Обо всем понемногу...

Научные подкасты на английском (2017 edition)

2017-05-06T11:56:00.002-05:00

Подкасты уже не воспринимаются как экзотика только для тех, кто в теме. Можно найти подкаст почти на любую тему, в том числе и про науку. Несколько лет назад я составил подборку научно-популярных подкастов на английском http://apoleg.blogspot.com/2011/06/blog-post_11.html. Кое-какие из них перестали существовать (Futures in Biotech), но большинство живет и по сей день.

Здесь хочу создать список из более нишевых, но от этого не менее интересных, подкастов.

Novel Targets

По случаю начала третьего сезона с подкаста, который я каждый раз жду с нетерпением и иногда переслушиваю.

Про что?  Название говорит за себя: про новые подходы к лечению заболеваний. Поскольку сегодня много интересного происходит в области иммунотерапии рака, этому направлению уделяется много внимания.

Кто стоит за проектом? Салли Черч (Sally Church, PhD) и Питер Дропперт (Pieter Droppert). Но двоих у них огромный опыт работы в биотех индустрии и радио.

Почему стоит слушать? Последние новости из первых рук рассказанный доступным языком. Лучше начать слушать с первых выпусков, где много информации для слушателей не связанных с областью непосредственно.

Bonus 1) Британский акцент ведущих, 2) мой отзыв опубликовали в секции reviews на сайте:)

http://noveltargets.com/

Введение в системную биологию.

2013-09-27T13:21:00.002-05:00

Не так давно в моем университете прошла серия лекций по системной биологии, в рамках которой ведущие эксперты в этой области рассказывали не только, что их себя представляет эта дисциплина (большинство людей в аудитории не были специалистами), а также сферы примения ее методов и подходов в настоящее время и в недалеком будущем.

Открыл симпозиум профессор Артур Лэндер (Arthur Lander) из Университета Калифорнии- Ирвайн.
В своей лекции он описывет системную биологию как дисциплину, а также примение ее принципов при моделирования процессов дифферецировки стволовых клеток и образования раковых клеток. Видео длится почти час, поэтому усаживайтесь по-удобнее:-)

История науки XX века со страниц журнала Nature

2013-05-28T13:02:00.001-05:00

Возможно, потому что мне не особо повезло с преподавателем "Истории науки", а может я просто был молод и не воспринимал этот предмет. Одно могу сказать точно - мне очень нравится новая серия подкастов, которую в запустили подкастеры из Nature.

Новая серия называется Nature Pastcasts, которая открылась в апреле рассказом о знаметитой статье Уотсона и Крика, а также других статьях о структуре ДНК, вышедших в то время. Это не только комментарии историков науки, но и самих очевидцев событий. Да что там говорить, каждый подкаст почти, что полное погружение в ту эпоху и события вокруг публикаций: кто почти (!) опубликовал те же результаты раньше, кого обидели, почему именно Nature?

В свежем майском выпуске речь идет о публикации, давшей миру словосочетание "озоновые дыры".

Пасткасты наздаются через тот же RSS, что и основная еженедельная версия подкастов Nature, о которой я писал ранее.

Даешь больше "-омов" хороших и разных?

2013-02-28T00:13:00.005-06:00

Ни для кого, кто хоть чуточку следит за развитием науки, не станет откровением, что за последние двадцать лет развелось огромное количество "-омов" и соответсвующих им "-омик". И если некоторые из них прижились в науке довольно давно (геном), и многие вполне логичны (протеом, транскриптом), то огромное количество новообразованных "-омов" не имеет права на существование, так как для этого уже есть устоявшийся термин. Порой складывается ощущение, что "-ом" добавляется только ради того, чтобы подчеркнуть, что данная группа занимается современными и перспективными исследованиями.

В сегодняшнем выпуске Nature на суд общественности представлены еще 5 "-омов":

"случайном" (incidentalome) - совокупность генетической информации обнаруженной случайным образом

феном (phenome) - собрание внешних и поведенческих характеристик организмов. В настоящее время ведется работа над феномами мыши, крысы, дрожжей и арабидопсиса.

"взаимодейством" (interactom) - раздел, пытающийся взаимодействия между биологическизначимыми молекулями (белками, РНК и т.п.)

"токсом"(toxom) - сложно описать этот термин лучше, чем Thomas Hartung - каталог всевозможных способов, которыми низкомолекулярные вещества могут навредить нам.

Ну и напоследок, интегром (intergrome). Если протеом, геном и транскриптом - это просто огромные каталоги составляющих частей, то интегром - это карта их взаиморасположения, или буклет, который прилагается к мебели из IKEA, с подробным описанием, как собрать все винтики-болтики. Лично я не понимаю, зачем надо было вводить для этого несомненно важного раздела отдельный "-ом".

Кстати, Michel Snyder, который в своей работе связал геном, транскриптом, протеом и метаболом, предпочитает термин integrated omics profile. Правда, поскольку первым испытуемым объектом был он сам, то некоторые называют это нарциссомом:-)

Профессор Snyder выступает в Бирмингеме, Алабама 4-го апреля, будете рядом - заходите. А если нет, то всегда можно посмотреть беседу с ним в программе Futures in Biotech.

Как корейские ученые склонили клетки к самоубийству при помощи магнитного поля

2012-11-19T00:01:00.000-06:00

апоптоз раковой клетки (source: JHSPH)

Не так давно в этом блоге уже описывались экзотические способы управления процессами в клетке, сегодня расскажу про еще один такой способ. Если в предыдущем случае учёные открывали и закрывали каналы и меняли уровень транскрипции гена, то в это раз уже другая группа вызывала апоптоз (разновидность запрограммированной клеточной гибели) в клетках при помощи магнитного поля. Как же им это удалось?

Начнем с биологии. Апоптоз - штука в организме нужная, поэтому что ему время от времени надо по-тихому избавляться от отработавших свое клеток, не привлекая внимания иммуной системы. Для этого существует масса механизмов, один из которых запускается специальными рецепторами DR4 (Death Receptor 4) на поверхности клеток. Обычно молекулы DR4 сидят поодиночке и никаких сигналов к запуску апоптоза не подают, но если во внешней среде появляется молекулы, с которой они могут прочно связываться (лиганды), то сразу несколько из них могут "зацепить" одну и ту же молекулу лиганда и образовать кластер (см. верхнюю часть схемы). А вот кластеры DR4 отдают приказ внутрь клетки на начало программы самоуничтожения.

Схема экспериментов, описанных в работе. Верхняя часть: запуск апоптоза в клеток рака толстого кишечника in vitro; нижняя часть: увеличение доли апоптотических клеток в хвостовом регионе в процессе развития рыбки данио (source: Nature Materials)

Теперь о технической стороне вопроса. Ученые решили перехитрить клетку и решили "сбить" молекулы DR4 в кластеры в отсутсвие лиганда. Для этого к антителам, который распознают и связываются с рецепторами прикрепили магнитные наночастицы (куда без них?) Zn_0.4Fe_2.6O_{4 .}

В такой системе кластеры молекул DR4 образуются под действием магнитного поля, даже если лиганда нет.

После 4х-часовой обработки комплексами антитело-магнитные наночастицы в магнитном поле от 20-65% раковых клеток самоуничтожились.

Эту систему в действии изначально испытали in vitro на клеточной линии, полученной в результате биопсии рака толстого кишечника. После 4х-часовой обработки комплексами антитело-магнитные наночастицы в магнитном поле от 20-65% раковых клеток самоуничтожились.

На следующем этапе ученые решили убедиться, что система работает не только в пробирке, но и в живых организмах, для этого были использованы подопытные... рыбки данио. Помните, я говорил, что апоптоз полезная вещь? Он играет важную роль в эмбриональном развитии, и в его отсутствие нарушается процесс формирования органов. Но и тут нужна мера, если перестараться, то это тоже приведет к отклонениям в развитии.

...апоптоз в клетках можно не только, когда они сидят на поверхности чашки Петри, но в пределах организма

Для подтверждения принципа действия, в оплодотворенные икринки вкололи комплексы антитела-магнитные наночастицы и подвергли воздействию магнитного поля различной силы. Ранее было отмечено, что формирование "правильного" изгиба хвоста мальков связано с апоптотическими процессами в этом регионе. У головастков в эксперименте хвосты были "задраны" вверх, причем чем сильнее было поле, тем больше был угол изгиба. Исследователи отметили, что повышенная склонность клеток этого региона к апоптозу, связана с активацией одной ключевых молекул апоптоза - каспазы-3 - в клетках, на поверхности которых были видны комплексы "DR4-антитела-магнитные частицы". Таким образом, вызвать апоптоз в клетках можно не только, когда они сидят на поверхности чашки Петри, но в пределах организма.

..многие опухолевые клетки нашли способ удачно избегать запуска программированной клеточной гибели

Здесь я не буду говорить, о том, что мы в двух шагах от победы над раком во всем мире. Скорее в нашем арсенале возможно в будущем появился еще один способ борьбы с опухолевыми клетками, он абсолютно точно не будет универсальным, так как многие опухолевые клетки нашли способ удачно избегать запуска программированной клеточной гибели. Соответственно, мы поставим под удар здоровые клетки, подверженные воздействию магнитного поля, ведь у них тоже есть DR4 на поверхности. Посмотрим, может быть в последующих работах ученые смогут обойти эту проблему.

Как я вспоминал статистику с Coursera

2012-10-20T01:09:00.000-05:00

Начну с того, что статистику и её сестру биометрию я проходил (именно проходил) очень давно. С тех пор я успеил основательно забыть даже то, чему меня в свое время научили. В повседневной практике всем достаточно старого доброго t-теста Стьюдента, но времена, похоже, меняются и биологу в скором времени (да, и сейчас) тоже неплохо разбираться в статистическом анализе. В этом плане мне показалось, что курс Statistics One с профессором Andrew Conway из Принстонского университета пришелся как нельзя кстати.

Прежде, чем приступить к детальному описанию курса, хочу отметить, что его уникальность состоит в том, что одновременно с основами статистики вы учитесь основам статистического языка программирования R. Что имеет свою плюсы и минусы, о которых упомяну ниже.

На кого рассчитан курс?

Несмотря на то, что в описании курса говорится, что никаких знаний в этой области для осовоения предмета не требуется, сам лектор многократно повторяет "надеюсь, что эта часть для вас повторение пройденного". На деле получается, что некоторые рудиментарные знания статистики и временами линейной алгебры будут очень даже кстати. Но если это вдруг не ваш случай, то не повод не записаваться на Statistics One. Кстати, опыт программирования тоже весьма полезен, потому так гораздо проще разобраться с R.

Общая структура курса: длительность, темы, экзаменационные вопросы

Курс длился 6 недель, и охватывал основы описательной статистистики, а также статистический вывод и проверку гипотез. Каждую неделю в понедельник на сайте появлялись новые материалы: две лекции теоритического материала (обычно разбитые на 2-3 части) + одна лекция (обычно из двух частей) практического характера, в которой описывается, как делать рассчеты в R.

Каждый подраздел видеолекции заканчивался несколькими вопросами, которые не влияют на вашу итоговую оценку, но помогают и вам и профессору понять, насколько хорошо усвоен материал.

В середине недели на сайте выкладывали тест и домашнюю работу. С тестом все понятно: вопрос - ответ из списка. А вот с домашней работой было сложнее (особенно поначалу), надо было скачивать файл с данным, которые потом надо было проанализировать в R. Для этого, естественно, надо было написать код. И уже при помощи полученных данных ответить на вопросы теста. Как показала моя практика, анализ данных можно осилить, не зная ничего о программировании и R, следуя шаблону, рассмотренному в третьей (практической) лекции соответсвующей недели. В первые недели очень выручали форумы, где собирались опытные пользователи R.

Но и это не все! После 4 недели был промежуточный зачет (midterm exam), а в конце - экзамен (final exam). По сути дела, это те же самые тесты, которые охватывали большее количество материала и, соответсвенно, включали больше вопросов.

Сложно? Тут можно ответить двояко: теория - нет, практическая часть (для непрограммистов, как я ) - поначалу, да.

Проблемы и "шероховатости"

Как и у любого курса, запускающегося на Coursera в первый раз, поначалу были небольшие сбои: неразбериха с дедлайнами, только одна попытка на итоговых тестах недели, отсутсвие результатов тестов и дрмашних заданий на первой неделе.

Еще в первые недели меня расстраивал явно выраженный америкоцентричный подход профессора.

"У меня тут единицы измерения в Фаренгейтах, но я в Америке, мне так привычнее, переводите сами."

Или объяснения пары тем на примере бейсбола (!), нет, я понимаю, что бейсбол и статистика вещи почти неразделимые, но когда с трудом понимаешь о чем идет речь в примере, то всякий смысл оного просто-напросто утрачивается.

Ну и тот факт, что в расписании указано, что курс заканчивается 15 октября, хотя экзаменационные вопросы выложили только 18-го. Может это и незначительный момент, для многих, но для меня это стало сюрпризом.

Итог, или чему можно научиться за 6 недель

Несмотря на все мое брюзжание выше, курс оказался для меня полезным, особенно вторая часть (все-таки я занимаюсь экспериментальной наукой). Я наконец-то смог отойти от традиционого t-теста и воспользоваться ANOVA для некоторых экспериментов, а потом еще и осознанно выбрать Post-Hoc анализ. И это не считая, изрядно посвежевших знаний корреляций и множественных регрессий.

Плюс к этому, я думаю, что теперь могу написать какой-нибудь простенький код на R, которого может вполне хватить для моих скромных потребностей.

Чуть не забыл. Никаких сертификатов выдавать с самого начала не обещали, профессор объянил это тем, что он хотел, чтобы студентов двигала только жажда знаний.

История Нобелевского лауреата Синья Яманака и фаворитизм научных изданий в пользу американских авторов.

2012-10-11T12:46:00.001-05:00

Джон Гердон и Синья Яманака. Фото: ИТАР-ТАСС, АР

После получения Нобелевской премии имя профессора Яманака снова попало на страницы всех научных и новостных изданий, но в основном это описание его успехов в области стволовых клеток. Но есть одна сторона истории, о которой предпочитают умалчивать.

В 2010 году New Scientist (The Stem Cells Wars, pdf) проанализировал более 200 публикаций в области стволовых клеток, датированных позднее 2006 года, и пришел к выводу, что известные научные издания "покровительствуют" американским ученым. Среди прочих приведен пример работы Яманака, публикация котораой была отложена редакцией Nature на 295(!) дней. И в последствие была опубликована одновременно с работами американских исследователей.

“All's fair in love and war, they say, but science is supposed to obey more noble ideals. New findings are submitted for publication, the studies are farmed out to experts for objective 'peer review' and the best research appears promptly in the most prestigious journals.

“Some stem cell biologists are crying foul, however. Last year(2009), 14 researchers in this notoriously competitive field wrote to leading journals complaining of "unreasonable or obstructive reviews". The result, they claimed, is that 'publication of truly original findings may be delayed or rejected.'

“Triggered by this protest, New Scientist scrutinised the dynamics of publication in the most exciting and competitive area of stem cell research, in which cells are 'reprogrammed' to acquire the versatility of those of an early-stage embryo. In this fast-moving field, where a Nobel prize is arguably at stake, biologists are racing feverishly to publish their findings in top journals.

“Our analysis of more than 200 research papers from 2006 onwards reveals that US-based scientists are enjoying a significant advantage, getting their papers published faster and in more prominent journals (find our data, methods and analyses here).

“More mysterious, given his standing in the field, is why two of Yamanaka's papers were among the 10 with the longest lags. In the most delayed of all, Yamanaka reported that the tumour-suppressing gene p53 inhibits the formation of iPS cells. The paper took 295 days to be accepted. It was eventually published by Nature in August 2009 alongside four similar studies. 'Yamanaka's paper was submitted months before any of the others,' complains Austin Smith at the University of Cambridge, UK, who coordinated the letter sent to leading journals.

“Yamanaka suggests that editors may be less excited by papers from non-US scientists, but may change their minds when they receive similar work from leading labs in the US. In this case, Hochedlinger submitted a paper similar to Yamanaka's, but nearly six months after him. Ritu Dhand, Nature's chief biology editor, says that each paper is assessed on its own merits. Hochedlinger says he was unaware of Yamanaka's research on p53 before publication.”

По материалам California Stem Cell Report

Серия подкастов по иммуногенетике.

2012-10-08T14:16:00.001-05:00

По следам конференции по иммуногеномике (Nature Immunogenomics), проходившей в Нантсвиле, штат Алабама на прошлой неделе, университет Алабамы-Бирмингем запустил серию подкастов по этой теме.

На прошлой неделе вышел подкаст с директором центра клинической иммунологии и ревматологии Университета Алабамы-Бирмингем Луи Бриджесом (S. Louis Bridges). На этой неделе в пятницу выйдет интервью с человеком, стоявшим у истоков иммуногенетики Стивеном Куейком (Stephen Quake).

1 неделя - Луи Бриджес (S. Louis Bridges), директор центра клинической иммунологии и ревматологии Университета Алабамы-Бирмингем

2 неделя - Стивен Куейк (Stephen Quake), профессор факультета биоинженерии в Стэнфордском университете

3 неделя - Кейси Уивер (Casey Weaver), профессор факультета патологии Университета Алабамы-Бирмингем

4 неделя - Роберт Плендж (Robert Plenge), профессор Гарвардского Университета, директор подразделения генетики и геномики в отделении ревматологии, иммунологии и аллергии в Brigham and Women’s Hospital.

Интересная серия статей про клеточную и тканевую инженерию в The New York Times

2012-09-29T19:29:00.000-05:00

искусственная трахея. Source: Harvard Bioscience via Time.com

На прошедшей неделе The New York Times опубликовала серию из трех статей "Bodybuilders" о новейших достижениях в сфере клеточной и тканевой инженерии. Несмотря на то, что многие издания описывают их как материалы о стволовых клетках, очевидно, что автор и большинство исследователей и докторой, интервью с которыми приведены в статье, хотели донести совсем другую мысль. Они прежде всего акцентируют внимание на внеклеточном матриксе, который помимо структурно-механической функции выполняет еще и очень важную сигнальную функцию: "дайте организму правильный матрикс, а стволовые клетки сами придут и сделают новые здоровые ткани".

Organs Tailor-Made With Body’s Own Cells

Открывает серию статья про ученых из Каролинского Университета под руководством Paolo Macchiarini, успешно пересадивших пересадивших искусcтвенную трахею, которая состояла из полимеров и компонентов внеклеточного матрикса.

Source: The New York Times

Human Muscle, Regrown on Animal Scaffolding

Во второй статье речь идет в восстановлении мышечной ткани, что особенно актуально для страны, которая до сих пор ведет две войны. В материале приводится пример морского пехотинца, которому удалось восстановить подвижность, несмотря на то, что он потерял значительную часть мышц бедра. Для активации востановительных процессов ученые из Питтсбургского Университета сначала удалили соединительную ткань образовавшегося на месте ранения шрама, а потом пересадили на этот участок ткани мочевого пузыря свиньи. Через некоторое время пересаженная мембраноподобная ткань начала разрушаться, но на место ее начали мигрировать клетки, которые дали начало новым мышечным волокнам. До полного восстановления, конечно, еще далеко, но результат налицо. Это лишь начало более абциозного проекта, в ходе которого доктор Рубин (Rubin) и коллеги хотят испытать новую методику на 80-ти пациентах.

One Day, Growing Spare Parts Inside the Body

На этот раз дело происходит в Лос-Анджелесе, где решается судьба годовалого малыша, дело в том, что он страдает заболеванием некротический энтероколит, которому подверженны около 10% недоношенных детей с низким весом. На сегодня врачи могут только удалить, некротические ткани и остновить развитие болезни. Если на момент вмешательства остается более 25% нормальной ткани, то ребенок сможет нормально питаться, если нет - то на протяжение всей оставшейся жизни питательные вещества иожно будет вводить только внутривенно. Но есть надежда, что в скором будущем можно будет вырастить участок кишечника прямо внутри организма. Повод для оптимизма дают успешные эксперименты на мышах, крысах и свиньях. Чуть было не забыл, с малышом все будет хорошо.

Конечно, мы еще очень далеки, от искуственных почек и печени и других сложно организованных органов, но успехи в восстановлении простых полых органов и мышц. Дают основания надеятся на то, что когда-нибудь и это будет сделано.

Coursera: еще больше университетов, еще больше курсов!

2012-09-19T14:48:00.000-05:00

коллаж скриншотов с coursera.org

Coursera развивается бешеными темпами: только два месяца назад стали доступны курсы от 12 университетов, включая ВУЗы за пределами США, количество предлагаемых курсов перевалило за 120. Сегодня к проекту присоединились еще 17 университетов, среди которых университеты из Ivy League: Колумбийский университет (Columbia University) , Брауновский университет (Brown University). Кроме того заметно, что не только американские университеты видят будущее в Coursera, на этот раз к список пополнился университетами Мельбурна (University of Melbourne), Лондона (University of London), Еврейским университетом в Иерусалиме (Hebrew University of Jerusalem) и Гонг-Конгским научно-технологическим университетом (Hong Kong University of Science and Technology).

Пресс-релиз Coursera и многие новостные статьи сегодня упирают на увеличившееся разнообразие гуманитарных курсов: музыка, кулинария, история. Но мне отрадно видеть, что в этом раунде не были забыты и медико-биологические дисциплины, а также приобретающие все большее значение курсы по анализу данных. Уровень сложности варьирует от вводных курсов для начинающих, например, Introduction to Biology: DNA to Organisms (UC Irvine) и Useful Genetics (University of British Columbia) до сложных и специализированных - Introduction to Systems Biology (Mount Sinai School of Medicine), Introduction to Tissue Engineering (Hebrew University of Jerusalem), Data Management for Clinical Research (Vanderbilt). Нужно отметить, что многие из этих курсов начнутся только в следующем году, а для некоторых время начала пока и вовсе не заявлено.

Уверен, что проект у дальше будет стремительно развиваться, так как в головах руководства университетов отчасти разрушено убеждение, что предлагая свои лекции бесплатно, они лишаются значительной части доходов. Сегодня многие из них, видя как лучшие и лучших университетов выкладывают свои курсы в открытый доступ, стремятся ради престижа тоже сделать доступными часть предметов на платформе Coursera и других MOOC.

В патентном законодательстве США грядут очередные изменения.

2012-09-18T13:22:00.002-05:00

Image credit: http://v0nlaine.taba.ru/news

Прошел год с момента подписания America Invents Act - закона призванного реформировать патентное законодательство США. Но не смотря на большие ожидания и фанфары со всех сторон, в нем совершенно не затрагивались две огромные проблемы, с которыми столкнулись высокотехнологические компании: "патентные тролли" и патентование программного обеспечения.

В августе Питер Дефацио (Peter DeFazio) и Джейсон Чаффетц (Jason Chaffetz) предложили незначительное изменение текущего законодательства в форме нового законопроекта Saving High-tech Innovators from Egregious Legal Disputes (SHIELD) Act, призванного прежде всего защитить компании от нападок патентных троллей. В соответствие с ним компании, производящие программное обеспечение и оборудование, могут полностью возместить судебные издержки в случае, если будет установлено, что подавший в суд держатель патента (ов) не имел "разумных шансов успеха на рынке".

Notwithstanding section 285, in an action disputing the validity or alleging the infringement of a computer hardware or software patent, upon making a determination that the party alleging the infringement of the patent did not have a reasonable likelihood of succeeding, the court may award the recovery of full costs to the prevailing party, including reasonable attorney's fees, other than the United States.

Законопроект направлен против классических патентных троллей, которые имеют огромные портфолио (подчас весьма пространных) патентов, но при этом никаких планов их коммерциализации у них нет. Они получают выгоду, не от их использования, а засчет угроз компаниям, которые производят товары и предоставляют услуги. Не все способны потянуть услуги адвокатов, и порой им дешевле согласиться заплатить троллю, не доводя дело до судебного разбирательства. После принятия законопроекта компаниям можно будет быть немного смелее.

Но и это еще не всё! Возможно вы заметили, что в цитате из законопроекта упоминаются "патенты на программное обеспечение" (software patents). Европейцы могут сказать: "Ну, и что тут такого?", но для США - это big deal, потому что на сегодняшний день в патентом законодательстве такая категория просто отсутствует. Их традиционно описывают как нечто, запускающее операции на компьютере или другом вычислительном устройстве. SHIELD впервые внесет понятие патента на ПО в законодательство США.

SOFTWARE PATENT.--The term 'software patent' means a patent that covers--
"(A) any process that could be implemented in a computer regardless of whether a computer is specifically mentioned in the patent; or
"(B) any computer system that is programmed to perform a process described in subparagraph (A).".
И уже отталкиваясь от этого определения можно вести споры о том, стоит ли вообще выдавать такие патенты или просто сократить сроки действия защиты интеллектуальной собственности для этой категории патентов.

Все эти дополнения очень разумны и своевременны (правда, некоторые комментаторы они должны были быть еще в America Invents Act). Неудивительно, что законопроект получил поддержку со стороны обеих партий.

Как я постигал основы фармакологии с Coursera

2012-08-31T22:31:00.002-05:00

Многие, наверное, уже наслышаны про проект Coursera, который предлагает лекции известных университетов бесплатно. Меня он заинтересовал еще в апреле, но проблема была в том, что курсов по интересующим меня темам на тот момент было мало. Поэтому когда, Пенсильванский университет (University of Pennsylvania) объявил о том, что будет преподавать "Основы фармакологии" (Fundamentals of Pharmacology) через Coursera, я сразу на него записался. Ниже я постараюсь подробно описать как проходил курс.

Почему я вообще решил его слушать?

Еще в университете (настоящем, на Университетской набережной) у меня была мысль послушать курс фармакологии: в конце-концов в большинстве работ по клеточной и молекулярной биологии в последнем абзаце говорится о том, том как понимание процессов поможет найти новые лекарство против такой-то болезни. Проблема была в том, что курс преподавался на другом факультете, а слушать что-то вне родного факультета, если это не предусмотрено учебным планом в то время было весьма проблематично. В общем, "основы фармакологии" пришлись очень кстати десятилетие спустя.

На кого рассчитан курс?

Короткий ответ - на очень широкую аудиторию, требуется только знание английского языка и, может, школьный уровень биологии. В большинстве лекций основы основ фармакологии излагаются на очень простом языке без углубления в физиологию и многоэтажных формул. Есть, правда, некоторые лекции, которые немного выходят за рамки школьной программы (например, про рецепторы, связанные с G-белками, и некоторые части фармакодинамики). Отсутствие медико-биологического образования - точно не повод для того, чтобы отказаться от прослушивания курса.

Общая структура курса: длительность, темы, экзаменационные вопросы.

Курс длится 10 недель и состоит из 12 лекций, которые охватывают три большие темы: фармакокинетика, фармакодинамика и процесс разработки новых лекарственный препаратов. Длительность самих лекций варьирует от 25 минут до часа. Я заметил, что к концу курса они стали дольше, так как профессор пыталась рассказать как можно больше, уложившись в заранее заявленное количество лекций.

В первых двух разделах вводятся основные понятия, разъясняют на простых примерах основные фармакокинетические процессы и механизмы действия различных препаратов. Еще раз хочу подчеркнуть, что все это рассказывается на очень доступном уровне, так как курс рассчитан на человека, ничего не знающего о фармакологии и медицине. Третий раздел - разработка и тестирование лекарственных препаратов - был одним из самых интересных для меня, потому что до этого я только понаслышке знал о различных фазах клинических исследований. После этого курса вы точно будете знать, задачи каждой из фаз, требования к их проведению и анализу полученных данных со стороны контролирующих органов (например, FDA в Штатах).

Экзаменационные вопросы, на мой взгляд, в большинстве были простые (особенно, если отвечать на них сразу после лекции). Количество варьирует от двух до десяти, обычно было 4-5. Если непонятны какие-то моменты, то на форуме было несколько человек, которые очень толково объясняли остальным сложные моменты, и подходы (но не сами ответы) к решению небольших задачек в контрольных вопросах.

Как я вписывал занятия в свою жизнь?

Новые лекции выкладывались каждый понедельник. Я выделил один вечер в неделю (вторник) на просмотр видео и ответы на вопросы. Они, кстати, задаются в виде теста с одним правильным ответом или "верно\не верно" утверждение. На каждую контрольную дается 3 попытки. В случае, если у меня не получалось верно ответить с первого раза, то тогда я возвращался к материалам лекции. Один раз я даже полез в специальную литературу за математическим уравнением, так как оно, как мне казалось, должно быть понятнее пространных объяснений. В принципе, я бы выделил на занятия от часа до двух в неделю, в зависимости от продолжительности лекций. Чуть не забыл, на контрольную дается две недели с момента публикации на сайте (в начале курса давали всего одну).

Проблемы и "шероховатости"

Так как курс основы фармакологии в этом формате - дело для преподавателя совершенно новое, сбои и проблемы были просто неизбежны. Здесь некоторые из них:

- несколько раз в формулировке вопросов были допущены ошибки, на которые указали сотни студентов, один раз его публично сняли (о чем объявили в е-мейле), в другой - просто оценили сразу несколько ответов как верные задним числом.

- вообще, коммуникация с организаторами курса оставляла желать лучшего. Многие сомневались, что профессор и его ассистент вообще заглядывают в форум. Лично я не припомню, чтобы я видел их сообщения на форуме.

- лекцию про рецепторы, связанные с G-белками, похоже, забыли выложить, хотя тема была заявлена в лекции накануне. Через пару недель она все-таки появилась на сайте, как дополнительные материал без контрольных вопросов.

- курсу, на мой взгляд, не помешало бы немного интерактивности, как это делают на Udacity или в других Courserовских лекциях. А так получается, что это почти тоже самое, что смотреть видеолекции на iTunes U или других местах.

Итог, или чему можно научиться за 10 недель

Несмотря на все мое брюзжание выше, у меня очень положительные впечатления от лекций. Я на самом деле узнал много нового, особенно в области фармакокинетики, а то что я знал более-менее хорошо, оказывается, называется фармакодинамикой:). Про то насколько ценной была информация о разработке и клинических тестах препаратов я уже упомянул.

В общем, если хотите узнать о том, почему лекарства надо употреблять по расписанию и при этом не надо запивать их грейпфрутовым соком, почему врачи спрашивают, какие препараты мы принимаем сейчас, выписывая новые, а также почему разработка новых лекарственных препаратов стоит миллиарды долларов, тогда записывайтесь на курс "Основы фармакологии".

И еще, по окончании за небольшую сумму можно будет получить сертификат, если вы ответили верно больше, чем на 90% вопросов.

UPDATE: Оказывается, за сертификат платить не надо. Через три недели после окончания курса мне пришел е-мейл с сертификатом, в котором профессор подтверждает, что я действительно успешно прошел курс, а также кратко обозначены темы, рассматривавшиеся в нем.

Есть вопросы? Пишите в комментариях или в @okolupaev в твитере

Патентам на гены быть!

2012-08-28T16:33:00.002-05:00

Не знаю как для вас, но для меня тот факт, что гены человека можно патентовать было весьма неприятным открытием. С одной стороны, с точки зрения обывателя это противоречит букве патентного законодательства, которое гласит, что нельзя патентовать объекты, существующие в природе. Но факт остается фактом, в течение последних лет фармакологические и биотехнологические компании успешно запатентовали около 20% всех описанных генов человека.

Понятно, что наиболее интересными в финансовом плане являются гены, связанные с распространенными заболеваниями. Так например, Myriad Genetics запатентовала гены BRCA1 и BRCA2, мутации в которых часто связывают с повышенной вероятностью возникновения рака груди. Способность выявления изменений в BRAC1/2 легло в основу диагностического продукта BRACAnalysis. К середине 2000-х сразу несколько компаний-конкурентов предлагало подобные тест-системы, и им были разосланы предложения заплатить за лицензирование BRAC.
На протяжение последних лет сразу несколько компаний и общественных организаций пытались оспорить правомерность выдачи Myriad патентов на гены человека. В ходе последнего разбирательства в августе 2012 в очередной раз голосованием 2-1 было решено, что Myriad имеет полное право на выданные ей патенты. В своем решении судья Элан Лоури (Alan Lourie) написал, что "каждая из рассматриваемых молекул представляет собой субстанцию, которая не представлена в природе" (“Each of the claimed molecules represents a nonnaturally occurring composition of matter.”)

Ссылки по теме:

Господин не владеет собой (Гены всех людей оказались запатентованы)

Myriad Genetics BRCA1 and BRCA2 patents upheld in court

Prismatic - симпатичная читалка новостей

2012-08-23T22:36:00.002-05:00

скриншот сайта Prismatic

Если верить GigaOM, то Prismatic открыл свои двери для широкой публики только сегодня (23 августа), хотя избранные пользовались сервисом уже на протяжение нескольких месяцев.

Что это такое? Это сервис для чтения новостей, но с одной изюминкой - алгоритм постепенно "умнеет" и сам предлагает статьи, которые могут понравится подписчику.

После того как Google начал играться и менять Google Reader, я начал задумываться, а что если его совсем поломают или, чего хуже, вообще прикроют (они там в Mountain View в последнее время много чего позакрывали).

Wavii кажется отличным решением только до того момента, когда им начинаешь пользоваться. Во-первых, регистрироваться можно только через Facebook, что я не особо люблю делать. Во-вторых, выбор тем не особо велик, и уж они технологически направлены. Понятно, что его разработчики живут в Сан-Франциско, но людям за его пределами интересны вещи кроме Apple, Google и стартапов.

Мне очень нравится Flipboard, так как там можно в "журнальном формате" читать и свои подписки из Twitter, Google Reader и Facebook, а можно выбрать тему и он программа сама будет предлагать тебе статьи разных сайтов. Идельный вариант? Почти. Приложения работают только на мобильных устройствах, а моей рабочей лошадкой до сих пор является ноутбук.

У тут мы побираемся непосредственно к Prismatic. Мне кажется, что он сочетает в себе лучшие качества всех вышеперечисленный сервисов: простой и фукциональный дизайн, гибкость в выборе тем, угадывание того, что вам может понравиться на основе личных интересов и того, что популярно в вашей твиттер-ленте или фейсбуке.

Сразу после регистрации, предлагают выбрать не меньше десятка тем, которые вам интересны, если заходить с через Twitter или Facebook, то список предлагаемых тем сразу более точно отражает ваши пристрастия. Особенно, если у вас там много подписок.

По мере того, как я читал разные новости и ставил им плюсики или ставил на них крест, рос список предлагаемых к моему вниманию тем. Обычно Prismatic довольно неплохо справлялся со своей задачей и предлагал полезные темы. За сегодняшний день он заметно "поумнел". Хотя меня и озадачило количество тем, так или иначе связанных с алкоголем (Alcohol, alcohol abuse) и еще почему-то Киргизтан.

Кроме "заточенного" под мои интересы раздела Home, есть еще и раздел Top News, в котором, на первый взгляд, появляются те же материалы, что и на первых страницах печатных и онлайн изданий.

Всем хорош Prismatic, вот если бы они еще выпустили приложение под iPad! Но я почти уверен, что оно появится в ближайшие месяцы.

Весь человеческий организм на чипе.

2012-08-21T17:11:00.000-05:00

image credit: Futurama

Признаюсь, что пару лет назад, когда появились первые материалы о лёгком на чипе, доступные широкой публике, я упустил их из виду. Мой интерес к этой теме привлекло интервью с Дональдом Ингбером (Donald Ingber), директором института Уисс (Wyss Institute) при Гарвардском университете.

Начну издалека: все кто когда-нибудь работал с культурами клеток (те самые, что растут в красивой розовой жидкости в инкубаторах), не раз слышали критические замечания. Главный аргумент - результаты, которые мы получаем плохо соотносятся с процессами, реально происходящими в организме, потому что клетки, растущие в чашке Петри, представляют собой слишком упрощенную модель. Хорошо, говорите вы, давайте я буду проверять свою гипотезу на лабораторных животных. Но тут же получаете в ответ, что это слишком сложная модель, которая к тому же не всегда хорошо имитирует процессы, происходящие в организме человека.

Где же выход?

Компромисное решение - это как правило отдельные ткани, выращеные на питательных средах (рафт-культуры кожного эпителия, участки эпителия кишечника и т.п.). Но в таких системах нет одного важного компонента - механических факторов (растяжение-сжатие, напряжение сдвига и т.п.), которые существенно влияют на то, как работают клетки.

Легкое на чипе

Дональд Ингбер рассказал о новом поколении систем, имитирующих поведение клеток в организме человека, так называемые "органы на чипе". Проще всего их принцип работы можно объяснить на примере первой разработки лаборатории - "легкое на чипе", которое имитирует альвеолы легкого. Само устройство размером примерно с флешку, в котором располагаются несколько тонких канальцев. Главный из них разделяется на эластичной мембраной, на обеих поверхностях которой располагаются клетки. На стороне, контактирующей с воздухом, сидят клетки альвеолярного эпителия, на противоположной - клетки эндотелия (те самые, что выстилают стенки кровеносных сосудов). Они омываются питательной средойю, выполняющей здесь функцию крови. Циклическая подача воздуха в боковые каналы, непосредственно связанные с мембраной, заставляет её ритмично растягиваться и сжиматься, также как и мембране в альвеолах легкого. Наглядно, работа устройства показана в видео.

Кишечник на чипе

image credit: Royal Society of Chemistry

Весной 2012 лаборатория представила еще одно устройство - "кишечник на чипе". Принципиально оно повторяет легкое, только здесь на мембране сидят клетки кишечного эпителия, а сама мембрана имеет пальчатые выступы, повторяющие структуру "крипта-ворсинка", характерную для кишечника млекопитающих. Боковые камеры в новом устройстве создают ритмические движения, имитириующие перистальтические движения кишечника. Ученым также удалось успешно "засеять" мини-кишечник симбиотическими бактериями, которые в обитают в кишечнике здорового человека.

Организм человека на чипе

Причина, по которой, эти проекты снова появились в заголовках различых изданий - существенный грант от DARPA (Defense Advanced Research Projects Agency) и NIH (National Institutes of Health). Тридцать два миллиона долларов выделено на развитие проекта с неофициальным названием "тело человека на чипе". Wyss Institute - лишь один из участников проекта, их партнер - лаборатория из соседнего Массачусеткого Технологического, которая разработала системы, имитирующие печень и систему кровоснабжения органов. Цель проекта заключается в разработке системы (на сегодня в планах 10 связанных между собой органов человека), которая бы позволила не только ускорить процесс тестирования и разработки новых препаратов и оценки влияния различных внешних факторов на ткани человека, но, и что более важно, увеличить эффективность обоих процессов. Для сравнения, сегодня в разработку новых лекарственных препаратов может быть вложено несколько миллионов (или даже миллиардов) долларов, прежде чем ученые получат возможность протестировать его эффективность на пациентах.

Не думаю, что это повлияет на клинические испытания в ближайшие годы, но в перспективе применение отдельных органов на чипе или целого организма позволит отсеивать неудачные препараты на ранних этапах, тем самым экономя фармакологическим компаниям время и деньги.

О проекте Coursera из первый уст (TED Talk)

2012-08-01T13:46:00.002-05:00

В июле основательница Coursera Дафне Коллер выступила на конференции TED в Эдинбурге. Помимо информации, которая была уже известна из интервью с The New York Times, Fortune и другими изданиями, она рассказала интересного о том, как работает система и в чем ее координальное отличие от онлайн курсов на в рамках проекта Open Courseware.

Особенно мне понравились моменты про технологию выставления оценок, которая отличается в зависимости от предмета: от простых тестов с несколькими ответами до уравнений, программ и мини-сочинений, которые оцениваются такими же студентами (peer grading).

Второй момент - это стремление к персонализации обучения, в рамках некоторых курсов преподаватели могут отслеживать неправильные ответы, и на этой основе давать рекомендации студентам.

Забавное наблюдение организаторов курсов: количество людей, сдающих домашние работы, резко увеличивается в последний день вне зависимости от страны проживания. Выходит, откладывать все до последнего не уникальная русская черта.

Калифорнийский университет-Беркли присоединяется к EdX

2012-07-26T23:22:00.000-05:00

скриншот страницы EdX.org

Июль выдался необычайно богатым на события в сфере онлайн-обучения. На этот раз новости исходят от совместного проекта Гарварда и Массачусетского Технологического - EdX. Точнее, так он был представлен общественности в мае, на этой неделе к инициативе присоединился Калифорнийский Университет - Беркли (UC Berkeley).

В связи с этим событием, несколько изменилось позиционирование EdX: теперь проект представляют как платформу, в рамках которой все больше университетов-партнеров ("Х Университеты") будут предлагать свои курсы онлайн. UC Berkeley также возглавит пока еще не оформившийся консорциум "X- Университетов".

Но на этом новости не заканчиваются. Каждый из университетов EdX объявил по два курса, которые появятся на сайте уже в осеннем семестре 2012 года.

HarvardX

CS50x: Introduction to Computer Science (David J. Malan)

PH207x: Health in Numbers: Quantitative Methods in Clinical and Public Health Research (E. Francis Cook и Marcello Pagano)

MITX

3.091x: Introduction to Solid State Chemistry (Michael Cima)

6.00x: Introduction to Computer Science and Programming (John Guttag, Chris Terman и Eric Grimson)

BerkeleyX

CS188.1x: Artificial Intelligence (Dan Klein и Pieter Abbeel)

CS169.1x: Software as a Service (Armando Fox и David Patterson)

Через какие аэропорты во время эпидемии заболевания распространяются наиболее эффективно?

2012-07-23T16:18:00.002-05:00

Группа из Массачусетского Технологического опубликовала исследование, в котором были смоделированы ранние этапы распространия заболеваний через международные аэропорты США в случае эпидемии. В основу заложены принципы сетевых моделей и реальные данные о перемещениях людей за 2007-2010 годы. Отмечается, что модель учитывает не только степень загруженности аэропорта и направления основных маршрутов, но и то сколько времени проводят пассажиры на его территории во время пересадки, а также прилета и вылета.

Выяснилось, что скорость распространения гипотетической эпидемии оказалась бы значительно выше, если ее очаг находится вблизи аэропортов Нью-Йорка, Лос-Анджелеса и Гонолулу.

Результаты исследования наглядно отображены в этом видео.

Образовательный стартап Coursera вышел на новый этап развития. (обновление)

2012-07-17T13:39:00.001-05:00

В последние полгода мы наблюдаем стремительное развитие образовательных проектов в интернете. Как правило, они либо напрямую связаны с знаменитыми университетами (EdX, Coursera), либо основаны известными профессорами, которые решили преподавать за пределами академических институтов (Udacity). И в обоих случаях успех проекта во многом определяется количеством и разнообразием курсов.

В этом отношении, как мне кажется, Coursera вышла на корпус вперед своих конкурентов. Сегодня представители проекта объявили о том, что к Coursera присоединяются сразу 12 университетов (Duke University, Johns Hopkins University, California Institute of Technology и другие), в том числе и сразу несколько школ за пределами США (University of Toronto, École Polytechnique Federale de Lausanne, University of Edinburgh). С привлечением новых партнеров количество предлагаемых курсов перевалило за 100, но дело не только в количестве. Раньше в списках доминировали дисциплины так или иначе связанные с ИТ и программированием, сейчас значительно расширился список медико-биологических курсов, а также смежных дисциплин, например анализ даных и биостатистика.

ОБНОВЛЕНИЕ: В статье The New York Times сообщается, что несмотря на то, что большинство университетов-партнёров не выдают никаких официальных сертификатов об окончании курса (course credit), University of Washington планирует защитывать курс онлайн студентам наравне со слушателями предмета в самом университете. Предполагагется, что эта услуга будет платной , и аттестации надо будет выполнять дополнительные занятия, а также больше работать с профессором.

Судя по тому, что Coursera завершила очередной раунд финансирования, в проект верят не только сами университеты, но и инвесторы Кремниевой долины.

Если тема самообразования вам интересна, то настоятельно рекомендую заглянуть на сайт Coursera. Готов поспорить, что неприменно найдете что-то интересное для себя.

Через несколько недель планирую написать, о своих впечатлениях как студента Coursera.

Бесплатные онлайн университеты. Что это такое? (инфографика)

2012-07-13T10:41:00.001-05:00

За последний год появилась несколько заметных проектов в области бесплатного онлайн обучения. Видные университеты, объединяются в альянсы и предлагают свои курсы в интернете для всех желающих. Ярким примером служат EdX (Harvard+MIT) и Coursera (UPenn, Stanford, Princeton, University of Michigan).

Понравилась инфографика, которая неплохо рассказывает про открытые онлайн университеты, а также о плюсах и минусах такого подхода к обучению.

Presented By: Online Colleges

Подкасты о науке. Новости.

2012-07-11T15:54:00.000-05:00

Как известно, ничто не стоит на месте. Я потихоньку поправлял свои предыдущие посты про научные подкасты по мере появления новой информации. Но так случилось, что в мае-июне произошло сразу несколько крупных изменений.

Сначала новость грустная: русскоязычный подкаст "В первом приближении"закрыли в связи с изменением сетки вещания "Финам ФМ". Обидно, так как лично мне передача очень нравилась и в плане содержания, и стиля ведения, да и сама идея объединения программ в тематические блоки.

Еще одна потенциально грустная новость, которая, как потом оказалось, имеет хороший конец. В конце июня глава сети подкастов TWIT Лео Лапорт решил закрыть все научные подкасты по причине низкой рентабельности. Не в последнюю очередь это связано с тем, что основную аудиторию этой сети составляют фанаты компьтерных технологий, и научные подкасты ( в основном биологической направленности) не было особо популярны.

Отчасти перемены могут задеть подкаст This Week in Science, так как при его производстве использовалась техническая база сети TWIT, но по заверениям доктора Кики передача будет выходить в эфир.

Какие подкасты попали под нож?

Dr. Kiki's Science Hour

Science News Weekly

Futures in Biotech

Где же обещанный happy end ? В прощальном выпуске Futures in Biotech ведущий объявил, что подкаст не закрывают, а он просто присоединяется в Microbe.tv - сети научных подкастов, основанной профессором Колумбийского университета Винсентом Ракиньело. Там же было сказано, что сеть, на сегодняшний день состоящую из 3 подкастов, планируется расширять.

И это хорошая новость!

Как объяснить 11-летнему ребенку, что такое пламя?

2012-06-29T12:15:00.004-05:00

скриншот с сайта Center for Communicating Science

Много лет назад Алан Алда, в то время ещё школьник, задал вопрос своему учителю: "Что такое пламя?" В ответ он получил сухое: "Окислительный процесс", которое конечно же не удовлетворило его любопытства.

Сегодня Алан, больше известный как актер, режиссер и продюссер, входит в состав совета Center for Communicating Science, главная задача которого - показать (а в идеале и научить) ученых просто и увлекательно рассказывать о науке широкой публике. В марте центр объявил конкурс на лучший ответ на вопрос 11-летнего Алана, который в свое время остался без удовлетворительного ответа. Участинки конкурса могли использовать любые выразительные средства для того, чтобы наиболее полно и в тоже время доступно ответить на жгучий вопрос "что же такое пламя?"

Логично, что строгое жюри состояло из 11-летних мальчишек и девчонок, которые оценивали работы по таким параметрам как содержательность, доступность, увлекательность и прочим. Забавно, что некоторые работы были отбракованы из-за стилистики со словами "что мы какие-то 7-летние дети?"

Результаты были объявлены во время Всемирного научного фестиваля (World Science Festival). Победителем оказался аспирант из Инсбрукского университета (Австрия) Бен Эймс (Ben Ames). Именно его объяснение природы пламени больше всего понравилось школьникам. Лично мне сложно представить, что могло быть иначе. Судите сами: в видео победителя есть не только привязчивая песенка, но еще и Лего, чёрт, поединок на ринге и очень даже взрослая терминология. Подробнее о том, как создавалось видео можно узнать из интервью с победителем в программе Science Friday.

What is a Flame from Ben Ames on Vimeo.

На мой взгляд - это отличный пример того, как можно сделать науку доступной и интересной не только для детей, но и для большинства взрослых.

Они меня посчитали, или ученым присвоят индивидуальные номера.

2012-06-02T01:51:00.000-05:00

image credit: Flickr/Marco Ro

Приходилось ли вам искать в PubMed работы выходцев из Китая, задав только фамилию и инициалы? Если ответ утвердительный, то вы не по-наслышке знаете, что найти работы интересующего вас Вонга (Wang), Чжан (Zhang) или Ли (Li/Lee) почти также сложно, как иголку в стоге сена. Решение этой проблемы уже не за горами, Open Research and Contributor ID (ORCID) планирует уже в этом году ввести идентификационную систему, которая позволит различить авторов с однаковыми именами и фамилиями.

Система в первом приближении похожа на индивидуальные номера, которые используются во многих странах в налоговой сфере. Предполагается, что каждому исследователю будет присвоен 16-тизначный номер, используя который можно легко отличить Zhang Z - иммунолога из Гарварда от Zhang Z - зоолога из Пекинского университета. Но это всего лишь преимущества, видимые невооруженным глазом, переход на новую систему существенно облегчит работу библиометрам, которые работают с огромными базами данных. А это в свою очередь позволит детально отслеживать развитие различных научных направлений и сообществ ученых, которые складываются вокруг них.

Одним словом, штука это безусловно нужная и полезная, но она не начнет работать в полную силу до тех пор, пока все стороны, так или иначе вовлеченные в научный процесс, не станут поддерживать единый стандарт ORCID. Обнадеживает тот факт, что инициативу уже сегодня поддерживают более 280 организаций, включая главных распределителей научных грантов NIH и NSF и крупных игроков с издательской стороны (например, Nature Publishing Group). Правда, немного смущает, что университетам, многие из которых сегодня не в самой лучшей финансовой форма, придется заплатить за использование ORCID. К слову, для исследователя идентификационный номер будет совершенно бесплатным.

В ближайшее время станет понятно, станет ли ORCID таким же стандартом в публикациях как doi (digital object identifier), или нам и в будущем придется гадать ли это самый Чэн Ли или какой-то другой.

По материалам Nature

Микробиом человека

2012-05-15T16:42:00.003-05:00

В современной биологии только ленивый не говорит про различные "-омы". Микробиологи не остаются в стороне от этих веяний и не только изучают отдельных микробов, но и пытаются "картировать" их место проживания и взаимодействие между собой и организмом-хозяином.
Журнал Scientific American опубликовал интересный схему, в которой отмечены доминирующие виды микроорганизмов в различных органах человека. Оригинал на сайте интерактивный, так что рекомендую пройти по ссылке, если интересно почитать больше про самих микробов.

источник: Scientific American

Радиоуправляемые гены.

2012-05-09T22:26:00.003-05:00

Этот заголовок в твите журнала Science cразу привлек мое внимание. Подумать только - контроль генов на расстоянии при помощи радиоволн!!! (правда, если подумать чуть-чуть подольше, то становится немного страшно:)

Но заголовки бывают обманчивы, поэтому обратимся к оригинальной статье.

Прежде всего, надо оговориться, что на данном этапе исследования, опубликованные в журнале Science на прошлой неделе, являются всего- лишь доказательством принципальной возможности нового способа управлением активности генов.

Система состоит из трех принципиальных компонентов:

1) наночастиц оксида железа (FeNP)

2) модифицированных белков, образующих ионный канал (TRPV1), примечательной особенностью которого является способность реагировать на изменение температуры

3) измененный ген инсулина с регуляторными элементами, активирующими синтез инсулина в ответ на повышение концентрации ионов кальция (Сa2+) в клетки

Работает система очень просто. Клетки обрабатывают наночастицами оксида железа, которые прикрепляются к модифицированным белкам ионного канала TRPV1. После этого клетки подвергают воздействию низкочастотных радиоволн, в результате чего частицы оксида железа начинают нагреваться, и чувствительный к повышению температуры канал TRPV1 открывается, запуская внутрь клетки ионы кальция. Управляющие элементы измененного гена инсулина, "чувствуют" повышение концентрации Ca2+ внутри клетки и в ответ запускают синтез инсулина.

Далее исследователи хотели проверить насколько хорошо работает описаная выше система в рамках всего организма. Для этого они ввели клетки с модифицированным TRPV1 под кожу мышам, и через некоторое время вкололи раствор с частицами оксида железа с последующией обработкой радиоволнами. Как и предполагалось, у мышей, которым вводили раствор с FeNP, в результате процедуры значительно снижался уровень глюкозы, по сравнению с животными, которым вводили просто физраствор. Важно отметить, что в связи с низкой энергий применяемых радиоволн, не происходит нагревания окружающих тканей и разрушения клеток в районе воздействия.

В ходе дальнейших экспериментов учёным удалось избавиться от необходимости добавления оксида железа извне. Для этого они использовали клетки, вырабатывющие белок ферритин, способный связывать железо. При этом система продолжала работать, немного потеряв в эффективности (в среднем на 33%).

Авторы отмечают, что разработанная ими система может быть в дальнейшем использована и для других клеток/генов. В частности, варьируя используя несколько несколько металлов и различные частоты радиоволн, можно добиться избирательной активации разных типов клеток, что делает такой способ регуляции удобным инструментом в арсенале ученых. Возможно в будущем, основываясь на этом принципе можно будет создать неинвазивные способы терапии.