Blog de Laboratorio

Webinars de LI-COR Biosciences

doctorGENoma — Thu, 29 Jul 2010 07:18:28 +0000

Las vacaciones hacen que nos volvamos perezosos. Y que nos lo pongan todo fácil para seguir la ley del mínimo esfuerzo. Qué mejor que las webinars para estar al tanto de las técnicas que presentan ciertas marcas comerciales. En este caso os LI-COR Biosciences tiene un surtido de webinars que se pueden visionar y compartir con compañeros de trabajo a los que les pueda interesar. Para tener los conceptos claros, un webinar es un seminario virtual al cuál se accede vía web. Son presentaciones con cierta interacción, ya que se pueden hacer preguntas sobre las dudas que surjan a lo largo de las presentaciones.

En estos webinars, LI-COR Biosciences nos muestra sus tecnologías y cómo sacarles partido. Verdaderamente no son más que presentaciones comerciales, pero pueden dar ideas para avanzar en los diferentes campos de investigación. Os dejo el enlace de la página que contiene el menú de los vídeos. ¡Hala! a hacer clic y ver las películas.

WEBINARS

AgileMedSearch y Personal Genomics como aplicaciones en potencia

doctorGENoma — Mon, 19 Jul 2010 16:26:14 +0000

Parece que el mundo de la tecnología móvil y la ciencia comienzan a darse un poco más la mano. Después de la gran aplicación del grupo Mekentosj para iPhone llamada “Papers” para la gestión de artículos y separatas (cuya aplicación para Mac la tengo catalogada como indispensable en mi Macbook), comienzan a abrirse nuevos caminos para sacar partido a “la nube”.
AgileMedSearch es una aplicación que permite realizar búsquedas en la base de datos de PubMed y nos muestran los resultados de los estudios relacionados con nuestra búsqueda. De cada estudio sólo se puede leer el resumen o “abstract” y contactar por e-mail con los responsables del artículo, pero algo es algo. Por ahora sólo está disponible para Android. Os dejo el código QR de descarga a continuación.

La aplicación “Personal Genomics” no es más que un programa que sirve para mostrar los estudios realizados por 3 compañías de genómica destinadas a dar servicio de análisis para estudios genéticos. Estas compañías son deCODEme, Navigenics y 23andme. Tan sólo se muestran las referencias de los loci estudiados para 20 enfermedades humanas. Os dejo una imagen de la aplicación tanto para iPhone como Android y el código QR para los “Androides” que la quieran probar.

Aplicación Personal Genomics. Hacer clic para agrandar

Ya sería perfecto si se pudiera elegir entre varias bases de datos distintas dependiendo del estudio que se busque. Pero tiempo al tiempo. Espero que os haya gustado.

Escuchando: Podcast de Soy-friki número 13

La identidad de los virus intestinales

doctorGENoma — Thu, 15 Jul 2010 10:21:55 +0000

Virus intestinal

En un estudio de gemelos idénticos sanos (todas mujeres) y sus madres, los investigadores encontraron que, incluso los gemelos idénticos, portan colecciones de virus distintos en sus intestinos. La investigación se publica hoy 15 de julio en la revista Nature.
A diferencia de los virus que nos enferman, estos virus no son depredadores. De hecho, la mayoría de ellos quieren tener una existencia agradable dentro de las bacterias que viven en el intestino. Aquí, el virus se considera que influye en las actividades de los microbios del sistema digestivo, que entre sus otros beneficios nos permiten digerir ciertos componentes de nuestra dieta, tales como hidratos de carbono de origen vegetal, que no lo podríamos hacer por nuestra cuenta. Además, los virus pueden actuar como un sensor para medir la salud general de la comunidad microbiana intestinal, ya que responden a los estreses y se recuperan después de una enfermedad o intervención terapéutica.
“Los virus son los principales depredadores en el planeta Tierra”, dice el autor principal Jeffrey Gordon, director del Centro de la Universidad de Washington para las Ciencias del Genoma y Biología de Sistemas, cuya investigación pionera ha proporcionado una comprensión de la naturaleza de los microbios que viven en nuestro intestino: cómo se adquieren y cómo nos benefician, incluyendo su influencia en la nutrición.
“Gran parte de la información que tenemos acerca de los virus que conviven con las bacterias provienen de estudios de los hábitats del medio ambiente, como los océanos”, dice Gordon. “Allí, el estilo de vida de los virus puede ser descrito como una dinámica “depredador-presa”, con una batalla continua en la evolución de los cambios genéticos que afectan a los virus y sus huéspedes microbianos. Una batalla que da forma a la estructura y dinámica de las operaciones de estas comunidades microbianas. Queríamos conocer la naturaleza de los virus y su forma de vida en la comunidad microbiana más abundante que habita nuestro cuerpo, la de nuestro intestino.”
En el nuevo estudio, liderado por el estudiante de posgrado y becario Fulbright Alejandro Reyes, los científicos descifraron el ADN aislado de los virus en muestras de heces proporcionados por cuatro parejas de gemelos idénticos y sus madres. Los investigadores secuenciaron el ADN viral a partir de muestras de heces tomadas en tres momentos diferentes durante un período de un año, lo que les permitió seguir cualquier fluctuación en las comunidades virales. Los investigadores también secuenciaron el ADN de todos los microbios de las muestras de heces de las mujeres, que les permitían comparar las comunidades microbianas y virales en el intestino.
Sorprendentemente, más del 80 por ciento de los virus en las muestras de heces no se había descubierto previamente. “La novedad de los virus fue evidente de inmediato”, dice Gordon. A cada individuo (por separado) en el estudio, se le asignó una “huella genética” viral correspondiente al análisis de cada uno de los virus encontrados en el intestino grueso. El viriomas (genomas virales) intestinales de los gemelos idénticos eran tan diferentes como el viriomas de individuos no emparentados. Esto contrasta con las bacterias intestinales. Cuando los investigadores observaron a las comunidades de bacterias en las muestras de heces, encontraron que los miembros de la familia compartían, en cierto grado, las mismas especies microbianas.
A pesar de las variaciones distintivas en las comunidades viral de una persona a otra, los investigadores descubrieron que la especie viral predominante en el tracto gastrointestinal inferior de cada individuo se mantuvo estable genéticamente en el período que duró el estudio (un año). Esto difiere de las comunidades bacterianas, que experimentaron mayores fluctuaciones. En otras palabras, los virus de ADN en las muestras de heces no parecían mostrar el estilo de vida “depredador-presa” de las comunidades que se observaban en otros ambientes.
Los investigadores planean ahora estudiar los virus en los intestinos de los gemelos idénticos en desarrollo infantil de diferentes familias para determinar cómo se instalaron inicialmente los virus en el ecosistema intestinal y la forma en que se ven influidas por el estado nutricional de sus huéspedes humanos . Además, para comprender mejor los estilos de vida viral en toda la longitud del intestino, se están introduciendo estos virus en ratones que sólo contienen microbios del intestino humano.
En los últimos años, una serie de proyectos en todo el mundo han iniciado la catalogación de los microbios que viven dentro y en el cuerpo humano, con el objetivo de entender la relación entre las comunidades microbianas, la salud general y la enfermedad. La nueva investigación sugiere que dichos proyectos también deben dirigir su atención a los virus que coexisten y co-evolucionan con las bacterias y otros microbios que normalmente viven en nuestros cuerpos.
Como curiosidad, para la secuenciación del genoma viral utilizaron el sistema de pirosecuenciación Roche 454, obteniéndose un dato total de más de 280 millones de nucleótidos.

Referencia: Revista Nature

Mesa para ver el Mundial

doctorGENoma — Mon, 05 Jul 2010 18:20:30 +0000

La verdad es que en estas fechas comienza a haber escasez científica. Y más con el calorcito que hace. Ya que España ha llegado a las semifinales, seguro que han surgido más forofos de la ROJA y todos se reunirán alrededor de una mesa con los refrescos y snacks preferidos para disfrutar del partido del Miércoles. Pues qué mejor que fabricar una mesa personalizada mundialista para el momento.

Como se ve en la imagen, lo único malo es disponer de 4 balones iguales en dimensiones (si no se quiere usar la fregona muy a menudo, claro). Lo mejor es que en la web que enlazo a continuación vienen las instrucciones detalladas para su fabricación.
Las banderitas que hay al lado de la tele presagiaban un duelo hispano-germánico…jejeje.

Web de referencia: Manualidades.tv

Copiar y pegar en los genes

doctorGENoma — Mon, 28 Jun 2010 17:11:06 +0000

En un artículo publicado en la revista Cell, el Dr. Richard Placa y sus colaboradores examinaron retrotransposones L1 (o LINE-1): secuencias de ADN que pueden “copiar y pegar” su código genético por todo el genoma. Al romper los genes, las L1 pueden ser responsables de algunos casos raros de enfermedades genéticas.
Trabajando en colaboración con colegas de las Universidades de Michigan y Washington, los investigadores desarrollaron una técnica innovadora para las L1, utilizando secuencias cortas de ADN llamados fósmidos. Estos son fragmentos de ADN circulares que pueden ser introducidos fácilmente en las células bacterianas y transportar fragmentos de ADN humano.
Cada fósmido sólo puede tener una cantidad específica de ADN, aproximadamente 40.000 pares de bases. Así, comparando los dos extremos de un trozo de ADN humano introducidos en un fósmido, comparando sus posiciones conocidas en el * secuencia del genoma humano, los científicos fueron capaces de encontrar in situ diferencias de tamaño de forma rápida y sencilla.

Utilización de los fósmidos para detectar las variaciones genéticas

“Estamos buscando en cada extremo de la secuencia y ver si están a la distancia adecuada de separación.” Explica el Dr. Placa. “Esto nos muestra la existencia de inserciones (lo que nos interesa), así como deleciones. Esta tecnología es totalmente imparcial (no importa lo que la inserción/deleción es en realidad, sólo si está allí).”
Una vez identificadas las inserciones, el siguiente paso era ver si podían “saltar” en los cultivos de células humanas y su frecuencia, que es donde el equipo de investigación encontró algo completamente inesperado.
“Estudios previos han sugerido que gran cantidad de las L1 debe saltar, pero no”, dice el Dr. Placa. “Alrededor de la mitad de las L1 saltan realmente, que era muy sorprendente. Además, hemos encontrado alrededor de 65 elementos, que no habían sido previamente identificados. Esto nos dice que la activación de retrotransposones humanos es mucho más común de lo que se esperaba. Los retrotransposones individuales activos de tipo L1 son muy raros, pero hay gran cantidad de ellos”.
El documento “LINE-1 Retrotransposition Activity in Human Genomes”, escrito por Beck y colaboradores, es uno de los tres estudios sobre los L1 publicados en la edición del 25 de junio 2010 en Cell. Según dicen los trabajos, 38 de los 65 elementos móviles estudiados son activos, lo cuál es sorprendente.
Debido a la creencia errónea de su rareza, los retrotransposones activos no han sido estudiados tan de cerca como otras fuentes de variación genética. Son porciones grandes de ADN que cuando saltan en un gen pueden alterar la secuencia genética y esto puede causar una enfermedad.
A modo de curiosidad, quería observar que en maíz el 49-78% de su genoma está formado por retrotransposones. En trigo, alrededor del 90% del genoma son secuencias repetidas y el 68% son elementos transponible. En mamíferos, casi la mitad del genoma (del 45% al 48%) lo comprenden transposones y remanentes de transposones.

Fuente: Revista Cell

El enjambre bacteriano

doctorGENoma — Tue, 22 Jun 2010 19:27:19 +0000

Crecimiento bacteriano en enjambre

Con el fin de desarrollar el proceso infeccioso, muchas bacterias patógenas se mueven colectivamente a lo largo de la superficie del órgano a infectar convirtiéndose en una colonia masiva, y en consecuencia producen toxinas y sustancias que dañan los tejidos del huésped. Este movimiento es conocido como enjambre, similar al movimiento de las colonias de abejas y otros animales. Las partes del proceso molecular que tienen lugar durante este movimiento ya se han descrito, pero el mecanismo que controla la activación o la inhibición no se conoce aún.
La investigación desarrollada en la Universidad Autónoma de Barcelona revela por primera vez la relación entre el sistema de reparación del ADN bacteriano, conocida como la respuesta SOS, y la salida en enjambre. Los investigadores demostraron que la presencia de antibióticos activa la respuesta SOS y por lo tanto aumenta la concentración de la proteína RecA. Esto interfiere con la acción de la proteína Chew, esenciales para la salida en enjambre, y por lo tanto hace que la colonia bacteriana detenga el movimiento. Cuando la concentración de este antibiótico disminuye, la cantidad de proteína RecA se reduce y Chew, una vez más, puede continuar su tarea de propagación de la bacteria.
Los resultados obtenidos indican que dadas las características especiales de este tipo de movimiento colectivo, los antibióticos sólo afectan a las células externas de la nube, que a su vez, actúan como sensores y activan el mencionado sistema de reparación molecular. Esta acción anula el efecto de la droga en el resto de la población de bacterias.
Jordi Barbé, Laura Medina Ruiz y Susana Campoy, los investigadores del Departamento de la UAB de Genética y de Microbiología y directores del estudio, destacan la importancia de este descubrimiento que permitirá el diseño de objetivos de bloqueo de la acción de RecA y así aumentar la sensibilidad a antibióticos por parte de las bacterias .
La investigación fue llevada a cabo en Salmonella enterica, miembro de un grupo de bacterias que se encuentran en varias especies de patógenos causantes de enfermedades en el aparato digestivo y respiratorio, como la septicemia e infecciones sistémicas.

Fuente: Universidad Autónoma de Barcelona

Flower power y la lucha por la supervivencia celular

doctorGENoma — Mon, 14 Jun 2010 17:05:04 +0000

Mosca de la fruta común

Parece más alguna noticia hippie que científica, pero el título va perfecto. En un principio cuando leí el artículo científico creía que se trataba de alguna proteína que tenía que ver con la interacción con el mundo vegetal. Pero tan sólo se trata de la tremenda elocuencia a la hora de asignar nombres. Lo bueno es que es un trabajo Made in Spain, así que les perdonamos porque forma parte de nuestra cultura pizpireta. jeje.
Durante el desarrollo, una célula compara sus tasas metabólicas con las células vecinas y, como resultado, las células que mejor se adapten “ganan” y proliferan a expensas de las vecinas que “pierden” y son eliminadas. Este proceso de competición celular fue descrito por primera vez en la mosca de la fruta, en las estructuras llamadas discos marginales de las larvas que dan origen a las partes del cuerpo adulto, como las alas. La competencia puede servir como una forma de garantizar que sólo las células más aptas contribuyen al organismo en crecimiento. Sin embargo, todos los reguladores de dicha competencia conocidos también son conocidos por afectar el crecimiento celular y la supervivencia en general, por lo que ha sido difícil determinar qué animales resultan beneficiados de este tipo particular de “batalla cuerpo a cuerpo” celular.
“Estábamos interesados en la investigación de cómo las células de la mosca de la fruta distinguen entre ganadores y perdedores durante la competición celular”, explica el autor principal del estudio, el Dr. Eduardo Moreno del Centro Nacional del Cáncer en Madrid. “Tomamos un enfoque genómico y lo combinamos con ensayos funcionales con el fin de identificar genes expresados durante el comienzo de la competición celular.”
El equipo del Dr. Moreno ha identificado varios factores involucrados en el proceso, incluyendo la Flower (flor), una proteína que se encuentra en la membrana celular de los animales multicelulares. Parece ser que hay tres diferentes isoformas de esta proteína en el transcurso de la competición que etiquetan a las células. Una etiqueta específica de esta proteína Flower no sólo marca a las células como perdedores sino que dispara su eliminación por apoptosis (muerte celular programada genéticamente). De hecho, la Flower es necesaria para la competencia de células que se produzca, pero no afecta el crecimiento celular y la supervivencia general.
“En conjunto, nuestros resultados sugieren que las isoformas Flower genernr el andamiaje que se requiere y es suficiente para marcar a las células como las ganadoras y perdedoras en las interacciones competitivas entre las células”, concluye el doctor Moreno. “El código extracelular compuesto por las isoformas Flower puede tener implicaciones biomédicas más allá de la competencia porque los desequilibrios de la salud física de la célula también aparecen durante el envejecimiento, en la formación del cáncer y en la metástasis”. De hecho, el papel específico de la Flor en la competencia de las células hace que sea un enfoque único para el estudio futuro en la comprensión de la función de la competencia celular de forma aislada de otras señales como el crecimiento de un tejido de control. Un ejemplo más de la tremenda ayuda de los estudios genéticos de animales inferiores para nuestro beneficio.
Este artículo no es tan sencillo de comprender, pero si tenéis alguna duda en la terminología no dudéis en comentar. Espero que os haya gustado

Referencia: Rhiner et al.: “Flower Forms an Extracellular Code that Reveals the Fitness of a Cell to its Neighbors in Drosophila.” Publishing in Developmental Cell 18, 985-998, June 15, 2010.

De vuelta y potenciando la inteligencia

doctorGENoma — Thu, 03 Jun 2010 16:11:39 +0000

Después de un par de semanas de relax, vuelve el blog de laboratorio a estar operativo. Para comenzar a engrasar un poco las oxidadas teclas, os cito directamente un artículo que me ha llegado por correo sobre la interacción de ciertos microorganismos que pueden mejorar la inteligencia. Sin más preámbulos os dejo el artículo y el enlace de la fuente de dicha información. Cada día la naturaleza me deja más perplejo.

Un equipo de investigadores a cargo de la profesora Dorothy Matthews de The Sage Colleges de Troy, Nueva York, realizó un estudio donde pusieron en evidencia que los animales que estuvieron en contacto con la bacteria Mycobacterium vaccae demostraron una mejor capacidad para aprender nuevas tareas y niveles más altos de serotonina (compuesto químico cerebral asociado al estado de ánimo). Según la investigadora, M. vaccae es una bacteria que vive en la tierra y es muy posible que las personas la ingieran o la respiren cuando conviven un tiempo en contacto con la naturaleza. En investigaciones previas, se pudo demostrar que la bacteria en cuestión estimulaba en ratones el crecimiento de neuronas, lo que ocasiona una mejora en los niveles de serotonina y una reducción de la ansiedad. Se cree que la serotonina podría tener un papel en los procesos de aprendizaje. Es por esa razón que los científicos decidieron realizar una investigación para ver si la bacteria Mycobacterium vaccae podría mejorar la inteligencia. Mathews y su equipo realizaron una serie de ensayos con dos grupos de ratones, basándose en ésta hipótesis. Al primer grupo se le ofreció la M. vaccae viva, mientras que al segundo grupo se lo mantuvo aislado del patógeno. Luego se colocaron a los ratones en un laberinto y pudieron ver que los ratones del primer grupo (los alimentados con la bacteria viva) atravesaron el laberinto el doble más rápido y de manera más tranquila que los ratones del segundo grupo. En un segundo ensayo con los mismos ratones, a los que se les había alimentado con la bacteria viva esta vez no se les ofreció, y se pudo ver que aunque los ratones corrieran más despacio que la primera vez, aún así pudieron superar a los ratones que estuvieron aislados del patógeno. "Creemos que estos resultados son importantes porque sugieren una relación entre los microbios y la función cerebral", indicó la profesora Matthews. La experta manifestó que se podría decir que pasar tiempo en contacto con la naturaleza, donde se encuentra la M. vaccae sería positivo para los seres vivos. La investigación fue presentada durante la conferencia anual de la Sociedad Estadounidense de Microbiología realizada en San Diego, California.

Fuente: Argos portal de veterinaria

La Biblioteca Digital Mundial

doctorGENoma — Tue, 18 May 2010 13:57:03 +0000

Página principal de La Biblioteca Digital Mundial. Hacer clic para agrandar.

Ya hace más de un año que está en funcionamiento, pero ahora que va tomando forma poco a poco la quería comentar en el blog. La Biblioteca Digital Mundial comenzó su andadura sobre Abril del año pasado y poco a poco va aumentando en volumen. Incluye agrupaciones geográficas interactivas, un cronograma, visualización de imágenes avanzada y capacidades interpretativas. Las herramientas de navegación y las descripciones de contenidos están disponibles en árabe, chino, inglés, francés, portugués, ruso y español. Los libros, manuscritos, mapas, fotografías y otros materiales fundamentales representan una variedad más amplia de idiomas, ya que se ofrecen en sus idiomas originales.
La navegación por la web es sencilla, con un menú en la parte superior que muestra la posibilidad de elegir entre lugar, tiempo, tipo de artículo o institución como categorías. La verdad es que es divertido observar lo que ha sucedido desde una línea temporal que comienza 8000 años antes de Cristo.
La Biblioteca Digital Mundial fue desarrollada por un equipo de la Biblioteca del Congreso de los EE.UU., con colaboraciones de instituciones asociadas de muchos países; el apoyo de la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, las Ciencias y la Cultura (UNESCO); y el apoyo financiero de varias empresas y fundaciones privadas (entre los que se encuentran todopoderosos conocidos como Google o Apple). Además se puede ver, en este listado, los socios, entre los que se incluyen las bibliotecas de las Universidades de Yale y Carolina del Sur, la Biblioteca de Alejandría, la Biblioteca Británica o, también por cercanía, la Biblioteca Nacional de España.
Es un lugar genial para navegar donde se pueden ver mapas antiguos o manuscritos como si estuvieran en la mano. Todo buen investigador debe tener en cuenta este material que pertenece a todos.

Enlace a la Biblioteca Digital Mundial

Expresiones de dolor en ratones

doctorGENoma — Sun, 16 May 2010 17:26:58 +0000

Cuando alguien sufre de dolor, rápidamente nos damos cuenta por las expresiones, muecas miradas..etc. Pero, ¿se podría ver la cara de dolor en especies de animales que no fueran humanos?. Pues esto es lo que han tratado de estudiar un grupo de investigadores tomando como “paciente” al incansable, y siempre presente en ciencia, ratón de laboratorio. Inyectaron ciertas sustancias inflamatorias que les produjeron un dolor de cabeza. Luego, grabaron en vídeo las muecas y fueron analizadas por descodificadores faciales de expresión. De esta forma anotaron cinco expresiones distintas ante el dolor.
A primera vista, todo parece una excusa para torturas a los animales, pero este estudio pionero puede ayudar en un futuro en el diagnóstico de enfermedades en seres humanos.
Podéis escuchar el podcast en inglés sobre el tema AQUÍ.

Fuente: Nature Methods