\cite{CC00,XL2007,DA06,PBZW06,AH06,BIB03,KBCG03,TSS02,BCKY02,GLD00,bhatta09,teng06}.

[16, 40, 17, 46, 1, 9, 37, 54, 8, 23, 11, 55].

To overcome this problem, I write a PyQt4 program: CiteSorter. You can give your bibitem and number list and get the sorted bibitems to give correct result.

AH06, BCKY02, BIB03, bhatta09, CC00, DA06, GLD00, KBCG03, XL2007, PBZW06, TSS02, teng06

Makale yazarken verdiğiniz referansların sırasız bir şekilde listelendiğini gördüğünüzde LaTeX kodunuzdaki referans sıralamasını değiştirmeniz gerekir ancak bu zaman alıcı bir iştir. Hazırladığım bu PyQt4 programı (CiteSorter) ile latex referans kodlarınızı, çıkan sayı sıralamasını (PDF’ten seçip kopyalayarak) programa verdiğinizde size doğru kod sıralamasını verecek, hafızaya kaydedecektir. Size de latex kodunuza yapıştırmak kalacak. Umarım birçok araştırmacının işine yarar.

Yurt odası yerleştirme sistemi: Yurt odalarına yerleştirme birçok yerde elle yapılıyor. Bilgisayarla yerleştirme denemeleri olsa da çok başarılı değil. Genetik bir algoritmayla bu işi iteratif olarak (adım adım uygun mu bu eşleşme diye sorarak) yapan bir sistem güzel olacaktır.

MathML to Latex Dönüştürücü: Bazı makalelerde formüllerin MathML kodları oluyor ancak bunları Latex’te kullanamıyoruz. Dönüştürmemiz lazım ancak mevcut kullanılabilir bir dönüştürücü mevcut değil. Böyle bir dönüştürücü akademik dünyaya katkıda bulunacaktır.

İhtiyacım var: Birçok okul kırtasiye yardımına ihtiyaç duyuyor. Bu duyurular merkezi bir sistemde toplanabilseydi. Bir haritadan ihtiyaç sahibi okulları görebilsek ve elden ya da kargoyla en yakın okula ihtiyaçları ulaştırabilsek… Bu sadece okul değil, fakir insanların ihtiyaçları için de kullanılabilir. Muhtarlar ne tür şeylere ihtiyaç olduğunu yazarlar, bağışlamak isteyenler de muhtara iletir. Ürün bazlı filtreleme yapılabilir mesela. “Elimdeki fazla defterleri ne yapabilirim” veya kullanılabilir durumdaki gömleğimi ne yapabilirim? diye düşünürken hemen defter ihtiyacı bulunan yerleri bulabilmeliyim. Ayrıca fakirlere yardım yapan muhtarlar da bu şekilde bilinmiş olur.

Scientific Datasets: Bilimsel verilerin adreslerinin tutulacağı bir index gibi bir sistem olabilirdi. Bu mevcut wikilerden birisinde olabilir ancak hangisinda olmalı bilemedim. Merkezi bir sayfa çok faydalı olabilir.

TCDD Tren saatleri Bada: Bada işletim sistemi için böyle bir uygulama yok maalesef. Yapılabilir.

Anlam veremedim ne oluyor. 15 dakika içerisinde nasıl kara listeye alınır? Yani özel bir tarih, özel bir saat de yok. BELBİM’e yazdığımda aldığım yanıt:

Yeni bir İNDİRİMLİ karta başvuru yaptığınızda, bir önceki kartınız İETT sistemi tarafından otomatik olarak kullanıma kapanır. (KARALİSTEYE alınır)

Yeni kart başvurusu yaptıysanız, bir önceki kartınızın kara listeye alım sebebi büyük ihmalle bu nedenledir.

Evet, okul değiştirdiğim için yeni kart başvurusunda bulundum ve yeni kartlardan ses seda yok. Artık indirimli kartım yok. Ne zaman geleceği de meçhul. O zamana kadar 2 kat para ödeyerek taşıma hizmetinden faydalanacağım. Siz de benzer durumdaysanız hazırlıklı olun böyle bir iptale.

Sistemi tasarlayan kişilere teşekkürlerimi sunarım!

Biraz hikayeyle başlayayım. 2007 yılında E.T. Kadıköy şubelerinden birine İngilizce eğitimi için kaydolmuştum. Advanced + TOEFL kuru için o zaman güyya %50 indirimli ücret olan 1800 lira tahsil etmişlerdi! Kursa başladığımda gazetecilik okumuş Trinidad Tobago’lu bir bayanın öğretmenimiz olduğunu gördüm. Neyse, anadili ingilizce sonuçta dedik, 4 ayın 1-2 ay’ında kursa katıldım. Çok iyi olmasa da fena da değildi. Sonra sağlık sorunum sebebiyle kursa ara verdim. 2008′de de Kanada’ya gidebilmek için TOEFL kursu hakkımı kullanmak istedim. Gittiğimde İskoç bir beden hocası, öğretmenimizdi. Listeningle başlamıştık. Longman’in kitaplarını vermişlerdi. Gayet güzel gidiyordu. Dinleme yeteneğimi bir hayli geliştirmiştim. Writing’e geçtiğimizde birtakım faydalı taktikler gösterdi (kitapta vardı zaten), ardından Readinge geçtik. Writing-Reading kısımlarında fark ettim ki hocanın yaptığı tek şey kitabı işlemekti, dile teknik olarak pek hakim değildi. Sorularımıza net cevaplar alamıyorduk. TOEFL’a girmem gerekiyordu ve girdim, 80 geçme puanı iken 105 aldım ve kursa devam etmeye gerek görmedim.

Gel gelelim, E.T.  bana SMS kampanya reklamları göndermeye devam etti. Halbuki ben alınabilecek en yüksek 2 kuru da almışım. Bana 4 kur al 5.sini İngiltere’de biz verelim tarzı reklamlar geliyordu. Hatta “bugün dersler iptal edilmiştir”, “pikniğe gidiyoruz” tarzı SMS’ler almaya devam ettim. Karar ver, öğrenci adayı mıyım, öğrenci miyim, mezun muyum? Sitesinden 2 kere istemiyorum bu SMS’leri diye talepte bulununca kestiler. Bir kere de telefon etmeyi denemiştim, hışırtıdan iletişim kuramamıştık bile. Bu sefer hiç alakam olmayan Taksim şubesinden SMS’ler gelmeye başladı. Hem de her hafta. İlk başlarda siliyordum tek tek. 31 Mayıs itibariyle hepsini telefonumda Spam olarak filtreledim ve silmedim. Tarihlerine buyrun bakın:

( 31 Mayıs ) , ( [04,10,27,30], Haziran ), ( [04, 08, 28, 30, 31] Temmuz ), ( [08, 11, 17, 24, 27] Ağustos ), ( [04, 07, 16, 22, 27, 30] Eylül ), ( [03, 10, 18, 27, 31] Ekim )

Ortalama haftada bir göndermişler yani. ŞikayetVar sitesinde başka insanların da aynı dertten muzdarip olduğunu görebilirsiniz. Keşke bu kişiler de CRM kullanmayı akıl etseler de zaten kursu almış kişilere SMS göndermeseler. İzin almadan reklam yapmanın spam olduğunu, bunun da kurumun imajına faydadan çok zarar verdiğini bir anlasalar. ŞikayetVar’daki şikayetlerle ilgilenerek kurumun en çok şikayet alan ve şikayetlerin saadece %2′sini çizen kurum olma imajından kurtulsalar kendileri için çok daha faydalı olacak ama nerde…

Dersler çok yoğun. Hiç olmadığım kadar yoğunum. Baş ağrısı çekmeyen ben, baş ağrıları geçmez kişi oldum.

Complex Networks dersinde her hafta ortalama 30 sayfa makale verilmekte. Her hafta bir kişi 2 saat boyunca bu makaleyi anlatmakta. Diğerleri de makaleden en az 3 soru çıkarmakta. Sorular “şöyle olsaydı nasıl olurdu, neden böyle değil?” tarzında düşündürücü sorular olmalı. Dersin bir de projesi var, henüz karar vermedim ne olduğuna.

Social & Semantic Web dersinde her hafta ortalama 30 sayfa makale verilmekte. Geçen hafta 60 sayfa verdi. Önümüzdeki haftalarda da  40-60 civarında görülüyor. Bu makalelerin özetlerini çıkarmamız bekleniyor. Ayrıca her hafta bir günlük yazısı yazıp diğer günlüklere yorum yapmamız, gündemi takip etmemiz de beklenenler arasında.

Artificial Intelligence dersinde sınav ve projeler var. Prolog kullanıyoruz. Biliyormuşuz gibi anlattığı için biraz sıkıntılı vaziyet. İlk projeyi 2 günde yaptım. Düşünün…

Bir yandan da araştırma için Beyin Sinyal Ağları üzerine makaleler okuyorum. Biyomedikal bölümündekilerle ortak çalışma yapmaya çalışıyoruz ancak sinyal işleme ve ağır matematik altyapım olmadığı için ilerleyebilecek miyim bilemiyorum. SoSLab diye bir laboratuvarımız var, pazartesi günleri de seminerler oluyor, ödevleri bitirebilirsem onlara katılıyorum.

Boğaziçi iyi güzel ama ağır. Hocaların felsefesi “öğrenciye yüklenebildiğin kadar yüklen, bir şekilde halleder, geliştirir kendisini.”. Çok yüklenildiğinde işleri baştan savma yapmak zorunda kaldığımızı unutuyorlar tabi. Bir de günde 5 saatimin yolda (ayakta) geçtiğini düşünürsek…

Bu ay tek başıma İstanbul-Antalya-Köyceğiz-Dalyan-Marmaris-İncekum-İzmir-İstanbul şeklinde 8 günlük bir tur yaptım. Tatil için tam zamanıymış. Fiyatlar ucuzlamış, okullar başlıyorken pek bir güzel oldu Arkadaş olsaydı daha güzel olacaktı ama bulamadım kimse.

Tatil dönüşü ders kaydımı yaptım. Görünüşe göre Complex Networks, Social & Semantic Web, Bioinformatics, Bayesian Statistics & Machine Learning derslerini alacağım. Ama değişiklik olabilir. Daha ilk günden bir sürü ödev verdiler :/ Neyse ki zevkli konular… Boğaziçi’de olmak çok ilginç bir duygu. Önceki okullarımdan çok daha ağır olacak gibi geliyor. Araştırma konumu belirlemedik ama yakında bir şeyler çıkar umarım.

Merak edenler için, okuldan atılmak kalktığı için artık öğrenci alımlarında çok daha titiz davranıyorlar. Eğer bir işte çalışıyorsanız çalışmalarınıza gereken vakti ayıramayacağınız için kabul edilmeniz bir hayli zor olacak.

Termal Kamerayla Uyku Tespiti: Wakemate tarzı uyku saatlerinizi takip eden, ona göre uygun bir zamanda uyanmanızı sağlayan cihazlar mevcut. Bunlar bir bileklik ile iş görüyor. Pekala bir termal kamera vücut sıcaklığını inceleyerek kişinin uyuyup uyumadığını tespit edebilirdi.

Bada Otomatik Kapatma: Samsung Bada işletim sistemine sahip olan telefonlar için telefonun belli bir saatte otomatik olarak kapatılmasını sağlayan bir program yazılabilir.

SAR Tarayıcı: Birçok kişi için telefonlarının SAR (radyasyon) değerleri benim için önem teşkil etmekte. Bir telefon satın alacakken bu değerin düşük olmasına dikkat ediyorum. Ancak telefon modeli bakarken her model için tektek internette araştırma yapmak gerekiyor. Güncel bir SAR veritabanı olsaydı güzel olabilirdi. Ayrıca alışveriş siteleriyle entegrasyonu sağlanabilir. Böylelikle sayfalarda her telefon için SAR değeri görülebilir.

PyQt4 Download Manager: PyQt4 ile Robinviz’i yazarken bir indirme yöneticisi yazmak durumunda kaldım. Görevi, gerekli bazı dosyaları internetten indirip uygun yerlere ayıklamak/koymak idi. Böyle bir araç, tüm yazılımlarda kullanılabilecek şekilde geliştirilebilir.

Kile Resim Ekleme eklentisi: Önceki bir yazımda Latex ile yazdığım tezimde kullanmak üzere resim indirme, URL’ine atıfta bulunma ve bu resmin kodunu Latex koduma ekleme işi Kile için yazılabilecek bir eklenti ile gerçekleştirilebilir.

 Fiş Geridönüşümü ya da Dijital Fiş: Alışveriş sonrası verilen kağıt fişler boşa gidiyor. Bunların geri dönüştürülmesi için çözümler düşünülebilir. Ya da kimlik kartlarımız dijital olduktan sonra fiş bilgisinin kimlik çipine yazılması sağlanabilir.

İş / burs ilanları şablon: Eğer standart bir şablon olsaydı web üzerindeki tüm ilanları tarayan, bir merkezde toplayan botlar yazılabilirdi. Özellikle doktora ilanlarını araştırırken bu araştırma bir hayli zor oldu. Tek tek okulların sayfasına girerek proje ilanlarını bulmam gerekti. Şu anda bu işi yapan bazı siteler var ancak yeterince kaliteli olduklarını söyleyemeyeceğim.

Araç Uyarısı: (Muhtemelen lüks arabalarda bu tür özellikler artık var) Otomobilinizle şerit değiştirirken dikiz aynasından gelen arabaları takip ederek şerit değiştirme halinde uyaran sistem

Espirili Mesafe Uyarısı: Arabanın arkasında takip mesafesini ölçüp araba çok yaklaşırsa “çok yaklaşma!”, uzaklaşınca “böyle iyi” yazan panel.

Otomatik Cam Silici: Pencerelerin dışa bakan kısmını silmek tehlikeli olabiliyor. Bu işi tehlikesizce yapmaya imkan tanıyan evlere yönelik uygun bütçeli bir alet olsaydı güzel satış yapabilirdi. Otomatik olması bir diğer artısı olurdu.

Çalınması Zor Cüzdan: Arka cepten cüzdan çalınma vakaları sık gerçekleşiyor. Eğer cüzdanı çıkartmak için vücudunuza doğru bastırarak yukarı çekmeniz gerekseydi kapkaççıların çalmak için sizi dürtmesi gerekirdi. Bu durumda olayın farkına varırdınız.

Ortakbul: Bir hizmet / ürünün ortaklaşa alınması ve maliyetin düşürülmesi için “ortak arıyorum” ilanı verilebilecek bir site. Tabi yasal sorunlara dikkat edilmesi gerekli.

emre@physics Thesis $ python pull.py
Enter the URL: http://biotech.matcmadison.edu/resources/proteins/labManual/images/220_04_113.png
Enter the key (default: 220_04_113): protein_structure
Directory (default: introduction):
Downloading http://biotech.matcmadison.edu/resources/proteins/labManual/images/220_04_113.png
Figure label (default: protein_structure-figure):
Description:Primary protein structure is sequence of a chain of amino acids.

@MISC{protein_structure,
howpublished = {\url{http://biotech.matcmadison.edu/resources/proteins/labManual/images/220_04_113.png}}
}

\begin{figure}
\includegraphics[scale=0.5]{images/introduction/220_04_113.png}
\centering\caption{Primary protein structure is sequence of a chain of amino acids. \cite{protein_structure}}
\label{Flo:protein_structure-figure}
\end{figure}

• Bir genin daha etkin ya da etkisiz olmasını sağlayabiliriz.
• Mavi gözlülük bir gen bozukluğudur, gen düzgün olduğunda göz rengi kahverengidir.
• Eskiden domatesler yumuşak olurdu, sertini bulmak için uğraşırdık. Artık sert domatesler var ama 10 gün sonra çürüyor. Bunun sebebi domateslerin erken toplanıp olgunlaştırma gazı ile kızartılması.
• Obeziteyle ilgili olduğu düşünülen Leptin geni ve ürettiği Leptin proteini tespit edilmiş.  Bu protein tokluk hissi veriyormuş. Bir farenin Leptin geni üzerinde oynama (muhtemelen etkisizleştirme) yapılarak farenin obez olması sağlanmış. Sonra bu protein bir bakteri içerisinde tekrar üretilerek oluşan proteinler fareye geri verilmiş ve farenin zayıfladığı görülmüş. Tam “obeziteye çare bulduk” diye düşünürken tek başına bir obezite sebebi olmadığı anlaşılmış.
• Lazların burnunun büyük olması çevreyle alakalı olabilirmiş. Çünkü İstanbul’a yerleşen çocuklarında büyük burun görülmemekteymiş.
• Kepçe kulak sorunu, çocuk embriyo halindeyken gerçekleşen bir gelişim bozukluğunun sonucuymuş.
• Zeka genetik ve çevre koşullarıyla şekillenir. Sosyal zeka ise aile ve yetiştirme tarzıyla alakalı. Müzik kulağı ise genetik. Bunları tespit etmek için tek yumurta ikizleri üzerinde testler yapmışlar.
• Annenin testosteron hormonu yüksekse çocuğun zeki olma ihtimali daha yüksektir gibi iddialar varmış ama kanıtlanmış değil.
• Heyecanlı şeylere atılma, risk alma, kumar oynama dürtüleri genetikmiş.
• Alkol bağımlılığı genlerle alakalıymış.
• İntihara eğilim de genlerle alakalıymış.
• Hepimizde aynı genler var ama ufak tefek farklılıklar ya da bozukluklar var. Ya da kimimizin A geni çok çalışırken kimimizin az çalışıyor.
• Bir hastalıktan bahsediyordu. Gen uzunluğu çok büyükse(çok sayıda nükleotidden oluşuyorsa) bozulmaya uğrama riski daha fazla. Kadınlarda XX kromozomu olduğu için bir bozukluğu diğer kromozom tamir edebildiği için hastalık daha az çıkıyor. Ama erkeklerde XY olduğu için X’teki bir bozulma tamir edilemediği için hastalık daha sık çıkıyor. 10.000′de bir görülüyor.
• Atalarımız Afrika’da yaşıyormuş, insanlar kuzeye yöneldikçe daha az güneş ışığı aldıkları için D vitamini üretememiş ve beyazlamışlar.
• 1500$ ver, gen haritana bakayım ne hastalıklara yakalanabilirsin söyleyeyim diyen şirketler varmış. Bu tür testlere gerek yokmuş, verdiği bilgiler düşük ihtimallerle bahsediyormuş. (%3 ihtimalle şunu olabilirsin vs.)
• Zayıf kadınlarda meme kanseri riski daha azmış. 1940 öncesi yaşayanlarda daha azmış. 20′li yaşlarda zayıf olanlarda daha azmış.
• Annesi fareyi emzirmezse fare ürkek oluyormuş büyüyünce. Emzirince kimyasal eklemelerle bazı genler etkisizleştiriliyormuş. Eğer anne emzirmezse ürkeklik torunlara geçebilirmiş.
• Türk halkı Anadolu’ya özel bir genetik yapıya sahipmiş. Herkes coğrafyasındaki ırklara benziyormuş. Mesela biz Yunan ve Ermenilerle benzerlik gösteriyormuşuz. Türki Cumhuriyetlerindeki insanlardan ise farklıymışız.
• DNA bir hayli dayanıklı bir yapıymış. Ölen insanlar çürüdükten sonra kemik iliklerinde bile DNA kalıyormuş. Mezardan kimlik tespiti de bu şekilde oluyormuş.
• DNA’da düzenleyici ve kodlayıcı bölgeler varmış. Kodlayıcılar protein üretiminden sorumluyken düzenleyiciler “hangi protein ne zaman üretilecek”e karar veriyormuş.
• Kanser hastalarında Leptin geni Leptin proteini salgılatır. Bu da tokluk hissi uyandırır. Bu sebeple kanser hastaları iştahtan kesilir (Leptin proteininden daha önce bahsetmiştim).
• Bakteri içerisinde üretilen Leptin obez kişinin kanına verilirse kalıcı bir zayıflama etkisi sağlanabilirmiş. Çünkü kanda dolaşıyormuş bu protein.
• Bir yetişkinin genleri değiştirilebilir mi dış etkenlerle diye sordum, bazı (baloonlu bir şeyler söyledi ama anlayamadım) bebeklerde bunun yapılabildiğini söyledi.
• Gen tedavisinde ilik hücresi alınıp bu hücredeki bozuk gen, düzgünüyle değiştirilip tekrar yerleştiriliyormuş. Bu işlem kas ve beyin hücrelerine yapılamıyormuş.
• Bir diğer yöntem bir virüsün içerisinde düzeltilmiş DNA’yı koyup kaslara enjekte etmekmiş. Virüs kendisini kas hücrelerine yaymaya başlayacak ve vücuttaki DNA’ları düzgün DNA’larla değiştirecekmiş. Ancak kas hücrelerine yapıldığında bu kalp kaslarını da etkiliyormuş ki ölüme sebep olabiliyormuş.
• Erdal Panayırcı hocam şunu ekledi, Cep telefonu radyasyonu konusunda yapılan son çalışmalar göstermiş ki cep telefonu kullanmak beyinde ufak tefek DNA değişikliklerine sebep oluyormuş. Bu ufak tefek değişiklikler birikerek kansere yol açar mı diye sordu. Aslı Tolun ise bazı kanserlerin oluşması için 2 tümörün oluşması gerektiği ancak beyin kanseri için 16 tümörün gerektiğini söyledi. Buna rağmen uzun vadede kullanımda birikerek kansere yol açma ihtimali olabilirmiş.