennek szintjét, azt sebtében, gyengébb minőségű anyaggal “foltozták be”. Ennek eredményeként:

1. A gáttestben meredek törések és vízszintes korróziós zsákok alakultak ki.
2. Az ismétlődő mechanikai hatások eredményeként a gáttest megrepedezett.
3. A homokrétegek mentén benyomuló lúg hosszú korróziós zsákokat mart ki.
4. 2010 nyarán a gát koronáját laza, cementálatlan anyaggal magasították.

A hivatalos koncepció(k)tól eltérően a gát nem alulról szakadt át, hanem a fordított szélirány eredményeként rajta átcsapó hullámok kezdték erodálni