tag:blogger.com,1999:blog-86387056188096313852016-03-09T23:16:24.905-08:00T. rex, T.rex, burning bright...David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.comBlogger55125tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-65272684404168476882015-11-28T10:03:00.000-08:002016-01-13T00:42:21.293-08:00

    Ke třetímu a poslednímu dílu Dinosaurů ze Zoo jsem se dostal s extrémním zpožděním: sérii zakončuji více než čtyři roky poté, co jsem na blogu zveřejnil její první část. Formát zůstává stále stejný: k fotkám z mobilu nebo kompaktu jsou připojeny stručné popisy jednotlivých druhů zkompilované z různých zdrojů. S každým dalším dílem ale rostla jak doba, kterou jsem nad článkem trávil (první

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-20362810477662427062015-03-11T04:15:00.001-07:002015-03-11T14:24:34.082-07:00

    Vidovic & Martill (2014) loni v žurnálu PLOS ONE publikovali redeskripci taxonu "Pterodactylus" scolopaciceps, v níž mj. doložili, že tento druh nemá s jinými zástupci skupiny Pterodactylus (P. kochi a P. antiquus) nic společného. Udělili mu proto nové jméno Aerodactylus. Přiznávám ale, že mě na jejich studii zdaleka nejvíc zaujala fylogenetická analýza, o které autor studie Steve Vidovic

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-44345906532890508692014-12-12T04:57:00.002-08:002015-10-07T17:17:18.421-07:00

První strana úvodníku v žurnálu Science, shrnujícího výsledky APP. (Zdroj: Zhang et al. 2014: 1308)     Před několika hodinami byly napříč 8 různými žurnály prakticky současně publikovány výsledky Avian Phylogenomics Project (APP), výzkumného programu, na kterém se v předchozích čtyřech letech podílelo 80 institucí z celého světa. Výsledkem stovek let procesorového času a nákladů v

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-27914512176939916592014-08-11T05:39:00.000-07:002015-01-09T02:01:24.348-08:00

    Poslední příspěvky na blogu se věnovaly bayesovskému molekulárnímu datování: problémům s ním spojeným, výsledkům, které podává v případě ptačí evoluce, a kontroverzím, které tyto výsledky vyvolávají. Možná by proto stálo za to podívat se i na jeho metodologickou stránku, a to se zvláštním ohledem na nový slibný postup, který zapojuje fosilie do datování daleko důkladněji, než tomu bylo dříve

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-55689897589919987092013-01-04T17:30:00.001-08:002015-11-28T10:30:47.267-08:00

    S těžko uvěřitelným zpožděním (které dosáhlo jednoho a půl roku) konečně předkládám druhý díl dinosaurů ze zoo. Do pražské zoo jsem se od té doby podíval celkem třikrát, což mi aspoň umožnilo pořídit dostatek vhodných fotek. Opět platí, že článek sestává ze snímků ptáků doplněných krátkými textíky, sestavenými z wikipedie, encyklopedie Ptáci (BirdLife International 2007), stránek organizace

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-35138707224524166882012-11-04T15:15:00.000-08:002015-03-10T22:09:32.729-07:00

Viz také: Abstrakty k listopadu 2012, díl 2.     Kvůli dlouhatánským článkům o moderních ptácích jsem úplně zanedbával přehledy nových abstraktů, kterých se zase za poslední dva měsíce nashromáždilo úctyhodné množství. Pterosauři už tradičně dostanou v rámci pozitivní diskriminace svůj vlastní přehled.     Půjdeme-li v abecedním pořadí, Averianov a Alifanov v první ze zde uvedených studií

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-81339398063844679312012-11-03T13:51:00.000-07:002015-03-08T23:39:38.607-07:00

It would thus seem that every phylogenetic analysis, in order to be valid, must include every species of bird [...], which is clearly impossible. Harshman 2007:2 1. Celoptačí fylogeneze: sen, který došel naplnění     Fylogeneze ptáků je stále kontroverzním tématem, kde nový výzkum může mnoho změnit a přinést spoustu překvapujících závěrů – viz i studie, které o tomto tématu pravidelně

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-45709704336808992052012-10-28T16:18:00.000-07:002015-09-29T14:48:13.816-07:00

1. Křehký rozsah pan-Aves     Přestože o fylogenetice pan-avianů píšu často a rád (asi až moc často a až moc rád, protože spousta aspektů jejich biologie je nepochybně zajímavější než vytváření stromků), zatím se nestalo, že by díky nějaké nové fylogenetické studii nějaký dosavadní zástupce z pan-Aves vypadl.     Na první pohled není zas tak překvapivé, že se to neděje: pan-Aves zahrnuje vše,

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-1496625979816945802012-10-19T13:40:00.000-07:002015-02-22T16:52:53.698-08:00

1. Úvod     Jedním z nejtvrdších oříšků, jaké ve fylogenezi obratlovců najdeme, jsou příbuzenské vztahy mezi ptáky z kladu Neoaves. Z žijících ptáků sem nespadají pouze hrabaví s vrubozobými (Galloanserae) a "běžci" včetně tinam (Palaeognathae), a soustředí se zde tedy hodně přes 90% celkové ptačí diverzity. Vnitřní vztahy skupiny systematiky matou už od poloviny 19. století – a nutno dodat, že

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-37463923266171052522012-09-24T15:19:00.000-07:002014-06-08T13:00:40.057-07:00

Viz také: Proč neexistují "běžci" (Ratitae), díl 1. – co DNA skrývala a morfologové přehlíželi Proč neexistují "běžci" (Ratitae), díl 2. – neusaditelné tinamy a 40 nových genů 1. Úvod     Když jsem se v posledních dnech roku 2011 začítal do Living Dinosaurs, v kapitole z pera Brada Livezeye mě velmi zaujala následující zmínka: An hypothesis of polyphyly of ratites indicated by sequence

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-85926208635571909042012-08-26T17:32:00.000-07:002015-03-02T00:41:36.449-08:00

Viz také: Proč neexistují "běžci" (Ratitae), díl 1. – co DNA skrývala a morfologové přehlíželi Proč neexistují "běžci" (Ratitae), díl 3. – protože to říkají retropozony     V předchozím díle minisérie jsem ukázal, jak se zrodila hypotéza o "běžcích" coby polyfyletickém seskupení ptáků v rámci monofyletické skupiny Palaeognathae, a vyjmenoval jsem nedlouhou řádku studií, které tento závěr

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-12295366777255509522012-08-23T17:32:00.006-07:002015-04-23T23:07:50.444-07:00

Viz také: Proč neexistují "běžci" (Ratitae), díl 2. – neusaditelné tinamy a 40 nových genů Proč neexistují "běžci" (Ratitae), díl 3. – protože to říkají retropozony     Je to skoro trapné, ale už jsem zase jednou blog bez přijatelné výmluvy zanedbával – dvoutýdenní pobyt v Krasiejowě by sice přijatelný byl, ale už jsem přece jen měsíc zpátky. Pauzu tedy zakončuji s článkem o historickém

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com3tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-60316519888890104492012-06-28T11:41:00.001-07:002014-11-30T22:14:01.806-08:00

    Pterosaury jsem na blogu dlouho zanedbával, stejně jako přehledy nových abstraktů paleontologických a ornitologických studií – poslední je z konce února. Také zde poslední dobou dominovaly velice dlouhé články, takže je čas na nějaký krátký oddech.     První z nových studií je na webu dostupná už něco málo přes dva měsíce, ale jelikož je i k dnešnímu datu stále ve fázi online preprintu,

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-29910164757391485882012-06-21T16:57:00.004-07:002015-06-04T12:46:35.639-07:00

    Na začátek snad jen krátkou omluvu – poslední dobou jsem na blog psal jen velice zřídka, a to ještě hlavně články o moderních ptácích (tučňáci, papoušci, retropozony,) přestože se mi snad aspoň povedlo dosáhnout vyváženého kompromisu mezi paleontologií a neontologií. Už byl čas na něco neptačího – sepsat tento článek mi ale trvalo dost dlouho, čistě kvůli obrovskému rozsahu studie, jíž se

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-72360169408052730402012-05-24T09:01:00.990-07:002012-05-26T13:29:42.591-07:00

1. Co jsou retropozony a k čemu jsou dobré     O retropozonech jsem na blogu už dvakrát psal v souvislosti s fylogenetikou žijících ptáků. Jde o podtřídu elementů známých jako "skákající geny" (formálně transpozibilní elementy) a i přes minuciózní rozlišování mezi retropozony a retrotranspozony, které někteří autoři obhajují, sem lze zahrnout všechny DNA sekvence, které vznikly reverzní

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-41466763155379149092012-05-06T16:38:00.004-07:002015-08-16T12:55:53.981-07:00

    Pokud o nějaké nové práci nedokážu napsat do dvou měsíců od jejího vydání, většinou o ní už nenapíšu vůbec. Tentokrát však udělám výjimku: studie Ksepky & Clarke (2012) o vymřelých papoušcích byla sice v Journal of Vertebrate Paleontology publikována už 29. února (hned vedle další Ksepkovy studie o tučňácích), připadá mi ale příliš zajímavá na to, abych ji na blogu zcela opomněl. Přál bych

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-18131206611274625202012-04-29T15:18:00.002-07:002012-09-30T07:50:31.280-07:00

    Nerad bych uvozoval každý článek frází "Mezi mé oblíbené pan-aviany patří mimojiné [taxon X]", tentokrát si to ale nemohu odpustit. Vedle kasuárů, člunozobců, arů hyacintových, kostěnozubých ptáků nebo wukongopteridních pterosaurů mám v mimořádné oblibě také tučňáky.     Zároveň je na místě omluva: tučňáky začíná dlouhá série neontologických a paleontologických prací týkajících se moderních

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-65372498016156567242012-04-22T16:38:00.004-07:002012-11-03T09:28:39.805-07:00

    Nicolás Diez na svém Google+ streamu před několika dny upozornil na mimořádně zajímavou studii, publikovanou zatím coby elektronický preprint v PNASu. Jønsson et al. (2012) v ní využívají molekulární fylogenetiku, aby určili, jaké příčiny stály za adaptivní radiací vangovitých (Vangidae), zvláštní skupiny pěvců endemické pro Madagaskar.     Vangovití jsou podivní. Na pěvčím evolučním

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com2tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-81498151748873417122012-04-08T08:07:00.004-07:002013-11-22T08:58:18.616-08:00

Vynikající umělecká rekonstrukce opeřeného jutyranna prohánějícího neméně opeřené beipiaosaury v chladné krajině dnešního Liaoningu. (Zdroj: archosaurmusings.wordpress.com, kredit: Brian Choo) 1. Úvod Feathers may have been widespread in bird-like theropods. Bakker & Galton 1974:171     Bakker a Galton ani netušili, jak šokujícím způsobem se jejich krátká větička, spíše mimochodem vložená

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-70063369838282199962012-02-10T14:06:00.005-08:002013-11-09T14:50:44.268-08:00

1. Retropozony potvrzují prudkou diverzifikaci Neoaves     Už jsem psal o tom, že nedovedu odolat studiím zabývajícím se velkoškálovou fylogenezí moderních ptáků; z toho důvodu dnešní článek začíná s retropozonovým výzkumem, který Matzke et al. (2012) publikovali na začátku letošního roku v žurnálu Molecular Biology and Evolution. Autoři patří do stejného týmu výzkumníků, který loni publikoval

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-30231554360100683652012-02-02T15:40:00.004-08:002015-03-02T03:15:59.800-08:00

Obálka knihy Living Dinosaurs, složená z fotografií bezejmenného pozemního ptáka, protiptáka pengornise a raného krátkoocasého sapeornise. (Zdroj: books.google.com) 1. Úvod     Na Living Dinosaurs jsem narazil poprvé, když už byly úryvky z jejího obsahu digitalizovány na Google Books. Ihned mě zaujala hromada citací k obskurním hypotézám o dvojím vzniku moderních ptáků; ani jsem si nevšiml

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-29863335940066444222012-01-06T11:38:00.000-08:002016-01-04T21:16:36.102-08:00

    Článek o novém jeholornisovi jsem nestihl dopsat v loňském roce, jelikož je ale formální publikace stále "in press", není snad ještě pozdě jej předložit. Horké letošní novinky (o retropozonech, chorobopisu čínských oviraptorosaurů a podobných zajímavých tématech) by měly následovat, spolu s recenzí vánočního dárku a druhým dílem Dinosaurů ze Zoo. (Právě jsem mimochodem porušil své novoroční

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-85580681089485980222011-12-26T08:47:00.002-08:002013-02-12T13:19:12.567-08:00

    Na rozdíl od SV-POW!, H2VP nebo Theropoda (kde A. Cau popřál čtenářům hezké Saturnálie), jsem na blogu nepřišel s žádným – natožpak vtipným – vánočním přáním, a tak nabízím aspoň skromný a opožděný dárek v podobě článku, který jsem měl dlouho rozepsaný, ale byl líný ho dokončit. (Chvíli jsem přemýšlel, jestli aspoň nenasadit lelkounímu kladogramu stylovou červenou čepičku, ale rozmyslel jsem

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-20298675140958545092011-12-22T08:44:00.000-08:002012-02-18T09:44:39.007-08:00

    Blog si opět prošel delším obdobím neaktivity, za což bych se rád omluvil. Budiž mi výmluvou, že jsem v poslední době strávil docela dost času snahou obeznámit se s metodami moderní numerické fylogenetiky, která sestávala hlavně ze čtení klasických prací Huelsenbecka, Swofforda, Tuffleyho, Steela, Pennyho, Lewise, Farrise a Goloboffa a pokusů porozumět v nich tolika věcem, kolik mi můj

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0tag:blogger.com,1999:blog-8638705618809631385.post-91149060366146426932011-12-01T14:19:00.000-08:002012-02-18T09:52:28.560-08:00

    Poté, co jsem ze seznamu abstraktů vyřadil ptáky (kteří mají díky více než desítce tisíc žijících zástupců nefér výhodu), se ukázal trend, který je patrný už od začátku letošního roku: naprostá převaha sauropodomorfů všech tvarů a fylogenetických pozic. Jelikož dnešní sbírka zahrnuje rekordní počet 31 abstraktů, bylo nemožné napsat o všech; vybral jsem pouze ty, které mi připadají

David Černýhttps://plus.google.com/118373745163618996024noreply@blogger.com0