organelas

Mais um biscoito?

nelas — Mon, 14 May 2012 13:00:36 +0000

Exatos seis meses atrás saiu uma matéria na Ciência Hoje das Crianças online sobre as bolachas-do-mar que ainda não tinha colocado aqui. Clique na imagem ou aqui para ler.

Pouco menos de seis meses antes disso saiu um post no Scientist at Work Blog do Rich Mooi, especialista em ouriços irregulares. O post, “The Hidden World of Heart Urchins” tem uma foto de uma bolacha-do-mar “fofinha” que precisava compartilhar

Clypeaster humilis by Rich Mooi

Mestre em LaTeX de roupa nova

nelas — Sun, 06 May 2012 08:32:42 +0000

Aproveitando que algumas pessoas me mandaram suas modificações do Mestre em LaTeX nesta semana, resolvi tirar a poeira de lá. Migrei o desenvolvimento para o GitHub, onde mantenho meus programas: github.com/nelas/mestre-em-latex. Agora fica mais fácil pra outras pessoas contribuirem criando um clone ou editando o wiki. O screenshot abaixo é da nova página que fica mais elegante e convidativa: nelas.github.com/mestre-em-latex

Os arquivos foram baixados quase 4 mil vezes desde 2009; não é muito, mas imagine esse tanto em teses empilhadas… Agora vem o trabalho de verdade que é incorporar as contribuições e resolver pendências antigas.

Gene Fetcher tool no Zim

nelas — Sun, 29 Apr 2012 20:13:32 +0000

Tenho usado o Zim Desktop Wiki como caderno de anotações faz algum tempo. Ele salva as notas como arquivo texto com marcação wiki permitindo que eu acesse o conteúdo diretamente com outros editores e facilitando o backup (eg, pasta de notas sincronizada no Dropbox).

Comecei a mexer com genes no doutorado e estava guardando as sequências em arquivos texto soltos por aí. Pra manter as coisas organizadas (já que a quantidade de genes começou a aumentar) resolvi tentar guardar cada sequência em uma nota separada no Zim. Assim posso organizar os genes de maneira mais intuitiva, fica mais fácil encontrar o que estou procurando e ainda posso acessar as sequências programaticamente com scripts.

Cada gene pode ter marcadores indicando que aquela página é uma sequência, o organismo, o tipo de gene (relacionado com que processos do desenvolvimento) e o nome mais comum para agrupar genes ortólogos. Com os marcadores fica fácil filtrar as notas. Na imagem abaixo eu cliquei no gene vasa e de cara dá pra ver que tenho as sequências do peixe paulistinha (D. rerio), humanos (H. sapiens) e drosófila (D. melanogaster).

Example of gene sequence in Zim

O link para a sequência no NCBI também é útil, caso precise voltar lá para checar alguma informação. Por fim tenho a sequência no formato FASTA, que é o que vou usar na maioria dos casos. Criar uma página assim consome alguns comandos, copy/paste e cliques, então fiz um script simples para automatizar isso.

No Zim você pode rodar scripts customizados que interagem com as páginas do caderno de notas. Criei o Gene Fetcher para gerar a página a partir do identificador da sequência. Basta você colar o identificador numa nova página, selecioná-lo com o cursor e rodar; as informações serão adicionadas ao final da página.

Nada muito revolucionário, mas útil; pelo menos pra mim, por enquanto. Também pode ser usado fora do Zim, é só passar os argumentos certos.

Northern lights

nelas — Mon, 14 Nov 2011 00:05:34 +0000

Norway by Ole Christian Salomonsen [via boingboing]

Tartarugas, embriões e fósseis

nelas — Mon, 12 Sep 2011 13:00:21 +0000

Nunca imaginei que colocaria um vertebrado neste site… mas o fato delas terem seus ombros dentro da caixa torácica me fez abrir uma exceção, coitadas. Escrevi um texto sobre o desenvolvimento e evolução do casco das tartarugas no The Node. Ele mostra como é o início da formação do casco nos embriões e como isso pode ajudar a entender a evolução desse padrão corpóreo tão diferente. Animações em 3D e fósseis estão inclusos no pacote:

Turtles in a nutshell

[foto por Algy3289]

Bibliografia viva

nelas — Sat, 25 Jun 2011 19:46:37 +0000

Num sábado de manhã de algumas semanas atrás eu caí de paraquedas (online) no Hack4Knowledge, um encontro para criar aplicativos, ferramentas e remisturas que aproveitem os bancos de dados existentes para inovar e enriquecer a criação e disseminação do conhecimento.

Eu já estava fazendo uns testes com o API do Mendeley e resolvi aproveitar a oportunidade para por em prática uma idéia: agregar referências bibliográficas relacionadas com um determinado táxon. Não é uma idéia particularmente inédita nem difere muito de você colocar o nome de um táxon no google ou scopus, mas o fato do banco de dados do Mendeley ser construído por coleções dos usuários permite extrair algumas informações interessantes. Por exemplo, descobrir quais são os artigos mais populares ou criar um trending topics com os grupos do momento baseado na quantidade de leitores e número de publicações.

Página inicial do Living Bibliography

Possuir os dados de artigos (independente da fonte) também possibilita extrair informações interessantes como autores mais ativos em determinado táxon, rede de colaboradores, variação anual no número de artigos relacionados, tópicos mais estudados em cada grupo, etc. Integrando tudo isso e usando ferramentas para visualização de dados complexos seria possível, por exemplo, “ver” buracos no conhecimento ou acompanhar a história do estudo de um organismo.

Imagine se todos os artigos estivessem acessíveis livremente e contivessem informações (metadados) sobre os organismos em questão como informações taxonômicas, ocorrência, coletas, sequências, citações com marcação semântica, tópicos abordados, hipóteses para testar, metodologias, dados brutos, etc. Em instantes qualquer pessoa poderia ter um resumo do conhecimento atual sobre um organismo. Especialmente interessante para definir diretrizes para a pesquisa e evitar gastos de recursos com os mesmos erros; uma otimização da ciência. Isso sem contar na possibilidade de anexar observações, anotações, discussões, questões não resolvidas e outras atividades colaborativas.

Bom, depois de fazer um modelinho da idéia acabei de colocar as funções básicas do agregador para funcionar. Não tem nada do que escrevi acima, apenas uma interface de busca onde você pode usar o nome científico ou nome popular do organismo (em inglês) que você quer ver e uma página por táxon com a lista de referências relacionadas e alguns controles de ordenação. Se o táxon não estiver no banco ele vai buscar as referências na hora, portanto, é necessário esperar um pouco e recarregar a página (pelo menos até eu dar um jeitinho nisso).

Página de um táxon no Living Bibliography

Quem se interessar pode testar o Living Bibliography no livingbib.organelas.com. Só lembrando que é totalmente experimental, nada garantido que seus artigos favoritos aparecerão ou que as informações estejam corretas (ainda tem muito artigo duplicado, nome de autor errado, títulos mal formatados, revistas trocadas, e afins no Mendeley). Não sei o quanto vou poder me dedicar, mas o código é aberto e adoraria ouvir idéias e sugestões

A galaxy for insight

nelas — Wed, 01 Jun 2011 04:03:15 +0000

By empowering readers and observers with transparent access to the means by which conclusions are reached, rather than assembling them in an audience to hear the Authorities deliver the catechism from on high, we are all of us becoming scientists in this way, entering into a democracy of the intellect that is already bearing spectacular fruit, not just at Wikipedia but through any number of collaborative projects, from the Gutenberg Project to Tor to Linux.

via theawl.com & @brunogola

Embrião de lula

nelas — Sat, 23 Apr 2011 01:13:31 +0000

via thenode.biologists.com

Imagem fabulosa de um embrião de lula! Os núcleos da células estão em azul, sistema nervoso em rosa e cílios de células epiteliais em verde. O globo do lado esquerdo é o saco de vitelo e o cifão já está formadinho.

A imagem foi tirada durante o curso de embriologia de Woods Hole e é uma das candidatas para a capa da revista científica Development. A votação está aberta para quem quiser (clique no link acima).

Plankton Chronicles

nelas — Thu, 24 Feb 2011 00:45:14 +0000

Vídeos bem bacanas mostrando seres planctônicos, embriões e larvas marinhas na série Plankton Chronicles (crônicas do plâncton) feita pelo pessoal da Tara Expéditions:

Plankton

http://oceans.taraexpeditions.org/uploads/gallery/895/chroniquesplanctons.mov

Embryos and larvae

http://oceans.taraexpeditions.org/uploads/gallery/1212/03_embrions_larves_en-site.mov

Sea urchin development

http://oceans.taraexpeditions.org/uploads/gallery/1303/04-sea_urchin_plankton.mov

Outros vídeos.

Está bom, filho. Vai pesquisar besouro.

nelas — Tue, 11 Jan 2011 23:06:27 +0000

O que você acha da política científica brasileira?

Está ultrapassada. Principalmente, a gestão científica. Foi por isso que eu escrevi o Manifesto da Ciência Tropical (PS do Viomundo: publicado primeiro aqui mesmo, neste espaço). O mais importante nós temos: o talento humano. Mas ele é rapidamente sufocado por normas absurdas dentro das universidades. Não podemos mais fazer pesquisa de forma amadora. Devemos ter uma carreira para pesquisadores em tempo integral e oferecer um suporte administrativo profissional aos cientistas.

Visitei um dos melhores institutos de física do País, na Universidade Federal de Pernambuco (UFPE), e o pessoal não tem suporte nenhum. Se um americano do Instituto de Física da Universidade Duke visitar os pesquisadores brasileiros, não vai acreditar. Eles tomam conta do auditório, fazem os cheques e compram as coisas, porque não é permitido ter gestores científicos com formação específica para este trabalho. Nós preferimos tirar cientistas que despontaram da academia. Aqui no Brasil há a cultura de que, subindo na carreira científica, o último passo de glória é virar um administrador do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), do Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT) ou da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (Fapesp). É uma tragédia. Esses caras não tem formação para administrar nada. Nem a casa deles. Não temos quadros de gestores. A gente gasta muito dinheiro e presta muita atenção em besteira e não investe naquilo que é fundamental.

…

Se chega um jovem muito talentoso que quer investigar besouro, devemos responder: “Está bom, filho. Vai pesquisar besouro.” Eu não investiria em tópicos, em áreas específicas. Eu investiria primordialmente em gente. Porque se você investir em pessoas talentosas, elas encontrarão nichos em que o Brasil terá benefícios tremendos.

…

Nós publicamos mais do que a Suíça. Mas o impacto da ciência suíça é muito maior. Basta ver o número de prêmios Nobel lá. E eles têm apenas cinco milhões de habitantes. Na academia brasileira, as recompensas dependem do que eu chamo de “índice gravitacional de publicação”: quanto mais pesado o currículo, melhor. Ou seja, o cientista precisa colecionar o maior número de publicações – sem importar tanto seu conteúdo. Não pode ser assim. O mérito tem de ser julgado pelo impacto nacional ou internacional de uma pesquisa. Não podemos dizer: quem publica mais, leva o bolo. Porque aí o sujeito começa a publicar em qualquer revista. Não é difícil. A publicação científica é um negócio como qualquer outro. Mesmo se você considerar as revistas de maior impacto. Também não adianta criar e usar um índice numérico de citações (que mede o número de citações dos artigos de um determinado cientista).

…

Se Einstein não poderia estar no topo, há algo errado. Minha esperança é que o futuro ministro ataque isso de frente pois, até agora, ninguém teve coragem de bater de frente com o establishment da ciência brasileira. Ninguém teve coragem de chegar lá e dizer: “Chega! Não é assim! A ciência não está devolvendo ao povo brasileiro o investimento do povo na ciência.” Os cientistas brilhantes jovens não têm acesso às benesses que os grandes cardeais – pesquisadores A1 do CNPq – têm, muitos deles sem ter feito muita coisa que valha.

…

Para entender a que me refiro, basta participar de reuniões científicas e acompanhar a composição de uma mesa. Não há nada semelhante em lugar nenhum do mundo: perder três minutos anunciando autoridades e nomeando quem está na mesa. É coisa de cartório português da Idade Média. Cientista é um cidadão comum. Ele não tem de fazer toda essa firula para apresentar o que está fazendo. É um desperdício de energia, uma pompa completamente desnecessária. Muitas vezes, os pesquisadores jovens não podem abrir a boca diante dos cientistas mais velhos. Eu ouço isso em todo o Brasil.

…

Eu adoro a USP, onde me formei. Mas a liderança que temos hoje na USP é terrível. O reitor da USP (João Grandino Rodas) é uma pessoa de pouca visão. Não chega nem perto da tradição das pessoas que passaram por aquele lugar. São Paulo acabou de perder um investimento de 150 milhões de francos suíços (cerca de R$ 270 milhões) porque o reitor da USP não tinha tempo para receber a delegação de mais alto nível já enviada pelo governo suíço ao Brasil. Mandaram o pró-reitor de pesquisa da universidade (Marco Antônio Zago) fazer uma apresentação para eles. Ninguém agradeceu a visita.

via viomundo.com.br

Miguel Nicolelis falando muitas verdades. Mais claro e direto, impossível. Só selecionei umas citações… leiam a íntegra no link acima.