Cladística y Biogeografía

Curso programas de computación para Biogeografía (NDM y VIP)

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Wed, 20 Mar 2013 12:00:00 +0000

CURSO DE POSTGRADO TEÓRICO - PRÁCTICO INTRODUCTORIO

"PROGRAMAS DE COMPUTACIÓN PARA BIOGEOGRAFÍA: FUNDAMENTOS Y APLICACIONES"

DOCENTES RESPONSABLES:

Dra. M. Dolores CASAGRANDA (Inst. Herpetología-FML - Postdoc Carnegie Museum)

Dra. Claudia A. SZUMIK (INSUE; Fac. Cs. Naturales e IML - Inv. Indep. CONICET)

Coordinador: Dr. Diego BALDO. Laboratorio de Genética Evolutiva, Instituto de Biología Subtropical (CONICET-UNaM).

Objetivos del curso:

Brindar a los alumnos fundamentos teóricos y metodológicos de ayuden a abordar algunas preguntas y problemas de la biogeografía histórica; específicamente en el análisis de áreas de endemismo y eventos de vicarianza. Se propone dar a los alumnos herramientas básicas necesarias para desarrollar estudios biogeográficos básicos. De manera que los objetivos de este curso no son sólo mostrar los fundamentos teóricos sino también su aplicación práctica mediante el uso de programas de computación específicamente desarrollados para estos estudios.

Contenidos:

Tema 1. AREAS DE ENDEMISMO. Generalidades. Propuestas formales y no tan formales para la identificación de áreas de endemismo. Areas de endemismo y regionalizaciones biogeográficas Importancia de los métodos cuantitativos y su relación con lo que se pretende evaluar. Introducción a los programas NDM/VNDM parte I.

Tema 2. AREAS DE ENDEMISMO. Criterio de optimalidad en el análisis de endemicidad. Propuestas de renombrar el concepto de a.e. Necesidad de modelo nulo?. Introducción a los programas NDM/VNDM parte II.

Tema 3. EVENTOS DE VICARIANZA. Distinción entre estudios sobre historia de la tierra e historia de los taxones. Críticas y propuestas de Hovenkamp sobre la Biogeografía Histórica. Importancia del componente espacial. Criterio de optimalidad para la identificación de potenciales barreras. Introducción al programa VIP.

Información:

Secretaría del Doctorado en Ciencias Aplicada, Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales.

Calle Félix de Azara 1552 – 1º Piso (3300) Posadas – MisionesTE: 0376-422186 Int. 125 (Martes a Viernes de 16:00 a 18:00 hs.) Email: doctoradoaplicadas@fceqyn.unam.edu.ar/@gmail.com

Creado Grupo Google de discusión Biogeografía

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Wed, 20 Mar 2013 12:00:00 +0000

Recientemente fue creado un grupo de discusión llamado:

GRUPO LATINOAMERICANO Y CARIBEÑO DE BIOGEOGRAFÍA

El “Grupo Latinoamericano y Caribeño de Biogeografía” pretende promover el desarrollo y consolidación de una comunidad biogeográfica diversa. Está abierto a la participación de biogeógrafos, ya sean profesores, investigadores, estudiante o aficionados.

https://groups.google.com/d/forum/biogeo-la

Te invitamos a participar, pero antes las reglas para realizar los comentarios:

Normas de uso:

Nombres de usuarios:

es requisito identificarse con el nombre real.

Eliminación de mensajes:
serán eliminados los mensajes fuera de tema (off-topic), anuncios (spam), cadenas.

Normas de estilo

a. No utilizar mayúsculas en el título ni abusar de ellas en el contenido. En internet equivale a gritar y es muy desagradable.

b. El idioma a usar es el español o el portugués. Evitar el lenguaje soez y los localismos.

c. Escribir de la manera más correcta posible.

Normas de contenido

a. No incluir contenidos ilegales, tales como piratería o prácticas de dudosa ética o legalidad.

b. No se permite contenido racista, xenófobo, homófobo o sexista, así como insultos a otros usuarios o moderadores.

c. La crítica constructiva siempre es bienvenida, no así la destructiva.

d. No está permitida la publicidad o promoción directa de productos o servicios. A menos que esté totalmente justificada.

e. No se permitirán contenidos que se desvíen de la temática general del foro ni aquellos que carezcan de la debida seriedad.

Fuentes de contenidos

Si se va a publicar contenido de otras personas, siempre hay que citar la fuente original. Utilizar siempre las comillas en citas textuales.

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serão eliminadas as mensagens fora do tema (off-topic), anúncios (spam), correntes.

Normas de estilo

a. Não utilizar maiúsculas no título nem abusar delas no conteúdo. Na internet equivale a gritar e é muito desagradável.

b. Usar o espanhol ou o português. Evitar o "portunhol".

c. Escrever corretamente.

Normas de conteúdo

a. Não é permitido incluir conteúdos ilegais, tais como pirataria ou práticas de duvidosa ética ou legalidade.

b. Não é permitido conteúdo racista, xenófobo, homófobo ou sexista, assim como insultos a outros usuários ou moderadores.

c. A crítica construtiva sempre é bem-vinda.

d. Não é permitido a propaganda ou promoção direta de produtos ou serviços, a menos que totalmente justificado.

e. Não é permitido conteúdos que se desviem da temática geral do fórum nem aquelas que careçam da devida seriedade.

Fontes de conteúdos

Se publicar conteúdo de outras pessoas, sempre citar a fonte original. Sempre utilizar as aspas em citação textual.

Curso Introducción a la teoría y práctica de la metodología cladística

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Wed, 13 Mar 2013 11:26:00 +0000

Esta información fue colocada en el Grupo Clado de Yahoo:

Los invitamos a participar del Curso Introducción a la teoría y práctica de la metodología cladística, organizado por el PROBIOL (Programa de Posgrado en Biología), Mendoza.

El evento tendrá lugar los días 13 al 17 de Mayo del 2013 en el CCT-CONICET Mendoza.

Este curso está destinado a estudiantes avanzados de carreras de Ciencias Naturales y estudiantes de doctorado que planean utilizar la metodología Cladística en sus proyectos de tesis.

Aquí tienen el PDF de el curso.

Para mayor información contactar a PROBIOL: Informes e inscripción para los cursos: María Eugenia Pozzatto (probiol@fca.uncu.edu.ar; 0261-413-5000, int. 1123).

Taller: Uso de filogenias en macroevolución

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Sat, 16 Feb 2013 14:50:00 +0000

Aquí les dejo la información de un curso ofrecido por Transmitting Science:

THE USE OF PHYLOGENIES IN THE STUDY OF MACROEVOLUTION

Evolution leaves its footprint in fossil and living taxa. This signal on the processes of origination of new organisms from ancestral lineages and their extinction can be recovered and depicted in phylogenetic trees. New phylogenetic methods would allow us to draw on the information encapsulated in phylogenetic trees in order to address a wide range of questions on macroevolution. First, this workshop will introduce attendees to the use, modification and representation of phylogenetic trees. Then, we will focus on the use of phylogenetic information to reconstruct ancestral characters and biogeographic histories, learning how to apply phylogenetic comparative methods. The workshop will also tackle the study of the shape of phylogenetic trees and how to estimate the rates of diversification throughout the evolutionary history of groups. Finally, we will learn how to test the phylogenetic signal of a trait of interest. Participants are encouraged to bring their data sets to use in the practical class.

Instructor:

Dr. Juan López-Cantalapiedra
(Museo Nacional de Ciencias Naturales - CSIC, Spain).

Workshop requirements: Graduate or Postgraduate in Biology (including paleontologists no matter the degree), basic knowledge in Statistics, R and personal computers. In case you are not familiar with the R project, an introductory course on R will be offered the week before this workshop: INTRODUCTION TO R - Second Edition. People attending the workshop THE USE OF PHYLOGENIES IN THE STUDY OF MACROEVOLUTION and the course INTRODUCTION TO R - Second Edition will have a 20% off on the last one (see "Fees" section below). Participants should bring their personal laptop (Windows, Mac, Linux) with this software installed:

- Mesquite (free): http://mesquiteproject.org/mesquite/mesquite.html
- R (free): http://www.r-project.org
- Python Essentials for running Lagrange (free): http://www.enthought.com/products/epd_free.php
- FigTree, Tracer and TreeEdit (only Mac) (free): http://tree.bio.ed.ac.uk/software

Revisión: Filogeografía en Suramérica

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Tue, 22 Jan 2013 13:31:00 +0000

Un colega me envió este artículo,

Me parece interesante y deseo compartirlo con Ustedes:

Filogeografia en Suramerica from jliria

Curso Técticas moleculares en sistemática

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Thu, 17 Jan 2013 14:57:00 +0000

La Universidad Nacional de Córdoba - ARGENTINA invita:

CURSO DE POST-GRADO

USO DE TECNICAS MOLECULARES EN SISTEMATICA Y GENÉTICA DE POBLACIONES

Unidad Académica Organizadora: Cátedra de Genética de Poblaciones y Evolución y Doctorado en Ciencias Biológicas. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales, Universidad Nacional de Córdoba (Res. 951-T-2012).

Modalidad: Teórico-práctico

Duración: 45 hs. (40 presenciales, 5 no-presenciales).

Fecha de realización: 11 al 15 de marzo de 2013.

Lugar: Facultad de Ciencias Exactas, Av. Vélez Sarsfield 299. Córdoba.

Destinatarios: alumnos del doctorado en Ciencias Biológicas, egresados de la carrera de Biología y carreras afines (Cs. Agropecuarias, Lic. en Genética, etc.)

Responsable académico y administrador de los fondos: C. N. Gardenal

Cupo: 12 alumnos. En lo posible, traer notebook para llevar a cabo la parte de uso de programas de análisis de datos.

Arancel: $ 700. Alumnos inscriptos en el Doctorado en Ciencias Biológicas de la Universidad Nacional de Córdoba, $ 560.

Docentes participantes: Dres. C. Noemí Gardenal, Marina Chiappero, Beatriz García, Raúl González Ittig, Paula Rivera y Alicia R. Pérez.

OBJETIVOS

1. Conocer los principios, aplicaciones y limitaciones de las técnicas moleculares en Sistemática y en Genética de Poblaciones.

2. Conocer criterios que permitan seleccionar los marcadores más adecuados para resolver problemas taxonómicos a diferentes niveles (intra e inter-específico, a nivel de género y taxones superiores).

3. Recibir entrenamiento en la utilización de nuevas herramientas para el análisis de la biodiversidad, teniendo en cuenta la historia evolutiva de poblaciones y de especies.

4. Comprender el uso de diferentes programas de computación corrientemente utilizados para el análisis de datos.

PROGRAMA

1. Toma y conservación de muestras para la aplicación de diferentes técnicas. Manejo del laboratorio de Biología Molecular. Preparación y esterilizado de material. Práctica de pipeteo con micropipetas automáticas.

2. Fundamento de los métodos de extracción de ADN. Aislamiento de ADN de tejidos animales y vegetales.

3. Conceptos teóricos sobre la amplificación de segmentos de ADN mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR).

4. Amplificación por PCR utilizando cebadores específicos: a) amplificación del gen citocromo b del ADN mitocondrial de especies del género Oligoryzomys (Rodentia: Sigmodontinae); b) amplificación de loci microsatélites (genoma nuclear) de especies de Calomys (Rodentia: Sigmodontinae).

5. Conceptos teóricos sobre la amplificación por PCR utilizando cebadores arbitrarios: ISSR y AFLP. Amplificación de fragmentos ISSR en Myrcianthes cisplatensis (mato).

6. Polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción (RFLP): conceptos teóricos y análisis de geles. Digestión del gen cit b de varias especies de roedores sigmodontinos con enzimas de restricción.

7. Secuenciamiento. Alineación de secuencias.

8. Métodos de análisis. Tratamiento de los distintos tipos de datos. Construcción de matrices. Uso de programas como PAUP, Mr Bayes, jModeltest, Arlequin, Genalex y Structure.

BIBLIOGRAFIA BASICA

Avise J C. 2004. Molecular markers, Natural History and Evolution. Chapman & Hall, New York.
De Salle, R., Giribert, G. y Wheeler, W. 2002. Techniques in Molecular Systematics and Evolution. Birkhäuser, Basilea.
Hillis D M, C. Moritz, B K Mable. 1996. Molecular Systematics. Sinauer Ass., Inc. Sunderland, Massachusetts.
Freeland, J R. 2011, S D Petersen y H Kirk. 2011. Molecular Ecology. Wiley-Blackwell.
Wiley E. O. y B S Lieberman. 2011. Phylogenetics: Theory and Practice of Phylogenetic Systematics. Wiley-Blackwell.
Yang Z. 2006. Computational Molecular Evolution. Oxford Series in Ecology and Evolution, Oxford.
Hoelzel, A R. 1992. Molecular Genetic Analysis of Populations. A practical approach. IRL Press. Oxford.

Trabajos en publicaciones periódicas empleados para Seminarios durante el curso: se actualizan anualmente.

Evaluación final: escrita, a cargo de C.N. Gardenal, R. González Ittig y M. Chiappero.

Informes y pre-inscripciones:

vía e-mail entre el 1º de febrero hasta el 1º de marzo de 2013

marina.chiappero@gmail.com

Requisitos para la pre-inscripción:

- Curriculum Vitae de no más de 5 páginas,

- Carta de presentación explicando las motivaciones que lo llevan a realizar el curso.

Los alumnos que queden finalmente inscriptos recibirán la comunicación a más tardar el lunes 4 de marzo de 2012.

NDM ahora exporta a DIVA GIS

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Thu, 15 Nov 2012 12:11:00 +0000

En esta entrada les traigo buenas noticias: La última versión de NDM (noviembre 2012) puede exportar las áreas y especies endémicas a el programa DIVA-GIS. Luego estos archivos son fácilmente transformados (vía DIVA GIS) al formato shapefile. Anteriormente se requería el programa GLOBALMAPPER para pasar las áreas, desde el formato acf (Area Coordinate file) a el formato shp (shapefile).

Acá les dejo un pequeño tutorial de como realizar este procedimiento. Pero antes actualicen su versión de NDM y descarguen la última versión de DIVA GIS; en este paso-a-paso fue utilizado DIVA GIS ver. 7.5.

Muy bien, empecemos!

Lo primero es abrir un conjunto de datos, en este caso estos son los datos liecoy.xyd (datos en formato XYdata) para un grupo hipotético de organismos.

Fíjense que agregué el comando “ynegative” para invertir los datos; esto es opcional, pues lo importante es mostrar como pasar las áreas a formato shapefile.

Ejecutamos NDM y abrimos el archivo “liecoy.xyd”

Luego indicamos que deseamos crear una nueva matriz de datos (cuadriculas o grillas).

Realizamos una búsqueda de áreas endémicas con los parámetros deseados.

Seleccionamos una área, en este caso la primera de las siete encontradas. Y con el comando “v” podemos mirar las especies endémicas de esa área y la contribución de cada especie a el score o índice de endemicidad.

Seleccionamos la opción de el menú: File-->Save coordinates for GIS-->Save for DIVAGIS

Durante este proceso se generarán dos archivos: Uno conteniendo la información de las cuadriculas o grillas, y el segundo con las especies contenidas en estas.

Para que tengan una idea, les muestro la página de el manual de DIVA GIS donde aparece el formato de los archivos de texto (.TXT) para polígonos.

Ejecutamos DIVA GIS, y seleccionamos la opción de el menú: Data-->Text to Line or Polygon Shapefile. Luego elegimos el archivo de entrada (el que contiene la información de las áreas) y el nombre de el archivo de salida (shapefile).

Finalmente el archivo con las especies endémicas, lo importamos con la opción de el menú: Data-->Import Points to Shapefile-->From text file (.TXT). Luego elegimos el archivo de entrada (el que contiene la información de las esepcies) y el nombre de el archivo de salida (shapefile).

La última figura muestra todos los pasos pero con un conjunto de datos de Venezuela. En este caso es una matriz con la distribución de 1292 especies (Invertebrados y Vertebrados); este análisis fue mostrado en otra entrada.

Andrés Bello y Charles Darwin

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Wed, 07 Nov 2012 12:58:00 +0000

Buscando en distintas revistas de divulgación científica, encontré este artículo de CIENCIA AL DÍA, que me gustaria compartir con Ustedes (les coloco el resumen y link para que lo consulten directamente en la página):

Andrés Bello y la Visita de Charles Darwin a Chile

Por:

Juan Bacigalupo & David Yudilevich

(A la izquierda A. Bello, y a la derecha C. Darwin)

El insigne naturalista inglés Charles Darwin pasó una parte importante de su viaje alrededor del mundo (1831-1836) recorriendo tierras chilenas. Las experiencias recogidas y las extensas observaciones que efectuó durante esa etapa de su periplo a bordo del bergantín HMS Beagle fueron fundamentales para las ideas que posteriormente Darwin desarrollara acerca de la evolución de los seres vivos. En aquellos años quizás la personalidad más influyente en el ambiente intelectual chileno era el ilustre sabio venezolano Andrés Bello, radicado en Santiago unos años antes. Bello seguía muy atentamente los progresos científicos contemporáneos y en 1839 y 40 publicó en el periódico El Araucano extractos del libro en el que Darwin y Fitz-Roy relatan su reciente viaje. Bello se interesó en la descripción que hace Darwin de Tierra del Fuego y la Patagonia, refiriéndose a sus habitantes, flora, fauna y geología, y además de la del violento terremoto de Concepción de 1835, de cuyos efectos Darwin fue testigo. La repercusión de estos artículos en los círculos políticos e intelectuales y la percepción de su importancia por parte de Bello pudo haber influido en el subsecuente establecimiento de la primera base militar chilena en el Estrecho de Magallanes. Finalmente cavilamos sobre un posible encuentro de ambos hombres en Santiago. Ciencia al Día, 1998. 1(1):1-11.

Texto Completo

Dale un vistazo a la portada de el periódico EL ARAUCANO:

¿Sabes quien fue Andrés Bello?

Andrés Bello, el ilustre americano

Andrés Bello, nació en Caracas, el 29 de noviembre de 1781 y murió en Santiago de Chile, un 15 de octubre de 1865. Filósofo, poeta, traductor, filólogo, ensayista, educador - fue maestro del Libertador Simón Bolívar; político y jurista venezolano-chileno, es uno de los humanistas más importantes que alguna vez la tierra americana viera.

Vivió en Caracas hasta 1810, cuando Integró la primera misión diplomática del joven gobierno revolucionario de Caracas, en la que junto a Luis López Méndez y Simón Bolívar partiera hacia Londres con la finalidad de establecer contacto con el gobierno inglés para lograr su apoyo en la lucha independentista en contra del imperio de España. Desde ese entonces residiría en Londres hasta 1829 cuando viajó a Chile y fue contratado por el gobierno de ese hermano país suramericano. Andrés Bello desarrolló grandes obras en el campo del derecho y las humanidades, convirtiéndose en uno de los héroes de la patria chilena, cuya ciudadanía le fue otorgada en reconocimiento a su mérito humanístico en 1832. Andrés Bello fue un hombre de pensamiento revolucionario, que participó en el proceso de independencia de Venezuela, en la formación de la República de Chile con un aporte fundamental para el perfil jurídico y cultural de las repúblicas que nacían después de la derrota de España. Padre del Americanismo desarrolló una obra poética en la que exaltó la naturaleza y los elementos culturales de un “nuevo mundo” que emergía con características propias. Desempeñó cargos como senador y profesor; redactó del Código Civil, una de las obras jurídicas americanas más novedosas e influyentes de su época. Fundador y primer Rector de la Universidad de Chile. Autor de la Gramática del idioma castellano (Gramática de la lengua castellana destinada al uso de los americanos y los esclavos españoles), los Principios del derecho de gentes, la poesía Silva a la agricultura de la zona tórrida y el Resumen de la Historia de Venezuela.

Curso: Introducción a la Morfometría Geométrica - México

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Fri, 02 Nov 2012 14:19:00 +0000

En esta entrada les traigo información de el Curso (tomado de http://www.filogenetica.org/cursos/Morfometria/):

Presentación: Este curso esta dirigido a estudiantes de posgrado, pero tambien se invita a estudiantes de licenciatura, profesores e investigadores. El curso contendrá tanto elementos de teoría (justificaciones teóricas, y argumentos metodológicos) como prácticas en el uso de programas de computadora para análisis morfométricos, análisis de matrices de deformación y solución de problemas comunes.

Requisitos: El curso es para estudiantes de posgrado, pero también esta abierto a investigadores y profesores. Los interesados deberán estar familiarizados con los métodos morfométricos básicos y los métodos de la estadística multivariada, especialmente análisis de varianza, regresiones, componentes principales y análisis discriminantes.

Formato: El curso es intensivo, una semana, de Lunes a Viernes.

Objetivos: El curso provee instruccion teórica y experiencia práctica en los métodos para el registro de datos morfométricos (coordenadas de marcas) y el análisis estadístico de la variación de la forma y tamaño.

Organizador por:

Grupo de Investigación de Sistemática y Biogeografía

Centro de Investigaciones Biológicas,

Universidad Autónoma del Estado de Hidalgo
Pachuca, Hgo. México.

Contacto:
Dr. Julián Bueno-Villegas,
Lab. de Sistemática Animal,
CIB, UAEH
milpatas@gmail.com

Taller en Cladística Cuantitativa - España

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Fri, 12 Oct 2012 20:31:00 +0000

En esta entrada les traigo la información (PDF) sobre un Workshop en Cladística utilizando TnT:

Transmitting Science --->

QUANTITATIVE CLADISTICS AND USE OF TNT

June 3-7, 2013

The workshop will cover the basics of parsimony analysis and character optimization, tree-searches, diagnosing and summarizing results efficiently, and measuring group supports. The course will be informal, with extensive hands-on exercises which will help students get familiar with the main aspects of phylogenetic analysis using TNT. For each of the units in the workshop, there will be a lecture (one to two hours, depending on the topics), then switching to exercises illustrating the points just seen in the lecture. Switches between "lecture" and "hands-on" mode will be dynamic, depending on how students advance on the exercises. The workshop will make extensive use of TNT. There will also be a demonstration and some practice with GB->TNT, a program to create TNT matrices from GenBank data (in turn, GB->TNT requires installation of some alignment program, ideally Mafft or Muscle and possibly BioEdit to inspect alignments).

Configuraciones nodo-x-nodo

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Thu, 04 Oct 2012 23:54:00 +0000

Hola:

Acá les coloco una animación realizada con GIFAnimator.

Esta animación se realizó utilizando, uno de los dos árboles más parsimoniosos obtenidos con la matriz de Soto-Vivas et al. (2011)* en TNT. Luego se preparó una matriz de Puntos Anatómicos de Referencia o landmarks, para mapaear las configuraciones de los PAR. Seguidamente se empleó el macro de TNT export_tps.run para exportar las configuraciones hipotéticas de los nodos, y las configuraciones de los terminales (Taxa). Finalmente este archivo TPS se abrió en PAST para utilizar la opción thin-plate spline y graficar las deformaciones entre los nodos seleccionados.

(*) SOTO-VIVAS, Ana, LIRIA, Jonathan, & LUNA, Efraín de. (2011). Morfometría geométrica y filogenia en Rhodniini (Hemiptera, Reduviidae) de Venezuela. Acta zoológica mexicana, 27(1), 87-102.

Nuevo Libro "Systematics: A Course of Lectures" - Wheeler

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Tue, 02 Oct 2012 14:42:00 +0000

Acá les dejo la información de este libro:

Wiley: Systematics: A Course of Lectures

Systematics: A Course of Lectures is designed for use in an advanced undergraduate or introductory graduate level course in systematics and is meant to present core systematic concepts and literature. The book covers topics such as the history of systematic thinking and fundamental concepts in the field including species concepts, homology, and hypothesis testing. Analytical methods are covered in detail with chapters devoted to sequence alignment, optimality criteria, and methods such as distance, parsimony, maximum likelihood and Bayesian approaches. Trees and tree searching, consensus and super-tree methods, support measures, and other relevant topics are each covered in their own sections.

Tabla de contenido:

Preface xv Using these notes xv
Acknowledgments xvi
List of algorithms xix
I Fundamentals 1
1 History 2
1.1 Aristotle 2
1.2 Theophrastus 3
1.3 Pierre Belon 4
1.4 Carolus Linnaeus 4
1.5 Georges Louis Leclerc, Comte de Buffon 6
1.6 Jean-Baptiste Lamarck 7
1.7 Georges Cuvier 8
1.8 ´Etienne Geoffroy Saint-Hilaire 8
1.9 JohannWolfgang von Goethe 8
1.10 Lorenz Oken 9
1.11 Richard Owen 9
1.12 Charles Darwin 9
1.13 Stammb¨aume 12
1.14 Evolutionary Taxonomy 14
1.15 Phenetics 15
1.16 Phylogenetic Systematics 16
1.16.1 Hennig’s Three Questions 16
1.17 Molecules and Morphology 18
1.18 We are all Cladists 18
1.19 Exercises 19
2 Fundamental Concepts 20
2.1 Characters 20
2.1.1 Classes of Characters and Total Evidence 22
2.1.2 Ontogeny, Tokogeny, and Phylogeny 23
2.1.3 Characters and Character States 23
2.2 Taxa 26
2.3 Graphs, Trees, and Networks 28
2.3.1 Graphs and Trees 30
2.3.2 Enumeration 31
2.3.3 Networks 33
2.3.4 Mono-, Para-, and Polyphyly 33
2.3.5 Splits and Convexity 38
2.3.6 Apomorphy, Plesiomorphy, and Homoplasy 39
2.3.7 Gene Trees and Species Trees 41
2.4 Polarity and Rooting 43
2.4.1 Stratigraphy 43
2.4.2 Ontogeny 43
2.4.3 Outgroups 45
2.5 Optimality 49
2.6 Homology 49
2.7 Exercises 50
3 Species Concepts, Definitions, and Issues 53
3.1 Typological or Taxonomic Species Concept 54
3.2 Biological Species Concept 54
3.2.1 Criticisms of the BSC 55
3.3 Phylogenetic Species Concept(s) 56
3.3.1 Autapomorphic/Monophyletic Species Concept 56
3.3.2 Diagnostic/Phylogenetic Species Concept 58
3.4 Lineage Species Concepts 59
3.4.1 Hennigian Species 59
3.4.2 Evolutionary Species 60
3.4.3 Criticisms of Lineage-Based Species 61
3.5 Species as Individuals or Classes 62
3.6 Monoism and Pluralism 63
3.7 Pattern and Process 63
3.8 Species Nominalism 64
3.9 Do Species Concepts Matter? 65
3.10 Exercises 65
4 Hypothesis Testing and the Philosophy of Science 67
4.1 Forms of Scientific Reasoning 67
4.1.1 The Ancients 67
4.1.2 Ockham’s Razor 68
4.1.3 Modes of Scientific Inference 69
4.1.4 Induction 69
4.1.5 Deduction 69
4.1.6 Abduction 70
4.1.7 Hypothetico-Deduction 71
4.2 Other Philosophical Issues 75
4.2.1 Minimization, Transformation, and Weighting 75
4.3 Quotidian Importance 76
4.4 Exercises 76
5 Computational Concepts 77
5.1 Problems, Algorithms, and Complexity 77
5.1.1 Computer Science Basics 77
5.1.2 Algorithms 79
5.1.3 Asymptotic Notation 79
5.1.4 Complexity 80
5.1.5 Non-Deterministic Complexity 82
5.1.6 Complexity Classes: P and NP 82
5.2 An Example: The Traveling Salesman Problem 84
5.3 Heuristic Solutions 85
5.4 Metricity, and Untrametricity 86
5.5 NP–Complete Problems in Systematics 87
5.6 Exercises 88
6 Statistical and Mathematical Basics 89
6.1 Theory of Statistics 89
6.1.1 Probability 89
6.1.2 Conditional Probability 91
6.1.3 Distributions 92
6.1.4 Statistical Inference 98
6.1.5 Prior and Posterior Distributions 99
6.1.6 Bayes Estimators 100
6.1.7 Maximum Likelihood Estimators 101
6.1.8 Properties of Estimators 101
6.2 Matrix Algebra, Differential Equations, and Markov Models 102
6.2.1 Basics 102
6.2.2 Gaussian Elimination 102
6.2.3 Differential Equations 104
6.2.4 Determining Eigenvalues 105
6.2.5 MarkovMatrices 106
6.3 Exercises 107
II Homology 109
7 Homology 110
7.1 Pre-Evolutionary Concepts110
7.1.1 Aristotle 110
7.1.2 Pierre Belon 110
7.1.3 ´Etienne Geoffroy Saint-Hilaire 111
7.1.4 Richard Owen 112
7.2 Charles Darwin 113
7.3 E. Ray Lankester 114
7.4 Adolf Remane 114
7.5 Four Types of Homology 115
7.5.1 Classical View 115
7.5.2 Evolutionary Taxonomy 115
7.5.3 Phenetic Homology 116
7.5.4 Cladistic Homology 116
7.5.5 Types of Homology 117
7.6 Dynamic and Static Homology 118
7.7 Exercises 120
8 Sequence Alignment 121
8.1 Background 121
8.2 “Informal” Alignment 121
8.3 Sequences 121
8.3.1 Alphabets 122
8.3.2 Transformations 123
8.3.3 Distances 123
8.4 Pairwise StringMatching 123
8.4.1 An Example 127
8.4.2 Reducing Complexity 129
8.4.3 Other Indel Weights 130
8.5 Multiple Sequence Alignment 131
8.5.1 The Tree Alignment Problem 133
8.5.2 Trees and Alignment 133
8.5.3 Exact Solutions 134
8.5.4 Polynomial Time Approximate Schemes 134
8.5.5 Heuristic Multiple Sequence Alignment 134
8.5.6 Implementations 135
8.5.7 Structural Alignment 139
8.6 Exercises 145
III Optimality Criteria 147
9 Optimality Criteria−Distance 148
9.1 Why Distance? 148
9.1.1 Benefits 149
9.1.2 Drawbacks 149
9.2 Distance Functions 150
9.2.1 Metricity 150
9.3 Ultrametric Trees 150
9.4 Additive Trees 152
9.4.1 Farris Transform 153
9.4.2 Buneman Trees 154
9.5 General Distances 156
9.5.1 Phenetic Clustering 157
9.5.2 Percent Standard Deviation 160
9.5.3 Minimizing Length 163
9.6 Comparisons 170
9.7 Exercises 171
10 Optimality Criteria−Parsimony 173
10.1 Perfect Phylogeny 174
10.2 Static Homology Characters 174
10.2.1 Additive Characters 175
10.2.2 Non-Additive Characters 179
10.2.3 Matrix Characters 182
10.3 Missing Data 184
10.4 Edge Transformation Assignments 187
10.5 Collapsing Branches 188
10.6 Dynamic Homology 188
10.7 Dynamic and Static Homology 189
10.8 Sequences as Characters 190
10.9 The Tree Alignment Problem on Trees 191
10.9.1 Exact Solutions 191
10.9.2 Heuristic Solutions 191
10.9.3 Lifted Alignments, Fixed-States, and Search-Based Heuristics 193
10.9.4 Iterative Improvement 197
10.10 Performance of Heuristic Solutions 198
10.11 Parameter Sensitivity 198
10.11.1 Sensitivity Analysis 199
10.12 Implied Alignment 199
10.13 Rearrangement 204
10.13.1 Sequence Characters with Moves 204
10.13.2Gene Order Rearrangement 205
10.13.3Median Evaluation 207
10.13.4Combination ofMethods 207
10.14 Horizontal Gene Transfer, Hybridization, and Phylogenetic Networks 209
10.15 Exercises 210
11 Optimality Criteria−Likelihood 213
11.1 Motivation 213
11.1.1 Felsenstein’s Example 213
11.2 Maximum Likelihood and Trees 216
11.2.1 Nuisance Parameters 216
11.3 Types of Likelihood 217
11.3.1 Flavors ofMaximum Relative Likelihood 217
11.4 Static-Homology Characters 218
11.4.1 Models 218
11.4.2 Rate Variation 219
11.4.3 Calculating p(D|T, θ) 221
11.4.4 Links Between Likelihood and Parsimony 222
11.4.5 A Note onMissing Data 224
11.5 Dynamic-Homology Characters 224
11.5.1 Sequence Characters 225
11.5.2 CalculatingML Pairwise Alignment 227
11.5.3 MLMultiple Alignment 230
11.5.4 Maximum Likelihood Tree Alignment Problem 230
11.5.5 Genomic Rearrangement 232
11.5.6 Phylogenetic Networks 234
11.6 Hypothesis Testing 234
11.6.1 Likelihood Ratios 234
11.6.2 Parameters and Fit 236
11.7 Exercises 238
12 Optimality Criteria−Posterior Probability 240
12.1 Bayes in Systematics 240
12.2 Priors 241
12.2.1 Trees 241
12.2.2 Nuisance Parameters 242
12.3 Techniques 246
12.3.1 Markov ChainMonte Carlo 246
12.3.2 Metropolis–Hastings Algorithm 246
12.3.3 Single Component 248
12.3.4 Gibbs Sampler 249
12.3.5 Bayesian MC3 249
12.3.6 Summary of Posterior 250
12.4 Topologies and Clades 252
12.5 Optimality versus Support 254
12.6 Dynamic Homology 254
12.6.1 Hidden Markov Models 255
12.6.2 An Example 256
12.6.3 Three Questions—Three Algorithms 258
12.6.4 HMMAlignment 262
12.6.5 Bayesian Tree Alignment 264
12.6.6 Implementations 264
12.7 Rearrangement 266
12.8 Criticisms of BayesianMethods 267
12.9 Exercises 267
13 Comparison of Optimality Criteria 269
13.1 Distance and CharacterMethods 269
13.2 Epistemology 270
13.2.1 Ockham’s Razor and Popperian Argumentation 271
13.2.2 Parsimony and the Evolutionary Process 272
13.2.3 Induction and Statistical Estimation 272
13.2.4 Hypothesis Testing and Optimality Criteria 272
13.3 Statistical Behavior 273
13.3.1 Probability 273
13.3.2 Consistency 274
13.3.3 Efficiency 281
13.3.4 Robustness 282
13.4 Performance 282
13.4.1 Long-Branch Attraction 283
13.4.2 Congruence 285
13.5 Convergence 285
13.6 CanWe Argue Optimality Criteria? 286
13.7 Exercises 287
IV Trees 289
14 Tree Searching 290
14.1 Exact Solutions 290
14.1.1 Explicit Enumeration 290
14.1.2 Implicit Enumeration—Branch-and-Bound 292
14.2 Heuristic Solutions 294
14.2.1 Local versus Global Optima 294
14.3 Trajectory Search 296
14.3.1 Wagner Algorithm 296
14.3.2 Branch-Swapping Refinement 298
14.3.3 Swapping as Distance 301
14.3.4 Depth-First versus Breadth-First Searching 302
14.4 Randomization 304
14.5 Perturbation 305
14.6 Sectorial Searches and Disc-Covering Methods 309
14.6.1 Sectorial Searches 309
14.6.2 Disc-CoveringMethods 310
14.7 Simulated Annealing 312
14.8 Genetic Algorithm 316
14.9 Synthesis and Stopping 318
14.10 Empirical Examples 319
14.11 Exercises 323
15 Support 324
15.1 ResamplingMeasures 324
15.1.1 Bootstrap 325
15.1.2 Criticisms of the Bootstrap 326
15.1.3 Jackknife 328
15.1.4 Resampling and Dynamic Homology Characters 329
15.2 Optimality-BasedMeasures 329
15.2.1 Parsimony 330
15.2.2 Likelihood 332
15.2.3 Bayesian Posterior Probability 334
15.2.4 Strengths of Optimality-Based Support 335
15.3 Parameter-BasedMeasures 336
15.4 Comparison of Support Measures—Optimal and Average 336
15.5 Which to Choose? 339
15.6 Exercises 339
16 Consensus, Congruence, and Supertrees 341
16.1 Consensus TreeMethods 341
16.1.1 Motivations 341
16.1.2 Adams I and II 341
16.1.3 Gareth Nelson 344
16.1.4 Majority Rule 347
16.1.5 Strict 347
16.1.6 Semi-Strict/Combinable Components 348
16.1.7 Minimally Pruned 348
16.1.8 When to UseWhat? 350
16.2 Supertrees 350
16.2.1 Overview 350
16.2.2 The Impossibility of the Reasonable 350
16.2.3 Graph-BasedMethods 353
16.2.4 Strict Consensus Supertree 355
16.2.5 MR-Based 355
16.2.6 Distance-Based Method 358
16.2.7 Supertrees or Supermatrices? 360
16.3 Exercises 361
V Applications 363
17 Clocks and Rates 364
17.1 The Molecular Clock 364
17.2 Dating 365
17.3 Testing Clocks 365
17.3.1 Langley–Fitch 365
17.3.2 Farris 366
17.3.3 Felsenstein 367
17.4 Relaxed ClockModels 368
17.4.1 Local Clocks 368
17.4.2 Rate Smoothing 368
17.4.3 Bayesian Clock 369
17.5 Implementations 369
17.5.1 r8s 369
17.5.2 MULTIDIVTIME 370
17.5.3 BEAST 370
17.6 Criticisms 370
17.7 Molecular Dates? 373
17.8 Exercises 373
A Mathematical Notation 374
Bibliography 376
Index 415
Color plate section between pp. 76 and 77

Curso: Modelos de distribución de especies...

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Thu, 27 Sep 2012 15:12:00 +0000

Esta información fue publicada en el grupo Clado de Yahoo:

Uso de bases de datos de biodiversidad en los Modelos de distribución de especies e índices evolutivos para la Conservación.

El evento tendrá lugar los días 10, 11 y 12 de Diciembre en la Ciudad de La Plata y está destinado a todos aquellos Profesionales en Ciencias Biológicas que tengan un grado académico de licenciatura o equivalente y que pertenezcan a una Institución (museo, centro de investigación, universidad).

...y aca les coloco el afiche:

Filogenia molecular en Culicini a partir de tres marcadores moleculares

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Sun, 16 Sep 2012 12:38:00 +0000

FILOGENIA MOLECULAR EN CULICINI (DIPTERA: CULICIDAE): UN ANÁLISIS UTILIZANDO GenBank-to-TNT Y PARSIMONIA CON TNT.

Introducción

Culicini contiene algunos de los vectores más importantes en cuanto a la transmisión de distintos patógenos, como: Encefalitis Equina Venezolana, Encefalitis Equina de Este, filarias, entre otros. Esta tribu incluye a 789 especies clasificadas en cuatro géneros: Culex (amplia distribución), Deinocerites (Neotropical) y Galindomyia (Neotropical)

Estudios previos han indicado que Deinocerites es un grupo incluido en el género Culex (Mallampalli 1995; Liria y Navarro 2000). En este sentido, Liria y Navarro (2000) propusieron la inclusión de este taxa como un subgénero: Culex (Deinocerites). Sin embargo esta propuesta no fue acogida entre los taxónomos de Culicidae, debido a las siguientes consideraciones:

“Navarro & Liria (2000) formally reduced genus Deinocerites to subgeneric status in genus Culex, but this action has not been widely accepted because this group of species is diagnosed by many unique (autapomorphic) features in the immature and adult stages. Autapomorphic features are normally excluded from phylogenetic studies because they are uninformative in the context of cladistic analyses. This does not mean, however, that autapomorphies should be disregarded as denotations of taxonomic rank, providing that doing so does not conflict with the principle of recognizing only monophyletic groups in classifications. Autapomorphies are a measure of (often rapid) divergence and adaptive radiation, which traditional taxonomists have intuitively taken into consideration when defining genera. In this case, an alternative action would be to retain genus Deinocerites and afford equivalent rank to the monophyletic subgenera of Culex. It should be borne in mind that the majority of taxa (14) currently regarded as subgenera of Culex were originally recognized as genera.” (Harbach 2007:622-623 )

Según la afirmación anterior: Un género, debe permanecer como tal, porque posee suficientes autapomorfias (=caracteres apomórficos no compartidos). No obstante en el alegato no se indican las numerosas sinapomorfías (=caracteres apomórficos compartidos) que se encuentran en el clado donde se incluye Deinocerites, así como la posición derivada de este. Algo similar a lo señalado por los seguidores de la Sistemática Evolutiva: “mientra es mayor el grado de diferencia, entonces la jerarquía debe aumentar”.

Simultáneamente se ha indicado que el trabajo de Navarro y Liria (2000) carece de soporte debido a que solo incluyeron caracteres de las piezas bucales (maxila y mandíbula) de las larvas. Este alegato puede rebatirse debido a: 1) Se obtiene una topología similar a la de Mallampalli (1995) quien utilizó caracteres de todas las fases de vida, y 2) los caracteres de las piezas bucales han sido empleados ampliamente en otros Culicidae (Sabethini y Anophelinae).

Tanaka (2003) eleva el subgénero Lutzia de Culex a una categoría genérica a partir de un estudio morfológico y sin emplear métodos explícitos:

“Tanaka et al, 1979, expressed their view that its morphological modifications were more distinct than in the other subgenera of Culex, and it was more reasonable to consider Lutzia as a genus. In this paper, following the suggestion of Tanaka et al, 1979, I treat Lutzia as an independent genus.” (Tanaka 2003: 159)

Recientemente, St John (2007: citado por Harbach 2007) realiza su Tesis de Maestría en filogenia de Culex.

“St John (2007) explored the generic and subgeneric relationships within Culicini using morphological characters of larvae, pupae and adults. Sixty-four characters were scored for 41 exemplar species representing 26 generic-level taxa of Culicini, and three outgroup species of genera Mansonia, Orthopodomyia and Maorigoeldia. Characters from Mallampalli (1995) and Harbach & Kitching (1998) were included along with several novel characters. Characters were chosen to contain maximum phylogenetic information about subgeneric relationships within Culex. Characters that were internally polymorphic for subgenera were discarded. Maximum parsimony analysis of the data set under equal weighting yielded eight most parsimonious trees (MPTs). The strict consensus of these MPTs (Fig. 23) indicates that genus Culex is not monophyletic because genus Deinocerites is embedded within the clade that includes all subgenera of Culex (clade A in Fig. 23). Deinocerites is placed as the sister group to subgenus Belkinomyia, and genus Lutzia is placed in an ancestral relationship to genus Culex, which is polyphyletic relative to genus Deinocerites.” (Harbach 2007: 621)

Rossi y Harbach (2008) en la descripción del subgénero Phytotelmatomyia de Culex, muestran un árbol reducido con la posición de este nuevo taxa respecto a otros Culicini; no obstante al realizar un acercamiento al árbol completo, se observa a De. cancer + De. mathesoni como grupo hermano de Cx. (Belkinomyia) eldriegi, tal como fue reportado en el estudio de St John (2007). Paralelamente, en la discusión filogenética sobre Phytotelmatomyia, se hace mención al trabajo de Navarro y Liria (2000):

“Navarro and Liria (2000) proposed subgeneric status for genus Deinocerites Theobald based on morphological features of larval mouthparts, but this action has not been accepted because it is not supported by the numerous unique characters that distinguish the adults, larvae, and pupae from Culex (Harbach, 2007).“ (Rossi y Harbach 2008: 12)

Finalmente, Harbach (2011) muestra la clasificación más reciente en Culex, resaltando los principales aspectos que deben cubrirse en los próximos estudios taxonómicos y filogenéticos:

“The current classiﬁcation is based almost entirely on external adult characters, especially features of the male genitalia. Larval and pupal characters have been largely neglected, but are likely to be of value in arriving at a natural classiﬁcation (Belkin, 1962). DNA sequence data are proving indispensable for resolving the phylogenetic relationships of numerous groups of organisms, but so far sequences are publicly available for only 75 named species representing 11 subgenera of Culex, including 39 from subgenus Culex and 16 from subgenus Melanoconion,..” (Harbach 2011: 6)

Por ello el presente estudio pretende utilizar la información disponible en GenBank con el fin obtener una hipótesis filogenética para Culicini, donde se discuta la posición de los géneros Deinocerites y Lutzia. Para ello se utilizarán los algoritmos que permiten compilar y alinear secuencias, así como los métodos de nuevas búsquedas de soluciones óptimas.

Materiales y métodos

A partir de GenBank se obtuvieron secuencias que incluyen especies de Culex, Deinocerites, Lutzia, y como grupos externos Aedes y Eretmapodides. Se utilizaron los siguientes marcadores moleculares:

White (Besansky y Fahey 1997; Reidenbach et al. 2009): Aedes (678 secuencias), Eretmapodites (1 secuencia), Culex (2 secuencias) y Deinocerites (1 secuencia).

COI (Cook et al. 2010; Demari-Silva et al. 2011) : Aedes (108 secuencias), Eretmapodites (3 secuencias), Culex (487 secuencias [y 37 secuencias para especies de Brasil]) y Lutzia (14 secuencias).

Actin (Staley et al. 2010): Culex (106 secuencias) y Deinocerites (1 secuencia).

A partir de estos datos, se utilizó el programa Gb-2-TnT (Goloboff y Catalano, 2012) para extraer aquellas secuencias únicas por especies, filtrando duplicados y conteniendo los genes y productos especificados.

Seguidamente se prepararon dos matrices con Gb-2-TnT:

(1) Bloque uno “White gene” (Con cuatro especies), Bloque dos “Citochrome Oxidase C Subunit I” (46 especies), y Bloque tres “Actin gene” (10 especies).

(2) Bloque uno “White gene” (Con cuatro especies), Bloque dos “Citochrome Oxidase C Subunit I” (59 especies [que incluyen a las especies de Brasil]), y Bloque tres “Actin gene” (10 especies).

Luego las secuencias se alinearon con el programa Muscle (Edgar 2004), obteniendo las siguientes matrices: 1) con 6202 caracteres y 45 taxa, y 2) 6141 caracteres y 56 taxa.

Tambien se incluyeron datos morfológicos (quetotaxia larval y piezas bucales) para algunas de las especies, a partir de los trabajos de Navarro y Liria (2000) y Foote (1954). Estos caracteres fueron incluidos a la matriz 2, para conformar un set de datos combinados:

(3) Bloque uno "Quetotaxia larval" con 17 caracteres, Bloque dos "Piezas bucales" con 30 caracteres, Bloque tres "White gene” con 1215 caracteres, Bloque cuatro “Citochrome Oxidase C Subunit I” con 1542 caracteres, y Bloque cinco “Actin gene” con 3384 caracteres.

Todas las matrices fueron analizadas con TNT (Goloboff et al., 2003; 2008), utilizando rondas de TreeFusing, Ratchet, Sectorial Search. TreeDrifting. Simultáneamente los datos fueron analizados mediante pesos implícitos con concavidad K=8.

Resultados

En líneas generales, los analisis realizados a las matrices moleculares (Figura 1, para la Matriz "1") y (Figura 2, Matriz "2"), como la combinacion de datos morfológicos (Figura 3, Matriz "3"), muestran la inclusión de Lutzia y Deinocerites en el género Culex. Los resultados de la Matriz "2" muestran monofilia de algunos subgéneros de Culex: Lophoceraomyia, Culiciomyia, Phenacomyia, Carrollia, Neoculex, y Barraudius. Otros taxa se presentan como parafiléticos: Culex y Melanoconion.

Figura 1. A) Cladograma más parsimonioso obtenido luego de utilizar pesos implícitos (K=8) a la matriz "1" (6202 caracteres y 45 taxa) con base en tres marcadorexs moleculares (actin, white gene COI). Las flechas indican la posición de los géneros Deinocerites y Lutzia. B) Cladograma con ramas a color muestran la taxonomia de los taxa.

A

Figura 2. A) Cladograma de consenso estricto a partir de seis árboles más parsimoniosos obtenidos luego de utilizar pesos implicitos (K=8) a la matriz "2" (6141 caracteres y 56 taxa) con base en tres marcadores moleculares (actin, white gene, COI). Las flechas indican la posición de los géneros Deinocerites y Lutzia. B) Cladograma con ramas a color muestran la taxonomia de los taxa.

Figura 3. Cladograma de consenso estricto a partir de cinco árboles más parsimoniosos obtenidos luego de utilizar pesos implicitos (K=8) a la matriz "3" (6188 caracteres y 56 taxa) con base en tres marcadores moleculares (actin, white gene, COI) y dos morfológicos (quetotaxia larval y piezas bucales). Las flechas indican la posición de los géneros Deinocerites y Lutzia.

Bibliografía

Belkin, J. N. 1962. The Mosquitoes of South PaciÞc (Diptera: Culicidae). University of California, Berkeley, CA

Besansky, N.J. Fahey, G.T. 1997. Utility of the white gene in estimating phylogenetic relationships among mosquitoes (Diptera: Aedini). Mol. Biol. Evol. 14(4), 442-454.

Cook,S., Lien,N.G., McAlister,E. and Harbach,R.E. 2010. Bothaella manhi, a new species of tribe Aedini (Diptera: Aedini) from the Cuc Phuong National Park of Vietnam based on morphology and DNA sequence
Zootaxa 2661: 33-46.

Demari-Silva, B., Vesgueiro, F., Sallum, M.A., Marrelli, M. 2011. Taxonomic and Phylogenetic Relationships between Species of the Genus Culex (Diptera: Culicidae) from Brazil Inferred from the Cytochrome c Oxidase I Mitochondrial Gene. J. Med. Entomol. 48(2): 272-279.

Edgar, R.C., 2004. MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity. BMC Bioinformatics 5, 1–19.

Goloboﬀ, P.A., Farris, J.S., Nixon, K. 2003. Tree analysis using new technology Version 1.1. Available from http://www.zmuc.dk/public/phylogeny/TNT.

Goloboﬀ, P., Farris, J., Nixon, K., 2008. TNT: a free program for phylogenetic analysis. Cladistics 24, 774–786.

Goloboﬀ, P.A., Catalano, S.A., Mirande, J.M., Szumik, C.A., Arias, J.S., Kallersjo, M., Farris, J.S., 2009. Phylogenetic analysis of 73 060 taxa corroborates major eukaryotic groups. Cladistics 25, 211–230.

Goloboff, P.A., Catalano, S.A. 2012. GB-to-TNT: facilitating creation of matrices from GenBank and diagnosis of results in TNT. Cladistics. 1-12.

Harbach, R. E.. 2007. The Culicidae (Diptera): a review of taxonomy, classification and phylogeny. Zootaxa 1668: 591-638.

Harbach, R. E. 2011. Review: Classiﬁcation within the cosmopolitan genus Culex (Diptera: Culicidae): The foundation for molecular systematics and phylogenetic research. Acta Tropica

Mallampalli, V.L., 1995. Phylogenetic relationships among taxa in the genus Culex, and the phylogenetic relationships of vectors of New World alphaviruses in the subgenus Melanoconion (Diptera: Culicidae). PhD thesis, University of Maryland, College Park.

Navarro, J.-C., and J. Liria. 2000. Phylogenetic relationships between eighteen Neotropical Culicini species. J. Am. Mosq. Control Assoc. 16: 75-85.

Reidenbach K.R., Cook S., Bertone, M.A, Harbach, R.E., Wiegmann R., Besansky N.J. 2009. Phylogenetic analysis and temporal diversification of mosquitoes (Diptera: Culicidae) based on nuclear genes and morphology. BMC Evolutionary Biology.

Rossi, G.C., Harbach, R.E., 2008. Phytotelmatomyia, a new Neotropical subgenus of Culex (Diptera: Culicidae). Zootaxa 1879, 1–17.

Savage, H.M. 2005. Classification of mosquitoes in tribe Aedini (Diptera: Culicidae): paraphylophobia, and classification versus cladistic analysis. J. Med. Entomol. 42(6): 923-927.

Staley,M., Dorman,K.S., Bartholomay, L.C., Fernandez-Salas,I., Farfan-Ale, J.A., Lorono-Pino, M.A., Garcia-Rejon, J.E., Ibarra-Juarez, L. Blitvich, B.J. 2010. Universal primers for the amplification and sequence analysis of actin-1 from diverse mosquito species. J. Am. Mosq. Control Assoc. 26 (2), 214-218.

St John, O. (2007) Phylogeny of the genus Culex (Diptera: Culicidae). MRes thesis, Imperial College, London.

Tanaka,K. 2003. Studies on the pupal mosquitoes of Japan genus Lutzia, with establishment of two

Curso: Cladística y Biogeografía

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Wed, 12 Sep 2012 01:49:00 +0000

CURSO INTERNACIONAL: CLADISTICA Y BIOGEOGRAFIA

14 – 23 de Enero de 2013
Lima – Perú

Fecha Limite de Inscripción: 1 de octubre de 2012
Resultados: 5 de Octubre de 2012

CLADÍSTICA: MÉTODOS CUANTITATIVOS DE CLASIFICACIÓN:

14 al 18 de Enero de 2013.

Modalidad del Curso

Curso teórico/práctico, con fuerte énfasis en los aspectos prácticos. Las clases teóricas se usan para introducir la problemática general en cada tema, y los prácticos se utilizan para ilustrar y terminar de entender los temas vistos en las clases teóricas. La dinámica del curso es bastante informal, pasando de modalidad "teórico" a modalidad "práctico" rápidamente y a requerimiento de los participantes.

Las clases serán diarias, de 9:30 a 18:30 hs. aprox.

Duración: 40 horas aprox.

BIOGEOGRAFIA: NDM/VNDM/VIP - PROGRAMAS DE COMPUTACIÓN PARA BIOGEOGRAFÍA, FUNDAMENTOS Y APLICACIONES:

21 al 23 de Enero de 2013.

Objetivos:

Brindar a los alumnos los fundamentos teóricos y metodológicos de algunas preguntas y problemas de la biogeogeografía histórica. Se propone dar a los alumnos herramientas básicas sumamente necesarias para desarrollar estudios biogeográficos. De manera que los objetivos de este curso no son sólo mostrar los fundamentos teóricos sino también su aplicación práctica mediante el uso de programas de computación específicamente desarrollados para estos estudios.

Organización general:

El curso constará de clases teóricas (3hs) y prácticas (5hs) durante 3 días, un total de 24 horas. Dado el énfasis en la aplicación práctica de la metodología biogeográfica se necesita obligadamente del uso de computadoras, idealmente UN alumno por computador.

Las clases serán diarias, de 9:30 a 18:30 horas. aprox.

INSTRUCTORES:

Cladística: Métodos Cuantitativos de Clasificación

Responsable: Dr. Pablo Goloboff (Inv. Ppal CONICET)
Colaboradora: Dra. Claudia Szumik (Inv. Indep. CONICET)

NDM/VNDM/VIP: Programas de Computación para Biogeografía: Fundamentos y Aplicaciones

Responsable: Dra. Claudia A. Szumik (Inv. Indep. CONICET)
Colaborador: Dr. Pablo Goloboff (Inv. Ppal CONICET)

Matrices morfométricas 2D y 3D

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Wed, 13 Jun 2012 13:03:00 +0000

En esta entrada les traigo unas matrices para que puedan practicar los análisis filogenéticos (utilizando parsimonia) de datos continuos, particularmente puntos anatómicos de referencia (=landmarks).

El programa TNT admite matrices de landmarks en dos (X,Y) y en tres (X,Y,Z) dimensiones:

Esta es una matriz 2D (Sneath.tnt), para cuatro géneros de Hominidos:

Esta es la filogenia obtenida con el macro landsch.run

Esta es una matriz 3D (Caiman_3D.tnt), basada en un articulo sobre ontogenia en Cocodrilia:

Esta es la filogenia obtenida con el macro landsch.run

Esta es una matriz 3D (Cercocebus_3D.tnt), basada en un articulo sobre dimorfismo en Cercocebus:

Esta es la filogenia obtenida con el macro landsch.run

Dos Latinos galardonados con el premio GBIF "E. Nielsen"

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Tue, 05 Jun 2012 01:26:00 +0000

Aquí les coloco parte de la información tomada de la página (GBIF):

Two biogeographers were selected to receive the €4,000 Young Researchers Award, presented annually to biodiversity informatics students enrolled in a master’s or doctoral programme at universities in countries which are GBIF Participants.

Salvador Arias, a PhD student at the Universidad Nacional de Tucumán in Argentina, developed the Vicariance Inference Programme (VIP), which uses georeferenced data to explore the splitting of the geographical ranges of groups of organisms because of barriers to gene flow or species movement. Arias plans to process GBIF-mediated data through the VIP to formulate hypotheses on how species distributions have changed over time.

Elkin Tenorio Moreno is a master’s student at the Department of Biological Sciences, Universidad de los Andes in Colombia. He plans to use the award to analyse dispersal patterns of Amazonian and Andean birds across climatic and geographic barriers, generating climatic niche models for over 500 bird species using GBIF-mediated data from natural history collections.

Leonard Krishtalka added, “Salvador Arias’ and Elkin Tenorio’s investigations embody the innovation and originality called for in the GBIF Young Researchers Award. Arias’ doctoral research project will affect biodiversity science worldwide in developing an analytical tool for modelling the spatial distribution of animals and plants using GBIF-served biodiversity data. Tenorio, the first master’s student to receive the YRA, will investigate how the dispersal ability of birds affects their numbers of species and evolutionary potential.”

Felicitaciones a Salvador y Elkin... !!!

Áreas de Endemismo de Venezuela

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Sat, 26 May 2012 09:51:00 +0000

Esta entrada fue inspirada en este trabajo:

Szumik et al. 2011. Detecting areas of endeminm with a taxonomically diverse data set: plants, mammals, reptiles, amphibians, birds, and insects from Argentina. Cladistics 1-13.

En Venezuela existen varias propuestas de áreas de Endemismo, sin embargo en cada caso han sido postuladas para grupos particulares: Peces, Reptiles, Mamíferos o Insectos. Por ello, el presente estudio (preliminar) pretende realizar un análisis con datos de diversos grupos taxonómicos.

La matriz realizada contempla 8964 bioregistros y 1292 especies de: Anfibios, Reptiles, Mamíferos, Aves e Insectos:

En NDM, se utilizó la opción AUTO para construir cuadriculas de 0,58° x 0,58°; también fue considerado el relleno especial. Posteriormente se generó la matriz:

Para este tamaño de cuadriculas, se obtuvieron 194 áreas. Aquí les muestro algunas de ellas:

En este caso se presenta el Consenso a partir del 70% de similaridad de especies que integran el área.

En lineas generales, existen áreas con elevados índices de endemicidad: Andes y Cordillera Central de La Costa. Un análisis posterior con cuadriculas más pequeñas reveló áreas de endemismo similares, pero con mayor índice de endemicidad para las áreas al Sur del país.

En una próxima entrada tratare de disponer de bioregistros de grupos de plantas.

Megafilogenias: ¿Quién y cómo lo hicieron?

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Mon, 21 May 2012 16:04:00 +0000

¿Existe un record para la filogenia de mayores dimensiones posible?

Imaginen el Record Mundial Guinnes para la filogenia que contemple el mayor número de taxa posibles (Megafilogenia):

Ya existe un record:

Esto no implica que hasta el 2009 no se realizaran megafilogenias. Sin embargo, este es el estudio de mayores dimensiones (taxa y caracteres) conocido hasta el momento.

Recientemente, Goloboff y Catalano (2012) publicaron un articulo donde se explica como puede prepararse una matriz de tales dimensiones:

Este es el manual de GB-to-TnT: GB2TNT_MANUAL.pdf

View more documents from jliria

El año pasado, tuvimos la visita del Dr. Pablo Goloboff, durante el Congreso Venezolano de Entomología. En su Charla nos mostró algunos de los avances que permitieron realizar esta Megafilogenia. Aquí les dejo la presentación:

Venezuela_2011.ppt

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Mapas base para NDM (8)

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Thu, 26 Apr 2012 21:00:00 +0000

Esta entrada contempla un mapa base del Neártico y Neotrópico. Es uno de los primeros que hice... pero hasta el momento no lo había colocado en el blog.

Este es el vínculo para el archivo XYD.

Espero les sirva!

Mapas base para NDM (7)

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Thu, 19 Apr 2012 21:50:00 +0000

Esta entrada contiene el mapa base (map line) para NDM del Continente Africano

Formato xyd (xyData)

Formato shp (Shapefile)

Les recuerdo (tomado del Manual de NDM) en que consiste el comando "map line":

"En este tipo de matrices VNDM permite poner de fondo los límites de un mapa. Esto se logra incluyendo al final del archivo:

                                      map
                                      line
                                      66.217 21.767
                                      66.183 21.783
                                      66.167 21.800
                                      66.117 21.817
                                      66.067 21.833
                                      66.050 21.850
                                      66.050 21.867
                                      66.050 21.883

Cada línea (máximo 300 líneas) del mapa puede tener hasta 5000 referencias planas. Nótese que si se termina de definir la península de Yucatán y se pasa a la costa occidental de México debe definirse una nueva línea, sino ese salto aparecerá dibujado también en el mapa. También es posible editar las líneas en modo gráfico y salvar posteriormente las coordenadas resultantes."

Ahora que el mapa base esta disponible, sería interesante realizar un analisis de endemismo con NDM para el Continente Africano. Asi podrían compararse los resultados con otros estudios.

Modelo de Nicho y especies amenazadas

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Wed, 18 Apr 2012 20:03:00 +0000

Encontré un articulo interesante sobre el uso de los modelos de distribución y su aplicación en el monitoreo de especies amenazadas. En este caso se utilizó MaxEnt para predecir la distribución potencial de Astragalus oxyglottis.

Los modelos de distribución en el trabajo de campo: localización de nuevas poblaciones de especies amenazadas

Tambien si desean profundizar más sobre el estudio de caso para esta especie, consulten:

Informe de resultados de Astragalus oxyglottis

Libro "Manual of Phytogeography"

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Sat, 14 Apr 2012 12:25:00 +0000

Aqui les dejo este clásico:

Léon_Croizat-Manual_of_Phytogeography__An_Account_of_Plant-Dispersal_Throughout_the_World__-Uitgeverij_Dr._W._Junk(1952).djvu

Esta en formato djvu. Si no poseen un visor para este tipo de archivos, esta es una buena opción:

http://djvu.sourceforge.net/

Vertebrados de Venezuela

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Sun, 01 Apr 2012 23:17:00 +0000

En esta entrada les mostraré los resultados preliminares de un analisis realizado con base en 1349 especies de Mamíferos, Reptiles, Anfibios y Aves registradas en Venezuela. La base de datos consta de 7607 bioregistros.

A partir de estas especies y bioregistros se calculó en DIVA-GIS:

Riqueza: cuenta las clases diferentes de una variable (por ejemplo, los nombres de especies en un conjunto de datos que cubren un pool génico) que están presentes en una celda de una cuadrícula.

Abundancia: calcula el número de puntos presentes en cada celda de la cuadrícula.

Diversidad: calcula el índice de diversidad de Shannon-Wiener para cada celda de la cuadrícula.

Finalmente, las salidas en formato GRID (cuadrículas de 1° x 1°) fueron exportadas a capas (=SHAPEFILE) para generar la vista en QUANTUM-GIS:

Figura 1. Vista de los registros de Vertebrados de Venezuela

Figura 2. Abundancia de bioregistros

Figura 3. Número de especies de Vertebrados

Figura 4. Diversidad de Vertebrados de Venezuela

Mapas base para NDM (6)

noreply@blogger.com (Jonathan Liria) — Sun, 01 Apr 2012 15:58:00 +0000

Aquí les coloco el mapa base de Australia para incluirse en NDM:

Archivos en formato XYD y capa (SHP)

En otras entradas trataré de colocar nuevos mapas...