Atari Teenage Riot ‘Activate Live’ video directed by Zan Lyons.

Én valahogy mindig a különböző elektronikus/digitális művészkedéssel meg a sufnielektronikával állítom párhuzamba. Ott már rengeteg alapeszköz van, a kismillió speciális programozási nyelvtől (Processing) a jól átgondolot elektronikus kütyükig (Arduino) vagy éppen a boltban megvehető marék tranzisztorig, vezetékig és laptopig. Teljesen jól működik a mérnöki gondolkodás, lehet szabványos, egységes eszközöket gyártani, szép specifikációkat írni, nem igazán lesz olyan, hogy “jé, hát ez pont az ellenkezőjét csinálja mint akartam!”.

A bio* témáknál valahogy nem akar működni ez a hozzáállás, hogy lebontom alapvető építőkövekre az élőlényt, sejtet, akármit, aztán a darabokból összelegózom pontosan azt, ami nekem kell. Nem tudom, hogy csak nagyon a kezdeti fázisban járunk és tulajdonképpen túl keveset tudunk, vagy egy akármilyen biológiai rendszer már annyira komplex, hogy mindig lesz egy bizonytalansági tényező, és a végtelenségig közelítjhetük a 100%-ot, de sose érjük el azt a precizitást amit egy mérnök képes létrehozni. Ezek a darabok lennének azok amik a DIYbio, bioart, biohacking projektek létrejöttét nagyban megkönnyítenék az általában drága, lassú és hajtépős labormunka helyett.

Próbáltam összeszedni néhány érdekesebb kezdeményezést, eszközt, ami akár otthon is használható, esetleg a biológiai építőkövek pontos definiálásával küzd.

Elsőnek itt van a LavaAmp nevű házi PCR készülék, nemrég készült el a 0.2-es verzió a Biodesicnél.  Hasonló PCR készülék, ami még csak a tervezés fázisában van, az OpenPCR, amit a Kickstarter-en akár támogatni is lehet. Az OpenPCR tervezői követték el az Open Gel Box 2.0 nevű gélelektroforézisre használható cuccot is, amit a Pearl Biotech árusít. Reagensek és kitek vásárlásához kezdésnek meg ott van például a Ginkgo Bioworks, ami már az állítólagos standard biológiai építőkövek kombinálásához ad alapanyagot.

Az építőkövek definiálásával, a kapcsolódó projektek koordinálásával foglalkozik a BioBricks alapítvány. Magukat az építőelemeket az MIT Registry of Standard Biological Parts adatbázis írja le, az iGEM verseny folyamán pedig ezeket kombinálják, javítják, fejlesztik évről évre. A Biofab is hasonló elemeket próbál definiálni.

Tanácsért természetesen rengeteg helyre lehet fordulni, de kezdésnek ott van a DIYbio fóruma, a biopunk.org, amitől nekem is bekattant az agyam, az OpenWetWare wiki, vagy az Open Biohacking Project dokumentumgyűjteménye.

Ezek mellett persze ott van a rengeteg nyílt hozzáférésű cikk, meg a selejtezés a könyvtárakban, laborokban, egyetemeken, jobb esetben kiárusítással, aukciókkal. Az utóbbiban próbál segíteni a DNAdeal is.

Ahonnan pedig semmit nem vártam volna, de mégis: a Microsoft. A Microsoft Biology Foundation egy alapvető eszközcsomagot biztosít DNS, RNS és fehérjeszekvenciák manipulálására és webes szolgáltatásokhoz. A GEC programozási nyelv és a hozzá tartozó fordítóprogram pedig a logikai kapcsolatokat próbálja meg leírni, és formális modelleket felépíteni, amik utána egy paranccsal lefordíthatók DNS-re.

Itt pedig egy nem túl gyakran bővülő twitter lista a fenti témakörökkel foglalkozó emberekkel, említett projektekkel, cégekkel.

]]> http://biopunk.hu/2010/06/16/diysynthbioarthacking/feed/ 0 http://biopunk.hu/2010/06/16/diysynthbioarthacking/ http://feedproxy.google.com/~r/biopunk/~3/DUX5f1B5jWI/ http://biopunk.hu/2010/05/25/alkalmazott-bolcseszet/#comments Tue, 25 May 2010 09:59:24 +0000 razor http://biopunk.hu/?p=976 Nemrég jelent meg a Magyar Tudomány májusi száma, benne egy Veszélyes-e a tudományra a web 2.0? című cikk Koltay Tibortól. A cikk kiváló indítás volt a naphoz kávé helyett (© by Kelt). A web 2.0 fogalmán való vergődéssel, amivel a cikk indít, nem is nagyon foglalkoznék, 2010-ben a Listserv szoftverrel példálózni leginkább nevetséges.

Ami először igazán feltolta a vérnyomásom, az a CiteULike és a SlideShare (meg a többi hasonló) szolgáltatás kezelése.

Azért nem mondhatjuk, hogy az információk megosztása ezeknek az alkalmazásoknak a célja, mert a valódi cél kereskedelmi érdekek kiszolgálása.

Tehát ezek, és még sok más szolgáltatás is kizárólag a gonosz hirdetők méggonoszabb kereskedelmi érdekeinek kiszolgálására vannak, és a tudomány számára használhatatlanok, ráadásul később kiderül, hogy teljesen hiányzik a minőség és a kritikai hozzáállás is. Természetesen úgy is lehet kezelni a dolgot hogy a mocskos népbutító kapitalisták már megint csak a vérünket szívják, meg el akarják adni a szemetet, de talán ennél árnyaltabb megközelítési módok is léteznek, és ezek a különféle eszközök akár hasznosak is lehetnek, bármilyen nehéz is ezt felfogni.

Aztán következik némi habzás a nyílt hozzáférés témában, majd eljutunk a lényeghez, miszerint az interneten található tartalmak nagyrésze amatőr, sekélyes, mindenki csak a magánéletének kiteregetésével van elfoglalva és hasonló szánalmas sztereotípiák. A fórumozó/kommentelő ráadásul bizonyára izzad is meg büdös a lába. Majd jön a következő részlet:

A jóslat másik része, miszerint megszűnik a tudás előállításának lineáris, zárt jellege, már kérdéseket vet fel. A zárt rendszer ugyanis a minőségbiztosítás egyik záloga.

Na itt párolog el teljesen a cikk esetleges minimális hitelessége. Mikor volt a tudás előállítása lineáris és zárt? Már minimális mennyiségű tudománytörténeti ismerettel is látható, hogy a tudomány soha nem egy jól meghatározott, szép és egyértelmű úton haladt előre, hanem mindig rengeteg tényező befolyásolta, a kutató személyes kínjaitól kezdve a kulturális közegig. Az pedig, hogy a szerző szerint egy zárt rendszer lenne a minőség záloga, hihetetlen. Tehát a minőséget az biztosítja, ha nem látjuk át mi történik, és csak a kiválasztott kevesek szólhatnak hozzá a témához  ott fent a toronyban. Még véletlenül sem az számít, ha jól definiált modellek és kísérletek segítségével megpróbálunk pontos adatokat gyűjteni, ezeket kielemezni, majd következtetéseket levonni, mégpedig átlátható és reprodukálható módon. Igen, ezt formális képzés nélkül is meg lehet tenni, akkor is ha valaki nem tartozik a klubba, és attól ez még tudomány lesz.

A kutatók viszonylag homogén hovatartozásával szemben az amatőrök a web sokfélesége és hajlékonysága folytán egyszerre nagyon sokféle közösséghez tartozhatnak, ami azt eredményezi, hogy nincs rögzült identitásuk.

A büdöslábú fórumozónak, aki a zárt rendszeren kívül van, ráadásul még identitása sincsen, csak flémel névtelenül, a kutató viszont kizárólag egy darab jól meghatározott közeghez tartozik, egy darab érdeklődési körrel, ahol bizonyára van ér-ték-rend, és még véletlenül sem olyan, mint a többi ember, akik meglepő módon általában többféle közösséghez is tartoznak és többféle érdeklődéssel rendelkeznek.

Ezeknek az eszközöknek egyszerűen nincs releváns érintkezésük a szakmai és tudományos kommunikációval.

Esetleg körül kéne nézni a ScienceBlogs, a Nature Network, a PLoS környékén, vetni egy pillantást a Twitter vagy a FriendFeed tudományos közösségeire, rákeresni a ScienceOnline 2010 konferencia anyagaira hülyeségek irkálása helyett.

via

A SciSurfer egy többé-kevésbé valós idejű kereső, amely a mindenféle tudományos folyóiratok cikkeinek absztraktjaiban keres. Kezdésnek behúzza a folyóiratok RSS feedjét, integrálja ezeket, majd ehhez biztosít egy felületet amely egy Google login segítségével egyszerűen elérhető, mindenféle fájdalmas külön regisztráció nélkül. Lehetőség van egy adott folyóirat absztraktjainak nyomonkövetésére is,az igazán érdekes azonban a kulcsszavak alapján történő keresés, amikor azonnal megkapjuk a cikk adatait, amint publikálták azt. Ez igen hasznos lehet, ha valaki például egy adott génnel vagy betegséggel foglalkozik (vagy például ha a füst aktív komponenseivel [is], ugye) és nagy a verseny. Az agyhalált okozó mennyiségű, adott kutatási területen esetleg érdekes újságok tartalomjegyzékeinek rendszeres átolvasása szinte lehetetlen, de a SciSurfer talán könnyít a szűrésben.

A BioLit a PubMed API-t használja fel, mint sokan mások, és a cikkeket vagy absztraktokat szemantikus információval javítja fel, plusz belinkeli különféle biológiai adatbázisokhoz. A felhasznált ontológiák mennyisége folyamatosan nő, az OBO Foundry alapján egyre újabbakat integrálnak. Engem annyira nem győzött meg a dolog, ebben a formában legalábbis, valószínűleg inkább a gépeknek lesz hasznos amikor végre valami hasonló formátum lesz az általános. Komplex adatbányász, szövegelemző módszerek helyett aránylag egyszerűen lehet majd (aha, persze) biológiai folyamatokra, génekre, egyebekre és az azokkal összefüggő mindenféle információkra rákeresni, netán ábrázolni, elemezni őket. Cikk is van.

J. Lynn Fink, Sergey Kushch, Parker R. Williams and Philip E. Bourne (2008) BioLit: integrating biological literature with databases. Nucleic Acids Research 36 (Web Server issue): W385-W389; doi:10.1093/nar/gkn317

A BioTorrents arra jó, amit a neve is jelez, a bittorrent technológia segít a különböző adatok letöltésében és megosztásában. A torrent előnyeit gondolom nem kell taglalni, minnél többen…, elosztott terhelés…, stb, stb. Én többször majdnem megháborodtam, mire például FTP-n keresztül lehúztam az éppen szükséges BLAST adatbázist az NCBI szervereiről a hihetetlen sávszélességet és zökkenőmentes működést biztosító ADSL vonalon keresztül, ami egy egész kutatóintézetet lát el. Pillanatnyilag 27 torrent van az oldalon, könyvek, programok és szekvenciák vegyesen, valószínűleg nagyot lendítene a dolgon, ha valami nagy adatgyűjteményekkel rendelkező intézet (NCBI, EBI) odaállna a dolog mellé. Van cikk is a dologról, mégpedig a PLoS ONE-ban, emellett Morgan Langille interjút készített magával a BioTorrent-ről a blogján [+twitter].

Morgan G. I. Langille, Jonathan A. Eisen (2010) BioTorrents: A File Sharing Service for Scientific Data. PLoS ONE 5(4): e10071; doi:10.1371/journal.pone.0010071

Egy nagyon friss startup a DNAnexus [twitter]. A szolgáltatás lényege, hogy a különböző szekvenálómódszerekkel generált nyers adatmennyiség kezelését, tárolását és elemzését is elvégzik, a szekvenálást megrendelő kutatónak nem kell bajlódni hardver és szofterproblémákkal, hanem egy (remélhetőleg tényleg)  könnyen és egyszerűen kezelhető webes felületen ér el mindent.

A cég pillanatnyilag a Solid és egyes Illumina platformokat támogatja, állítólag other platform supports coming soon, és egyszerű szekvenciaadatok mellett a Chip-seq, RNA-seq és egyéb kísérletek eredményeit is feldolgozzák, elemzik. Kérdés, hogy megéri-e egy kutatócsoportnak ezt használni, nem pedig a házi bioinformatikusokat. Nem hinném, hogy van még olyan komoly kutatóintézet, ahol ne lenne legalább egy-két biogeek, másrészt elég rugalmasak-e a szolgáltatások? A jól definiálható rutinfeladatok és elemzések mellett mindig bele lehet futni olyan problémákba, amiket még egy eléggé fejlett és általában jól alakítható szolgáltatás sem fog megoldani.

PlumberCon is a unique hacker conference targeted at security researchers, system and network operators, application developers, hardware hackers, hackerspace members, and generally open-minded folks working or participating in the broad fields between information warfare and digital art.

Ami a dolgot számomra érdekessé teszi, hogy már tavaly is volt egy biohacking szekció, a Vienna Open Lab közreműködésével, az előadó/szervező pedig Lisa Thalheim, akinek gyanúm szerint a meghívást köszönhetem, bár ez mindig érdekes, hogy az 1000 netes szolgáltatás közül éppen melyiken, milyen nick-el van jelen az illető, és sikerül-e összekötni a pontokat IRL is, de asszem most sikerült.

Remélem júliusban sikerül eljutni ide, bár nem hinném, hogy előadást is tartok, ahhoz kicsit későn ért ide a hír.

Reggel bejött az egyik munkatársam, hogy sürgősen nézzem meg a Hungarian Agricultural Research nevű folyóirat 2009-es évfolyamában a következő cikket (ami egyébként letölthető innen [pdf]):

Gábor Gyulai, Zoltán Tóth, Zoltán Szabó, Ferenc Gyulai, Richárd Lágler, László Kocsis, László Heszky

Domestication events of grape (Vitis vinifera) from antiquity and the middle ages in Hungary from Growers’ Viewpoint.

HUNGARIAN AGRICULTURAL RESEARCH 18:(3-4) pp. 8-12. (2009)

A cikkben van egy igen érdekes mondat:

This event indicates that the diversity of grape genome has been narrowed twice; first by the Biblical flood, followed by the re plantation of Noah ‘the first vintner’ (Genesis 9) on Mount Ararat, and second by Phyloxera (This et al. 2002).

Igen, valóban, a szerző(k) szerint a szőlő genom diverzitásának leszűkülésében jelentős szerepet játszott a bibliai özönvíz, még a hivatkozás is ott van, hogy ‘Genezis 9′. Elvileg van egy hipotézis a szőlő genom diverzitásával kapcsolatban, amit Noé hipotézisnek hívnak és arról szól, hogy a szőlő egy adott, szűk földrajzi helyről származik, ott domesztikálták, és utána terjedt szét a világban, de itt mintha nem arról lenne szó. Inkább szándékos csúsztatásnak tűnik a dolog.  Ráadásul vajon mit kezdjen a ‘Genezis 9′ hivatkozással egy kínai, indiai, egyéb kutató aki életében nem olvasta a Bibliát, nem is fogja, a TUDOMÁNYOS hivatkozásokra, amik a cikk részét képezik, viszont kíváncsi lenne.

Tovább nem ragozom, aki kíváncsi járjon utána a szerzőknek, talál még érdekeset, én megyek vissza a tudomány Biblia nélkül is értelmezhető területeihez.