Cladística y Biogeografía

Nuevo TNT Matrix Builder: Hacia un análisis cladístico con múltiples matrices sin complicaciones

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Tue, 10 Feb 2026 00:51:00 +0000

En el mundo de la sistemática filogenética, uno de los retos más persistentes no es solo la interpretación de los resultados, sino la preparación técnica de los datos. Si alguna vez has intentado combinar manualmente una matriz de ADN con datos morfométricos continuos y caracteres discretos para TNT (Tree analysis using New Technology), sabes que un solo espacio en blanco o una etiqueta mal puesta puede hacernos perder tiempo.

Hoy les presento TNT Matrix Builder v1.0, una aplicación diseñada para cerrar la brecha entre la recolección de datos heterogéneos y el análisis cladístico profesional.

El desafío de la integración

Aunque plataformas como Mesquite son extraordinarias para la edición visual, la exportación de matrices combinadas que respeten la sintaxis estricta de TNT (como los bloques &[dna], &[num] o &[cont]) sigue siendo un proceso manual propenso a errores. Esta herramienta desarrollada en Python nace precisamente para facilitar la enseñanza en cursos de Sistemática y Cladística, permitiendo que los usuarios se concentren en las hipótesis biológicas y no en la depuración de archivos de texto.

Características Principales:

Detección automática de datos: El software identifica si tus tablas contienen datos discretos o continuos basándose en el contenido, asignando las etiquetas correctas de forma inteligente.
Morfometría integrada: Soporte completo para archivos TPS (Landmarks 2D), promediando automáticamente múltiples especímenes por taxón.
Sincronización de taxones: ¿Faltan especies en algunos bloques? El programa gestiona la Unión o Intersección de taxones, rellenando huecos con datos faltantes (?) de forma automática.
Normalización de nombres: Corrige automáticamente espacios y caracteres no permitidos, asegurando que TNT lea tu matriz a la primera.

Descarga y recursos

El programa está disponible como un ejecutable independiente para Windows, facilitando su uso en laboratorios y clases sin necesidad de instalaciones complejas de Python.

[ 📥 DESCARGAR TNT MATRIX BUILDER V1.0 AQUÍ ]

Este es el enlace de GitHub para código en Python y archivos de prueba.

Y acá les dejo un manual corto de como usarlo:

csv2xyd: Optimizando el Análisis de Endemismo en la "Era de Big Data"

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Tue, 22 Jul 2025 12:22:00 +0000

csv2xyd

El análisis de áreas de endemismo es crucial en biogeografía y conservación. Sin embargo, el manejo de los crecientes volúmenes de datos de biodiversidad online presenta desafíos significativos, como errores tipográficos, duplicados e inconsistencias taxonómicas. Para abordar esto, se ha desarrollado csv2xyd, un nuevo software en Python diseñado para simplificar el preprocesamiento de estos datos.

csv2xyd es una herramienta con interfaz gráfica que facilita la conversión de archivos CSV (un formato común en repositorios de biodiversidad) al formato XYD, el cual es específico y requerido por programas de análisis de endemismo como NDM/vNDM.

Características csv2xyd ofrece una serie de funcionalidades:

Limpieza de datos: Detecta errores tipográficos en los nombres de las especies y permite corregirlos, además de eliminar ocurrencias duplicadas. También ayuda a identificar inconsistencias taxonómicas.
Filtrado avanzado: Ofrece opciones para filtrar los datos, por ejemplo, eliminando especies con pocas ocurrencias o seleccionando registros específicos.
Eficiencia con Big Data: Ha sido probado con éxito en conjuntos de datos masivos, procesando millones de registros en minutos. Por ejemplo, un dataset de 4.8 millones de ocurrencias es procesado en 136.53 segundos.
Visualización y análisis geoespacial exploratorio: Incluye la posibilidad de generar mapas interactivos de las ocurrencias y realizar análisis espaciales básicos como el cálculo de riqueza y diversidad en polígonos.

Desarrollado en Python, csv2xyd aprovecha bibliotecas potentes como Pandas para la manipulación de datos y Dask para el procesamiento eficiente de grandes volúmenes de información.

El software es de código abierto y está disponible gratuitamente en su repositorio de GitHub.

Esto no solo facilita su adopción, sino que también invita a la comunidad de desarrolladores e investigadores a contribuir a su mejora. Para facilitar su uso, los desarrolladores han proporcionado tutoriales en video tanto en inglés como en español.

Hasta el momento, la herramienta GeX (Santos & Fuhlendorf, 2018) ha abordado la necesidad de convertir archivos de biodiversidad a formatos como XYD. Mientras GeX es una aplicación web sencilla diseñada para la conversión directa y básica de CSV a XYD para bases de datos de tamaño moderado, csv2xyd ofrece un enfoque mucho más integral y robusto. Nuestro software va más allá de la simple conversión, proporcionando capacidades avanzadas de limpieza de datos (detección de errores tipográficos, eliminación de duplicados e inconsistencias), eficiencia para manejar millones de registros (Big Data) y filtrado avanzado. Además, csv2xyd incluye funcionalidades de visualización y análisis geoespacial exploratorio, y al ser de código abierto, invita a la comunidad a colaborar en la integración con APIs de servicios de biodiversidad como Global Biodiversity Information Facility y Encyclopedia of Life para automatizar georreferenciación de localidades sin coordenadas y validación taxonómica. Además, se busca mejorar la capacidad de fusión de múltiples archivos CSV basándose en relaciones de campos, similar a las uniones de bases de datos. Esto asegura que csv2xyd pueda crecer y adaptarse a las necesidades emergentes de la comunidad científica.

Esta es la cita:

Liria J, Soto-Vivas A 2025 Csv2xyd: A Python Software for Processing Large Biodiversity Datasets for Endemism Analysis. Journal of Open Research Software, 13: 8. DOI: https://doi.org/10.5334/jors.538

https://openresearchsoftware.metajnl.com/articles/10.5334/jors.538

Nueva versión NDM/vNDM (2025)

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Mon, 14 Jul 2025 21:07:00 +0000

Recientemente en el repositorio de NDM/vNDM tenemos la nueva versión (junio 2025) del programa, el cual tiene las siguientes funciones (tomado del archivo README.txt):

* Solved a bad (previously undiscovered) bug in the calculation of the sets of species giving scores to the areas during searches (i.e. in ndm.exe), which caused some of the comparisons between areas (which referred to sets of species in each area) to sometimes discard areas that should have been kept, or to keep areas that should have been discarded. This code (two lines!) is flagged with "damn"! The problem was introduced in the version of 2016, if I remember correctly.

* Added the "combinefile xxxx" option (which facilitates combining coordinate datasets).

* Added option to save area coordinates for Qgis (in CSV format).

Programa py_tm2tnt

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Sun, 03 Nov 2024 14:45:00 +0000

Hola de nuevo, apasionados de la cladística!

Continuando con las herramientas que hemos desarrollado para facilitar sus análisis, hoy les presento py_tm2tnt.

Este programa, diseñado en Python, les permite procesar archivos con datos morfométricos tradicionales (medidas) y exportarlos directamente al formato de TNT para análisis filogenéticos mediante parsimonia . py_tm2tnt puede manejar archivos CSV que incluyen varios especímenes por taxón, para lo cual solo requiere la lectura de un archivo CSV adicional con los conteos por especie. Una vez cargados los datos, el programa calcula intervalos (ya sea intervalos de confianza o la media +/- error estándar) y los exporta al formato compatible con TNT.

py_tm2tnt les ofrece la funcionalidad de realizar análisis estadísticos univariados para cada carácter, permitiendo elegir entre ANOVA o Kruskal-Wallis, y exportar los resultados a un archivo CSV.

Además he creado un video tutorial en youtube:

Les dejo el enlace de github el cual incluye el programa, los requerimientos de instalación (version de Python y librerias) y un manual en PDF.

Actualizado 4/7/2025:

Acá podran descargar desde Dropbox el programa ejecutable (no requiere instalar Python + librerías); el archivo *.exe es aprox. 138mb

Y acá pueden consultar el artículo publicado:

Liria J, Soto-Vivas A. 2025. py_tps2tnt y py_tm2tnt: dos programas en Python para procesamiento de datos morfométricos para análisis cladísticos con TNT. Revista peruana de biología 32(2): e30018 001 - 006 (Julio 2025). doi: https://dx.doi.org/10.15381/rpb.v32i2.30018

¡Espero que esta herramienta les sea de gran utilidad en sus investigaciones! Si tienen alguna pregunta o comentario, no duden en dejarlo.

Nuevo manual de Biogeografía práctica

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Thu, 10 Oct 2024 18:50:00 +0000

Una buena noticia para los interesados en Biogeografía:

La enseñanza de la biogeografía es relativamente compleja, pues involucra conceptos y métodos de diferentes disciplinas y para muchos estudiantes es demasiado “teórica”, sin una conexión clara con la realidad biológica. Para mejorar su enseñanza y como resultado de invitar a diversos investigadores del área, un total de 106 autores de 40 instituciones contribuyeron con 131 prácticas que permiten aclarar conceptos y, a través de la aplicación de metodologías específicas, logran una concepción integral de la biogeografía, reafirmando los conocimientos teóricos que se imparten en clase.

Biogeografía práctica, fue pensado como complementario a libros de texto teóricos sobre biogeografía, por lo que consta de 131 ejercicios prácticos, agrupados en ocho unidades:

Unidad 1: Introducción al estudio evolutivo de la diversidad y su distribución geográfica (prácticas 1-12).
Unidad 2: Datos biogeográficos y herramientas analíticas (prácticas 13-29).
Unidad 3: Conceptos biogeográficos (prácticas 30-63).
Unidad 4: Procesos biogeográficos (prácticas 64-76).
Unidad 5: Geografía de la diversidad: biodiversidad y patrones ecológicos (prácticas 77-94).
Unidad 6: Reconstrucción de la historia biogeográfica de taxones (prácticas 95-102).
Unidad 7: Biogeografía evolutiva de biotas (prácticas 103-115).
Unidad 8: Biogeografía de la conservación (prácticas 116-131).

En este libro tuvimos la oportunidad de contribuir con la práctica N°43 (Unidad 3 "Conceptos biogeográficos"):

En la actividad utilizamos las distribuciones hipotéticas de animales del Mundo de Hielo y Fuego de G.R.R. Martin. Seguidamente, identificamos áreas de endemismo en las regiones de Westeros, Essos y Sothoryos.

Los archivos para las prácticas pueden obtenerlos acá:

https://libros.fciencias.unam.mx/biogeografia-practica/practicas.php

Más información de como adquirir el libro:

Biogeografía Práctica (versión PDF)

Primera edición

Tania Escalante, Erick A. García-Trejo, Juan J. Morrone (coordinadores)

Año 2024, Peso en MB: 41.1 MB

ISBN: 978-607-30-9190-9

Para mayores informes envíe un correo electrónico a: ventas.editoriales@ciencias.unam.mx

Programa py_tps2tnt

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Wed, 09 Oct 2024 21:05:00 +0000

¡Hola a todos los entusiastas de la cladística!

Hoy quiero compartir con ustedes una emocionante herramienta que he desarrollado como parte de una nueva línea de investigación para optimizar las tareas en sus análisis filogenéticos: py_tps2tnt.

py_tps2tnt está diseñado para procesar archivos TPS con coordenadas x,y (con o sin escala), y exportarlos al formato de TNT para análisis filogenéticos vía parsimonia.

Funcionalidades principales de py_tps2tnt:

Permite transformar archivos TPS que contienen múltiples individuos por taxón.
Realiza alineamientos mediante Procrustes.
Calcula promedios de configuración.
Determina rangos para el tamaño centroide.
Permite seleccionar distancias interlandmarks.
Exporta diversos tipos de datos directamente al formato TNT.
Puede lidiar con archivos TPS que incluyen varios especímenes.
Calcula el tamaño centroide promedio (en formato de intervalo de confianza o media +/- ES).
También puede exportar coordenadas promedio o intervalos de distancias interlandmarks (matrices EDMA).
El usuario puede realizar el análisis generalizado de Procrustes (AGP) a partir de la configuración consenso, la configuración del primer ejemplar, o la configuración deseada.
Finalmente, el archivo TNT resultante puede incluir el tamaño centroide, configuraciones promedio o alineadas, y matrices de distancia interlandmarks.

Para que puedan ver cómo funciona py_tps2tnt en la práctica, he preparado un tutorial en YouTube (en español):

Les dejo el enlace de github el cual incluye el programa, los requerimientos de instalación (version de Python y librerias), manual en PDF, y datos de ejemplo.

Actualizado 4/7/2025:

Acá podran descargar desde Dropbox el programa ejecutable (no requiere instalar Python + librerías); el archivo *.exe es aprox. 138mb

Y acá pueden consultar el artículo publicado:

Liria J, Soto-Vivas A. 2025. py_tps2tnt y py_tm2tnt: dos programas en Python para procesamiento de datos morfométricos para análisis cladísticos con TNT. Revista peruana de biología 32(2): e30018 001 - 006 (Julio 2025). doi: https://dx.doi.org/10.15381/rpb.v32i2.30018

¡Espero que esta herramienta les sea de gran ayuda en sus investigaciones! Si tienen alguna pregunta o comentario, no duden en dejarlo en la sección de comentarios.

Una geofilogenia para 10 años de la RACB 1997-2007

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Tue, 07 Nov 2023 18:05:00 +0000

La Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB), es un evento que se organiza en este país con la finalidad de agrupar a distint@s investigador@s y estudiantes (pre- y posgrado) que realizan investigaciones en analisis filogenéticos y estudios sobre la distribución de la biota.

Durante la conmemoración de los 10 año de RACB, 1997-2007 tuve la oportunidad de recibir la siguiente imagen preparada por los organizadores:

Como se puede apreciar, es un cladograma con un arreglo de ramas por periodos (años), donde se indican las distintas RACB y sus sedes, desde Tucumán en 1997, pasando por Buenos Aires 1999, Mendoza 2001, Córdoba 2003, Salta 2004, Trelew 2006, y San Isidro en 2007.

Se me ocurrió una forma de homenajear a todos los organizadores de esos 10 años, y también a los participantes.

Realicé una geofilogenia en Mesquite a partir de las localidades de cada RACB; por ejemplo, Instituto Miguel Lillo en 1997, Museo Paleontológico Egidio Feruglio en 2006, Instituto de Botánica Darwinion en 2007, entre otras.

Acá les presento algunos mapas,

y la vista en Google Earth con el archivo kml:

Vista general de la geofilogenia.

Detalle con imagen (logo) de cada RACB.

Bigdata e identificación de áreas de endemismo

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Tue, 09 Aug 2022 13:49:00 +0000

Actualmente existen distintas bases de datos sobre biodiversidad (BDB), las cuales ofrecen infinidad de aplicaciones en estudios sobre biogeografía y conservación. El número de datos disponibles y que incluyen el componente espacial (coordenadas) se ha incrementado exponencialmente.

Imagen tomada y modificada de:

Wüest, R.O., Zimmermann, N.E., Zurell, D, et al. 2020. Macroecology in the age of Big Data – Where to go from here? J Biogeogr. 47: 1– 12. https://doi.org/10.1111/jbi.13633

https://journalofbiogeographynews.org/2020/01/28/biogeography-in-the-age-of-big-data/

Liria, J., Szumik, C. y Goloboff, P. A. (2021). Analysis of endemism of world arthropod distribution data supports
biogeographic regions and many established subdivisions. Cladistics, 37, 559–570. https://doi.org/10.1111/cla.12448

En esta entrada me centraré en un ejemplo reciente publicado en la Revista Mexicana de Biodiversidad, donde se muestra como a partir de cuatro BDB (una de ellas Nacional) se compiló toda la información disponible con el fin de identificar áreas de endemismo en Ecuador:

Liria, J. (2022). Áreas de endemismo de Ecuador: un análisis a partir de datos de distribución de especies de plantas, animales y hongos. Revista Mexicana de Biodiversidad, 93(mayo-): e934031

Al revisar estas bases de datos, lo primero que surgió fue la incompatibilidad taxonómica en algunos casos; especies con categorias supra especificas distintas en dos bases de datos. Este tipo de aspectos fue recientemente abordado por:

Feng, X., Enquist, B.J., Park, D.S., et al. (2022) A review of the heterogeneous landscape of biodiversity databases: Opportunities and challenges for a synthesized biodiversity knowledge base. Global Ecology and Biogeography. 31(7): 1242-1260. Disponible en: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/geb.13497

"Information in a biodiversity database is generally indexed by species’ scientific names. However, the dynamic nature of taxonomic research presents challenges to such indexing. With the exception of a few well-established groups such as birds (whose taxonomy is relatively stable and subject to regular external review and standardization; Chesser et al., 2021), conflicting taxonomic concepts, homonyms, outdated synonyms, and ambiguous alternative spellings are prevalent across the tree of life (Boyle et al., 2013; Franz et al., 2008). Furthermore, in addition to the roughly 18,000 new species discovered each year, the taxonomy of the > 2 million species currently described (Mora et al., 2011) is in a state of constant flux, as old species definitions are re-examined and relationships are updated to reflect new insights. Finally, no single, universally agreed-upon taxonomy exists for the tree of life. Therefore, biodiversity databases have implemented different strategies (here termed taxonomic systems) to handle this taxonomic churn..."

De esta forma al integrar multiples BDB se pueden utilizar herramientas como OpenRefine para normalizar la información taxonómica:

Imagen tomada de: https://docs.gbif.org/openrefine-guide/3.0/es/guia-para-la-limpieza-de-datos-sobre-biodiversidad-con-openrefine.es.pdf

A partir de esta figura les presento la metodología utilizada para procesar cuatro BDB y poder identificar areas de endemismo en Ecuador:

Haciendo actividades divertidas para estudiar Biogeografía: "Mundo de Hielo y Fuego" de G.R.R. Martin

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Fri, 28 Jan 2022 20:35:00 +0000

Hola a todos!

Tenia tiempo sin publicar una entrada.

Hace unos días recibí la notica sobre la publicación de un reciente artículo:

Liria, J. (2022). Desde el imaginario del “Mundo de Hielo y Fuego” de G. R. R. Martin a las áreas de endemismo: Una propuesta didáctica. Revista de Educación en Biología, 25(1), 34–44. Recuperado a partir de https://revistas.unc.edu.ar/index.php/revistaadbia/article/view/32932

En esta publicación desarrollé una propuesta didáctica en donde se utilizan animales del Mundo de Hielo y Fuego, para identificar áreas de endemismo.

Esta propuesta ha sido bien recibida como parte del "Nuevo Manual de prácticas de Biogeografía" de la Universidad Nacional Autónoma de México. Aprovecho la oportunidad de agradecer a la PhD. Tania Escalante por su invitación a participar en el manual.

Uno de los aspectos que tenia pendiente, era crear mapas rasters del Mundo de Hielo y Fuego. Si bien existen varios mapas disponibles en internet, queria tener mapas propios.

Buscando en internet estos días, conseguí esta increible aplicación Azgaar'd Fantasy Map Generator.

Acá les coloco un pequeño video con el mapa creado en Azgaar'd:

Actualizado: El mapa se ha mejorado bastante, y más abajo les muestro como se ven superponiendo la distribución de los animales del Mundo de Hielo y Fuego.

Luego exporté imágenes (jpeg) de los mapas relieve, biomas y textura, y los georreferencié en QGIS para crear mapas que incluyeran los animales usados para identificar áreas de endemismo.

Comparto con Ustedes tres mapas (actualizados*):

Mapa de biomas con distribución de animales.

Mapa de relieve con distribución de animales.

Mapa de textura (detalle Essos) con distribución de animales.

(*) Los mapas raster de Azgaar'd y georreferenciarse con QGIS son bastante grandes (más de 100MB c/u); esto complica que los aloje en mi blog. Sin embargo, si alguna persona los desea me puede escribir al correo (jonathan.liria gmail.com) indicando brevemente la finalidad de su uso y porque creen que este tipo de recurso didáctico puede fomentar el aprendizaje de la Biogeografía.

De igual forma las personas que desen realizar la práctica les recuerdo que en la publicación de la Revista de Educación en Biología tienen el enlace para descargar los shapefiles y datos de los animales del Mundo de Hielo y Fuego.

Libro: Princípios de Sistemática Zoológica - UFMG

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Thu, 03 Sep 2020 20:52:00 +0000

El otro día en ResearchGate vi esta noticia que me pareció genial.

Como resultado de un curso de verano en la Universidad Federal de Minas Gerais, se desarrolló esta guía de sistemática zoológica:

Y estos son los contenidos generales:

1. Evolução e Processos evolutivos

2. Introdução à Sistemática Filogenética e Análise de Dados Morfológicos .

3. Filogenética Molecular

4. Taxonomia, Classificação e Nomenclatura

5. Métodos Comparativos Filogenéticos

6. Aplicabilidade da Sistemática Molecular

7. Chaves Taxonômicas

8. Métodos de coleta de material biológico, desenho experimental e vieses de amostragem

9. Coleções Biológicas Científicas

Acá les dejo la página del curso, y les coloco el enlace para que lo descarguen:

Princípios de Sistemática Zoológica

Tutorial: Quiero hacer un análisis de endemismo con VNDM y no tengo idea como empezar...

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Mon, 10 Aug 2020 01:15:00 +0000

Szumik et al. (2002) propone el análisis de endemismo (AE); el procedimiento consiste en evaluar la concordancia en la distribución de las especies de un área predefinida (o un conjunto de celdas). El método permite evaluar distintos tamaños de celda, esto permite describir el efecto causado por esta variable (escala espacial) en la identificación de áreas de endemismo; también es posible asignar presencias asumidas. Uno de los aspectos más relevantes es el cálculo del índice de endemicidad del área, este es igual a la suma de los IE de las especies endémicas del área propuesta, de manera que cuanto más especies endémicas presente un área, y cuanto mayor sea su grado de endemicidad, el grupo de celdas estará mejor apoyado como “área de endemismo” (Szumik & Goloboff, 2004). También puede calcularse áreas de consenso, análogamente a los consensos de árboles en filogenia, resumen la información común contenida en aquellas áreas individuales que comparten un porcentaje dado de especies endémicas, facilitando en gran medida la comparación y evaluación de los resultados (Szumik et al., 2006).

Referencias

Goloboff P. 2005. NDM/VNDM Ver. 2.5. Programs for identification of areas of endemism. Disponible
en: http://www.lillo.org.ar/phylogeny/endemism/

Szumik C, Cuezzo F, Goloboff P, Chalup A. 2002. An optimality criterion to determine areas of
endemism. Syst. Biol. 51: 806-816.

Szumik C, Goloboff P. 2004. Areas de endemism. An improved optimality criterion. Syst. Biol. 53:
968-977.

Szumik C, Casagranda MD, Roig-Juñent S. 2006. Manual de NDM/VNDM: Programas para la
identificación de áreas de endemismo. Instituto Argentino de Estudios Filogenéticos, Año V, Vol.
3. Argentina. Disponible en: http://www.lillo.org.ar/phylogeny/endemism/Manual_VNDM.pdf

Entonces para hacer un análisis de endemismo en VNDM, necesitas:

1) Definir el área de estudio. Por ejemplo: México.

Descargue acá la cartografía base, así como el mapa de Provincias biogeográficas de México.

2) Definir el o los grupos taxonómicos de trabajo: Ejemplo: Géneros de plantas.

Descargue acá el archivo de géneros de plantas y coordenadas geográficas. Este fue obtenido en la página del Natural History Museum - London.

3) Utilizar los siguientes programas.

QGIS (https://www.qgis.org/es/site/)

VNDM (http://www.lillo.org.ar/phylogeny/endemism/)

DIVA-GIS (https://www.diva-gis.org/download)

OpenCalc (https://www.openoffice.org/es/descargar/)

Pasos para realizar el análisis de endemismo en VNDM.

1. Cargue los shapefiles (México y provincias biogeográficas) y el archivo CSV (Datos_generos_plantas.csv) como capas en QGIS:

2. Utilice el programa OpenCalc para ver el archivo CSV:

3. Puede emplear el bloc de notas de MS-Windows, para preparar el archivo que será utilizado en VNDM:

4. Vaya a la página de la aplicación web GeX en http://gex.mfuhlendorf.com/index.php:

Referencia:

GeX: an automated tool for generating XYD files for analysis of endemicity using VNDM was published in Cladistics in March 2018. It is open-access and goes into greater detail on the use of this software: https://doi.org/10.1111/cla.12236.

5. Realice en VNDM un análisis de endemismo a partir de cuadrículas de 2° x 2° (puede verificar el manual del programa para las distintas opciones):

6. Finalmente, utilice DIVA-GIS para exportar los resultados de VNDM; En este caso, áreas consensos, y colocar capas o shapefiles en QGIS:

Referencia:

DIVA-GIS. 2012. User Manual, version 7.5 [en línea]. Disponible en: https://www.diva-gis.org/docs/DIVA-GIS_manual_7.pdf

Tengo muchos datos de biodiversidad y no se como procesar y limpiar toda esta información

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Wed, 05 Aug 2020 22:11:00 +0000

La cantidad de información (registros) disponibles en Biodiversidad se ha incrementado en las últmas decadas, y la proyección es que seguirá aumentando:

Figura tomada de:

Soberón, J. & Peterson, A. (2009). Monitoring Biodiversity Loss with Primary Species-occurrence Data: Toward National-level Indicators for the 2010 Target of the Convention on Biological Diversity. Ambio. 38. 29-34. 10.1579/0044-7447-38.1.29.

Repositorios como GBIF, NHM, SpeciesLink, entre otros, nos permiten tener acceso a millones de datos de Biodiversidad. Sólo el GBIF posee 1.582.205.031 registros biológicos (agosto 2020):

Existen mchos progrmas que nos permiten lidiar y manipular tal magnitud de datos, sin embargo, uno de lo más interesantes que he utilizado es OpenRefine:

Por suerte hay varios tutoriales y guías con algunas funcionalidades de OpenRefine para datos de Biodiversidad. Acá les coloco un video, y las guías desarrolladas por el Sistema de información en Biodiversidad - Colombia (SiB-Colombia) y el propio GBIF.

Funciones básicas de OpenRefine para limpieza de datos de biodiversidad.

OpenRefine - Guía básica, Limpieza de datos sobre biodiversidad.

Tomado de:

SiB Colombia (2019). OpenRefine - Guía básica, Limpieza de datos sobre biodiversidad.Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia, Bogotá D.C., Colombia, 22 pp

Esta es la guía desarrollada por el GBIF:

Guía de Uso Básico de OpenRefine para la limpieza de datos sobre biodiversidad.

Tutorial: Quiero hacer un PAE y no tengo idea como empezar...

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Fri, 31 Jul 2020 21:09:00 +0000

Existen varios métodos para proponer áreas de endemismo, uno de los más utilizados es el análisis de simplicidad de endemismos o PAE (Parsimony Analysis of Endemicity). Esta es una herramienta que permite descubrir los patrones naturales de distribución de los organismos (Rosen & Smith, 1988). El PAE clasifica localidades, cuadriculas o áreas de acuerdo a sus taxa compartidos mediante la solución más simple. El método contempla el uso de un programa de parsimonia (Ej: Nona, TNT, etc.) para encontrar esta solución. Morrone (1994) propuso una variante del método, denominado PAE basado en cuadrículas, el cual comprende las siguientes etapas: 1) Construir una cuadricula a partir del área de estudio (matriz de datos), 2) se analiza la matriz aplicando un algoritmo de simplicidad, 3) los grupos que formen un clado soportado por la presencia de más de un taxón, se considerará como área de endemismo, y 4) las cuadriculas seleccionadas (clados) se dibujan en el mapa, delineando los limites en función de las distribuciones de los taxa.

Referencias

Morrone JJ. 1994. On the identification of areas of endemism. Syst. Biol. 43: 438–441.

Rosen BR, Smith AB. 1988. Tectonics from fossils? Analysis of reef-coral and sea-urchin distributions from late Cretaceous to Recent, using a new method. Gondwana and Tethys Geological Society Special Publication No. 37(ed. By G. Audley-Charles & A. Hallam), pp. 275–306. Oxford University Press, Oxford.

Entonces para hacer un PAE, necesitas:

1) Definir el área de estudio. Por ejemplo: México.

Descargue acá la cartografía base, así como el mapa de Provincias biogeográficas de México.

2) Definir el o los grupos taxonómicos de trabajo: Ejemplo: Géneros de plantas.

Descargue acá el archivo de géneros de plantas y coordenadas geográficas. Este fue obtenido en la página del Natural History Museum - London.

3) Utilizar los siguientes programas.

QGIS (https://www.qgis.org/es/site/)

PAST software (Descarga acá)

TNT (http://www.lillo.org.ar/phylogeny/tnt/)

WinClada (Descarga acá)

MS-Excel

Entonces teniendo esto podemos preparar nuestros datos para hacer el PAE.

Cargue los shapefiles (México y provincias biogeográficas) y el archivo CSV (Datos_generos_plantas.csv) como capas en QGIS:

Realicemos una unión de atributos por localización; para ello vaya al menú vectorial y luego a herramientas de gestión de datos, y finalmente a la opción “Join atributes by location”. Luego elija las capas de entrada, y de unión. Seleccione ejecutar; el resultado puede verse como una nueva capa creada:

Exporte la capa recién creada como CSV, y guárdela en una carpeta de su preferencia. Asegúrese que cada campo este separado por punto y coma, esto permitirá que su lectura en MS-Excel sea más rápida.
Abra el archivo en MS-EXCEL; deberá mostrarse algo similar a la siguiente ventana.

Realice una tabla de referencias cruzadas con las siguientes características: Campos de fila “species” y campos de columna “Province”.

Copie estos datos en una nueva hoja, agregue una columna de nombre RAIZ, y coloque “0” o ceros donde hay celdas vacías. Luego abra el programa PAST, y copie los datos de las especies y provincias de la tabla de referencias cruzadas. No copie los totales. En PAST, ahora vaya al menú “transform” y a la opción “Abundance to presence/ausence”; Observe que la tabla solo contiene 0 y 1 (ceros y unos).
Finalmente vaya al menú “Edit” y luego a la opción “transpose”.

Ahora ya podemos realizar el PAE con el prgrama TNT:

Y ver las sinapomorfías, en este caso, del consenso estricto:

Finalmente, si lo desean pueden usar WinClada para ver el mismo árbol con las sinapomorfías:

Reunión de Sistemática, Biogeografía y Evolución (updated)

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Tue, 16 Jun 2020 12:40:00 +0000

En estos tiempos de aislamiento social y restricciones de movilidad, producto de la pandemia por COVID19 (acá una aplicación web sobre el estatus de la pandemia), muchos de nosotros esperamos encontrarnos con eventos de este tipo.

Se trata de la I Reunión de Sistemática, Biogeografía y Evolución, la cual pretende llegar a las personas con restricciones económicas para asistir a reuniones científicas con intereses en tópicos de la biología evolutiva.

La inscripción es muy sencilla...ingresa acá

El evento tendrá lugar los días 28, 29 y 30 de julio a través de sesiones de Zoom. El idioma de las charlas es elegible por los hablantes (del inglés, español o portugués). Pero las diapositivas / presentaciones y multimedia deben estar en inglés.

El evento se divide en seis simposios que cubren una amplia variedad de disciplinas. Cada simposio tendrá un orador principal y cuatro charlas.

Gracias totales... J. Grosso, A. Adruchow-Colombo, J. S Arias, A. Torres, y demás organizadores.

Actualización al 30-7-2020:

Así quedaron las ponencias y sesiones de posters:

Y acá la foto de parte del grupo que asistimos,... pero les digo,...había más de 1000 participantes:

XIII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB) - Resúmenes

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Sat, 01 Dec 2018 20:59:00 +0000

Hola a tod@s

Les traigo información reciente relacionada con la XIII-RACB.

Acá tienen las direcciones donde podrán ver todo lo relacionado a la presentación (formato) y envió de resúmenes:

Fecha límite envío de resúmenes: 22 de Febrero 2019.

Para revisar el formato de los resúmenes ir al siguiente enlace: Formato de resúmenes

Para enviar un resumen ir al siguiente enlace: Envío de resúmenes online

Finalmente les dejo el vínculo de la 2da circular

XIII Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB)

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Sun, 02 Sep 2018 22:01:00 +0000

Estimad@s amigos

Esperamos mucho tiempo, pero ya tenemos fecha de la próxima Reunión Argentina de Cladística y Biogeografía (RACB)!

El evento se desarrollará en la ciudad de San Miguel de Tucumán del 8 al 10 de abril del 2019. La XIII RACB es auspiciada por la Unidad Ejecutora Lillo - CONICET, Fundación Miguel Lillo:

Preparen sus ponencias! Nos vemos en Tucumán...

Acá les comparto el pdf con la primera circular.

Taller intensivo Morfometría Geométrica 2018

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Sat, 07 Jul 2018 18:19:00 +0000

Hola a tod@s

A continuación se remiten fotografías del Taller Morfometría Geométrica dictado del 2 al 6 de julio en la Facultad de Cs. Biológicas de la Universidad Central del Ecuador (UCE). Esta capacitación se realizó en el marco del V Ciclo de Conferencias en Investigación Biológica (ver entrada pasada con la información).

Entre los cursantes tuvimos estudiantes de Biología UCE (6to, 7mo, 8vo y 9no semestres), así como estudiantes y egresados de otras instituciones: Universidad de Azuay, Universidad de las Américas, y Universidad San Francisco de Quito.

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Fri, 08 Jun 2018 02:28:00 +0000

El V Ciclo de Conferencias en Investigación Biológica de la Facultad de Ciencias Biológicas – Universidad Central del Ecuador, tiene el agrado de invitar al:

Taller PRINCIPIOS EN MORFOMETRÍA GEOMÉTRICA:

El taller es teórico-prácticos y se dictará en las tardes de los 5 días del Ciclo de Conferencias; en aulas y laboratorios adecuados.

A cada persona que participe tanto en las charlas como en alguno de los talleres, se le otorgará un certificado de capacitación o aprobación (depende del taller) de 40 horas.

Los costos para la inscripción (antes del 30 de junio) son:
          GRATIS para estudiantes UCE
          20$ para estudiantes externos y graduados Biología UCE
          30$ para profesionales

Para quienes paguen después del 30 de junio:
         GRATIS para estudiantes UCE
         25$ para estudiantes externos y graduados Biología UCE
         40$ para profesionales

El precio incluye la participación en uno de los talleres y el certificado.

Curso de postgrado “Biogeografía Histórica Cuantitativa: un enfoque crítico”

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Thu, 01 Mar 2018 21:41:00 +0000

Les remito la información:

Para más detalles, dirigirse a la página del curso en la Unidad Ejecutora Lillo

Docentes: Lone Aagesen (IBODA), Salvador Arias y Claudia Szumik (UE Lillo). Ayudante de campo: Alejandra Molina (UE Lillo).

Contenido: Este curso también difundido con el título: “Biogeografía de la A a la V” analizará criticamente conceptos, teorías y metodologías cuantitativas de dos grandes núcleos biogeográficos: las áreas de endemismo y la biogeografía filogenética. Incluirá generalidades y detalles de la cladística filogenética, visitaremos las diferentes instancias del manejo del espacio en el contexto de la biogeografía, revisaremos 40 años de biogeografía filogenética (historia de la tierra e historia del taxón), y es claro hablaremos sobre las áreas de endemismo consideradas como las unidades de estudio en BH. Las clases incluyen teóricos, ejercicios a realizar con computadora y una buena discusión. Aquellos con datos propios podrán traerlos para analizar durante la cursada. Este curso contará también con la sección terapia de proyecto. Así también ¡caminata biogeográfica!

Destinatarios: Tesistas e investigadores en Biología y carreras afines interesados en biogeografía y análisis filogenético.

Carga horaria: 50 hs. aprobado por el postgrado de la Facultad de Cs. Naturales (UNT).

Fecha: 25 al 29 de Abril. Tomar en cuenta que salimos para Villa Batiruana el 24 a la tarde.

Costo del curso: estamos intentanto que el costo sea el mismo que el curso de filogenia dictado en Nov. del 2017 (5mil). Esto incluye traslado a la Villa desde el Lillo (ida y vuelta), hospedaje, alimentación (las 4 comidas plus coffer breaks) este último ítem cuenta con mejoras notables en el servicio. 🙂

Fecha limite de preinscripción: 15 de Marzo de 2018.

Si decidís aplicar a la preinscripción, necesitamos que envíes a Claudia Szumik (szu.claudia@gmail.com) la siguiente info:

1- una carta de intención (por qué te sería útil este curso)
2- tus datos académicos generales (institución donde trabajas, director de tesis, tema de trabajo)

Curso de Posgrado en análisis Filogenético 2017 - Argentina

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Wed, 13 Sep 2017 03:21:00 +0000

Del 20 al 24 de noviembre del 2017 se estará realizando:

Taller intensivo de Cladística - Universidad Central del Ecuador 2017

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Sat, 01 Jul 2017 13:46:00 +0000

La semana del 26 al 30 de julio, tuve la oportunidad de dictar junto al PhD. Juan Carlos Navarro (Docente-Investigador de UISEK), el taller de Cladística en la Universdiad Central del Ecuador (UCE). Este taller teórico-práctico fue organizado por la Docente-Investigadora de la UCE PhD. Ana Soto-Vivas y auspiciado por la Jornada científica IV Ciclo de Conferencias en Investigación Biológica. La Jornada tuvo el propósito de incentivar la divulgación de la producción científica nacional e internacional en las diferentes disciplinas de la Biología y áreas afines. El evento tuvo como eje central el tema EVOLUCIÓN e incluyó tres días de conferencias. Contó con charlas magistrales, exposiciones de trabajos libres, concurso de fotografía y diversos talleres.

El taller de Cladística tuvo una participación de 20 personas: 16 estudiantes de 3ero, 7mo y 8vo semestre de la Carrera Ciencias Biológicas, dos egresados de la UCE, y dos profesionales de otras instituciones.

Les coloco el contenido del curso:

1. Bases teóricas de la Cladística.

2. Codificación y polaridad de caracteres.

3. Construcción de árboles.

4. Estimadores y estadísticos en árboles.

5. Morfofilogenias (Morfometría geométrica y cladística).

6. Cladística, ADN y métodos alternativos.

7. Aplicaciones de la Cladística.

Actividades prácticas:

1. Construcción de árboles por argumentación de Hennig.

2. Elaboración de matrices con Mesquite

3. Manejo de programas de inferencia filogenética: Uso de TNT

La guía N°3:

Práctica n3 Cladística UCE de Universidad Regional Amazónica IKIAM / Universidad de Carabobo

...y las fotos del curso:

I Congreso Latinoamericano de Biogeografía

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Sun, 02 Apr 2017 18:11:00 +0000

La Universidad Regional Amazónica IKIAM será la anfitriona del I Congreso Latinoamaricano de Biogeografía. Este evento se realizará del 19-24 noviembre de 2017 en el Campus de IKIAM, 7 Km vía Muyuna, Napo - Ecuador.

Más información en la página oficial: I Congreso Latinoamaricano de Biogeografía

Correo eletrónico: congreso.biogeografia@ikiam.edu.ec

Charla sobre Biogeografía histórica de patógenos y hospedadores

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Fri, 09 Dec 2016 21:25:00 +0000

Esta charla abordará un análisis de endemismo realizado con base en registros de patógenos (Arbovirus, tremátodos, nematodos, etc) y hospedadores (incluyendo vectores) de Venezuela.

Gráfica de descargas para mapas base utilizables en NDM

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Tue, 28 Jun 2016 16:56:00 +0000

Acá les coloco una gráfica que muestra las descargas de mapas base para utilizarlos en el programa NDM; estas descargas se han venido realizando desde 2011 cuando inicié con los primeros mapas.

Recordando un poco, en la primera entrada de mi blog sobre mapas base para NDM:

Les remito la informacion que aparece en el manual de NDM (Szumik et al. 2006: 9)

"En este tipo de matrices VNDM permite poner de fondo los límites de un mapa. Esto se logra incluyendo al final del archivo:

map

line

66.217 21.767

66.183 21.783

66.167 21.800

66.117 21.817

66.067 21.833

66.050 21.850

66.050 21.867

66.050 21.883

Cada línea (máximo 300 líneas) del mapa puede tener hasta 5000 referencias planas. Nótese que si se termina de definir la península de Yucatán y se pasa a la costa occidental de México debe definirse una nueva línea, sino ese salto aparecerá dibujado también en el mapa. También es posible editar las líneas en modo gráfico y salvar posteriormente las coordenadas resultantes".

Y si quieren leer un artículo más reciente sobre áreas de Endemismo, les recomiendo:

Areas of Endemism: Methodological and Applied Biogeographic Contributions from South America

Me gustaría tener un "feedback" sobre los mapas que descargan, así que por favor coloquen algun comentario en la página.

Finalmente para los interesados en descargar los mapas para NDM, les coloco esta imagen interactiva con los vínculos de descargas:

Charla sobre cuantificación del fenotipo mediante morfometría geométrica

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Wed, 11 May 2016 02:59:00 +0000

Acá les muestro la charla que tuve en la Universidad Regional Amazónica IKIAM:

Los humanos en su afán de organizar y clasificar la diversidad biológica, han venido tratando de utilizar formas eficientes para describir la diversidad fenotípica de los organismos. La morfometría geométrica se presenta como una herramienta que cuantifica estas variaciones en dos componentes: conformación y tamaño. En esta charla se mostrarán algunas aplicaciones de la morfometría en distintos grupos de animales.