Totibase Resource Management

TotiBase 將於3/22, 3/28 部份時段暫停服務

2012-03-14T01:17:00.000-07:00

TotiBase 將於 2012/03/22 17:30~18:00 及 2012/3/28 17:30~18:00
因進行網路設備的更新與升級，系統將暫停服務，如更新順利將提早恢復服務，如有不便，敬請見諒!

TotiBase 重新啟動

2011-11-21T06:42:00.001-08:00

TotiBase 的開發維護因為第一階段任務完成，開放源碼後，已有一段時間沒有進展維護。
不過原開發人員之一的 pcbill ，開始重新規畫並開發，讓 TobiBase 可以更好，更好用。

初步規畫如下：

專案還是採取開放源碼，授權不變，專案首頁，正式公告，文件，Release Notes 都還是在 http://www.openfoundry.org/of/projects/1270 ，也可以前往下載程式和原始碼。
未完全定案的方向想法會在本開發部落格丟出來討論，請大家用力鞭它。
新的 Totibase 系統架構將會是全新和原來的會完全不同，非常的初步規畫如下：

前端: Jquery + Coffee script
後端: Play! Framework 2.0 (Scala) + Spring Framework + Spring Data Neo4j
持久層： Neo4j

目標有：

探索 TotiBase 所涵蓋的資料模型，可否用 Graph Nosql 來實現，及效能如何？
撰寫論文
練功

基本上原來功能性的部份應該不會變，時程規畫預計一年，端看我有沒有時間做。也歡迎來信討論，或留言。也歡迎加入，共同開發。

TotiBase Open Source 之後

2010-01-15T06:52:00.000-08:00

TotiBase 在 open source之後,階段性任務已完成.TotiBase 仍會提供線上服務,但是不會再增加新功能.

TotiBase(原 iSample)是由穎懋跟欣展兩個人用pair programming的模式,一磚一瓦從無到有,逐步建立起來.

---攝於2007/09/04

後來阿展離開,才由煥欽接手,一同進行 TotiBase 改版. open source之後,由於生物資訊專案 GenePipe 需求增加,因此人力轉而加入 genepipe 專案,採用scrum的開發方法.TotiBase的階段性任務於是告一段落.

謝謝每一位夥伙的體諒,包容,分享與合作,眾志成城,一起打造一個優質的團隊.

TotiBase is open source now

2010-01-04T01:12:00.000-08:00

TotiBase 已開放程式碼下載安裝,目前釋出三個版本.

分別是

1.totibase_war.zip(僅有war及sql檔)

2.totibase_jetty.zip(包含jetty,不需安裝ap server)

3.totibase_jetty_postgresql.zip(僅能在windows 下使用的一鍵安裝版本).

如有需要,可連到 OpenFoundry 下載及參考詳細說明.

中央研究院國家基因型鑑定中心98年度服務說明會

2009-11-17T00:57:00.000-08:00

將介紹 TotiBase 2.0 新功能,報告重點如下,

1.搜尋 : 智慧選字
2.email 及登入提醒
3.群組權限控管,依不同資源, 可設定使用者不同讀寫權限
4.欄位自訂,每個實驗室可自訂所需要的欄位. 常用字詞,可設定為下拉式清單.(舉例)
5.報表(異動時間查詢), 可針對某些特定欄位, 在指定時間範圍內, 如有任何異動的查詢
6.匯出匯入,提供Excel完整匯出及匯入功能
7.12月將提供單機版的安裝版本

報告時間為 11/27 15:00-15:30 , 歡迎舊雨新知聆聽指教.

好消息,搜尋變聰明,智慧選字時代來囉!

2009-11-16T23:28:00.000-08:00

在搜尋藥品或是物品時,萬一物品英文名稱落落長,有時候可能眼太明手太快拼錯字,就可能完全找不到東西.現在報告一個好消息!現在在系統裡輸錯字,找不到東西的事已成為歷史名詞了,只要在搜尋框裡,輸入一個字母,就會出現符合該字母的候選清單,然後再從中挑選就可以啦!

就像以下醬樣.

其實呢,古早時代這個功能就悄悄隱身在 TotiBase 的某一個地方,要用到還得靠運氣. 用久了google後容易被寵壞, 老是覺得沒有智慧選字功能實在是跟不上時代啦!所以趕緊拜託havohej幫忙在所有搜尋功能裡,都加上此功能. 今天已....經......上線了!

無論是在右上角的搜尋框裡,輸入關鍵字.

還是在進階搜尋的物品異動查詢裡.

或是在進階查詢的功能裡, 都可看到它的芳蹤.

TotiBase 2.0 新功能說明會

2009-05-13T02:12:00.000-07:00

TotiBase 2.0 上線說明會, 主要是介紹新增的功能, 歡迎有興趣了解者踴躍參加.

日期: 2009年5月15日星期五

時間: 下午 4:00-5:00

地點: 生醫所 B1B 會議室

TotiBase 2.0 已於 2009/04/21 超夯上線

2009-04-20T23:55:00.000-07:00

TotiBase 2.0 己於 2009/04/21 上線, 希望能提供更直覺的使用介面, 在功能上也開放一些可以自訂的功能, 希望能更讓大家使用方便, 如果有任何使用上的問題或建議, 請隨時讓我們知道!

簡單介紹本次改版之處.
1. 在物件管理部份, 增加了排序功能, 可依名稱排序或 儲存區類型排序.

2. 下拉式清單管理, 這是用在 重覆性高的資料, 如 代理商, 每個藥品都有代理商,因此可以先建好哪些代理商的資料, 在填入藥品的代理商資訊時, 就可以直接從下拉式清單選取. 這類型的資料, 可在 系統管理-->下拉式清單資料管理新增資料.

3. 接下來是重頭戲模版維護管理, 以往需要新增欄位,修改欄位或是選擇新物件管理時, 必須要與TotiBase 服務小兵聯絡, 如今這些動作可直接透過網路修改或是申請新增資料.

在申請新增模板頁面, 除了之前貴單位所申請的模板外, 另外會附上其他未被選取的模板. 例如您之前申請了藥品, 後來也想使用菌株, 只要到這頁面來 加入菌株, 修改欄位名稱及屬性, 按下 送出申請, TotiBase 服務小兵一收到後, 會與您聯絡確認, 最快在一個工作天內即可完成您的需求.

而修改模板與修改下拉式清單這兩個功能, 是不用透過 TotiBase 小兵, 就可以直接在線上完成.

另外還有消息公告,頁面文字潤飾,右下角的訊息提醒視窗等更多功能,期待您來體驗!

TotiBase 2.0 改很大之功能介紹

2009-04-20T00:57:00.000-07:00

TotiBase 2.0 即將與大家見面了,此次功能調整 改很大 ,其中在物件及權限管理已開放自行設定的功能. 還有許多新增的功能,敬請拭目以待.

增加預設物件種類、提供新增物件種類(欄位)申請，可以自行修改欄位：
*可以自行選擇需要的物品類型、物品欄位，提供更多的版型供使用者選擇(管理者)
*提供新增物件種類(欄位)申請，可以自行修改欄位

群組權限的強化：
*除預設管理、一般、停權群組外，使用者可自行建立其他群組(管理者)
*增加read only 權限(管理者)
*增加列印、下載的權限

增加物品附件上傳
*增加物品附件上傳(使用者)
*增加附件上傳的明細記錄

增加儲存盒種類(可選英文)
顯示設定可選擇物件種類
更完整的匯出功能(使用者)

介面的改善：
*單筆處理vs 批次處理
*將storage 和 box 的介面分開
*物件管理的左側儲存區列表，增加「以名稱排序」和「以類型排序」

中英文界面(使用者)

[New Features] 新功能上線 - 附件上傳, 一次匯出

2008-12-10T23:33:00.000-08:00

最近上線了一些新功能,包含 TotiBase 每項物品都可上傳附件, 實驗室所有資源一次匯出, 以及新增了Primer 的預設資源管理.

新增功能簡述如下,

1. 登入系統後, 在實驗室管理右邊細項內容, 可看到多了一個 excel 檔匯出圖案, 按下這個按鈕就可以匯出目前實驗室內所有管理的物品. 如果有需要自行備份, 可多加利用此功能.

詳細操作說明,請參考使用手冊.

2. 每個物品, 可以上傳相關附件(如圖片, pdf, doc, xls等), 每次上傳最大不能超過 10 Mb.

3. 預設資源部份, 新增了 Primer 管理項目, 如果有需要加入這項物品管理, 歡迎跟我們聯絡!

其他詳細操作說明,可參考使用手冊.

國家基因型鑑定中心服務說明會影音投影片

2008-12-02T20:33:00.000-08:00

TotiBase 影音介紹

2008/11/28 NGC 說明會-TotiBase.

TotiBase 投影片下載

國家基因型鑑定中心服務說明會 11/28

2008-11-24T01:14:00.001-08:00

國家基因型鑑定中心訂於97年11月28日下午二時假中研院生醫所B1B會議室舉辦服務說明會。本次說明會除了介紹本中心各項鑑定服務外，將特別針對NGC BioIT開發的TotiBase管理系統及VariomeBrowser線上分析工具作詳細的介紹，希望藉此機會讓您更進一步瞭解NGC，並期待您的批評與指教!

NGC服務說明會之議程如下：
13:40-14:00
Registration
14:00-14:30
NGC基因型鑑定服務簡介　李宜靜　博士　－　High-throughput SNP & STRP Genotyping for Human/Mouse Samples
14:30-15:00
NGC服務介紹　林泉成　組長　－　 SNP Genotyping by Sequenom Platform
15:00-15:20
Coffee Break
15:20-15:50
NGC BioIT新增服務介紹 (I)　吳欣展　工程師　－　 TotiBase：泛用型資源管理系統
15:50-16:20
NGC BioIT新增服務介紹 (II) 湯正揚　工程師　－　 VariomeBrowser：人類疾病與基因體變異資料庫
16:20-16:40
NGC經驗及成果分享 (I) 楊奇凡　博士
－ Genome-wide Association Study of Type 2 Diabetes Mellitus
16:40-17:00
NGC經驗及成果分享 (II) 李明達　助理副主任
－ Genome-wide Association Study of Bipolar I Disorder 　
17:00-17:10
Q & A Session

TotiBase 將於 8/4 上線

2008-07-30T19:38:00.000-07:00

iSample上線以來, 一直持續收集大家的建議,及改善介面. 方向也從原本實驗室規模,擴大為[任何需要管理的資源],iSample 需要更廣義的名稱, 因此iSample第二版, 將改名為 Totibase.

Totibase 將適用於任何資源管理, 只要提出申請欄位名稱,最快一個工作天可開始使用.

6/21-22 暫停服務公告

2008-06-10T19:24:00.000-07:00

為了提供更好的服務品質，將於 6/21-22 (週六、日) 進行機房施工作業，屆時網路將停止， iSample 服務亦需暫時關閉服務，預計 6/23 (週一) 將可全面恢復服務

[2007/12/14] iSample 功能介紹

2007-12-25T18:14:00.000-08:00

看大圖請點選。

iSample換新裝

2007-11-20T16:45:00.000-08:00

iSample團隊裡缺乏美工人才，所以iSample的配色有時看起來，有點不搭調，但又說不出哪裡怪。所以我們除了首頁換掉外，內文也稍稍調了一下色彩，請大家安心使用。

FAQ 文章移往 wiki

2007-11-06T00:57:00.000-08:00

為了統一文章彙集，這裡發佈的 FAQ 相關文章皆複製搬到 iSample wiki，FAQ文章也不再新增。

欲查更多有關 iSample 的 FAQ或說明，請移往 iSample wiki。

[FAQ]如何批次扣量

2007-10-31T20:55:00.000-07:00

批次扣量的目的：解決一些例行的扣量實驗。
ex：固定每天或每個禮拜要從A,B,C三個藥品扣一定的容量，
則可將A,B,C加入一個群組(實驗)，設定欲扣的量，
設定完成後，則僅需按一個按鍵則可以完成扣量。

操作流程如下：

Ⅰ、點選上方選單"批次扣量設定"，之後輸入實驗名稱，點選"新增"。如圖示

Ⅱ、實驗名稱新增完成後，新增的實驗會列表在下方。如圖：

Ⅲ、點選實驗列表的實驗名稱，左方會出現兩個區塊，
上方為修改實驗名稱，下方則就是將項目加入實驗的區塊。
先選取要新增的是藥品or樣本or抗體，輸入名稱(系統會有提示)
再點選搜尋按鈕，則可搜尋符合條件的庫存。如圖：

Ⅳ、點選搜尋後，該區塊會多一個搜尋結果，如圖：
確認選取及輸入欲扣數量後，點選新增按鈕，就可以成功將該項目加入實驗中。

Ⅴ、新增完成畫面。"我是藥品"成功被加入實驗"測試批次扣量"中，欲扣量為"1"，如圖：

Ⅵ、一個實驗可以包含多個項目，
用同樣方法將"我也是藥品"，加入"測試批次扣量"，欲扣量為"2"，
以後只要點選左邊實驗列表上的"執行"按鈕，就會執行扣量。如圖：

Ⅶ、扣量成功頁面。
範例中，"我是藥品"的容量18->17，"我也是藥品"的容量90->88，
皆成功的被扣除正確欲扣數量。如圖：

[FAQ]如何扣量

2007-10-31T20:13:00.000-07:00

Ⅰ、勾選要扣量的項目，然後點選扣量。如圖示：

Ⅱ、輸入欲扣量的值。如圖示：

以這個例子來看，原容量為20，扣2，系統會自動幫容量更新為(20-2)=18

Ⅲ、按下確定，即扣量成功，容量已被修改成18。如圖示：

[FAQ]如何移動項目

2007-10-31T02:46:00.000-07:00

ex:將"我是藥品"從"冰箱第一層"移至"冰箱第二層"

Ⅰ、先點選左側樹狀導覽，選擇要移動項目的儲存區("冰箱第一層")。圖示如下：

Ⅱ、勾選想要移動的項目("我是藥品")，然後點選按鈕"移動"，
成功選取後，訊息欄就會有提示。圖示如下：

Ⅲ、點選左側樹狀導覽，選擇移動項目將要移到的儲存區("冰箱第二層")，
訊息將會改變，且多出一移入按鈕，圖示如下：

Ⅳ、點選移入，即成功移入將"我是藥品"從"冰箱第一層"移至"冰箱第二層"

[FAQ]第一次使用？

2007-10-31T02:32:00.000-07:00

對於完全沒使用過iSample的使用者，
建議可以使用網站提供的測試帳號(demo/demo)，
先去熟悉一下使用操作方法。

決定要使用後，可以申請實驗室帳號，
帳號申請用的是審核的方法，不會立刻開通，
但原則上只需一個工作日，我們確認您的身份無誤，就會開啟權限，
您就可以開始使用iSample提供的便利界面了..^^

iSample Wiki 上線服務了

2007-10-26T02:27:00.000-07:00

為了能讓使用 iSample 的問題、解決方法的文件能更集中、彙集起來，也希望使用者也可以貢獻使用心得、技巧，我們架了 iSample Wiki 服務，希望大家可以來共襄盛舉。

iSample Wiki

WorkShop for iSample

2007-10-23T01:45:00.000-07:00

千呼萬喚始出來, 原來投影片八十多張, 要跟影片同步, 不太容易.

調整投影片數後, 現在終於整合一起啦!

[FAQ]可以用檔案把資料上傳到系統裡嗎？

2007-10-17T19:07:00.000-07:00

Q: 可以用檔案把資料上傳到系統裡嗎？

A: 可以。請點選畫面右上角功能選單的 "資料上傳"。就可以看到下面畫面。選則你要上傳資料的項目，點選要上傳的 Excel 檔案，然後按 "預覽"。

你應該會在畫面最下方看到預覽的結果，如果檔案格式不對，或是資料格式有誤（該是數字的欄位，卻填寫文字內容）就看不到預覽的結果。

如果檔案裡的儲存區欄位資料在系統裡不存在，系統會自動建立這些儲存區，預覽時也會提示。

按下 "確定上傳" 連結，此時系統才把資料真正的寫入系統裡。成功的畫面如下。

新增的儲存區也可以點選 "新增儲存區列表" 頁籤，來瀏覽新增了哪些儲存區。

回到 "庫存管理" ，可以在樹狀瀏覽看到剛剛所新增的儲存區。

以上就是用檔案把資料上傳的步驟。

iSample 系統簡介

2007-10-17T02:23:00.000-07:00

這是最新一版的iSample 操作介紹